De eerste keer, dat Calvijn zich over Luther uitlaat is in een brief aan Bucer (1538):
'Als Luther ons met onze belijdenis (bedoeld is de Confessio Helvetica van 1536) wil accepteren, dan is er niets wat ik liever zou wensen. Hij is echter niet de enige in de kerk van God met wie wij rekening hebben te houden. Wij zijn driemaal ongevoelig
en barbaars wanneer wij niet willen rekenen met zovele duizenden, die onder voorwendsel van deze concordia, (bedoeld is de Wittenberger Concordie van 1536, waarbij de Zwitsers zich niet aansloten) hatelijk gehoond worden.
Ik weet niet wat ik van Luther moet denken, hoewel ik van zijn vreze Gods ten volle overtuigd ben, maar ik hoop oprecht, dat, wat velen zeggen, die overigens niet begeren om onrechtvaardig tegenover hem te zijn, niet waar is: dat er enige koppigheid vermengd is met zijn standvastigheid'.
Calvijn verdenkt Luther van zucht naar ijdele roem, waardoor de eendracht in gevaar komt. 'Als deze ziekte van de eerzucht niet onder ons zou heersen, zou het dan niet genoeg zijn, dat Christus voor waarachtig gehouden zou worden en dat Zijn waarheid zou oplichten in onze harten. Waarlijk, ik voorzie wat er zal komen. Er kan niets gezonds zijn, zolang die woede van de vechtlust ons aandrijft . . . en als Luther zozeer naar de roem van de overwinning verlangt, kan nooit oprechte eendracht tot de zuivere waarheid van God gedijen'.
Calvijn acht niet alleen dat zijn hoogmoed en boze tong zoveel kwaad hebben gesticht, maar ook 'zijn onwetendheid en zijn zwaar overdreven inbeelding'.
Sterke en harde uitspraken van Calvijn, die weinig beloven voor een goede verstandhouding. Men dient echter te bedenken, dat Calvijn hier schrijft aan Bucer met de duidelijke bedoeling dat Bucer een brug zal slaan tussen Zürich en Wittenberg.
'Derhalve als jij door gunst of aanzien bij Luther iets kunt doen, zorg er voor, dat hij zijn tegenstanders in deze onzalige strijd liever aan Christus dan aan zijn eigen persoon onderwerpt en dat hij zelf de hand reikt aan de waarheid, waarmee hij in tegenspraak is'. Verder verklaart Calvijn, dat ieder voor zich zijn dwaling eerlijk moet erkennen; 'ik kan er niet omheen, om jou, Bucer, te betuigen, zoals jij je zult herinneren, dat die insinuaties mij niet bevielen, waarmee jij jezelf en Zwingli probeerde te verontschuldigen. En het betaamt niet dat de één de ander hoont. O, konden toch alle verwijten maar op mijn hoofd terecht komen! . . . de eenheid zou stellig door niets vertraagd worden . . . als je van de Zwitsers eist, dat zij hun koppigheid afleggen, dring er dan ook bij Luther op aan, dat hij ophoudt zich zo heerszuchtig, 'imperiose', te dragen'.
In oktober 1538 verklaart Calvijn aan Farel, dat hij met Luthers houding volstrekt niet ingenomen is. En aan Melanchthon heeft Calvijn geklaagd bij hun ontmoeting in Frankfurt in februari 1539 over de grote menigte van ceremoniën in de Lutherse liturgie: 'mij lijken de vormen waaraan zij vasthouden, niet ver van het Jodendom verwijderd te zijn'.
Met Melanchthon is Calvijn van mening, dat verschil in liturgische gebruiken geen voldoende grond zijn voor een scheiding tussen Luther en de Zwitsers. Calvijn betreurt Luthers starheid en hij hoopt dat Bucer Luther tot verandering zal kunnen brengen. Tegelijk echter verdedigt hij Luthers felle afwijzing van Karlstadt, van wiens spiritualisme Calvijn even afkerig is als Luther.
Men dient Calvijns uitlatingen over Luther te paatsen in het licht van de conciliante en oecumenische positie die hij inneemt. Probeert hij enerzijds Luther en zijn medestanders tot matiging in hun harde opstelling tot de Zwinglianen te brengen, anderzijds ziet men hem tegenover de Zwitsers Luther verdedigen.
Aan de predikanten van Montbéliard, die te kampen hebben met een toenemend Luthers fanatisme inzake liturgische kwesties, schrijft hij, dat 'in onze tijd het evangelie van Wittenberg is uitgegaan'. En wanneer daarvandaan ook allerlei verkeerde elementen komen, die onrust en wanorde stichten, laat men dan beseffen, dat deze lieden Luther niet minder mishagen dan de Zwitsers en laat de liefde van
geen mens voor Wittenberg verkoelen!
In de Straatsburgse periode (1538-1541) heeft Calvijn intensievere betrekkingen met de Duitse reformatie. Hij is opgetogen over berichten die hem via Melanchthon bereiken dat Luther zich in positieve zin over hem heeft uitgelaten naar aanleiding van enkele van zijn geschriften. 'Indien wij door zulk een gematigdheid niet vermurwd worden, dan zijn wij helemaal van steen. Ik ben werkelijk vermurwd. Ik heb dus iets geschreven dat hem voldoet. Die Luther is toch wel een man van een edele inborst. Nu zal het niet moeilijk vallen om vast te stellen, welke redenen zij hebben, die toch zo hardnekkig met hem in geschil blijven'.
Later begint Luther met nieuwe hatelijkheden tegen de Zürichers te schrijven. Hij zegt, dat noch hij noch de kerk Gods enige gemeenschap met de Zürichers onderhoudt, dat hun arbeid tevergeefs is en dat zij tegelijk met hun werk zullen ondergaan. Hij wil niets met hen te maken hebben en hij beklaagt het ongelukkige volk, dat door hen naar de hel gevoerd wordt. Calvijn noemt dit een brief waarin hij elk fatsoen mist. Hij bezweert onmiddellijk Melanchthon: 'weerhoudt Dr. Martinus zoveel je kunt, of nog beter: verhinder hem toe te geven aan zijn grimmigheid tegen die kerk. Misschien heeft hij wel reden tegen hen te toornen, maar men behoort godvrezende en geleerde mannen toch vriendelijker te behandelen. Daarom moet jij met je bijzondere wijsheid tussenbeide komen om hem een beetje verzoenings-gezinder te maken'.
Daarnaast is Calvijn er op uit om Bullinger, die zich geroepen weet de geestelijke erfenis van Zwingli te bewaken en deze zo grof door Luther aangetast ziet, tot kalmte te vermanen: 'Maar dit wens ik dat jij je er in de eerste plaats op bezint, welk een groot man Luther is en door welke grote gaven hij uitmunt, met welk een geestkracht en standvastigheid, met welk een bekwaamheid en leerstellige werkzaamheid hij zich gewijd heeft aan de vernietiging van de heerschappij van de antichrist en tegelijk aan de leer van de zaligheid. Ik heb het reeds vaak gezegd: al zou hij mij ook een duivel noemen, dan zou ik hem toch nog de eer bewijzen, hem voor een heel bijzondere dienaar van God te houden . . . denk er dus vooral aan, dit smeek ik jou en je collega's, dat je te doen hebt met een voortreffelijk dienaar van Christus, aan wie wij allen veel verschuldigd zijn'. Calvijn blijft van mening, dat als de Zürichers bereid zouden zijn hun avondmaalsopvatting te corrigeren in de zin zoals Calvijn die voorstond, dat dan 'Luther ook niet zo ontoegeeflijk zou zijn, dat een vereniging niet gemakkelijk te bereiken ware'. Na Luthers dood is het echter met Calvijns herenigingspogin-gen met de Lutheranen volstrekt op een mislukking uitgelopen.
Calvijn had geen hoge dunk van Luthers methode van exegese. Calvijn, wiens Bijbelcommentatoren één van de hoofdpeilers van zijn werk vormen, heeft over Luthers exegese opgemerkt: 'Luther bekommert zich niet zoveel om de eigenlijke betekenis van de woorden of het historisch verband; hij heeft er genoeg aan, als hij er maar een vruchtbare leer aan kan ontlenen'.
En als iemand aan Calvijn vraagt of een huwelijk tussen zwager en schoonzuster wel geoorloofd is en dan naar één van Luthers preken verwijst, antwoordt Calvijn: 'Luther was nog een tamelijke nieuweling en slecht geoefend in de Schrift, toen hij deze preek hield, die u aanvoert'.
Bij zijn hoge waardering voor Luther - Luther is degene die het pausdom aan het wankelen heeft gebracht - blijft Calvijn toch volstrekt zelfstandig: 'Indien velen Luther en anderen ook gevleid hebben, ik behoor niet tot hen … ik heb steeds mijn vrijheid bewaard'.
In het wezenlijke zag Calvijn geen verschil met Luther. Hij ziet het als zijn belangrijkste taak de reformatorische arbeid, die Luther begonnen is, voort te zetten.