Terwijl Luthers dood een algemene ontroering teweegbracht en de vrienden van het Evangelie tot grote droefenis stemde, had het godsdienstgesprek te Regensburg de 27e januari 1547 een aanvang genomen. Dit begin was echter verre van verblijdend. De geestelijke Malvenda gedroeg zich als een trots en eigenzinnig priester. Hij diende negen stellingen in over het artikel van de rechtvaardigmaking” die van dien aard waren, dat de Evangelischen ze onmogelijk konden aannemen. Zij verklaarden daarom in een protestatie, dat zij begeerden bij de Augsburgse Confessie te blijven, die zij voor de ware, Katholieke, Christelijke leer hielden. Daarmee stemden de Wittenbergers overeen, die de keurvorst schreven: "Dr. Martinus heeft ons een schoon kleinood nagelaten, het rechte verstand van de Christelijke leer, dat wij gaarne onze nakomelingen zouden overdragen. Daartoe schenke God ons genade en zijn Heilige Geest!"
Te Regensburg legden echter de keizerlijken aan de Evangelischen tal van moeilijkhe-den in de weg. Over 't algemeen bleek het steeds duidelijker, dat het gehele gesprek slechts een spiegelgevecht was en dat de keizer zich vast had voorgenomen, om de knoop met het zwaard door te hakken. Hij zei dit niet ronduit, want Karel was een man, die zijn gedachten op sluwe wijze wist te verbergen. De keurvorst doorzag echter zijn bedoeling en gelastte de godgeleerden, het gesprek te staken, waaraan zij in het begin van april werkelijk gevolg gaven.
Omtrent die tijd stelde Melanchthon in naam van de godgeleerden een bevredigings-geschrift op, waarin de tegenweer tegen de keizer voor een dure plicht werd verklaard.
"Want wanneer het zeker is, dat de keizer deze staten wegens de godsdienst wil gaan beoorlogen, dan lijdt het geen twijfel, dat zij gelijk hebben, wanneer zij zichzelf en de hunnen ernstig met Gods hulp beschermen en weerstand bieden."
Toen hij nu de 5e juni te Regensburg de rijksdag had geopend, verklaarde hij de Protestanten, die hem naar de oorzaak van zijn krijgstoerustingen hadden ondervraagd: "Omdat ik op Goddelijke weg de vrede in Duitsland niet kan herstellen, moet ik tegen de oproerigen met keizerlijk geweld optreden." De paus verenigde zich met hem en maakte het verdrag openbaar, waarin ronduit over de uitroeiing van de ketters wordt gesproken.
Dientengevolge schreef Melanchthon de 25e juni aan Amsdorf: "Het is zeker, dat de keizer tegen de keurvorst van Saksen en de landgraaf een groot heir toerust. Reeds zijn vele troepen nabij Geldern bijeen; ook verwacht men troepen uit Italië, die de paus zal ondersteunen. Hij maakt er geen geheim meer van. Want hij heeft de afgevaardigden van de steden te Regensburg vermaand, de hertog van Saksen niet bij te staan. Maar de steden hebben moedig verklaard, dat zij de verbonden vorsten in 't gevaar niet zouden verlaten. Dit, wat aangaat het begin van de krijg. Gelijk echter God het huis van de weduwe van Sarepta heeft beschermd, zo moge Hij, dat is mijn gebed tot God, onze vorsten beschermen, die in het regiment rechtvaardig zijn en aan de kerken zowel als aan de beoefening van de leer vele diensten bewijzen."
Omdat het verdrag van de keizer en de paus bekend was gemaakt, traden de Evangelischen daartegen op met een geschrift, waarin zij verklaarden, dat de keizer, aangezet door de Roomse antichrist, de oorlog slechts had ondernomen, om de godsdienst en de Duitse vrijheid te onderdrukken; terwijl de keizer zelf als oorzaak opgaf de ongehoorzaamheid van de vorsten, die zich daarin bovenal had geopenbaard, dat zij de bisschoppen in hun rechten aangetast, de monniken weggejaagd en de hertog van Brunswijk gevangengehouden hadden.
De paus schreef overal openbare gebeden tot uitroeiing van de ketters voor.
Geen wonder, dat de Evangelischen zich op allerlei wijzen voor de krijg toerustten.
Melanchthon gaf Luthers voortreffelijk geschift: "Waarschuwing aan zijn lieve Duitsers" opnieuw uit met een voorrede, waarin hij schreef: "Dat alle godvruchtigen in de Duitse landen dit thans ernstig overwegen en zich herinneren, wat zij Gode in deze ontzettende krijgstoerustingen verschuldigd zijn. Want, nadat het duidelijk is geworden, dat de paus in deze oorlog met geld en krijgsvolk helpt, lijdt het geen twijfel, dat het er hem bovenal om te doen is, om de rechte leer, die in onze kerken gepredikt wordt, uit te roeien; om zijn afgoderij en dwaling met bloedvergieten en moord en eeuwige verwoesting van de Duitse natie en verscheuring van de keurvorstelijke en vorstelijke huizen weer op te richten en voor altijd te bestendigen."
Hij wekte tot tegenweer op en zei: "Het verwondert mij zeer, dat wijze lieden er zich toe hebben laten bewegen, om deze oorlog te beginnen. Maar het is niet slechts mensenwerk; de duivelen woeden en willen gaarne nog groter verwoesting en ellende in de Christenheid veroorzaken. Ik smeek echter alle godvruchtigen, dat zij met ernst de Heere bidden, dat Hij Zijn kerk, waarin de rechte leer wordt gepredikt, genadig moge bewaren. Ten andere moeten ook alle godvruchtigen zich herinneren, dat een ieder naar zijn stand en vermogen schuldig is, om de rechte Christelijke leer te dienen.
Daarvoor leven wij bovenal en kunnen wij in dit leven niets beters doen."
De 20e juni verscheen de keizerlijke rijksban tegen de keurvorst van Saksen en de landgraaf van Hessen, de twee hoofden van. het Smalkaldisch verbond.
Daarbij kwam nog, dat hertog Maurits van Saksen, door eerzucht geprikkeld, aan zijn bloedverwant, de keurvorst, ontrouw werd en de zaak van de Evangelischen in 't algemeen verraden dorst. Hij koos de zijde van de keizer. Nog eer deze echter zijn troepen had bijeengetrokken, stonden reeds de Evangelischen met veertigduizend man in juli slagvaardig aan de oevers van de Donau. Met een slag had men de oorlog kunnen beëindigen, wanneer men gehoor had gegeven aan de raad van de krijgskundige veldoverste S. Schärtlin, om met enige honderden ruiters de keizer te Regensburg te overvallen en tot de vrede te dwingen. Maar men talmde, totdat de keizer zijn troepen bijeen had en naar Zwaben doordrong. Toen nu de Evangelische vorsten vredesvoor-lagen deden, eiste de keizer van hen onderwerping op genade of op ongenade. Horende, dat hertog Maurits de partij van de keizer had gekozen, omdat deze hem de keurvorstelijke hoed had toegezegd, keerden zij naar hun landen terug, om deze te beschermen tegen hem, die reeds de ene stad na de andere had ingenomen.
Dat was voor de keizer gewonnen spel. Hij onderwierp en brandschatte de bonds-steden in Zuid-Duitsland en aan de Rijn, verootmoedigde de ouden hertog Ulrich van Würtemberg en ontzette de grijze aartsbisschop van Keulen van zijn ambt. Zo kon hij, in de rug gedekt, de oorlog naar de landen van de twee bondsvorsten overbrengen.
Terwijl de keizer in Zuid-Duitsland en langs de Rijn optrad, was de keurvorst Johann Frederik met twee duizend man in Thüringen verschenen en had het weldra van Mau-rits' heirbenden gezuiverd. Bij Altenburg behaalde hij over deze en de markgraaf Albrecht van Brandenburg, die hij gevangen nam, een zegepraal. Hoe geheel anders zou het zijn gegaan, indien hij zich deze ten nutte had gemaakt! Maar hij liet de tijd ongebruikt voorbijgaan.
Dat tijdens deze gebeurtenissen de universiteit en de scholen zich niet in een bloeiende toestand bevonden, is gemakkelijk te begrijpen. Toen de troepen van Maurits aanrukten, hield men het voor goed, de universiteit te Wittenberg tijdelijk op te heffen. De markgraaf Joachim bood Melanchthon een toevluchtsoord aan. Velen vluchtten naar Maagdenburg. Melanchthon koos Zerbst, waar hij gastvrij werd
opgenomen. Terwijl het er zo donker uitzag, werd de toestand plotseling beter, toen de keurvorst naar zijn land terugkeerde, na het van de vijanden gezuiverd te hebben. Ook Melanchthon keerde naar Wittenberg terug, maar slechts voor korte tijd. Weldra zou hij treurige dingen beleven. Nog treurend over het verlies van zijn met Sabinus gehuwde dochter Anna, die de 26e februari in de bloei van haar jaren stierf, was hij getuige van het ontzettend ongeluk, dat de keurvorst trof. Nadat de keizer zich met de hertog Maurits en zijn broeder Ferdinand te Egra had verenigd, rukte hij met zeven en twintig duizend man Saksen binnen. Zijn ruiterij haalde de naar Wittenberg vluchtende keurvorst in en te Mühlberg kwam het de 24e april tot een beslissender slag. Op de Lochauer heide werd hij na een dappere tegenstand gevangengenomen. De keizer ontving hem zeer ongenadig en liet hem met de gevangen hertog Ernst van Brunswijk-Lüneburg naar het leger voeren. Aldaar sprak hij het doodvonnis over de keurvorst uit, die deze boodschap met grote zielskalmte hoorde. Omdat de keizer het echter niet wagen dorst, dit vonnis te voltrekken, veranderde hij het in altoosdurende gevangenschap. Met standvastigheid wees de keurvorst de besluiten van het concilie van Trente terug. Dientengevolge werd de trouweloze Maurits in zijn plaats met het keurvorstendom begiftigd.
Diepe smart vervulde Melanchthons hart, toen hij te Zerbst die treurmare hoorde. Aan Cruciger schreef hij de 1e mei: "Wanneer ik zoveel tranen zou kunnen vergieten, als er water stroomt in de Elbe, toch zou ik mijn smart over de nederlaag en de gevangenschap van de keurvorst, die de kerk en de gerechtigheid heeft liefgehad, niet kunnen uitwenen. Maar er zijn nog andere dingen, die mijn droefenis vermeerderen.
Met de gevangene heeft mijn hart diep medelijden. Ik voorzie echter een verandering van de leer en een nieuwe verwoesting van de kerken. Want welk een sieraad gaat onder met de verstrooiing van onze universiteit! Voorwaar, wanneer men zich nog zou kunnen bedenken, leefde en stierf ik liever bij u en uw altaren, dan in deze verbanning rond te dwalen, waarin dagelijks mijn krachten wegkwijnen."
Daar de Spaanse en Italiaanse soldaten op gruwelijke manier huishielden, hield hij Zerbst niet langer voor een veilig toevluchtsoord. Hij begaf zich met zijn familie naar Maagdenburg, waar hij Luthers weduwe aantrof, die op het punt stond om naar Denemarken te reizen. Hij begeleidde haar tot Brunswijk, vanwaar hij na enige tijd naar Nordhausen vertrok. Daar woonde een trouwe vriend, de burgemeester Meienburg, wie hij korte tijd tevoren had geschreven: "Deze brief schreef ik op een gelukkige dag, waarop 's Heeren hemelvaart wordt gevierd. Toen dacht ik aan de troostwoorden, die op deze dag worden gelezen. De Zoon van God is nog altijd gezeten aan de rechterhand van Zijn Vader en deelt Zijn gaven aan de mensheid uit.
Hij zal dus ook ons, wanneer wij er Hem om bidden, gaven schenken, en Zijn kerk be-schermen en bewaren."
En in dat vertrouwen werd hij niet beschaamd. Hoewel de universiteit van Tübingen hem beriep, hing zijn hart aan Wittenberg. "Ik gevoel", zo schreef hij de 5e juni aan een vriend, "in mijn borst en in mijn binnenste een grote liefde tot mijn nestje aan de Elbe en tot de vrienden, die daar in de nabijheid wonen, zodat ik mij slechts met de grootste smart van hen zou kunnen losrukken. Daarom hoop ik binnenkort weer derwaarts te mogen terugkeren."
Dat verlangen werd spoedig bevredigd. In het begin van juni ontving hij van zijn landsman, de keizerlijke secretaris Obernburg het bericht, dat hertog Maurits met de keurvorstelijke waardigheid bekleed en van plan was, om de universiteit van Wittenberg te herstellen. Cruciger nodigde tegelijkertijd de hoogleraren uit, derwaarts terug te keren.
Reeds de 8e juni gaf Melanchthon als zijn wens te kennen, naar Wittenberg of Dessau te gaan, om er met zijn vrienden over te beraadslagen. Aan de zonen van de gevangen keurvorst was een deel van zijn landen met Weimar, Jena, Eisenach, Gotha en andere plaatsen gelaten; en naar het schijnt, had de vader de wens geuit, om te Jena een nieuwe universiteit te stichten. De jeugdige hertogen was er dus niet weinig aan gelegen, om bovenal Melanchthon voor de nieuwe hogeschool te winnen.
De oudste schreef hem een dringende brief, die reeds de 9e juni 1547 werd beantwoord. Melanchthon schreef: "Zonder uw voorkennis zal ik niet uit uw landen weggaan. Ik wil u liever in armoede dienen, dan op andere plaatsen in rijkdom leven, hoewel mij andere betrekkingen zijn aangeboden. Ik ben ook van plan, binnenkort weer een reis naar Wittenberg te doen." Tegelijkertijd ontving hij van zijn vrienden aldaar een uitnodiging om spoedig te komen. Hij spreekt zich in een brief aan een vriend aldus uit: "Ik heb de universiteit lief als mijn geboortegrond, omdat ik daar met geleerde en eerzame ambtsbroeders op 't innigst samen heb geleefd en wij de leer van de noodzakelijkste dingen met gematigde ijver hebben uitgebreid. De zoon van de gevangen vorst heeft slechts zoveel van mij verlangd, dat ik mij niet uit deze streek verwijder, zonder hem vooraf mijn mening mede te delen; en wanneer er voor mij ook maar een plaatsje in een kleine school in zijn gebied mocht zijn, wil ik hem niet ongaarne dienen. Want ik denk niet aan een schitterende positie, maar aan mijn graf."
Dat men de bedoeling had, te Jena een universiteit te stichten, hoorde hij eerst nu; en hij schreef daarom de hertogen: "Ik wil naar Weimar komen, om uw vorstelijke genade verder te horen en haar tevens mijn eenvoudige en onderdanige mening te zeggen." Uit onderscheidene in die tijd geschreven brieven blijkt duidelijk, dat hij het voornemen koesterde, zich nergens anders neder te zetten, dan waar hij met zijn oude vrienden en ambtsbroeders kon leven en arbeide. "Dat zal ik voor mijn vaderland houden, waar deze zich zullen bevinden."
Toch begaf hij zich naar Weimar, waar het hem echter duidelijk werd, dat men wel hem, maar niet zijn andere vrienden te Jena wilde aanstellen. Zonder zich nu bepaald uit te spreken, wilde hij naar Zerbst gaan, om met Schurf, Eber en andere vrienden ruggespraak te houden. Te Merseburg ontving hij echter brieven van George van Anhalt en Cruciger, die hem naar Leipzig riepen, waar zich ook hertog Maurits bevond, die de Wittenbergse godgeleerden en bovenal Melanchthon wenste te spreken. Aanstonds reisde de laatste derwaarts.
En horen wij nu Bugenhagen verhalen, wat toen plaats vond: "Aldaar kwam Melanchthon tot ons, waarover wij uitermate verheugd waren en God dankten. Mijn genadige vorst Maurits betaalde alles voor ons en vereerde ons met bijzondere gaven en geld. Hij verklaarde, dat hij zich op generlei wijze wilde laten verleiden tot de pauselijke misbruiken, die tegen Gods Woord en het lieve Evangelie van Jezus Christus strijden. Daarom moesten wij voortgaan, om het reine Evangelie van Jezus Christus te leren en al zulke misbruiken, ook andere dweperij en dwaling te ver-doemen. Ons beval echter zijn keurvorstelijke genade, dat wij de hoogleraren van de Wittenbergse universiteit weer moesten samenroepen, om voorlezingen te houden en het kerkelijk Consistorie in orde te brengen."
Vol blijdschap keerde nu Melanchthon naar Wittenberg terug, na ene roeping naar Leipzig te hebben afgewezen. "Hoelang ik", zo schrijft hij aan Camerarius, "daar zal blijven, weet ik niet"; en aan Aurifaber: "U zijn de oude verhalen bekend, hoe moeilijk het is verwoeste steden weer te herstellen. Hoe menigmaal is de opbouw van de tempel te Jeruzalem na de terugkeer van het volk uit Chaldea verhinderd. Zo zal ook onze universiteit, al is het ook langzaam, wellicht weer opgericht worden; ik hoop, dat het met Gods hulp zal geschieden."
De vorst beloofde voor nieuwe inkomsten te zullen zorg dragen, hetgeen dan ook volstrekt nodig was, daar de hogeschool weinige landerijen bezat. Hoewel het met de herstelling zeer langzaam vooruitging, had Melanchthon geen vrijmoedigheid om Wittenberg te verlaten. "Wanneer deze universiteit", zo schreef hij aan Meienburg,
"niet hersteld wordt, zal in de kerken een grote barbaarsheid insluipen, hetgeen God genadig moge verhoeden."
De 12e augustus reisde hij met Eber naar Dresden, om met de kanselier Cummerstadt over de inkomsten van de universiteit te beraadslagen. Een bepaalde toezegging kon hij echter niet verwerven. Eerst in oktober werd de universiteit weer hersteld, zodat hij nu eerst met zijn familie, die zich nog altijd te Nordhausen ophield, naar Wittenberg kon vertrekken.
Door te Wittenberg te blijven in de dienst van de trouweloze hertog Maurits, kwam hij in een slechte reuk bij de vrienden van de gevangen keurvorst en diens zonen, die te Jena een universiteit stichtten.
En ware het dan ook niet eervoller geweest, wanneer hij naar Jena ware gegaan? Men kan die vraag in een ontkennende en in een bevestigende zin beantwoorden. In elk geval is het nodig op de beweegredenen acht te geven, die hem in deze hebben bestuurd. In onderscheiden brieven aan zijn vrienden heeft hij die stap gerecht-vaardigd.
Zo schreef hij de 29e augustus aan de predikant Aquila te Saalfeld: "Omdat er hoop bestond, dat onze universiteit hersteld zou worden en mijn ambtsbroeders mij dringend baden om terug te keren, hebben mij de naam van de universiteit, de samenwerking met de ambtsbroeders, de verlatenheid en druk van deze kerk, waarop vele volken tevoren hun ogen richtten, tot terugkeer bewogen. Dat onze stad niet geheel is verwoest, kwam mij voor een bijzondere genade van God te zijn en ik hield het tevens voor genade, wanneer de universiteit weer werd opgericht. Hoewel ik weet dat velen mij daarom belasteren en smaden, antwoord ik toch niets. Ik vraag alleen, dat men mij mijn smart vergeve. Een ziek gemoed, zegt Ennius, bevindt zich altijd in dwaling. Ik heb daarom in mijn al te grote droefheid een onstuimig verlangen naar mijn oude vrienden gekoesterd, met wie ik zolang samen heb gearbeid aan één en hetzelfde werk. Ook heb ik bij de ongunstige tijdsomstandigheden wel te veel gehoopt, toen ik de herstelling van de universiteit voor mogelijk hield. In elk geval heb ik noch een goed leven, noch schatten gezocht. Ik leef hier als een vreemde op eigen kosten, in algemene treurigheid en gebed, en geen dag gaat zonder tranen voorbij."
Omdat men de verdenking koesterde, dat men te Wittenberg van de Waarheid zou afwijken, liet hij zich jegens dezelfde vriend op de volgende wijze daarover uit: "Als men zegt, dat de predikers hier van de leer afwijken, dan doet men deze kerk, die zich reeds in zulk een grote droefenis bevindt, groot onrecht aan. Eenstemmig weerklinkt door Gods genade in de stad Wittenberg de stem van het Evangelie, evenals voor de krijg. En bijna iedere week worden dienaren van het Evangelie in 't openbaar ge-ordend en naar de naburige landstreken gezonden. In deze week zijn nog zes vrome en geleerde mannen uitgezonden, die allen, gelijk weleer, belijden, hun toehoorders het reine Evangelie te willen verkondigen. Gelijk vroeger gaat ook thans een nauwgezet onderzoek vooraf. De zaak zelf bewijst dat wij, wat de leer aangaat, niets hebben
Omdat men de verdenking koesterde, dat men te Wittenberg van de Waarheid zou afwijken, liet hij zich jegens dezelfde vriend op de volgende wijze daarover uit: "Als men zegt, dat de predikers hier van de leer afwijken, dan doet men deze kerk, die zich reeds in zulk een grote droefenis bevindt, groot onrecht aan. Eenstemmig weerklinkt door Gods genade in de stad Wittenberg de stem van het Evangelie, evenals voor de krijg. En bijna iedere week worden dienaren van het Evangelie in 't openbaar ge-ordend en naar de naburige landstreken gezonden. In deze week zijn nog zes vrome en geleerde mannen uitgezonden, die allen, gelijk weleer, belijden, hun toehoorders het reine Evangelie te willen verkondigen. Gelijk vroeger gaat ook thans een nauwgezet onderzoek vooraf. De zaak zelf bewijst dat wij, wat de leer aangaat, niets hebben