Nucleotide excision repair at the single-molecule level : analysis of the E. coli UvrA protein
Wagner, K.
Citation
Wagner, K. (2011, February 17). Nucleotide excision repair at the single-molecule level : analysis of the E. coli UvrA protein. Retrieved from https://hdl.handle.net/1887/16502
Version: Not Applicable (or Unknown)
License: Leiden University Non-exclusive license Downloaded from: https://hdl.handle.net/1887/16502
Note: To cite this publication please use the final published version (if applicable).
Curriculum Vitae
CURRICULUM VITAE
Koen Wagner was born July 30, 1980 in IJmuiden, The Netherlands.
In 1998, he graduated Gymnasium at Gymnasium Haganum, Den Haag. In the same year, he started studying Chemistry at Leiden University. During his studies, between October 2001 and October 2002, he held the position of Assessor at the association for Chemistry students at Leiden University, better known as CDL (Chemisch Dispuut Leiden). After finishing his master’s project, describing the oncogenic character of the 14-3-3 zeta gene, he obtained the Master of Science degree in August 2004.
December 2004, he started a PhD project at the department of Molecular Genetics at Leiden University, characterizing the activity of the UvrA protein with single-molecule microscopy.
This project was carried out under supervision of Dr. Nora Goosen and Prof.dr. J. Brouwer.
The results of his scientific work are summarized in this thesis.
Currently, he is employed as Protein Scientist at AIMM Therapeutics (Amsterdam, the Netherlands).
LIST OF PUBLICATIONS
Wagner, K., Moolenaar, G.F. and Goosen, N. (2010) Role of the two ATPase domains of Escherichia coli UvrA in binding non-bulky DNA lesions and interaction with UvrB. DNA Repair, 9, 1176-1186
Wagner, K., Moolenaar, G., van Noort, J. and Goosen, N. (2009) Single-molecule analysis reveals two separate DNA binding domains in the Escherichia coli UvrA dimer. Nucleic Acids Res., 37, 1962-1972
Niemantsverdriet, M., Wagner K., Visser, M. and Backendorf, C. (2008) Cellular functions of 14-3-3 zeta in apoptosis and cell adhesion emphasize its oncogenic character. Oncogene, 27, 1315-1319
Dankwoord
DANKWOORD
Met het schrijven van deze woorden komt een einde aan 12 jaar studeren en werken op het Gorlaeus. Het waren twaalf mooie en soms lange jaren, waarin ik veel heb geleerd, gezien en meegemaakt.
Het een en ander was nooit gelukt zonder een aantal mensen, die hier graag voor wil
bedanken. Ten eerste wil ik Jaap Brouwer bedanken voor het wekken van mijn interesse voor de Moleculaire Biologie, iets wat eigenlijk altijd is gebleven. Daarnaast wil ik ook Claude Backendorf en Maarten Niemantsverdriet nog bedanken; tijdens mijn stage hebben jullie op het wetenschappelijke pad gezet en dit proefschrift is hiervan een direct gevolg.
De beschreven experimenten waren nooit gelukt zonder de toegewijde hulp van Nora Goosen en Geri Moolenaar, en dat geldt zeker ook voor het schrijven van dit proefschrift zelf. Nora, bedankt voor de wetenschappelijke begeleiding, het interpreteren van mijn schrijfsels en natuurlijk ook voor de koffie, de stroopwafels enz. Geri, bedankt voor de schat aan
experimentele ervaring en je doorzettingsvermogen, en ook nog eens voor een tikje mentale ondersteuning.
Daarnaast wil ik ook John van Noort nog bedanken voor de assistentie bij de single-molecule experimenten. In mijn promotieperiode heb ik 101.642 (honderd-en-één-duizend
zeshonderdtweeënveertig) eiwit-complexen, waarvan 16.305 (zestienduizend driehonderdvijf) UvrA-DNA complexen, geteld op ongeveer vierduizend AFM-plaatjes. Dit was nooit gelukt zonder SPMeditor. Bedankt voor het schrijven van dit programma en veel succes met jouw onderzoeksgroep!
Dan wil ik ook nog mijn collega’s bij MolGen niet onvermeld laten. Erik, zonder jou erbij zou de hele promotietijd een stuk minder leuk zijn geweest en ik zal de tijd die we samen beleefd hebben nooit vergeten. Marta, bedankt voor het helpen bij de bureaucratische aspecten van deze promotie. De MolGen-keuken en Jan Sira, bedankt voor het maken van de vele buffers en het in orde maken van de pipetten. Remus, veel succes met je onderzoek en bedankt voor de nuttige discussies. Patrick, bedankt voor de vele bijzonder gewaardeerde flauwe
woordgrappen en tot ziens op jouw promotie! Mohamed, thanks millions for listening to the
Dankwoord
Ook wil ik mijn stagiair-studenten bedanken: Sophie, Gert-Jan, Regis en Kim, ik vond het leuk om jullie te mogen begeleiden. Ook Femke, Jeffrey, Auke en Mia wil ik graag bedanken voor hun werk aan UvrA. Veel succes met de studie en jullie verdere loopbaan!
Natuurlijk moet ik nog de ama´s (Arjan, Jasper, Paul en Trudie) bedanken, omdat ze nu eenmaal alles hebben wat op een andere plek kwijt, op of leeg is.
De groep van Gijs Wuite en Erwin Peterman ben ik erkentelijk voor het beschikbaar stellen van meettijd op de OptiTrap. Andreas, Andrea en Peter, bedankt voor het bedienen van de OptiTrap en de hulp met de interpretatie van de resultaten.
Ten slotte wil ik graag de groep van John van Noort nog even noemen: Bram, Thijn, Wiepke, Maarten, Fan-Tso, Ruth en Joke, bedankt voor het wegwijs maken op een vreemd lab vol met fysici.
Also, I would like to thank Alexander Korobko once more for helping me to get out of the lab at July 28, 2010.
Femke Frietema wil ik graag nogmaals bedanken voor het proeflezen van het manuscript en het ontdekken van de allerlaatste tekst- en spelfouten.
Daarnaast zijn ook vele anderen die, zonder het misschien zelf door te hebben, een onmisbare bijdrage geleverd hebben aan het tot stand komen van dit proefschrift, simpelweg door in de buurt te zijn om een hart onder de riem te steken. Hiervoor wil ik mijn ouders, mijn zusjes, mijn familie en natuurlijk Keti bedanken. Keti, zonder jou was het nooit gelukt om ook maar in de buurt van een dokterstitel te komen.
Ана, Красимир и Китанка, Благодаря за всички!
Daarnaast wil ik dan ook nog de volgende mensen en instanties graag bedanken voor hun hulp bij de totstandkoming van dit proefschrift: Ruben Musson (geweldig dat je mijn paranimf wilde zijn en bedankt voor het helpen met de layout), Hong Bui, Agata Meglicz, Joris Kuipers, Dhiredj Jagesar, Georg Stockinger, Rinske Hulsker, Gerhild Zauner, Florien de Brouwer, Wilbert Vermeij, Hanna Lindfors, Kick Moors, Marian van Kesteren, Maarten van Es, Federica Galli, Fred Kranenburg, ‘AFM-Frankie’ Wiertz, de Netframe-crew, de Peli- bridgers, de 100-handen drivers, Bridgeclub ADG, Albert Basegaña, Lionel Puget, Bal, Tijn, de Amici T.A.E.N.I.Ae, het CDL, mijn collega’s bij AIMM Therapeutics, Ivaylo Stoykov, Petar ‘Pesho’ Angelov, Dimitar ‘Mityo the Miracle’ Prodanov, Stella Tkachova, Dilyana Georgieva, Massi en de band (voor/wel niet spelen?), Cristiana Costa, Dimitri Bulykin, Paolo Bettini, Martijn Risseeuw en tot slot natuurlijk Dennis en de dames van de kantine.
(Mocht ik, per ongeluk, nog iemand vergeten zijn dan zal ik niet nalaten zijn/haar naam in de 2e druk alsnog toe
Dankwoord
All right, met het schrijven van deze woorden is dit proefschrift dan toch echt klaar. Ik hoop dat jullie allen ervan genoten hebben. En degenen die alleen maar het dankwoord en de inhoudsopgave gelezen hebben, blader nog eens terug, wie weet steek je er nog wat van op ☺ (en anders mag je me er altijd naar vragen).
- Koen
