Cover Page
The handle http://hdl.handle.net/1887/19776 holds various files of this Leiden University dissertation.
Author: Runtuwene, Vincent Jimmy
Title: Functional characterization of protein-tyrosine phosphatases in zebrafish development using image analysis
Date: 2012-09-12
Introduction
1
ͷϔ
ϐ
ǡǡ
ȏͳǦ͵ȐǤ ϐ
Ǥ ǡϐǡ
ȏʹǡͶȐǤ ǡ
ǡ ǡ
!"#$%!&'Ǥǡ ǡ
Ǥǡȋ͵Ȍǡ
ȏͶȐǤϐ
ϐ ǡ
ϐ Ǥ
ȋȌ ϐ
ȏͷȐǤ ǡ ǡ
Ǧ ǡ ǡ
Ǥ
ȋ Ȍ
ϐ ȏǡȐ ǡ
Ǧϐ ϐ
ȏͺȐǤ ǡǡ
ϐϐȏͻȐǤ
ϐ ϐ
ϐǡ ǡ
ȏͳͲǡͳͳȐǤ ǡ
ϐ ȋȏͳʹȐȌǡ
ȋȏͳ͵ȐȌǡ
ǡ ǡ Ǥ
ϐǦ
ȋȌǤ
ϔ
Ǥ
ǡ ȏͳͶȐǤ
ǡϐ ǡ
Ǥ Ǥ
ǡ
ϐ Ǥǡ
!
ͳʹͺǦ ǡ ǡȋ
Ȍ Ͷ
Ǥ ǡ ǡ
Ǥ
ͷͲΨǡ
ȏͳͷȐǤ
ǡϐ
Ǧ
ϐ Ǥ
ǡ ǡ
Ǧȋ ǤͳǦȌȏͳͶȐǤ
ͷͲΨǡ ǡ
ǡ Ǥ
ǡϐ
Ǥǡ
ǡǡ
ȋ ǤͳȌǤǡ ǡ
ȋ ǤͳȌǤ
Ͷ ǣ ǡ ǡ ȋ Ǥ ͳ
ǦȌǤ ȋ Ǥ ͳ ǡ Ȍ
ǡ
ȋ ǡ
ǡ ȌǤ
ȋ Ǥͳ ȌǤ
ǡǯǡ
ǡϐ
Ǧȋ ǤͳȌȏͳǦͳͺȐǤ
ǡ
ǡȋ Ǥͳǡ
ȌǤ ǯ Ǥ
ȋȌ
ȋ Ȍ
ȋȌȋ ǤͳǦǢ ǡǢǡ
ȌǤǦ Ǧ
Ǥ
ǡ
ȋ ǤͳǡǢȌȏͳͻȐǤ
Ǥ
ϐ Ǥ
ǡ
Ǧ
ȏʹͲǦʹʹȐǤ Ǧǡ
Ǥǡ
Ǥ
ǡ
ǡ
Ǥ
ȋȌǡ
ϐ
Ǥ
!"#$%&#"#'%&()*#+,-.-)/&+01&2)
34"5"/0'(&) 67(&#"8&5+749))
Ȁ ǡ
ǡ ȏʹ͵ǦʹͺȐǤ
ϐ5+4&:'56;5)<5+:6=,)>&#)
?"80)ȋ>Ȍ@)A4'BB(7C)<AB=ǡC'507>7(7C)<C50)C>(=ǡǡ5+&442)#'80+ȋ5+&#ȌȀϔ
ȋA6'Ȍǡ/4'%D(7ȋ/DȌǡC'78")ȋC8"Ȍȏʹͻǡ͵ͲȐǤ
ǡ ȏ͵ͳǦ͵͵ȐǤ
34"5"/0'(&) Ǧ
ȋ ǤʹȌǤϐ
ǡ Ǧ
Ǥ
Ǥ
ǡ
ȏ͵ͳǦ͵ͶȐǤ ǡ
ǤE+:6)/D)
ABǡC>(@)C8"ȋ ǤʹȌǤF6'
ǤC&%05";5) ȋC5Ȍ))A";4$G"'#+7C)ȋϔȌϐǡ
!
ȂǤ!"ǡ
ϔȋ ǤʹȌ#
!"$%&'ȋ$&Ȍǡ
Ǥ
ȋ ǤʹȌȏ͵ͷǡ͵ȐǤ'
ǡ
ȏ͵ͷǡ͵ȐǤ
ȏ͵ͺȐǤ
ǡ !()")*+,-%'
ǡ
Ǥ !()")*+,-%
ǡ
Ǥ
Ǥ
Ǧǡ
ȋ ǤʹȌǤ
ȏʹͷǡ
!"#$%&'()'*+,-%$.+-"/0',-+#&'1+-&'2+3,'+04'2/%35/#&0&-"6'2/7&2&0-,8ȋȌǡ
ȋȌǡȋȌǡȋȌ Ǥ
ǦǤǣͷͲΨȋͷȌǤ
ǦǤ
Ǥ ȏͳͲͷǦͳͳͲȐǤ
ǡϐȏͳͳͳȐǤǣ
ȋȌǡ
ǡȏͳͳͳȐǤǦ
ǤǣͻͲΨȋͻȌǤ
Ǥ
ȏͳͳʹȐǡϐȏͳͳͳȐǤǣȋͳͲȌǤ
ȋ ǤȌǤϐȏͳͳͳȐǤ
ǣ ʹͶ Ǥ ȋǡ Ǧ
ǡǡǡǡ Ȍ
ȋǦȌȏͳͷǡͳͲǡͳͳͲȐǤ Ǥ ǣ ͷͲΨǦ
Ǥ ȋȌȋȌ Ǥǣ
ǤȋȌǡ ȋȌȋȌ
Ǥǣ ͻͲΨǤȋȌǡ Ǧ
ȋȌȋȌ Ǥǣ
Ǥ ȋȌȋȌ Ǥǣ
ǡǢǡǢǡǢǡǢǡǢǡ Ǣǡ Ǣǡ
ǢǡǢǡǢǡǤ
!
͵ͻǦͶ͵ȐǤ!"#$#%&'()
ǡ
*!"#$#%&'() ǣ
ǡȋ ǤʹȌǤ
ǡ
Ǧ ȏͶͶȐǤ*
+,-+,.*/0123*)45*56(1**56(7*ȏͶͷȐ
Ǧ
Ǥ
Ǧ ǡ
ǡ ͷͳͳ
`<
ȏͶǡͶȐǤͷͳͳ ǡ
ͳ ȏͶͺǡ ͶͻȐǤ ͳ
ǡ ʹȏͷͲǦͷʹȐǤǦ
ǡ Ǧ ǡ
ͳǡ Ǧ Ǧ
ȋ Ȍȋ Ǥ͵Ȍȏͷ͵ǡͷͶȐǤ
ǡ ǡǤǦ
ȏͳͻȐǤ
ǡ Ǧ
ǡ ǡ
ǡȋ ǤʹȌȏͳͻǡʹʹǡͷͷǦͷȐǤ
ǡ
ǡ
ȏͷͺǦͲȐǤ
ǡ
Ǥ
89&:"*%)9&;)<$
͵Ǥ
͵Ǧ Ǧ
ǡ Ǥ
ȏͳȐǤ
Ǥ
ǡ
Ǥ ʹΪȀ Ǧ Ǧ ǡǤ
Ȃ
ȏʹȐǤ
ǡ Ǧ
!"#$%&'()'*+,-,%'.&++'/0+,%"12'/,134,2Ǥǣ Ǧ
ȋȌǤȋȌȋȌ
Ǥǣ
ȋȌǡȋȌǡ ȋ ȌǡȋȌǡȋȌ
ȋȌǡ Ǧȋ Ȍǡ ȋ ȌǤ
ȋȌȋȌ Ǥǣ
ȋ Ȍǡ ȋ ȌǦǤ
ȋȌȋȌ Ǥǣ
ǡǡ ǡǡ Ǥǣ Ǧ
ǡǡ ǡ
ǤȋȌȋȌ Ǥ
!
ȏ͵ǡ ͶȐǤ
ȏͷȐǡȀȏȐǡ ǦͳȏȐǡ
ȏͺȐǡ ȏͻȐǡʹȏͲȐǤ
ͺϔ
Ǧ ǡ
ǡ
ǡ ǡ
ȏͳǦͶȐǤǡ
ǦȋȌȋȌ
ȏͷǦͺͲȐǤ
ϐ ǡ
Ǥ
ϐ ǡ
ȏͷȐǤǡ
ϐ
ȏͺͳȐǤ ǡ
ͳȏͺʹȐǡϐϐ
ȏͺ͵Ȑǡ ͳ ǡ
ϐ ȏͺͶȐǤ ǡͳ
"#$%&'( )*( +,-./0-,-#/01( 2-3( 4#$-01#-$(
5036708*ȋȀȌ Ǧ
ͳͳȋȌǦ
Ǥ Ǧ
ʹ ͷȀǤ ͳ
ͳǡ
Ǧ
Ǥ ʹ ͳ Ǧ
ǡ Ǧ
Ǥ
ǡʹͲͳ͵ǤͳǦͳ͵ǤʹȏͺͷȐǡϐ
ȏͺȐǤǡǡ
ȏͺȐǤǤ
ϐ ǡ
ϐǤ
ȏͺȐǤ
Ǥ
ǡ!"#$%&'(
Ǥ
ϐ
ǡ ǡ ϐ
Ǥǡ
ϐ ϐ
ϐ
ȋͺȌǤ ǡ
ϐȋ ǤͶȌǤ
ǡ ϐ ȏͺͺȐǤ
ȏͺͻȐǤ
ϐ
Ǥ ǡ Ǧ
Ͷͺ
ϐ
ǡ
ȏͺͺȐǤ ǡ
ǡ
ȏͻͲȐǤǡ ϐ
ϐǤ
ϐ ϐ ͳǤ !"#
)!)(# ͳʹͳ͵
ǡͳǡ
ǡ ȏͻͳȐǤ
ǡ ǡ
*%+",-ϐǡ ȏͺͺȐǤ
ǡ ǡ ǡ
ǡǤ ǡ
Ǥǡ
Ȃ ȋȌǤ
` ǡ ǡ ϐ
!
ǡ `͵ǡ ǡ Ǥ
`!
ȏͻʹȐǤ
!"!#$ǡ
ȏͻ͵Ȑǡ ϐ
ǡ ͵ȋȌǤ
Ǥ
ǡͷ ϐ
ǡǡϐ
ȏͻͶȐǤ%ʹǡ!"!#$%
&'&%%ǡ ǡ Ǥ
! ("!#)$*% s!"!#)+ȏͺͺȐ
Ǥ
Ǥ !"!#)$
ͶǤϐǤ
ϐǤϐϐ
Ǥ DzdzDzdzǤ
Ȁ Ǥǡ!"#$!%&#
'%'(&) ȏͻͷȐǤ ǡ
ǡ
'%'(&)Ǥ
ϐ ʹǡ '%'"**)ǡ
ȏͻȐǤǡ'%'"**+ǡϐȏͺͺȐǡ
Ǥʹ
ǡ!"#$!%&#Ǧ
ϐ Ǥ
ʹ
ǡ
ǡ ʹ
ȏͻȐǡ Ǥʹ
Ǧǡ ǡ
ǡ ȏͻȐǤʹ
ȏͻͺǡͻͻȐǤ
ǡ ǡ ǡ
Ǥǡ ʹ
ǡ ȏͻȐǤ
ϐ Ǥ
ͻ
! ϐ Ǥ
ǡǡ
ȏͳͲͲȐǤ
ϐ
Ǥǡ Ǧ
ǡ͵ǦͶǦȋȌǤ
Ǥ ǡ
Ǧ Ǥ
ǡǡ
ǡ
Ǥ
ȏͳͲͲǦͳͲͶȐǡ Ȁ
Ǥ
!
Ȁ ȏͳͻȐǤ ǡ
ǡ
Ǥ ǡ
ǡ
Ǥ
ǡ Ǧ ǡ Ǧǡ
Ǥ
ϐ
ǡǤ
ǡ ǡ
Ǥ
Ǥ
ǡ
Ǥ
ǡ
Ǧ ʹ͵Ǥ
ϐ Ǥ
Ͷǡ Ǧ ǦǦ
!"#$ǤǦ ǡ
Ǧ
ϐǤ ǡ ǦǦ ȋ
Ȍ ϐǦ
Ǥ
ͷǡ
ǡǡ
Ǥ
ǡ Ǥ
ǡ
ǡ%&'(%)* Ǧ
ǡϔ
Ǥ
+)+&,,-''+)+.*-Ǥ
ͳǤ ǡ Ǥ Ǥ ǤǤ ǡ ǣ Ǧ
ϐǤǡʹͲͲǤͺȋͷȌǣǤ͵ͷ͵ǦǤ
ʹǤ ǡǤǡǤǡϐǣ
Ǥ ǡʹͲͳͳǤͻ͵ȋʹȌǣǤ
ͳͳͷǦ͵͵Ǥ
͵Ǥ ǡǤǤǤǡ ǡǡ ǣ
ϐǤ ǡʹͲͳͳǤͻ͵ȋʹȌǣǤ
ͳͻͶǦʹͲ͵Ǥ
ͶǤ ǡ Ǥǡ ǣǡϐǤǡʹͲͲͲǤ
ͳȋ͵ȌǣǤʹʹͷǦ͵ͳǤ
ͷǤ ǡǤǤǤǡ Ǯ ǯ
ϐǤǡʹͲͲͲǤʹȋʹȌǣǤʹͳǦʹͲǤ
Ǥ ǡǤǡǤǡǦ ϐͳ
Ǥ ǡʹͲͲʹǤʹͻȋͷͷͺȌǣǤͻͻǦͳͲʹǤ
Ǥ ǡǤǡǤǡϐ Ǧ ϐǤ
ǡʹͲͲ͵Ǥͳ͵ȋͳʹȌǣǤʹͲͲǦǤ
ͺǤ ǡǤǡǤǡϐ
Ǧϐ Ǥ ǡʹͲͲͺǤʹȋȌǣǤͲʹǦͺǤ
ͻǤ ǡǤǡǤǡʹͲͳͳǤ ǡʹͲͳͳǤ͵ͻȋ
ȌǣǤͺͲͲǦǤ
ͳͲǤ ǡ Ǥ Ǥ ǡ Ǧ
Ǧ ϐǤ
ǡʹͲͲͺǤͶͳǣǤͷʹͳǦ͵ͻǤ
ͳͳǤ ǡǤ ǤǤǡǣ ǡ Ǧ
ǡ ϐǤǡʹͲͲ͵ǤʹͷȋͳȌǣ
ǤͳǦͳǤ
ͳʹǤ ǡǤǤǡ ǣ ϐ
ǤȋȌǡʹͲͳͲǤʹȋʹǦ͵ȌǣǤǦͻ͵Ǥ
ͳ͵Ǥ ǡǤǤǤǤ ǡǤǡʹͲͲǤ
ͳ͵ͲȋͷȌǣǤͺͶǦͻͷǤ ͳͶǤ
ǤǡʹͲͲͲǤͳ͵ͷǣǤͳͳ͵ǦʹͷǤ
ͳͷǤ ǡǤǤǡǤǡ ϐǤ
ǡͳͻͻͷǤʹͲ͵ȋ͵ȌǣǤʹͷ͵Ǧ͵ͳͲǤ
ͳǤ ǡǤǤǤǤǡǦ
ϐǤǡͳͻͻͲǤͳͲͺȋͶȌǣǤͷͻǦͺͲǤ
ͳǤ ǡ ǤǤǡǤǡϐǦ
ǤǡʹͲͲͷǤͳ͵ʹȋȌǣǤͳͳͺǦͻͺǤ
!
ͳͺǤ ǡ ǤǤǤǤǡ ǣ
ǤǡʹͲͲͶǤͳͶȋͳͳȌǣǤʹͲǦǤ
ͳͻǤ ǡ ǤǤǡ ǤǤ ǡ Ǥ Ǧǡ Ǧ
ǣ
ǫǡʹͲͲʹǤͳͺȋͻȌǣǤͶͶǦͷͷǤ
ʹͲǤ ǡǤǤǤ Ǥǡ Ǧ
ϐǣǦǤǦ
ǡͳͻͻͺǤͳʹͷȋȌǣǤͻͺ͵ǦͻͶǤ
ʹͳǤ ǡǤǤǡǤǤ ǡǤ Ǧǡ
ϐǤǡʹͲͲʹǤ
ʹͶ͵ȋͳȌǣǤͺͳǦͻͺǤ
ʹʹǤ ǡ ǤǡǤǡϐ Ǧ
ǤǡʹͲͲͳǤ
ͳȋʹȌǣǤʹͷͳǦͶǤ
ʹ͵Ǥ ǡ Ǥǡ Ǥǡ ǡ Ǧ
ǡ Ǥ
ǡʹͲͲͳǤͳͳȋͳͳȌǣǤͺͷͻǦ͵Ǥ
ʹͶǤ ǡǤǤǡ ǤǤǡǤǤǡ Ǥ
Ǧ ǦǤǡʹͲͲ͵Ǥ
ͷȋ͵ȌǣǤ͵ǦǤ
ʹͷǤ ǡǤǡ ǣǤ
ǡʹͲͳͲǤʹȋʹȌǣǤͲͲ͵͵Ǥ ʹǤ
Ǥ Ǧ
ǡͳͻͺʹǤͺǣǤ͵ǦͷǤ
ʹǤ ǡ Ǥǡ Ǥǡ Ǧ ǤǡͳͻͻͻǤͳʹȋʹ͵ȌǣǤ
ͷͶʹͳǦͻǤ ʹͺǤ
ǡͳͻͻͺǤͳͷͲȋͳȌǣǤͳͻͻǦʹͳͲǤ
ʹͻǤ ǡǤǤ ǡϐǤ
ǡʹͲͲͶǤͳͳȋͶȌǣǤͷʹǦ͵͵Ǥ
͵ͲǤ ǡ ǤǡǤǡ Ǧ
ǤǡʹͲͲͳǤͳȋͳȌǣǤͻ͵ǦͳͲͳǤ
͵ͳǤ ǡǤǡǤǡǤǡ ͳ Ͷʹ
Ǥ ǡͳͻͻǤ
ͳ͵ͷȋͷȌǣǤͳʹǦͺͻǤ
͵ʹǤ ǡǤǤǡǤǡǤǡǦ
ǤǡͳͻͻǤ͵ͺȋ͵ͲȌǣǤʹͻʹǦͷǤ
͵͵Ǥ ǡǤǤǡǤǡǦ ȋȌ Ǧ
Ǧ Ǥ ǡ
ʹͲͲͳǤͳͲͷȋͳȌǣǤͺͳǦͻͳǤ
͵ͶǤ ǡǤǤǤǤǡ
Ǥ ǡ
ͳͻͻ͵Ǥͳʹ͵ȋͳȌǣǤʹͲͻǦʹͳǤ
͵ͷǤ ǡǤǡǤǡ ǤǡʹͲͲ͵Ǥ
ͶʹͳȋͻʹʹȌǣǤͷͶ͵ǦǤ
͵Ǥ ǡǤǤǡǤǤǡǤ ǡ
ϐǤǡͳͻͻͻǤͳʹȋʹͶȌǣǤͷͺͷǦǤ
͵Ǥ ǡǤǤǡ ǤǤǡǤǤǡ Ǧ
ǤǡʹͲͲʹǤͳͲͺȋͷȌǣǤͷǦͺͺǤ
͵ͺǤ ǡǤǤǡǤǡ ǦǦ
Ǥ ǡʹͲͲͺǤ͵ʹͳȋͷͺͺȌǣǤͶͲͳǦͶǤ
͵ͻǤ ǡǤǤǡǤ ǡ ǤǤǡ ǣ
ǯ Ǥ ǡʹͲͲͻǤͳȋ͵ȌǣǤ
ͲͲʹͻͶǤ
ͶͲǤ ǡǤǤǡ
Ǥ ǡʹͲͲǤͷͳȋǦȌǣǤͷ͵ͷǦͶǤ ͶͳǤ ǡǤǡǤǡ Ǥǡ ͵
Ǧ Ǥ
ǡʹͲͲǤʹȋͺȌǣǤʹͳͶǦͷǤ
ͶʹǤ ǡ Ǥǡ Ǥǡ
ǤǦ
ǡʹͲͲǤͳ͵͵ȋͻȌǣǤͳǦͺǤ
Ͷ͵Ǥ ǡ ǤǤǡ Ǥǡ ͵
ͳʹ ϐ ǡ ǡ
ǤǡʹͲͲͺǤͶȋͳͳȌǣǤͳͲͲͲʹͷͻǤ
ͶͶǤ ǡ Ǥ Ǥ ǡ
ǤǡʹͲͳͳǤʹͶͲȋ͵ȌǣǤͳǦʹǤ
ͶͷǤ ǡ ǤǡǤǡ Ǧ
ǤǡʹͲͲͷǤ͵ȋͻȌǣǤ
ͻͺͲǦͷǤ
ͶǤ ǡ Ǥǡ Ǥǡ Ǧ
Ǥ ǡ ͳͻͻͺǤ
ͻͶȋͳȌǣǤͳͲͻǦͳͺǤ
ͶǤ ǡǤǤǡǤǡǦͷǣ
Ǥǡ
ͳͻͻ͵ǤͳͳͻȋͳȌǣǤͻǦͳͳͳǤ
ͶͺǤ ǡǤǤǡǤǡ
Ǧ Ǥǡ
ʹͲͲ͵ǤͳʹȋͷȌǣǤͳʹͷͳǦͲǤ
ͶͻǤ ǡǤǡǤǡ ϐ
!
Ǧϐ Ǧ
Ǥ ǡʹͲͲͻǤͳͺȋͷȌǣǤͻͻͶǦͳͲͲʹǤ
ͷͲǤ ǡ ǤǤǡ Ǧ Ǥ
ǡʹͲͲʹǤͳʹȋʹ͵ȌǣǤͻǤ
ͷͳǤ ǡǤǤǡ ǣǦ ǤǦ ǡʹͲͲͷǤ͵ͲȋȌǣǤ͵ͶʹǦͷ͵Ǥ
ͷʹǤ ǡǤǡǤǡ ͳǤ
ǡʹͲͲͺǤͳͲͷȋͳȌǣǤʹͳͲǦͷǤ
ͷ͵Ǥ ǡǤǤǡǤǡǡ Ǧ
Ǥ ǡʹͲͲͷǤͺȋͳȌǣǤ͵ͶǦͶʹǤ
ͷͶǤ ǡǤǡǤǤǡǤǡ Ȁ ǤǡʹͲͲ͵Ǥ
ͳȋʹȌǣǤʹͻͷǦ͵ͲͻǤ
ͷͷǤ ǡ ǤǤǡǤǤ ǡǤǤǡǣ
Ǧ
ǤǡʹͲͲʹǤʹȋȌǣǤͻͷǦͲǤ
ͷǤ ǡ ǤǤǡǤǡϐϐǦ
ǤǡʹͲͲʹǤͶȋͺȌǣǤ
ͳͲǦͷǤ
ͷǤ ǡ ǤǤǡǤǡ Ǧ
ǤǡʹͲͲͲǤͶͲͷȋͺʹȌǣǤͺͳǦͷǤ
ͷͺǤ ǡ ǤǤǡ Ǥ
ǡʹͲͲʹǤʹȋͷȌǣǤͷʹͷǦ͵ͷǤ
ͷͻǤ ǡǤǤǡǤǡ ϐ
ǤǡʹͲͲʹǤͳͲͻȋ͵ȌǣǤ͵ͳǦͺͳǤ
ͲǤ ǡǤǡǤǡ
Ǥ ǡʹͲͲ͵Ǥ
ʹʹȋͳȌǣǤͶͶͲͻǦʹͲǤ
ͳǤ ǡǤǡǤǡ͵ Ǧ Ǧ
ϐ Ǥ ǡʹͲͲͶǤͳȋȌǣ
ǤͻͷǦͺͳǤ
ʹǤ ǡǤǡǤǡϐ
Ǧ ǤǡʹͲͲǤ
ͳȋȌǣǤͶͷǦͺǤ
͵Ǥ ǡǤ Ǥǡ
ϐǤ ǡʹͲͲǤͳʹͶȋʹȌǣǤͳʹͻǦ͵Ǥ
ͶǤ ǡǤ Ǥǡ ȀǦ Ǧ
Ǥǡ
ʹͲͲͷǤȋͷȌǣǤͶʹǦ͵ͳǤ
ͷǤ ǡǤǤǡǤǡǦ Ǧ
Ǥ ǡͳͻͻͻǤͺ͵ȋͳǦʹȌǣǤǦͻͶǤ
Ǥ ǡǤǤǡǤǡ