A proteogenomic view on antibiotic resistance in pathogenic Enterobacter species
Nepal, Suruchi
DOI:
10.33612/diss.103413360
IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from it. Please check the document version below.
Document Version
Publisher's PDF, also known as Version of record
Publication date: 2019
Link to publication in University of Groningen/UMCG research database
Citation for published version (APA):
Nepal, S. (2019). A proteogenomic view on antibiotic resistance in pathogenic Enterobacter species. University of Groningen. https://doi.org/10.33612/diss.103413360
Copyright
Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).
Take-down policy
If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim.
Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 137PDF page: 137PDF page: 137PDF page: 137
Chapter 7
EĞĚĞƌůĂŶĚƐĞƐĂŵĞŶǀĂƫŶŐ
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 138PDF page: 138PDF page: 138PDF page: 138
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 139PDF page: 139PDF page: 139PDF page: 139
139
ŚĂƉƚ
Ğƌϩ
EĞĚĞƌůĂŶĚƐĞƐĂŵĞŶǀĂƫŶŐĞŶƚŽĞŬŽŵƐƚƉĞƌƐƉĞĐƟĞǀĞŶ
Bacteriën die tot het zogenaamde Enterobacter cloacae complex behoren zijn ǁŝũĚǀĞƌƐƉƌĞŝĚŝŶĚĞŶĂƚƵƵƌ͘ŝƚŬŽŵƚĚŽŽƌŚƵŶǀĞƌŵŽŐĞŶŽŵnjŝĐŚĞīĞĐƟĞĨĂĂŶ verschillende omstandigheden en ecologische niches aan te passen die kunnen variëren van de bodem tot het menselijke lichaam (Maria Lina Mezzatesta, 2018)͘/ŶnjŝĞŬĞŶŚƵŝnjĞŶǁŽƌĚĞŶƌĞŐĞůŵĂƟŐnjŝĞŬŵĂŬĞŶĚĞǀĂƌŝĂŶƚĞŶǀĂŶE. cloacae ĂĂŶŐĞƚƌŽīĞŶ ĚŝĞ ƐŽŵƐ njĞĞƌ ƌĞƐŝƐƚĞŶƚ ƚĞŐĞŶ ĂŶƟďŝŽƟĐĂ ŬƵŶŶĞŶ njŝũŶ (Streit, Jones, Sader, & Fritsche, 2004)(Kubota et al., 2018)͘ŝƚƉƌŽĞĨƐĐŚƌŝŌďĞƐĐŚƌŝũŌ ďŝũǀŽŽƌďĞĞůĚ ĞĞŶ ĞdžƚƌĞĞŵ ĂŶƟďŝŽƟĐƵŵƌĞƐŝƐƚĞŶƚ Enterobacter roggenkampii isolaat, behorend tot het E. cloacae complex, dat ongevoelig is voor zogenaamde carbapenems. Dit is een zorgwekkende bevinding, omdat carbapenems bijzonder ĞīĞĐƟĞǀĞĂŶƟďŝŽƟĐĂnjŝũŶĚŝĞƐůĞĐŚƚƐĚĂĂƌŝŶŐĞnjĞƚĚŝĞŶĞŶƚĞǁŽƌĚĞŶǁĂĂƌĂŶĚĞƌĞ ĂŶƟďŝŽƟĐĂ ĨĂůĞŶ͘ ,Ğƚ ŚŽŽĨĚĚŽĞů ǀĂŶ ŚĞƚ ŚŝĞƌ ďĞƐĐŚƌĞǀĞŶ ŽŶĚĞƌnjŽĞŬ ǁĂƐ ƚĞ ďĞŐƌŝũƉĞŶ ŚŽĞ ĚĞnjĞ ĐĂƌďĂƉĞŶĞŵͲƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞ njŝĐŚ ŚĞĞŌ ŬƵŶŶĞŶ ŽŶƚǁŝŬŬĞůĞŶ͕ ŽǀĞƌ ǁĞůŬĞ ĂŶƟďŝŽƟĐƵŵƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞŵĞĐŚĂŶŝƐŵĞŶ ĚĞ ŐĞŢƐŽůĞĞƌĚĞ Enterobacter
roggenkampii ďĂĐƚĞƌŝĞďĞƐĐŚŝŬƚĞŶŚŽĞĂŶƟďŝŽƟĐƵŵƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞŽŶĚĞƌďĂĐƚĞƌŝģŶi
van het E. cloacae complex zich mogelijk in de toekomst zal ontwikkelen. sĂŶƵŝƚ ŬůŝŶŝƐĐŚ ŽŽŐƉƵŶƚ ŚĞďďĞŶ ǀƌĂŐĞŶ ŚŽĞ ĞĞŶ ŝŶĨĞĐƟĞ njŝĐŚ ŝŶ ĚĞ ƉĂƟģŶƚ ŵĂŶŝĨĞƐƚĞĞƌƚ ĞŶ ŚŽĞ ĚĞnjĞ ŝŶĨĞĐƟĞ ŚĞƚ ďĞƐƚĞ ďĞƐƚƌĞĚĞŶ ŬĂŶ ǁŽƌĚĞŶ ĂůƟũĚ ĚĞ ŚŽŽŐƐƚĞƉƌŝŽƌŝƚĞŝƚ͘,ŝĞƌƚŽĞŝƐŚĞƚŶŽŽĚnjĂŬĞůŝũŬŽŵĚĞnjŝĞŬƚĞǀĞƌŽŽƌnjĂŬĞŶĚĞďĂĐƚĞƌŝĞ ƚĞŝĚĞŶƟĮĐĞƌĞŶĞŶƚĞĂĐŚƚĞƌŚĂůĞŶǀŽŽƌǁĞůŬĞĂŶƟďŝŽƟĐĂŚŝũ;ŶŽŐͿŐĞǀŽĞůŝŐŝƐ͘ De E. cloacaeŝƐŽůĂƚĞŶĚŝĞŝŶĚŝƚƉƌŽĞĨƐĐŚƌŝŌnjŝũŶďĞƐĐŚƌĞǀĞŶǁĞƌĚĞŶŐĞŢƐŽůĞĞƌĚ Ƶŝƚ ƉĂƟģŶƚĞŶ ĚŝĞ ŽƉŐĞŶŽŵĞŶ ǁĂƌĞŶ ŝŶ ŚĞƚ hŶŝǀĞƌƐŝƚĂŝƌ DĞĚŝƐĐŚ ĞŶƚƌƵŵ 'ƌŽŶŝŶŐĞŶ;hD'Ϳ͘,ĞƚďĞƉĂůĞŶǀĂŶŚĞƚĂŶƟďŝŽƟĐƵŵƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞƉƌŽĮĞůǀĂŶĚĞnjĞ ďĂĐƚĞƌŝģŶǁĂƐĚĂĂƌŽŵŝŶĞĞƌƐƚĞŝŶƐƚĂŶƟĞďĞůĂŶŐƌŝũŬĞƌĚĂŶŚĞƚĂĐŚƚĞƌŚĂůĞŶƚŽƚ ǁĞůŬĞ ďĂĐƚĞƌŝĞƐŽŽƌƚ njĞ ƉƌĞĐŝĞƐ ďĞŚŽƌĞŶ͘ ,ŝĞƌƚŽĞ ǁĞƌĚĞŶ ĚĞ ŚŝĞƌ ďĞƐĐŚƌĞǀĞŶ ďĂĐƚĞƌŝģŶ ĂůůĞƌĞĞƌƐƚ ŐĞŢƐŽůĞĞƌĚ ĚŽŽƌ njĞ ŝŶ ŚĞƚ ĚŝĂŐŶŽƐƟƐĐŚ ůĂďŽƌĂƚŽƌŝƵŵ ƚĞ ŬǁĞŬĞŶ͘sĞƌǀŽůŐĞŶƐǁĞƌĚŚĞƚĂŶƟďŝŽƟĐƵŵƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞƉƌŽĮĞůǀĂŶĚĞŐĞŬǁĞĞŬƚĞ bacteriën bepaald en werden ze met behulp van een geavanceerde techniek, ĚĞnjŽŐĞŶĂĂŵĚĞ͚ŵĂƚƌŝdžͲĂƐƐŝƐƚĞĚůĂƐĞƌĚĞƐŽƌƉƟŽŶŝŽŶŝnjĂƟŽŶƟŵĞͲŽĨͲŇŝŐŚƚŵĂƐƐ ƐƉĞĐƚƌŽŵĞƚƌLJ͛;D>/ͲdK&D^ͿŐĞŢĚĞŶƟĮĐĞĞƌĚ͘hŝƚĚĞnjĞĂŶĂůLJƐĞƐďůĞĞŬ͕ĚĂƚĚĞ beschreven isolaten allemaal tot het ‘E. cloacae complex’ behoorden, dat één van
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 140PDF page: 140PDF page: 140PDF page: 140
140
de isolaten uit een neonaat resistent was tegen carbapenems en dat de overige ŝƐŽůĂƚĞŶ Ƶŝƚ ƉĂƟģŶƚĞŶ ŵĞƚ ďŽƟŶĨĞĐƟĞƐ ŶŽŐ ŐĞǀŽĞůŝŐ ǁĂƌĞŶ ǀŽŽƌ ĚĞ ŵĞĞƐƚĞ ĂŶƟďŝŽƟĐĂ͘ĞŝƐŽůĂƟĞǀĂŶ͚E. cloacaeďĂĐƚĞƌŝģŶ͛ƵŝƚƉĂƟģŶƚĞŶŵĞƚďŽƟŶĨĞĐƟĞƐ ǁĂƐŽƉŵĞƌŬĞůŝũŬŽŵĚĂƚ͕ƚĞŶƟũĚĞǀĂŶŚƵŶŝƐŽůĂƟĞ͕ďŽƟŶĨĞĐƟĞƐǀĞƌŽŽƌnjĂĂŬƚĚŽŽƌ dergelijke bacteriën een betrekkelijk zeldzaam verschijnsel waren. Voor een ĂĚĞƋƵĂƚĞ ďĞŚĂŶĚĞůŝŶŐ ǀĂŶ ĚĞ ĚĞƐďĞƚƌĞīĞŶĚĞ ƉĂƟģŶƚĞŶ ǁĂƐ ĚĞnjĞ ŝŶĨŽƌŵĂƟĞ voldoende. Voor een goed begrip van de biologische principes die ten grondslag ůĂŐĞŶĂĂŶĚĞǁĂĂƌŐĞŶŽŵĞŶĐĂƌďĂƉĞŶĞŵƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞŽĨŚĞƚŬůŝŶŝƐĐŚĞŐĞĚƌĂŐǀĂŶ ĚĞŐĞŢƐŽůĞĞƌĚĞďĂĐƚĞƌŝģŶǁĂƐĚĂĂƌĞŶƚĞŐĞŶŵĞĞƌĚŝĞƉŐĂĂŶĚŽŶĚĞƌnjŽĞŬŶŽĚŝŐ͘ KŵĞĐŚƚƚĞŬƵŶŶĞŶďĞŐƌŝũƉĞŶŚŽĞďĂĐƚĞƌŝģŶƌĞƐŝƐƚĞŶƚǁŽƌĚĞŶƚĞŐĞŶĂŶƟďŝŽƟĐĂ en verschillende niches in ons lichaam veroveren is het van belang om hun ŵŽůĞĐƵůĂŝƌĞŽƉďŽƵǁŐŽĞĚƚĞŬĞŶŶĞŶ͕ŵĞƚŶĂŵĞŵĞƚďĞƚƌĞŬŬŝŶŐƚŽƚŚƵŶĞƌĨĞůŝũŬĞ ŝŶĨŽƌŵĂƟĞ͕ŚĞƚŐĞŶŽŽŵ͕ĞŶŚƵŶƚŽƚĂůĞĞŝǁŝƚƐĂŵĞŶƐƚĞůůŝŶŐ͕ŚĞƚƉƌŽƚĞŽŽŵ͘ŝƚŝƐ ĞĞŶĞŶŽƌŵĂŵďŝƟĞƵƐĚŽĞů͕ĚĂƚŵŽŵĞŶƚĞĞůƐůĞĐŚƚƐƚĞŶĚĞůĞďĞƌĞŝŬƚŬĂŶǁŽƌĚĞŶ͘ Een belangrijke beperking voor ons goede begrip van het ziekmakende gedrag van micro-organismen is, dat ze eigenlijk alleen in detail bestudeerd kunnen ǁŽƌĚĞŶŶĂŚƵŶŝƐŽůĂƟĞƵŝƚĚĞƉĂƟģŶƚ͕ŵĞƚĂŶĚĞƌĞǁŽŽƌĚĞŶ͗ďƵŝƚĞŶŚĞƚŵĞŶƐĞůŝũŬĞ ůŝĐŚĂĂŵ͘,ĞƚŵĞĞƐƚŚĂĂůďĂƌĞĂůƚĞƌŶĂƟĞĨŝƐĚĞďĞƐƚƵĚĞƌŝŶŐǀĂŶnjŝĞŬƚĞǀĞƌǁĞŬŬĞƌƐ ĚŽŽƌĚĞƐĂŵĞŶƐƚĞůůŝŶŐǀĂŶŚƵŶŐĞŶŽŽŵŝŶĚĞƚĂŝůƚĞŬĂƌĂŬƚĞƌŝƐĞƌĞŶ͘,ŝĞƌƵŝƚŬĂŶ ǀĞƌǀŽůŐĞŶƐŚƵŶŵŽŐĞůŝũŬĞŐĞĚƌĂŐŝŶĚĞƉĂƟģŶƚĂĨŐĞůĞŝĚǁŽƌĚĞŶ͘ĞƚĞĐŚŶŝĞŬĞŶ ŽŵďĂĐƚĞƌŝĞŐĞŶŽŵĞŶŐŽĞĚƚĞďĞƐƚƵĚĞƌĞŶnjŝũŶŝŶĚĞĂĨŐĞůŽƉĞŶǀŝĞƌũĂĂƌĞŶŽƌŵ verbeterd en van deze ontwikkelingen is dankbaar gebruik gemaakt in het hier ďĞƐĐŚƌĞǀĞŶƉƌŽŵŽƟĞͲŽŶĚĞƌnjŽĞŬ͘dĞŶƟũĚĞǀĂŶĚĞƐƚƵĚŝĞƐĚŝĞƐĂŵĞŶŐĞǀĂƚnjŝũŶ in ŚŽŽĨĚƐƚƵŬϮ was het nét mogelijk geworden om snel en voor een redelijke prijs genoomanalyses uit te voeren. De technieken waren echter nog niet ŐĞƉĞƌĨĞĐƟŽŶĞĞƌĚĞŶnjŽnjĂƚĞŶĞƌůĞƩĞƌůŝũŬŐĂƚĞŶŝŶĚĞǀĞƌŬƌĞŐĞŶEͲƐĞƋƵĞŶƟĞͲ ŝŶĨŽƌŵĂƟĞ͘ĞnjĞŬĞŶŶŝƐŚŝĂƚĞŶŬŽŶĚĞŶƚĞŐĞŶŚĞƚĞŝŶĚĞǀĂŶĚĞŚŝĞƌďĞƐĐŚƌĞǀĞŶ ƐƚƵĚŝĞƐ ŐƌŽƚĞŶĚĞĞůƐ ŐĞĚŝĐŚƚ ǁŽƌĚĞŶ ĚĂŶŬnjŝũ njŽŐĞŶĂĂŵĚĞ ĚĞƌĚĞͲŐĞŶĞƌĂƟĞ ŶĂŶŽͲƉŽƌĞͲŐĞďĂƐĞĞƌĚĞ ƐĞƋƵĞŶƟĞĂŶĂůLJƐĞͲƚĞĐŚŶŝĞŬĞŶ͘ 'ĂĂŶĚĞǁĞŐ ǁĞƌĚ ŚĞƚ ƐƚĞĞĚƐ ďĞƚĞƌ ŵŽŐĞůŝũŬ Žŵ ĞĞŶ ĂĐĐƵƌĂƚĞ ŐĞŶŽŽŵƐĞƋƵĞŶƟĞ ƚĞ ǀĞƌŬƌŝũŐĞŶ ĚŽŽƌ ŚĞƚ ƐĂŵĞŶǀŽĞŐĞŶ ǀĂŶ ŬŽƌƚĞ͕ ŬǁĂůŝƚĂƟĞĨ ŚŽŽŐǁĂĂƌĚŝŐĞ EͲƐĞƋƵĞŶƟĞƐ ŵĞƚ ǀĞĞů ůĂŶŐĞƌĞ EͲƐĞƋƵĞŶƟĞƐ ĚŝĞ ǁĞůŝƐǁĂĂƌ ŶŝĞƚ ƉĞƌĨĞĐƚ ǁĂƌĞŶ͕ ŵĂĂƌ ĚŝĞ ǁĞů ŚŝĞůƉĞŶ Žŵ ĚĞ ŬŽƌƚĞ ƐĞƋƵĞŶƟĞƐ ŝŶ ĚĞ ũƵŝƐƚĞ ǀŽůŐŽƌĚĞ ƚĞ ƉůĂĂƚƐĞŶ͘ ĞƌŐĞůŝũŬĞ
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 141PDF page: 141PDF page: 141PDF page: 141
141
ŚĂƉƚ
Ğƌϩ
ŚLJďƌŝĚĞ EͲƐĞƋƵĞŶƟĞͲĂƐƐĞŵďůĂŐĞͲƚĞĐŚŶŝĞŬĞŶ ůĞǀĞƌĞŶ ŶƵ ŝŶ ŬŽƌƚĞ ƟũĚ njĞĞƌ ĂĐĐƵƌĂƚĞŐĞŶŽŽŵƐĞƋƵĞŶƟĞƐŽƉĞŶnjĞnjŝũŶŵĞƚŶĂŵĞŶƵƫŐǀŽŽƌĚĞŽƉŚĞůĚĞƌŝŶŐ ǀĂŶĚĞůĞŶǀĂŶŚĞƚďĂĐƚĞƌŝģůĞŐĞŶŽŽŵ͕ǁĂĂƌŝŶǀĞĞůŚĞƌŚĂůŝŶŐǀĂŶEͲƐĞƋƵĞŶƟĞƐ voorkomt ;ŶƟƉŽǀ͕<ŽƌŽďĞLJŶŝŬŽǀ͕DĐ>ĞĂŶ͕ΘWĞǀnjŶĞƌ͕ϮϬϭϲͿ͘ĞŚLJďƌŝĚĞEͲ ƐĞƋƵĞŶƟĞͲĂƐƐĞŵďůĂŐĞ ŝƐ ĚĂĂƌŽŵ ŽƉ Ěŝƚ ŵŽŵĞŶƚ ŚĞƚ ďĞƐƚĞ ƐƚĂƌƚƉƵŶƚ ǀŽŽƌ ŐĞĚĞƚĂŝůůĞĞƌĚĞǀĞƌǀŽůŐƐƚƵĚŝĞƐĚŝĞŬƵŶŶĞŶǀĂƌŝĞƌĞŶǀĂŶŐĞŶŽŽŵĂŶŶŽƚĂƟĞ͕ŽĨǁĞů ŚĞƚŝĚĞŶƟĮĐĞƌĞŶǀĂŶĂůůĞŐĞŶĞŶĚŝĞĞĞŶŐĞŶŽŽŵďĞǀĂƚ͕ƚŽƚĚĞŐĞĚĞƚĂŝůůĞĞƌĚĞ ǀĞƌŐĞůŝũŬŝŶŐ ǀĂŶ ǀĞƌƐĐŚŝůůĞŶĚĞ ďĂĐƚĞƌŝģůĞ ŐĞŶŽŵĞŶ ĞŶ ĚĞ ŝŶƚĞƌƉƌĞƚĂƟĞ ǀĂŶ massaspectrometrische data om de totale eiwitsamenstelling van bacteriën njŽǁĞůŬǁĂůŝƚĂƟĞĨĂůƐŬǁĂŶƟƚĂƟĞĨŽƉƚĞŚĞůĚĞƌĞŶ͘Zoals beschreven in ŚŽŽĨĚƐƚƵŬ Ϯ maakte de hybride genoomassemblage van een carbapenem-resistent bacterie-isolaat, behorend tot het E. cloacae ĐŽŵƉůĞdž͕ŚĞƚŵŽŐĞůŝũŬŽŵĚĞĞǀŽůƵƟŽŶĂŝƌĞŐĞďĞƵƌƚĞŶŝƐƐĞŶƚĞƌĞĐŽŶƐƚƌƵĞƌĞŶĚŝĞ͕ ǀŝĂ ͚ŚŽƌŝnjŽŶƚĂůĞ ŐĞŶŽǀĞƌĚƌĂĐŚƚ͛ ƚƵƐƐĞŶ ďĂĐƚĞƌŝģŶ͕ ƚŽƚ ĚĞnjĞ ƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞ ŚĞďďĞŶ ŐĞůĞŝĚ͘ ĞŶďŝũnjŽŶĚĞƌĞǀŽŶĚƐƚǁĂƐĚĞŝĚĞŶƟĮĐĂƟĞǀĂŶĞĞŶŵŽďŝĞůŐĞŶŽŽŵĞŝůĂŶĚ͕ dat reeds onder voorouders van de huidige enterobacteriën was verspreid, voordat de bacteriesoorten die tegenwoordig tot het E. cloacae complex ďĞŚŽƌĞŶnjŝĐŚŚŝĞƌƵŝƚŽŶƚǁŝŬŬĞůĚĞŶ͘hŝƚĞŝŶĚĞůŝũŬŝƐĚŝƚŵŽďŝĞůĞŐĞŶŽŽŵĞŝůĂŶĚĞĞŶ ƉůĂƞŽƌŵ ŐĞǁŽƌĚĞŶ͕ ǁĂĂƌŝŶ njŝĐŚ njĞĞƌ ƵŝƚĞĞŶůŽƉĞŶĚĞ ƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞŐĞŶĞŶ ŚĞďďĞŶ ŐĞŶĞƐƚĞůĚ͘ ,ŝĞƌƚŽĞ ďĞŚŽƌĞŶ ŐĞŶĞŶ ĚŝĞ ĐŽĚĞƌĞŶ ǀŽŽƌ ĚĞ njŽŐĞŶĂĂŵĚĞ ŵƉͲ ƚLJƉĞ ĐĞƉŚĂůŽƐƉŽƌŝŶĂƐĞƐ͕ ǁĂĂƌǀĂŶ Ğƌ njŝĐŚ ĠĠŶ͕ D/Zϭϳ ŐĞŶĂĂŵĚ͕ ǀĞƌĚĞƌ ŚĞĞŌ ŽŶƚǁŝŬŬĞůĚ ƚŽƚ ĞĞŶ ĐĂƌďĂƉĞŶĞŵĂƐĞ ĚĂƚ ĐĂƌďĂƉĞŶĞŵƐ ĂĩƌĞĞŬƚ ;ŚŽŽĨĚƐƚƵŬ ϮͿ͘ ĞnjĞŽƌŝŐŝŶĞůĞǁĂĂƌŶĞŵŝŶŐĞŶŚĞďďĞŶǀĞƌƐĐŚŝůůĞŶĚĞďĞůĂŶŐƌŝũŬĞŝŵƉůŝĐĂƟĞƐ͘/Ŷ de eerste plaats werd duidelijk, dat genoomelementen die als onderdeel van het kerngenoom van een bacteriesoort worden beschouwd wel degelijk mobiele ŐĞŶŽŵŝƐĐŚĞĞůĞŵĞŶƚĞŶŬƵŶŶĞŶnjŝũŶ͘ŝƚĨĞŶŽŵĞĞŶǁŽƌĚƚǀĂĂŬŽǀĞƌŚĞƚŚŽŽĨĚ ŐĞnjŝĞŶ ďŝũ ŐĞŶŽŽŵĂŶĂůLJƐĞƐ͘ Ğ ǁĂĂƌŶĞŵŝŶŐĞŶ ďĞƐĐŚƌĞǀĞŶ ŝŶ ŚŽŽĨĚƐƚƵŬ Ϯ laten heel duidelijk zien, dat het belangrijk is om over de soortgrenzen heen te kijken wanneer men onderscheid wil maken tussen kerngenomen en variabele ŐĞŶŽŽŵĚĞůĞŶ͘ /Ŷ ĚĞ ƚǁĞĞĚĞ ƉůĂĂƚƐ ǀĞƐƟŐĞŶ ĚĞ ǁĂĂƌŶĞŵŝŶŐĞŶ ďĞƐĐŚƌĞǀĞŶ ŝŶ ŚŽŽĨĚƐƚƵŬϮĚĞĂĂŶĚĂĐŚƚŽƉŚĞƚĨĞŝƚ͕ĚĂƚĚĞƌŐĞůŝũŬĞŽƵĚĞŵŽďŝĞůĞŐĞŶŽŽŵĞŝůĂŶĚĞŶ ͚ŚŽƚƐƉŽƚƐ͛ǀŽŽƌĚĞŽƉŚŽƉŝŶŐǀĂŶƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞŐĞŶĞŶŬƵŶŶĞŶnjŝũŶ͕njŽĂůƐďŝũǀŽŽƌďĞĞůĚ de ampC-type cephalosporinase-genen. In de derde plaats is gebleken, dat nietCC
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 142PDF page: 142PDF page: 142PDF page: 142
142
ĂůůĞĐĞƉŚĂůŽƐƉŽƌŝŶĂƐĞƐǀĂŶŚĞƚŵƉͲƚLJƉĞŐĞůŝũŬnjŝũŶ͕ĂĂŶŐĞnjŝĞŶƐŽŵŵŝŐĞ͕njŽĂůƐ D/Zϭϳ͕ŽŽŬĐĂƌďĂƉĞŶĞŵĂƐĞĂĐƟǀŝƚĞŝƚŬƵŶŶĞŶǀĞƌƚŽŶĞŶ͘ĞnjĞǁĂĂƌŶĞŵŝŶŐŚĞĞŌ ŝŶŵŝĚĚĞůƐĞĞŶƚŽĞƉĂƐƐŝŶŐŐĞǀŽŶĚĞŶŝŶĚĞĚŝĂŐŶŽƐƟƐĐŚĞƌŽƵƟŶĞŝŶŚĞƚhD'͕ waarbij platen met cloxacilline gebruikt worden om mogelijke carbapenemase ĂĐƟǀŝƚĞŝƚ ǀĂŶ ĐĞƉŚĂůŽƐƉŽƌŝŶĂƐĞƐ njŝĐŚƚďĂĂƌ ƚĞ ŵĂŬĞŶ͘ dĞŶƐůŽƩĞ ŚĞĞŌ ĚĞ hybride genoomassemblage het mogelijk gemaakt om het proteoom van het carbapenem-resistente E. roggenkampii ŝƐŽůĂĂƚŝŶĚĞƚĂŝůƚĞĂŶĂůLJƐĞƌĞŶ͘,ŝĞƌďŝũ werd aangetoond, dat de MIR17 carbapenemase in grote hoeveelheden wordt aangemaakt.
ĞŶ ŐƌŽŽƚ ǀŽŽƌĚĞĞů ǀĂŶ ĞĞŶ ŬǁĂůŝƚĂƟĞĨ ŚŽŽŐǁĂĂƌĚŝŐĞ ŐĞŶŽŽŵƐĞƋƵĞŶƟĞ͕ zoals verkregen door de hybride genoomassemblage, is dat gedetailleerde genoomvergelijkingen van nauw verwante Enterobacter soorten mogelijk r
ǁŽƌĚĞŶ͘ŽŽƌĞĞŶĚĞƌŐĞůŝũŬĞĨLJůŽŐĞŶĞƟƐĐŚĞĂŶĂůLJƐĞƵŝƚƚĞǀŽĞƌĞŶǁĞƌĚĚƵŝĚĞůŝũŬ͕ ĚĂƚ ŚĞƚ ĐĂƌďĂƉĞŶĞŵͲƌĞƐŝƐƚĞŶƚĞ ƐƚƵĚŝĞͲŝƐŽůĂĂƚ Ƶŝƚ ŚŽŽĨĚƐƚƵŬ Ϯ ĨĞŝƚĞůŝũŬ ĞĞŶ E.
roggenkampii isolaat is. i
Ğ ŬǁĂůŝƚĂƟĞǀĞ ƉƌŽƚĞŽŽŵĂŶĂůLJƐĞ͕ njŽĂůƐ ďĞƐĐŚƌĞǀĞŶ ŝŶ ŚŽŽĨĚƐƚƵŬ Ϯ͕ ŐĞĞŌ een goed overzicht over de eiwitsamenstelling van de bacteriële cel, maar ĞĞŶ ĚĞƌŐĞůŝũŬĞ ĂŶĂůLJƐĞ ŐĞĞŌ ŐĞĞŶ ĚLJŶĂŵŝƐĐŚĞ ŝŶĨŽƌŵĂƟĞ ŽǀĞƌ ĚĞ ƌĞĂĐƟĞƐ ǀĂŶĞĞŶďĂĐƚĞƌŝĞŽƉďĞƉĂĂůĚĞƐƚƌĞƐƐĐŽŶĚŝƟĞƐ͕njŽĂůƐĚĞĂĂŶǁĞnjŝŐŚĞŝĚǀĂŶĞĞŶ ĂŶƟďŝŽƟĐƵŵ͘dŽĐŚŝƐŚĞƚďĞůĂŶŐƌŝũŬŽŵƚĞǁĞƚĞŶŚŽĞĞĞŶďĂĐƚĞƌŝĞĐĞůƌĞĂŐĞĞƌƚ ŽƉĚĞĂĂŶǁĞnjŝŐŚĞŝĚǀĂŶĞĞŶĂŶƟďŝŽƟĐƵŵ͕ĂĂŶŐĞnjŝĞŶĚŝƚǁĂĂƌĚĞǀŽůůĞŝŶnjŝĐŚƚĞŶ ǀĞƌƐĐŚĂŌ ŽǀĞƌ ŵŽŐĞůŝũŬĞ ĂĂŶƉĂƐƐŝŶŐĞŶ ǀĂŶ ĚĞ ďĂĐƚĞƌŝĞ ĂĂŶ ĚĞ ĂĂŶǁĞnjŝŐŚĞŝĚ ǀĂŶĂŶƟďŝŽƟĐĂ͘ĞƌŐĞůŝũŬĞĂĂŶƉĂƐƐŝŶŐĞŶŬƵŶŶĞŶƵŝƚĞŝŶĚĞůŝũŬŐĂĂŶďĞŚŽƌĞŶƚŽƚ het standaardrepertoire van een een bacterie, hetgeen leidt tot intrinsieke ĂŶƟďŝŽƟĐƵŵƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞ͘ĂĂƌŽŵǁĞƌĚďŝũĚĞƐƚƵĚŝĞƐďĞƐĐŚƌĞǀĞŶŝŶ ŚŽŽĨĚƐƚƵŬ 3 onderzocht hoe het carbapenem-resistente E. roggenkampii isolaat reageert opi
ĚĞĂĂŶǁĞnjŝŐŚĞŝĚǀĂŶŚĞƚĐĂƌďĂƉĞŶĞŵͲĂŶƟďŝŽƟĐƵŵŝŵŝƉĞŶĞŵ͘KŽŬǀŽŽƌĚĞnjĞ ĂŶĂůLJƐĞƐǁĂƐĚĞďĞƐĐŚŝŬďĂĂƌŚĞŝĚǀĂŶĚĞŚLJďƌŝĚĞŐĞŶŽŽŵƐĞƋƵĞŶƟĞǀĂŶŐƌŽƚĞ ƚŽĞŐĞǀŽĞŐĚĞǁĂĂƌĚĞ͕ĂĂŶŐĞnjŝĞŶŚŝĞƌŵĞĞĞĞŶĂĚĚŝƟŽŶĞůĞƐĞƚǀĂŶϰϬϬĞŝǁŝƩĞŶ ŐĞŢĚĞŶƟĮĐĞĞƌĚŬŽŶǁŽƌĚĞŶĚŝĞĞĞƌĚĞƌŽƉŐƌŽŶĚǀĂŶĚĞŝŶĐŽŵƉůĞƚĞƐĞƋƵĞŶƟĞ ŽǀĞƌŚĞƚŚŽŽĨĚ ŐĞnjŝĞŶǁĂƐ͘ŽĂůƐĞŝŐĞŶůŝũŬĂůǁĞƌĚǀŽŽƌƐƉĞůĚďŝũĂĂŶǀĂŶŐǀĂŶ ŚĞƚ ŽŶĚĞƌnjŽĞŬ͕ ŐĂǀĞŶ ĚĞ ŬǁĂŶƟƚĂƟĞǀĞ ƉƌŽƚĞŽŽŵĂŶĂůLJƐĞƐ ĞĞŶ ŐŽĞĚ ďĞĞůĚ van de veranderingen die de aanwezigheid van sub-inhibitoire imipenem
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 143PDF page: 143PDF page: 143PDF page: 143
143
ŚĂƉƚ
Ğƌϩ
ĐŽŶĐĞŶƚƌĂƟĞƐƚĞǁĞĞŐďƌĞŶŐĞŶŝŶĚĞďĂĐƚĞƌŝĞ͘,ŝĞƌďŝũŝƐŚĞƚǀĂŶďĞůĂŶŐƚĞǁĞƚĞŶ dat carbapenems, zoals imipenem, met name de bacteriële celwandsynthese ƌĞŵŵĞŶ ĚŽŽƌ ĚĞ ĂĐƟǀŝƚĞŝƚ ǀĂŶ ĚĞ ďĞƚƌŽŬŬĞŶ ƉĞŶŝĐŝůůŝŶĞͲďŝŶĚĞŶĚĞ ĞŝǁŝƩĞŶ ƚĞ ďůŽŬŬĞƌĞŶ͘ ŝĞŶŽǀĞƌĞĞŶŬŽŵƐƟŐ ŚĞůƉĞŶ ĚĞ ǁĂĂƌŐĞŶŽŵĞŶ ĂĂŶƉĂƐƐŝŶŐĞŶ ĚĞ bacterie allereerst om de verspilling van cellulaire bouwstenen voor de, door ŚĞƚŝŵŝƉĞŶĞŵĂĨŐĞƌĞŵĚĞ͕ĐĞůǁĂŶĚďŝŽŐĞŶĞƐĞƚĞǀŽŽƌŬŽŵĞŶ͘ŽǀĞŶĚŝĞŶŚĞůƉĞŶ de waargenomen aanpassingen het mogelijke ontstaan van zeer schadelijke ƌĞĂĐƟĞǀĞ njƵƵƌƐƚŽĨǀĂƌŝĂŶƚĞŶ ƚĞŐĞŶ ƚĞ ŐĂĂŶ ĚŽŽƌ ĚĞ ĂĐƟǀŝƚĞŝƚ ǀĂŶ ĚĞ ŐůLJĐŽůLJƐĞ ĞŶĚĞĐŝƚƌŽĞŶnjƵƵƌĐLJĐůƵƐƚĞƌĞĚƵĐĞƌĞŶ͘ĞĂĐƟǀŝƚĞŝƚǀĂŶĚĞnjĞŵĞƚĂďŽůĞƌŽƵƚĞƐ njŽƵŝŶƉƌŝŶĐŝƉĞǀĞƌŚŽŽŐĚŬƵŶŶĞŶǁŽƌĚĞŶ͕ĚŽŽƌĚĂƚŵŝŶĚĞƌǀŽĞĚŝŶŐƐƐƚŽīĞŶǀŽŽƌ de celwandbiogenese nodig zijn en dit zou vervolgens tot verhoogde bacteriële ƌĞƐƉŝƌĂƟĞ ŬƵŶŶĞŶ ůĞŝĚĞŶ ŵĞƚ ŚĞƚ ǀŽŽƌ ĚĞ ďĂĐƚĞƌŝĞ ŽŶŐĞǁĞŶƐƚĞ ŽŶƚƐƚĂĂŶ ǀĂŶ ƌĞĂĐƟĞǀĞ njƵƵƌƐƚŽĨǀĂƌŝĂŶƚĞŶ ĂůƐ ƉƌŽďůĞŵĂƟƐĐŚĞ ĐŽŶƐĞƋƵĞŶƟĞ͘ EĂĂƌ ŶƵ ŝƐ gebleken kan de bacterie dit voorkomen door zijn metabolisme te vertragen. ĞŵŽŐĞůŝũŬĞǀŽƌŵŝŶŐǀĂŶnjƵƵƌƐƚŽĨƌĂĚŝĐĂůĞŶǁŽƌĚƚŵŽŐĞůŝũŬŽŽŬƚĞŐĞŶŐĞŐĂĂŶ door de synthese van zogenaamde ijzer-zwavel clusters te verlagen en door ĞĞŶ ĞŶnjLJŵ ǀŽŽƌ ĚĞ ƐLJŶƚŚĞƐĞ ǀĂŶ ŚĞƚ ĂŶƟŽdžŝĚĂŶƚ ǀŝƚĂŵŝŶĞ < ƚĞ ǀĞƌŚŽŐĞŶ͘ Tezamen laten deze waarnemingen zien, dat bacteriën die al resistent zijn tegen ĐĂƌďĂƉĞŶĞŵƐ ŽŽŬ ŶŽŐ ŽǀĞƌ ŵĞĞƌĚĞƌĞ ĂůƚĞƌŶĂƟĞǀĞ ŵŽŐĞůŝũŬŚĞĚĞŶ ďĞƐĐŚŝŬŬĞŶ Žŵ ĚĞ ǀŽŽƌ ĚĞnjĞ ďĂĐƚĞƌŝģŶ ŵŽŐĞůŝũŬ ĨĂƚĂůĞ ĞīĞĐƚĞŶ ǀĂŶ ĐĂƌďĂƉĞŶĞŵƐ ƚĞŐĞŶ ƚĞ ŐĂĂŶ͘ Ğ ďĞǀŝŶĚŝŶŐĞŶ ďĞƐĐŚƌĞǀĞŶ ŝŶ ŚŽŽĨĚƐƚƵŬ ϯ njŝũŶ ŝŶ ŽǀĞƌĞĞŶƐƚĞŵŵŝŶŐ ŵĞƚƌĞƐƵůƚĂƚĞŶǀĂŶĞĞƌĚĞƌĞƐƚƵĚŝĞƐĚŝĞĚĞƌĞĂĐƟĞƐǀĂŶďĂĐƚĞƌŝģŶŽƉǀĞƌǁĂŶƚĞ ƘͲůĂĐƚĂŵͲĂŶƟďŝŽƟĐĂŚĞďďĞŶďĞƐĐŚƌĞǀĞŶĞŶĚŝĞůŝĞƚĞŶnjŝĞŶ͕ĚĂƚĚĞnjĞĂŶƟďŝŽƟĐĂ niet alleen de aanmaak van de bacteriële celwand remmen, maar dat ze ook ůĞŝĚĞŶƚŽƚĚĞĞdžĐĞƐƐŝĞǀĞǀŽƌŵŝŶŐǀĂŶƌĞĂĐƟĞǀĞnjƵƵƌƐƚŽĨǀĂƌŝĂŶƚĞŶĚŝĞďŝũĚƌĂŐĞŶ ĂĂŶ ĚĞ ĂŶƟďŝŽƟƐĐŚĞ ǁĞƌŬŝŶŐ ;dŽŵĂƐnj͕ ϭϵϳϵͿ;<ŽŚĂŶƐŬŝ͕ ǁLJĞƌ͕ ,ĂLJĞƚĞ͕ >ĂǁƌĞŶĐĞ͕ Θ ŽůůŝŶƐ͕ ϮϬϬϳͿ;ƵƌŬĞ͕ ϮϬϭϴͿ͘ ĂĂƌŶĂĂƐƚ ŚĞĞŌ ĞĞƌĚĞƌ ŽŶĚĞƌnjŽĞŬ ůĂƚĞŶnjŝĞŶ͕ĚĂƚŚĞƚǀŽŽƌŬŽŵĞŶǀĂŶĚĞǀŽƌŵŝŶŐǀĂŶƌĞĂĐƟĞǀĞnjƵƵƌƐƚŽĨǀĂƌŝĂŶƚĞŶ door een verlaagd metabolisme de vorming van zogenaamde bacteriële L-vormen mogelijk maakt, waarbij de bacteriën hun celwand verliezen (Kawai et al., 2019)͘ ĞnjĞ ǁĂĂƌŶĞŵŝŶŐĞŶ ǀĞƐƟŐĞŶ ĚĞ ĂĂŶĚĂĐŚƚ ŽƉ ĚĞ ĐĞŶƚƌĂůĞ ƌŽů van metabole routes in de bacteriële levenscyclus en de mogelijkheid om ŚĞƚ ĐĞŶƚƌĂůĞ ŬŽŽůƐƚŽĨŵĞƚĂďŽůŝƐŵĞ ŵĞƚ ŶŝĞƵǁĞ ĂŶƟďŝŽƟĐĂ͕ ĚŝĞ ŽǀĞƌŝŐĞŶƐ ŶŽŐ ontwikkeld moeten worden, te dereguleren. Als het bijvoorbeeld mogelijk zou
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 144PDF page: 144PDF page: 144PDF page: 144
144
njŝũŶŽŵŵĞƚnjŽ͛ŶŶŝĞƵǁĂŶƟďŝŽƟĐƵŵĚĞŵĞƚĂďŽůĞĂĐƟǀŝƚĞŝƚǀĂŶďĂĐƚĞƌŝģŶŝŶĚĞ ĂĂŶǁĞnjŝŐŚĞŝĚǀĂŶŝŵŝƉĞŶĞŵƚĞǀĞƌŚŽŐĞŶ͕ŽĨǁĞůƚĞǀŽŽƌŬŽŵĞŶĚĂƚĚĞďĂĐƚĞƌŝģŶ hun metabolisme verlagen, dan zou het mogelijke gevolg kunnen zijn dat de ďĂĐƚĞƌŝģŶ ĚĞƌŵĂƚĞ ŚŽŐĞ ŶŝǀĞĂƵƐ ǀĂŶ ƌĞĂĐƟĞǀĞ njƵƵƌƐƚŽĨǀĂƌŝĂŶƚĞŶ ƉƌŽĚƵĐĞƌĞŶ͕ ĚĂƚnjĞĚĞďĂĐƚĞƌŝĞĚŽĚĞŶĚĞǁĞƌŬŝŶŐǀĂŶŚĞƚŝŵŝƉĞŶĞŵǀĞƌƐƚĞƌŬĞŶ͘ŝƚĞīĞĐƚnjŽƵ mogelijk ook bereikt kunnen worden door de vorming van ijzer-zwavel clusters in de bacteriën te verhogen. In dit opzicht zou de bacteriële Fur-regulator een ŝŶƚĞƌĞƐƐĂŶƚĚŽĞůǁŝƚǀŽŽƌŶŝĞƵǁĞĂŶƟďŝŽƟĐĂŬƵŶŶĞŶnjŝũŶŽŵĚĂƚ͕njŽĂůƐďĞƐĐŚƌĞǀĞŶ ŝŶ ŚŽŽĨĚƐƚƵŬ ϯ͕ ĚĞ ǀŽƌŵŝŶŐ ǀĂŶ ŝũnjĞƌͲnjǁĂǀĞů ĐůƵƐƚĞƌƐ ŝŶ ĚĞ ĂĂŶǁĞnjŝŐŚĞŝĚ ǀĂŶ ŝŵŝƉĞŶĞŵǀĞƌůĂĂŐĚǁŽƌĚƚĚŽŽƌ&ƵƌͲŐĞŵĞĚŝĞĞƌĚĞƌĞŐƵůĂƟĞ͘
,ŽĞǁĞů ĚĞ ŐĞŶŽŽŵƐĞƋƵĞŶƟĞ ǀĂŶ ŚĞƚ ĐĂƌďĂƉĞŶĞŵƌĞƐŝƐƚĞŶƚĞ E. roggenkampii ŝƐŽůĂĂƚ ĚĞ ĚĞƚĞĐƟĞ ǀĂŶ ŚĞƚ ampC gen mogelijk maakte, waren meerC
klassieke microbiologische technieken nodig om aan te tonen dat de MIR17 ĐĞƉŚĂůŽƐƉŽƌŝŶĂƐĞ ŽŽŬ ĞĞŶ ĐĂƌďĂƉĞŶĞŵĂƐĞ ĂĐƟǀŝƚĞŝƚ ŚĞĞŌ͘ ĞnjĞ ďĞǀŝŶĚŝŶŐ ŬŽŶ ŶŝĞƚ ŽƉ ŐƌŽŶĚ ǀĂŶ ĚĞ ďĞƐĐŚŝŬďĂƌĞ ŐĞŶŽŽŵƐĞƋƵĞŶƟĞ ǀŽŽƌƐƉĞůĚ ǁŽƌĚĞŶ͘ ŝƚ ďĞŶĂĚƌƵŬƚ ŚĞƚ ĨĞŝƚ͕ ĚĂƚ ĚĞ ŐĞŶŽŽŵƐĞƋƵĞŶƟĞ ƐůĞĐŚƚƐ ĚĞ ͚ďůĂƵǁĚƌƵŬ͛ ǀĂŶ ĞĞŶ ůĞǀĞŶĚĞ ďĂĐƚĞƌŝĞ ĞŶ Ăů njŝũŶ ŵŽŐĞůŝũŬĞ ĂĐƟǀŝƚĞŝƚĞŶ ǁĞĞƌŐĞĞŌ͘ Ž njŽƵ ŽƉ ďĂƐŝƐ ǀĂŶ ĂůůĠĠŶ ĚĞ ŐĞŶŽŽŵƐĞƋƵĞŶƟĞ ŶŝĞƚ ǀŽŽƌƐƉĞůĚ ŬƵŶŶĞŶ ǁŽƌĚĞŶ ŚŽĞ de onderzochte E. roggenkampii bacterie reageert op de aanwezigheid van i
ŝŵŝƉĞŶĞŵ͘ ĞŶ ĂŶĚĞƌĞ ǁĂĂƌŶĞŵŝŶŐ ĚŝĞ ŽƉ ŐƌŽŶĚ ǀĂŶ ĚĞ ŐĞŶŽŽŵƐĞƋƵĞŶƟĞ niet voorspeld kon worden was dat deze E. roggenkampii bacterie gevoelig i
was voor aminoglycosiden, ondanks de aanwezigheid van het aadA gen, dat ĐŽĚĞĞƌƚǀŽŽƌĂŵŝŶŽŐůLJĐŽƐŝĚĞƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞ͘,ŽĞǁĞůĚŝƚǁĂĂƌƐĐŚŝũŶůŝũŬŝĞƚƐnjĞŐƚŽǀĞƌ ĚĞĞǀŽůƵƟŽŶĂŝƌĞŐĞƐĐŚŝĞĚĞŶŝƐǀĂŶŚĞƚŽŶĚĞƌnjŽĐŚƚĞ E. roggenkampii isolaat, laat i
ŚĞƚŽŽŬŚĞĞůĚƵŝĚĞůŝũŬnjŝĞŶĚĂƚŚĞƚǀĂŶŐƌŽŽƚďĞůĂŶŐďůŝũŌŽŵŐĞŶŽŽŵĂŶĂůLJƐĞƐ ƚĞ ĐŽŵďŝŶĞƌĞŶ ŵĞƚ ĨƵŶĐƟŽŶĞůĞ ƚĞƐƚƐ ŽĨ ƉƌŽƚĞŽŽŵĂŶĂůLJƐĞƐ Žŵ njŝĐŚƚďĂĂƌ ƚĞ maken waartoe de onderzochte bacteriën werkelijk in staat zijn. Mogelijk ŬƵŶŶĞŶ ƚŽĞŬŽŵƐƟŐĞ ďĞŶĂĚĞƌŝŶŐĞŶ ĚŝĞ ŐĞďĂƐĞĞƌĚ njŝũŶ ŽƉ ͚ŵĂĐŚŝŶĞ ůĞĂƌŶŝŶŐ͛ ĞŶŬƵŶƐƚŵĂƟŐĞŝŶƚĞůůŝŐĞŶƟĞĚĞnjĞďĞƉĞƌŬŝŶŐĞŶǀĂŶĚĞŚƵŝĚŝŐĞŐĞŶŽŽŵĂŶĂůLJƐĞƐ wegnemen.
,ŽŽĨĚƐƚƵŬ ϰ ďĞƐĐŚƌŝũŌ ĚĞ ƌĞƐƵůƚĂƚĞŶ ǀĂŶ ĞĞŶ ŐĞĐŽŵďŝŶĞĞƌĚĞ ŐĞŶŽŵŝĐƐ ĞŶ
proteomics analyse die tot doel had om uit te zoeken in welke mate bacteriën van het E. cloacae complex die in de menselijke darm voorkomen verschillen van
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 145PDF page: 145PDF page: 145PDF page: 145
145
ŚĂƉƚ
Ğƌϩ
ǀĞƌǁĂŶƚĞďĂĐƚĞƌŝģŶĚŝĞďĞƚƌŽŬŬĞŶnjŝũŶďŝũďŽƟŶĨĞĐƟĞƐ͘/ŶĞĞƌƐƚĞŝŶƐƚĂŶƟĞǁĞƌĚĞŶ ŚŝĞƌƚŽĞĚĞƌĞƐƉĞĐƟĞǀĞůŝũŬĞŐĞŶŽŽŵƐĞƋƵĞŶƟĞƐǀĞƌŐĞůĞŬĞŶ͘,ŝĞƌƵŝƚďůĞĞŬĚĂƚĚĞ onderzochte isolaten verschillende Enterobacter-soorten vertegenwoordigen. /ƐŽůĂƚĞŶ Ƶŝƚ ĚĞ ĚĂƌŵ ǁĞƌĚĞŶ ĂůĚƵƐ ŐĞŢĚĞŶƟĮĐĞĞƌĚ ĂůƐ E. roggenkampii en E.
hormaechei subspecies ŚŽīŵĂŶŶŝŝ͕ ƚĞƌǁŝũů ĚĞ ďŽƟƐŽůĂƚĞŶ ǀĞƌƐĐŚŝůůĞŶĚĞ E.
hormaechei ƐƵďƐƉĞĐŝĞƐǀĞƌƚĞŐĞŶǁŽŽƌĚŝŐĚĞŶŽĨĚĞ͚ĞĐŚƚĞ͛i E. cloacae. Op grond
ǀĂŶĂůůĞĞŶĚĞnjĞŐĞŐĞǀĞŶƐŬŽŶĂůŐĞĐŽŶĐůƵĚĞĞƌĚǁŽƌĚĞŶ͕ĚĂƚĚĞƌĞƐƉĞĐƟĞǀĞůŝũŬĞ ŝƐŽůĂƚĞŶ ĞĞŶ ǀĞƌƐĐŚŝůůĞŶĚĞ ĞǀŽůƵƟĞ ŚĞďďĞŶ ĚŽŽƌŐĞŵĂĂŬƚ ĚŝĞ ĚĞ ǀŽŽƌŬĞƵƌ voor verschillende niches in het menselijke lichaam zou kunnen verklaren. De ƉƌŽƚĞŽŽŵĂŶĂůLJƐĞƐůŝĞƚĞŶǀĞƌǀŽůŐĞŶƐnjŝĞŶ͕ĚĂƚĚĞďŽƟƐŽůĂƚĞŶŵĞĞƌĚĞƌĞĞŝǁŝƩĞŶ produceerden die gerelateerd zijn aan zogenaamde type III en type VI systemen ǀŽŽƌ ĞŝǁŝƚƐĞĐƌĞƟĞ͘ ĞƌŐĞůŝũŬĞ ƐLJƐƚĞŵĞŶ ƐƉĞůĞŶ ĞĞŶ ďĞůĂŶŐƌŝũŬĞ ƌŽů ďŝũ ŚĞƚ vermogen van bacteriën om ziekte te verwekken en, in het geval van de type s/ƐLJƐƚĞŵĞŶ͕ŽŵĂŶĚĞƌĞŵŝĐƌŽͲŽƌŐĂŶŝƐŵĞŶĚŝĞĐŽŶĐƵƌƌĞƌĞŶǀŽŽƌĚĞnjĞůĨĚĞŶŝĐŚĞ ƵŝƚƚĞƐĐŚĂŬĞůĞŶ͘ŝũŶĂĚĞƌĞŝŶƐƉĞĐƟĞǀĂŶĚĞƌĞƐƉĞĐƟĞǀĞůŝũŬĞŐĞŶŽŽŵƐĞƋƵĞŶƟĞƐ ďůĞĞŬŝŶĚĞƌĚĂĂĚ͕ĚĂƚĞůŬďŽƟƐŽůĂĂƚĚĞŐĞŶĞŶǀŽŽƌƚǁĞĞŽĨĚƌŝĞƚLJƉĞ///ƉůƵƐƚǁĞĞ ŽĨĚƌŝĞƚLJƉĞs/ĞŝǁŝƚƐĞĐƌĞƟĞƐLJƐƚĞŵĞŶďĞnjŝƚ͘ĞnjĞŐĞŶĞŶnjŝũŶĂůůĞŵĂĂůŐĞŢŶƚĞŐƌĞĞƌĚ ŝŶĚĞŶĂďŝũŚĞŝĚǀĂŶŐĞŶĞŶĚŝĞĐŽĚĞƌĞŶǀŽŽƌƚƌĂŶƐĨĞƌZEƐ͕ǁĂƚĞƌŵĞĞƐƚĂůŽƉ duidt, dat ze verkregen zijn door horizontale genoverdracht tussen bacteriën. ,ĞƚĐĂƌďĂƉĞŶĞŵͲƌĞƐŝƐƚĞŶƚĞE. roggenkampii ŝƐŽůĂĂƚďůĞĞŬĚĂĂƌĞŶƚĞŐĞŶĞŝǁŝƩĞŶi
ƚŽƚŽǀĞƌĞdžƉƌĞƐƐŝĞƚĞďƌĞŶŐĞŶĚŝĞŐĞƌĞůĂƚĞĞƌĚnjŝũŶĂĂŶĂŶƟďŝŽƟĐƵŵƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞĞŶ ĚĞƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞƚĞŐĞŶnjǁĂƌĞŵĞƚĂůĞŶ͘dĞnjĂŵĞŶůĂƚĞŶĚĞďĞƐĐŚƌĞǀĞŶŐĞŶŽŽŵͲĞŶ proteoomanalyses zien, dat de onderzochte bacteriën die allemaal behoren tot het E. cloacae ĐŽŵƉůĞdžnjŝĐŚŽƉǀĞƌƐĐŚŝůůĞŶĚĞǁŝũnjĞŽƉƟŵĂĂůŚĞďďĞŶĂĂŶŐĞƉĂƐƚ aan verschillende niches, waarin op verschillende eigenschappen geselecteerd ǁŽƌĚƚ͘ /Ŷ ĚĞ ĐŽŶƚĞdžƚ ǀĂŶ ĚĞnjĞ ĞǀŽůƵƟĞ ŚĞďďĞŶ njĞ ǀĞƌƐĐŚŝůůĞŶĚĞ ŵŽůĞĐƵůĂŝƌĞ ĨƵŶĐƟĞƐ ǀĞƌǁŽƌǀĞŶ ĚŝĞ ŚƵŶ ƌĞƉƌŽĚƵĐƟĞǀĞ ƐƵĐĐĞƐ ŝŶ ĚĞnjĞ ŶŝĐŚĞƐ ŚĞďďĞŶ verhoogd.
,ŽŽĨĚƐƚƵŬ ϱ richt de aandacht op twee plasmides die coderen voor de
njŽŐĞŶĂĂŵĚĞKyͲϰϮϳĐĂƌďĂƉĞŶĞŵĂƐĞ͘ĞnjĞƉůĂƐŵŝĚĞƐǁĞƌĚĞŶƌĞƐƉĞĐƟĞǀĞůŝũŬ in een Klebsiella pneumoniae isolaat en een bacterie behorend tot het E.
cloacae ĐŽŵƉůĞdž ŐĞŢĚĞŶƟĮĐĞĞƌĚ͘ ĞŝĚĞ ƉůĂƐŵŝĚĞƐ ďĞǀĂƩĞŶ ĚĞ ŬĞƌŶƐĞƋƵĞŶƟĞ
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 146PDF page: 146PDF page: 146PDF page: 146
ϭϰϲ
ƉůĂƐŵŝĚĞŐĞĨƵƐĞĞƌĚŵĞƚĞĞŶĂŶĚĞƌƉůĂƐŵŝĚĞǀĂŶĚĞ/ŶĐ&/ĐĂƚĞŐŽƌŝĞ͕ŚĞƚŐĞĞŶ resulteerde in een ‘megaplasmide’ van 321 kb. Dit megaplasmide omvat ŵĞĞƌĚĞƌĞ ŐĞďŝĞĚĞŶ ĚŝĞ ĐŽĚĞƌĞŶ ǀŽŽƌ ǀĞƌƐĐŚŝůůĞŶĚĞ ĂŶƟďŝŽƟĐƵŵƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞƐ͘ ĞĂĂŶǁĞnjŝŐŚĞŝĚǀĂŶŵĞĞƌĚĞƌĞƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞŐĞŶĞŶŝŶĠĠŶŵĞŐĂƉůĂƐŵŝĚĞŝƐnjĞĞƌ zorgwekkend, omdat dergelijke plasmides betrekkelijk eenvoudig overdraagbaar zijn naar andere bacteriën, die wellicht reeds resistent zijn tegen meerdere ĂŶƟďŝŽƟĐĂ͘ ,Ğƚ ŐĞŢĚĞŶƟĮĐĞĞƌĚĞ ŵĞŐĂƉůĂƐŵŝĚĞ njŽƵ ĂůnjŽ ĞĞŶ ǀĞŚŝŬĞů ŬƵŶŶĞŶ vormen voor het ontstaan van pan-resistente enterobacteriën die resistent zijn ƚĞŐĞŶĂůůĞďĞƐĐŚŝŬďĂƌĞĂŶƟďŝŽƟĐĂ͘
<Žƌƚ ƐĂŵĞŶŐĞǀĂƚ ďĞƐĐŚƌŝũŌ Ěŝƚ ƉƌŽĞĨƐĐŚƌŝŌ ĚĞ ŝĚĞŶƟĮĐĂƟĞ ĞŶ ŬĂƌĂŬƚĞƌŝƐĞƌŝŶŐ van bacteriën die behoren tot het E. cloacae complex en die opmerkelijk waren ŵĞƚďĞƚƌĞŬŬŝŶŐƚŽƚŚƵŶĂŶƟďŝŽƟĐƵŵƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞŽĨŚƵŶŬůŝŶŝƐĐŚĞŵĂŶŝĨĞƐƚĂƟĞ͘/Ŷ verreweg de meeste gevallen worden dergelijke waarnemingen alleen toegepast ǀŽŽƌ ĚĞ ďĞŚĂŶĚĞůŝŶŐ ǀĂŶ ƉĂƟģŶƚĞŶ ŵĞƚ ŝŶĨĞĐƟĞƐ ĚŝĞ ĚŽŽƌ ĚĞnjĞ ďĂĐƚĞƌŝģŶ veroorzaakt worden, terwijl de complexe mechanismes die ten grondslag liggen ĂĂŶĚĞǁĂĂƌŐĞŶŽŵĞŶĂŶƟďŝŽƟĐƵŵƌĞƐŝƐƚĞŶƟĞŽĨĚĞŝŶĨĞĐƟĞǀĂŶďĞƉĂĂůĚĞŶŝĐŚĞƐ in het menselijke lichaam niet verder onderzocht worden. Dankzij de recente ŽŶƚǁŝŬŬĞůŝŶŐǀĂŶƐŶĞůůĞ͚ŵƵůƟͲŽŵŝĐƐ͛ƚĞĐŚŶŽůŽŐŝĞģŶĞŶŚƵŶŝŵƉůĞŵĞŶƚĂƟĞŽƉ ŚĞƚŐƌĞŶƐŐĞďŝĞĚǀĂŶŬůŝŶŝƐĐŚĞŶĨƵŶĚĂŵĞŶƚĞĞůǁĞƚĞŶƐĐŚĂƉƉĞůŝũŬŽŶĚĞƌnjŽĞŬŝƐ het nu mogelijk geworden om een blik te werpen in het verleden, het heden ĞŶ ĚĞ ƚŽĞŬŽŵƐƚ ǀĂŶ ŐĞŢƐŽůĞĞƌĚĞ njŝĞŬƚĞǀĞƌǁĞŬŬĞƌƐ͘ ŝƚ ŝƐ ĞĞŶ ƐƉĂŶŶĞŶĚĞ ontwikkeling, omdat de nieuw verkregen inzichten uiteindelijk kunnen bijdragen aan de totstandkoming van betere strategieën en geneesmiddelen, waarmee ŵĞŶŐĞǀĂĂƌůŝũŬĞŝŶĨĞĐƟĞƐŬĂŶǀŽŽƌŬŽŵĞŶŽĨŐĞŶĞnjĞŶ͘
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 147PDF page: 147PDF page: 147PDF page: 147
147
ŚĂƉƚ
Ğƌϩ
ZĞĨĞƌĞŶƟĞƐ ŶƟƉŽǀ͕͕͘<ŽƌŽďĞLJŶŝŬŽǀ͕͕͘DĐ>ĞĂŶ͕:͘^͕͘ΘWĞǀnjŶĞƌ͕W͘͘;ϮϬϭϲͿ͘,LJďƌŝĚ^WĚĞƐ͗ ŶĂůŐŽƌŝƚŚŵĨŽƌŚLJďƌŝĚĂƐƐĞŵďůLJŽĨƐŚŽƌƚĂŶĚůŽŶŐƌĞĂĚƐ͘ŝŽŝŶĨŽƌŵĂƟĐƐ, 32;ϳͿ͕ϭϬϬϵʹϭϬϭϱ͘ŚƩƉƐ͗ͬͬĚŽŝ͘ŽƌŐͬϭϬ͘ϭϬϵϯͬďŝŽŝŶĨŽƌŵĂƟĐƐͬďƚǀϲϴϴ ƵƌŬĞ͕d͘W͘;ϮϬϭϴͿ͘dŚĞhŶĞdžƉĞĐƚĞĚ īĞĐƚƐŽĨƚŚĞŽŵďŝŶĂƟŽŶŽĨŶƟďŝŽƟĐƐ and Immunity. Cell, 172;ϱͿ͕ ϴϵϭʹϴϵϯ͘ ŚƩƉƐ͗ͬͬĚŽŝ͘ŽƌŐͬϭϬ͘ϭϬϭϲͬũ͘ cell.2018.02.003 <ĂǁĂŝ͕ z͕͘ DĞƌĐŝĞƌ͕ Z͕͘ DŝĐŬŝĞǁŝĐnj͕ <͕͘ ^ĞƌĂĮŶŝ͕ ͕͘ ^ſƌŝŽ ĚĞ ĂƌǀĂůŚŽ͕ >͘ W͕͘ Θ ƌƌŝŶŐƚŽŶ͕ :͘ ;ϮϬϭϵͿ͘ ƌƵĐŝĂů ƌŽůĞ ĨŽƌ ĐĞŶƚƌĂů ĐĂƌďŽŶ ŵĞƚĂďŽůŝƐŵ ŝŶ ƚŚĞ ďĂĐƚĞƌŝĂů >ͲĨŽƌŵ ƐǁŝƚĐŚ ĂŶĚ ŬŝůůŝŶŐ ďLJ ɴͲůĂĐƚĂŵ ĂŶƟďŝŽƟĐƐ͘ Nature Microbiology, 4;KĐƚŽďĞƌͿ͘ŚƩƉƐ͗ͬͬĚŽŝ͘ŽƌŐͬϭϬ͘ϭϬϯϴͬƐϰϭϱϲϰͲϬϭϵͲϬϰϵϳͲϯ <ŽŚĂŶƐŬŝ͕ D͘ ͕͘ ǁLJĞƌ͕ ͘ :͕͘ ,ĂLJĞƚĞ͕ ͕͘ >ĂǁƌĞŶĐĞ͕ ͘ ͕͘ Θ ŽůůŝŶƐ͕ :͘ :͘ ĐĞůů͘ϮϬϬϳ͘Ϭϲ͘Ϭϰϵ <ƵďŽƚĂ͕,͕͘hǁĂŵŝŶŽ͕z͕͘DĂƚƐƵŝ͕D͕͘^ĞŬŝnjƵŬĂ͕d͕͘^ƵnjƵŬŝ͕z͕͘KŬƵŶŽ͕Z͕͙͘/ǁĂƚĂ͕ S. (2018). FRI-4 carbapenemase-producing Enterobacter cloacae complex isolated in Tokyo, Japan. :ŽƵƌŶĂůŽĨŶƟŵŝĐƌŽďŝĂůŚĞŵŽƚŚĞƌĂƉLJ, 73(11), ϮϵϲϵʹϮϵϳϮ͘ŚƩƉƐ͗ͬͬĚŽŝ͘ŽƌŐͬϭϬ͘ϭϬϵϯͬũĂĐͬĚŬLJϮϵϭ;ϮϬϬϳͿ͘ ŽŵŵŽŶ DĞĐŚĂŶŝƐŵ ŽĨ ĞůůƵůĂƌ ĞĂƚŚ /ŶĚƵĐĞĚ ďLJ ĂĐƚĞƌŝĐŝĚĂů ŶƟďŝŽƟĐƐ͘Cell, 130;ϱͿ͕ϳϵϳʹϴϭϬ͘ŚƩƉƐ͗ͬͬĚŽŝ͘ŽƌŐͬϭϬ͘ϭϬϭϲͬũ͘
Maria Lina Mezzatesta, F. G. & S. S. (2018). Enterobacter cloacae ĐŽŵƉůĞdž͗ ĐůŝŶŝĐĂůŝŵƉĂĐƚĂŶĚĞŵĞƌŐŝŶŐĂŶƟďŝŽƟĐƌĞƐŝƐƚĂŶĐĞ͘Cell, 172;ϱͿ͕ϭϭϯϲͲϭϭϯϲ͘ Ğϭ͘ŚƩƉƐ͗ͬͬĚŽŝ͘ŽƌŐͬϭϬ͘ϭϬϭϲͬũ͘ĐĞůů͘ϮϬϭϴ͘ϬϮ͘Ϭϭϴ ^ƚƌĞŝƚ͕:͘D͕͘:ŽŶĞƐ͕Z͘E͕͘^ĂĚĞƌ͕,͘^͕͘Θ&ƌŝƚƐĐŚĞ͕d͘Z͘;ϮϬϬϰͿ͘ƐƐĞƐƐŵĞŶƚŽĨ ƉĂƚŚŽŐĞŶŽĐĐƵƌƌĞŶĐĞƐĂŶĚƌĞƐŝƐƚĂŶĐĞƉƌŽĮůĞƐĂŵŽŶŐŝŶĨĞĐƚĞĚƉĂƟģŶƚƐŝŶ ƚŚĞŝŶƚĞŶƐŝǀĞĐĂƌĞƵŶŝƚ͗ZĞƉŽƌƚĨƌŽŵƚŚĞ^ EdZzŶƟŵŝĐƌŽďŝĂů^ƵƌǀĞŝůůĂŶĐĞ WƌŽŐƌĂŵ ;EŽƌƚŚ ŵĞƌŝĐĂ͕ ϮϬϬϭͿ͘ /ŶƚĞƌŶĂƟŽŶĂů :ŽƵƌŶĂů ŽĨ ŶƟŵŝĐƌŽďŝĂů Agents, 24;ϮͿ͕ϭϭϭʹϭϭϴ͘ŚƩƉƐ͗ͬͬĚŽŝ͘ŽƌŐͬϭϬ͘ϭϬϭϲͬũ͘ŝũĂŶƟŵŝĐĂŐ͘ϮϬϬϯ͘ϭϮ͘Ϭϭϵ dŽŵĂƐnj͕͘;ϭϵϳϵͿ͘dŚĞDĞĐŚĂŶŝƐŵŽĨƚŚĞ/ƌƌĞǀĞƌƐŝďůĞŶƟŵŝĐƌŽďŝĂů īĞĐƚƐŽĨ WĞŶŝĐŝůůŝŶƐ͗,ŽǁƚŚĞĞƚĂͲ>ĂĐƚĂŵŶƟďŝŽƟĐƐ<ŝůůĂŶĚ>LJƐĞĂĐƚĞƌŝĂ͘ Annual Review of Microbiology, 33;ϭͿ͕ϭϭϯʹϭϯϳ͘ŚƩƉƐ͗ͬͬĚŽŝ͘ŽƌŐͬϭϬ͘ϭϭϰϲͬĂŶŶƵƌĞǀ͘ mi.33.100179.000553
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 148PDF page: 148PDF page: 148PDF page: 148
148 Acknowledgements Dear all, / ĨĞĞů ĨŽƌƚƵŶĂƚĞ ƚŽ ďĞ ĂďůĞ ƚŽ ĞdžƉƌĞƐƐ ŵLJ ĂƉƉƌĞĐŝĂƟŽŶ ƚŽ ƉĞŽƉůĞ ǁŚŽ ŚĂǀĞ ŚĞůƉĞĚŵĞĚƵƌŝŶŐŵLJƌĞƐĞĂƌĐŚĂŶĚƐƚĂLJŝŶ'ƌŽŶŝŶŐĞŶ͘dŚĂŶŬLJŽƵĂůů͘ ĞĨŽƌĞ ƐƚĂƌƟŶŐ ŵLJ ĂĐŬŶŽǁůĞĚŐĞŵĞŶƚ͕ / ǁŽƵůĚ ůŝŬĞ ƚŽ ƐŚĂƌĞ Ă ƐŵĂůů ĨĂĐƚ ŽĨ ŵLJ ůŝĨĞ͘/ŵŽǀĞĚĂůŽƚĚƵƌŝŶŐŵLJĐŚŝůĚŚŽŽĚ͘/ŚĂǀĞĐŚĂŶŐĞĚƐĐŚŽŽůƐĞǀĞŶƟŵĞƐŝŶƐŝdž ĚŝīĞƌĞŶƚƉůĂĐĞƐ͕ǁŚŝĐŚŝŶĐůƵĚĞĚǀĂůůĞLJƐ͕dĞƌĂŝĂŶĚŚŝůůLJĂƌĞĂƐŽĨEĞƉĂů͘ ĂĐŚƟŵĞ /ŵŽǀĞĚ͕/ĚŝĚŶŽƚŬŶŽǁŚŽǁŵLJůŝĨĞǁĂƐŐŽŝŶŐƚŽďĞůŝŬĞ͕ďƵƚ/ƵƐĞĚƚŽĞdžƉůŽƌĞ ĂŶĚ ĮŶĚ Ă ƐŵĂůů ĚŽŵĂŝŶ ǁŚĞƌĞ / ĐŽƵůĚ ĞŶũŽLJ ŝŶ ƚŚĞ ĐŝƚLJ ͕ ĂŶĚ ĨƌŽŵ ƚŚĂƚ ƉŽŝŶƚ /ĂůǁĂLJƐďĞŐŝŶŵLJŶĞǁũŽƵƌŶĞLJ͘/ƐĂǁŵŽǀĞŵĞŶƚĂƐĂǁĂLJŽĨůŝĨĞ͘dŚĞƌĞĨŽƌĞ͕/ ƚƌLJƚŽĐŽŶŶĞĐƚŵLJƐĞůĨƚŽƚŚĞĂŵďŝĞŶĐĞŽĨĐŝƚLJ͕ĂŶĚŽĨĐŽƵƌƐĞƚŚĂƚŝƐŝŵƉŽƌƚĂŶƚƚŽ ŵĞ͘/ĂŵŐůĂĚƚŚĂƚ/ĐŽƵůĚĐŽŶŶĞĐƚŵLJƐĞůĨƚŽ'ƌŽŶŝŶŐĞŶ͘WĞŽƉůĞŽŌĞŶĂƐŬŵĞ͕ŝĨ /ŵŝƐƐŵŽƵŶƚĂŝŶƐĂŶĚ,ŝŵĂůĂLJĂƐ͘ĞĮŶĂƚĞůLJ͕/ŵŝƐƐƚŚĞŵĂũĞƐƟĐŵŽƵŶƚĂŝŶƐĂŶĚ ǀŝďƌĂŶƚĐƵůƚƵƌĞƚŚĂƚ/ŚĂǀĞĞdžƉĞƌŝĞŶĐĞĚŝŶŵLJŚŽŵĞĐŽƵŶƚƌLJEĞƉĂů͘,ŽǁĞǀĞƌ͕/ĂůƐŽ ĞŶũŽLJƚŚĞďĞĂƵƟĨƵůƐŬLJĂŶĚĐůŽƵĚƐŽĨEĞƚŚĞƌůĂŶĚƐ͘^ŽŵĞƟŵĞƐ͕ƚŚĞĐůŽƵĚƐǁŽƵůĚ ŽƌŝĞŶƚŝŶƐƵĐŚĂŵĂŶŶĞƌƚŚĂƚŝƚǁŽƵůĚůŽŽŬůŝŬĞĂŵŽƵŶƚĂŝŶƌĂŶŐĞ͘ĞĮŶŝƚĞůLJ͕/ĐĂŶ͛ƚ ƚƌĞŬ͗W͕ďƵƚŝƚŝƐŝŶƚĞƌĞƐƟŶŐƚŽƐĞĞƚŚĞŝŶƚĞƌƉůĂLJŽĨĐůŽƵĚƐĂŶĚƐŬLJ͘/ĐŽŶƐŝĚĞƌŝƚĂ ǀĂůƵĂďůĞĞdžƉĞƌŝĞŶĐĞůŝǀŝŶŐŚĞƌĞ͘/ŚĂǀĞĞŶũŽLJĞĚůŝǀŝŶŐŝŶEĞƚŚĞƌůĂŶĚƐ͘EŽƚŽŶůLJ/ ŚĂǀĞĞŶũŽLJĞĚ͕ďƵƚĂůƐŽ/ůĞĂƌŶĞĚĂůŽƚĚƵƌŝŶŐŵLJDĂƐƚĞƌƐĂŶĚWŚƌĞƐĞĂƌĐŚ͘ &ŝƌƐƚůLJ/ǁŽƵůĚůŝŬĞƚŽĂƉƉƌĞĐŝĂƚĞƐŽŵĞŝŵƉŽƌƚĂŶƚƉĞŽƉůĞŽĨŵLJůŝĨĞǁŚŽĚŽŶŽƚ ŚĂǀĞĂĚŝƌĞĐƚƌŽůĞŝŶŵLJWŚďƵƚǀĞƌLJŝŵƉŽƌƚĂŶƚƌŽůĞŝŶŵLJůŝĨĞ͘dŚĞLJŚĂǀĞŝŶƐƉŝƌĞĚ͕ ƐƵƉƉŽƌƚĞĚ͕ƚƌƵƐƚĞĚĂŶĚƐŚŽǁĞĚŵĞůŝŐŚƚ͕ǁŚŝĐŚ/ĐŽƵůĚƵƐĞĂƐĂĚŝƌĞĐƟŽŶƚŽĮŶĚŵLJ ǁĂLJ͕ǁŚĞŶĞǀĞƌ/ŶĞĞĚĞĚ͘DLJŵŽƚŚĞƌĞŶƚŚƵƐŝĂƐŵ͕ƉŽƐŝƟǀŝƚLJ͕ĂŶĚĨŽƌŐŝǀŝŶŐŶĂƚƵƌĞ ŚĂƐŚĞůƉĞĚŵĞĂůŽƚƚŽŐƌŽǁŝŶŵLJƉĞƌƐŽŶĂůĂŶĚƌĞƐĞĂƌĐŚůŝĨĞ͘tŚĞŶĞǀĞƌ/ŚĂǀĞ ĂĐĐƵŵƵůĂƚĞĚŶĞŐĂƟǀĞĞŶĞƌŐLJ͕ƐŚĞŚĂƐŚĞůƉĞĚŵĞŶĞƵƚƌĂůŝnjĞƚŚĞŵĂŶĚƌĞĐŚĂƌŐĞ ǁŝƚŚŚĞƌĐŽŵƉĂƐƐŝŽŶĂƚĞŶĂƚƵƌĞ͘dŚĞŶ͕ŵLJĐŚŝůĚŚŽŽĚĨƌŝĞŶĚZŽƐŚĂŶǁĂƐƚŚĞĮƌƐƚ ƉĞƌƐŽŶǁŚŽŝŶƚƌŽĚƵĐĞĚŵĞƚŽƚŚĞǁŽƌůĚŽĨƐĐŝĞŶĐĞ͘,ĞƵƐĞĚƚŽĚĞŵŽŶƐƚƌĂƚĞĨƵŶ ƐĐŝĞŶĐĞŐĂŵĞƐǁŚŝĐŚĂŵƵƐĞĚŵĞ͕ĂŶĚ/ĂůǁĂLJƐůŽŽŬĨŽƌǁĂƌĚƚŽƐĞĞŚŝƐǁŽƌŬ͘EŽƚ ŽŶůLJƐĐŝĞŶĐĞďƵƚĂůƐŽŚĞŝŶƚƌŽĚƵĐĞĚŵĞƚŽĂĞƐƚŚĞƟĐƐďLJŚŝƐĂŵĂnjŝŶŐĐĂůůŝŐƌĂƉŚLJ͘ ĞĐĂƵƐĞŽĨŚŝŵ͕/ďĞŐĂŶƚŽĂƉƉƌĞĐŝĂƚĞƚŚĞƵŶƐĞĞŶĂƐƉĞĐƚƐŶĂƚƵƌĞĂƌŽƵŶĚŵĞ͘ƚ ƚŚĂƚƟŵĞ͕/ŐŽƚĞdžĐŝƚĞĚĂŶĚĂƉƉƌĞĐŝĂƚĞĚŚŝƐǁŽƌŬďƵƚ/ŚĂĚŶŽƉĂƟĞŶĐĞ
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 149PDF page: 149PDF page: 149PDF page: 149
149
ŚĂƉƚ
Ğƌϩ
ƚŽ ƵŶĚĞƌƐƚĂŶĚ ǁŚLJ ĂŶĚ ŚŽǁ͘ EŽŶĞƚŚĞůĞƐƐ͕ / ĂůƌĞĂĚLJ ŶŽƟĐĞĚ ĐŽŽů ƚŚŝŶŐƐ ǁĞƌĞ ƉŽƐƐŝďůĞ͘/ĂůƐŽďĞŐĂŶƚŽƉĂLJŵŽƌĞĂƩĞŶƟŽŶƚŽƚŚĞůĞĐƚƵƌĞƐĂƚƐĐŚŽŽů͕ĂŶĚƐŝŶĐĞ ƚŚĞŶ/ŐŽƚďĞƩĞƌŝŶŵLJĨŽƌŵĂůĞĚƵĐĂƟŽŶ͘dŚĞŶ/ŵŽǀĞĚƚŽĂŶŽƚŚĞƌĐŝƚLJ͕ǁŚĞƌĞ/ ŵĞƚŵLJĨƌŝĞŶĚ^ĂďŝƚĂ͕ƐŚĞŚĂƐĂůǁĂLJƐĂĚŽƌŶĞĚŵLJůŝĨĞǁŝƚŚŚĞƌĞŶƚŚƵƐŝĂƐƟĐĂŶĚ ƉŽƐŝƟǀĞŶĂƚƵƌĞ͘^ĂďŝƚĂ͕ǁĞďĞĞŶĨƌŝĞŶĚƐĨƌŽŵƚŚĞƟŵĞǁŚĞŶ/ĞǀĞŶĚŝĚŶŽƚŬŶŽǁ ƚŚĞŵĞĂŶŝŶŐŽĨĨƌŝĞŶĚƐŚŝƉ͘zŽƵĂƌĞĂŵĂnjŝŶŐ͘zŽƵƌŝŶƐŝŐŚƚƐŚĂǀĞďĞĞŶƐŽŝŶƐƉŝƌŝŶŐ͘ /ůŽŽŬĨŽƌǁĂƌĚƚŽůŽƚŽĨƚƌĂǀĞůůŝŶŐǁŝƚŚLJŽƵ͘/ǁŽƵůĚĂůƐŽůŝŬĞƚŽƚŚĂŶŬLJŽƵƌŚƵƐďĂŶĚ ^ƵĚĞĞƉĨŽƌŚĞůƉŝŶŐƵƐŽƌŐĂŶŝnjĞƚƌŝƉƐĚƵƌŝŶŐŵLJƐƚĂLJŝŶhŶŝƚĞĚ^ƚĂƚĞƐ͘zŽƵďŽƚŚ ĂƌĞůŽǀĞůLJĐŽƵƉůĞ͘DLJŚĂũƵƌĂŵĂ;ŐƌĂŶĚŵŽƚŚĞƌͿ͕ŵLJďƵǁĂ;ĨĂƚŚĞƌŝŶEĞƉĂůŝͿŵLJ ďŚĂŝ;ďƌŽƚŚĞƌͿĂůǁĂLJƐƐŚŽǁŵĞƉŽƐƐŝďŝůŝƟĞƐ͕ƚŚĂƚŵŝŐŚƚŶŽƚďĞƌĞĂůŝƐƟĐƐŽŵĞƟŵĞƐ ďƵƚ ƚŚĞLJ ĂůǁĂLJƐ ŚĞůƉ ŵĞ ƚŽ ƌĞŐĂŝŶ ĐŽŶƐƚƌƵĐƟǀĞ ŵŝŶĚƐĞƚ ĂŶĚ ŵŽǀĞ ƚŽǁĂƌĚƐ Ă ƉƵƌƉŽƐĞĨƵůůŝĨĞ͘/ǁŽƵůĚĂůƐŽůŝŬĞƚŽƚŚĂŶŬŵLJĨƌŝĞŶĚ^ŝůǀŝĂ͕ǁŚŽĂůǁĂLJƐŚĞůƉŵĞ ĐůĞĂƌŵLJĚŽƵďƚƐĂŶĚƐƚŵLJĐŽŶĮĚĞŶĐĞ͘dŚĂŶŬƐĨŽƌLJŽƵƌĐŽŶƐƚĂŶƚƚƌƵƐƚŽŶŵĞ͘ /ĂƉƉƌĞĐŝĂƚĞĂůůŽĨLJŽƵƌĐŽŶƐƚĂŶƚƐƵƉƉŽƌƚĂŶĚĞŶƚŚƵƐŝĂƐŵ͘I would like to thank my promotor Prof. Jan Maarten van Dijl for giving me opportunity to start my PhD in his lab. I appreciate your kind and down to earth ŶĂƚƵƌĞ͘zŽƵŚĂǀĞďĞĞŶǀĞƌLJƐƵƉƉŽƌƟǀĞƚŚƌŽƵŐŚŽƵƚƚŚŝƐƌĞƐĞĂƌĐŚũŽƵƌŶĞLJ͘/ŚĂĚ very good experience while working on Chapter 3, and I was so happy when you ƐŚŽǁĞĚŵĞĚŝƌĞĐƟŽŶƚŽĐŽŶŶĞĐƚƐŽŵĞŵŝƐƐŝŶŐůŝŶŬƐŝŶƚŚĞƉĂƚŚǁĂLJƐ͘,ŽŶĞƐƚůLJ͕/ felt joy of being in science. I also appreciate that you challenged me to improve ŵLJ ĐŽŵŵƵŶŝĐĂƟŽŶ ƐŬŝůůƐ͘ dŚĞƌĞ ǁĂƐ ŶŽ ŽƉƟŽŶ ƚŽ ŵŽǀĞ ƚŚĞ ƉƌŽũĞĐƚ ĨŽƌǁĂƌĚ ǁŝƚŚŽƵƚŐŽŽĚĐŽŵŵƵŶŝĐĂƟŽŶ͘/ǁŽƵůĚĂůƐŽůŝŬĞƚŽƚŚĂŶŬLJŽƵƌǁŝĨĞZŝƚĂĨŽƌŶŝĐĞ talks during the lab get together. I would also like to than my co-promotor Erik ĂƚŚŽŽƌŶ͘ dŚĂŶŬƐ ĨŽƌ ŚĞůƉŝŶŐ ŵĞ ƚŽ ŝŵƉƌŽǀĞ ƚŚĞ ƚŚĞŽƌĞƟĐĂů ďĂĐŬŐƌŽƵŶĚ ĂŶĚ ƉƌĂĐƟĐĂůĂƐƉĞĐƚƐŽĨĂŶƟďŝŽƟĐƌĞƐŝƐƚĂŶĐĞ͘/ĂƉƉƌĞĐŝĂƚĞLJŽƵƌƐƵƉƉŽƌƚĂŶĚƉĂƟĞŶĐĞ͘ ŶĚƚŚĂŶŬLJŽƵ:ŽŚŶZŽƐƐĞŶĨŽƌĂůůŽǁŝŶŐŵĞƚŽƵƐĞƚŚĞƐĞƋƵĞŶĐŝŶŐĨĂĐŝůŝƚLJ͘/ƌĞĂůůLJ ĂƉƉƌĞĐŝĂƚĞLJŽƵƌǁŝůůŝŶŐŶĞƐƐƚŽŚĞůƉ͘dŚĂŶŬLJŽƵĂůůĨŽƌLJŽƵƌƐƵƉĞƌǀŝƐŝŽŶ͘/ǁŝƐŚ you all the best and success.
I am grateful to my collaborator Stefano Grasso. I appreciate his immense interest, ĐƵƌŝŽƐŝƚLJĂŶĚĐƌŝƟĐĂůƚŚŝŶŬŝŶŐ͘/ƚŚŝŶŬLJŽƵĂƌĞŝŶƚĞůůŝŐĞŶƚĂŶĚĐŽŽůƉĞƌƐŽŶ͘tŝƚŚ you, I learned to manage my enthusiasm, slow down and evaluate each steps of ĂŶĂůLJƐŝƐ͘/ĂƉƉƌĞĐŝĂƚĞŚŽǁLJŽƵĞdžƉůĂŝŶŵĞďŝŽͲŝŶĨŽƌŵĂƟĐƐ͘ƵƚLJŽƵƌĞŵĂŝůƐ
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 150PDF page: 150PDF page: 150PDF page: 150
150
are so long -. I wish we could work on more projects in future. You helped me ƌŝŐŚƚǁŚĞŶŝŶĞĞĚĞĚŚĞůƉŵŽƐƚ͘/ǁŽƵůĚĂůƐŽůŝŬĞƚŽƚŚĂŶŬ'ŝŽƌŐŝŽĨŽƌŚŝƐĐƌŝƟĐĂů analysis in the phylogeny of E. cloacae complex. I appreciate that you would try ƚŽĂŶƐǁĞƌĂůůƚŚĞƌĞůĞǀĂŶƚĂŶĚŝƌƌĞůĞǀĂŶƚƋƵĞƐƟŽŶƐ͕ĂŶĚƚŽůĞƌĂƟŶŐŵLJĂŶŶŽLJŝŶŐ teasing. My sincere thanks to you Giorgio. Francis, I appreciate so much your ŝŶƐŝŐŚƚƐŽŶƚŚĞďŝŽůŽŐŝĐĂůƉƌŽĐĞƐƐĞƐ͘zŽƵŚĂǀĞƚĂůĞŶƚƚŽŶŽƟĐĞƚŚĞƉĂƩĞƌŶƐĂŶĚ ƐƵŐŐĞƐƚŵĞĂŶŝŶŐĨƵůŝĚĞĂƐ͘tŝƚŚƚŚĞƚƌŝŽŽĨŵLJĐŽůůĂďŽƌĂƚŽƌƐ͕/ůĞĂƌŶĞĚƚŽďĞŵŽƌĞ ĐƌŝƟĐĂůƚŚĂƚŚĞůƉďĂůĂŶĐĞŵLJĞdžƚƌĂŽƉƟŵŝƐŵ͘/ĨĞĞůǀĞƌLJůƵĐŬLJƚŽǁŽƌŬǁŝƚŚLJŽƵ͘ /ǁŽƵůĚĂůƐŽůŝŬĞƚŽƚŚĂŶŬŵLJƌĞĂĚŝŶŐĐŽŵŵŝƩĞĞƌŶŽůĚƌŝĞƐƐĞŶ͕tŝŵYƵĂdžĂŶĚ <ĂƌƚƐĞŶĞĐŬĞƌ͕WƌŽĨ͘͘,ĂŵƉƌĞĐŚƚĨŽƌŵĂŬŝŶŐƟŵĞƚŽƌĞĂĚŵLJƚŚĞƐŝƐ͘ŶĚƚŚĂŶŬ LJŽƵ ůĞŶŝ͕^ŽůŽŵŽŶ͕͕ZŽĐŝŽ͕'ŝƌďĞ͕,ĞƌŵŝĞ͕DŽŶŝŬĂ͕^ŝŐƌŝĚ͕EĂƚĂĐŚĂ͕DĂƌŐĂƌŝƚĂ͕ DĂƌŝŶĞƐ͕ŝŵĂů͕dŝŵ͕^ĂŶĚƌĂDĂĂƐ͕^ŝůǀŝĂ͕ZƵďĞŶĂŶĚ:ĂƐƉĞƌĨŽƌŚĞůƉŝŶŐĂŶĚ giving me advice on various subjects related to PhD.
I would like to thank my lovely paranymphs Francis, Marines and Bimal. My life in the lab would have been so boring without you all. Bimal, I am going to miss ƚŚĞŚŝLJĂͬŽīĞĞŐĂĂĨ;EĞƉĂůŝǁĂLJŽĨƐĂLJŝŶŐƚĞĂƟŵĞƚĂůŬƐͿ͘/ĨĞĞůƐŽĨŽƌƚƵŶĂƚĞ ƚŚĂƚǁĞŵĞƚŝŶ'ƌŽŶŝŶŐĞŶĂŶĚĞŶĚĞĚƵƉǁŽƌŬŝŶŐŝŶƚŚĞƐĂŵĞůĂď͘dĂůŬŝŶŐǁŝƚŚ you is fun because we feel comfortable to talk about the economy, society, bad music, movies to future, space and so on. I like the joke about the bird that you ƚĞůů͘dŚĂƚũŽŬĞĂůǁĂLJƐŵĂŬĞƐŵĞůĂƵŐŚ͘/ŚĂǀĞĂůƐŽĞŶũŽLJĞĚƚƌĂǀĞůůŝŶŐǁŝƚŚLJŽƵ during conferences and courses. I am sure we will stay in touch and I wish you all the best and success in your enterprenual endeavours. Marines, you are so ĞŶƚŚƵƐŝĂƐƟĐ͘zŽƵĂƌĞƐŽĞĂƐLJŐŽŝŶŐ͕ĂůǁĂLJƐƌĞĂĚLJƚŽƚƌLJŶĞǁƚŚŝŶŐƐ͘/ĂŵŚĂƉƉLJ that i met you and very happy that we could make memorable trip to Lanzarote -. Francis, I learn a lot from you. I like that you have diverse knowledge on ǀĂƌŝŽƵƐ ƚŽƉŝĐƐ͘ / ĂƉƉƌĞĐŝĂƚĞ Ă ůŽƚ LJŽƵƌ ŝŶƐŝŐŚƚƐ ĂŶĚ ƐƵŐŐĞƐƟŽŶƐ͘ tŚĂƚ ĨŽƌ͍ dŚĂƚƐƚŚĞƋƵĞƐƟŽŶŝŽŌĞŶĨŽƌŐĞƚƚŽĂƐŬ͘tŽƌŬŝŶŐǁŝƚŚLJŽƵ/ůĞĂƌŶĞĚƚŽĂƐŬƚŚĂƚ ƋƵĞƐƟŽŶ͘dŚĂŶŬLJŽƵĂůůĨŽƌŚĞůƉŝŶŐŵĞŽƌŐĂŶŝnjĞŵLJĚĞĨĞŶƐĞĚĂLJ͘/ǁŝƐŚŵLJůŽǀĞůLJ paranymphs all the best and I am sure we will stay in touch.
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 151PDF page: 151PDF page: 151PDF page: 151
151
ŚĂƉƚ
Ğƌϩ
dŚĂŶŬLJŽƵŵLJĐŽŽůŽĸĐĞŵĂƚĞƐdŝŵ͕ŶĚƌĞĂ͕>ĂƵƌĂ͕zĂŶLJĂŶĂŶĚ ůŝĂƐ͘dŝŵ͕LJŽƵ ĂƌĞǀĞƌLJƉŽƐŝƟǀĞĂŶĚŽƌŐĂŶŝnjĞĚ͘͘/ůŝŬĞƚŚĂƚLJŽƵƐŚĂƌĞĚLJŽƵƌƚƌĂǀĞůĞdžƉĞƌŝĞŶĐĞ͘ /ǁĂƐůƵĐŬLJƚŽŚĂǀĞŵLJĐůĂƐƐŵĂƚĞĂŶĚĨƌŝĞŶĚĂƐĐŽůůĞĂŐƵĞ͗Ϳ͘/ƌĞŵĞŵďĞƌǁŝƚŚ LJŽƵĂŶĚ^ŽůŽŵŽŶŽƵƌŽĸĐĞǁĂƐůŝǀĞůLJĂŶĚĨƵůůŽĨĞŶĞƌŐLJ͘ŶĚƌĞĂ͕LJŽƵĂƌĞƐŽ ĂīĞĐƟŽŶĂƚĞ͕ĂŶĚƌĞĂůŚƵŐŐĞƌ͘dŚĞŵŽƌĞ/ŬŶŽǁLJŽƵ͕ƚŚĞŵŽƌĞ/ĂĚŵŝƌĞLJŽƵ͘/ ĂůƐŽƚŚŝŶŬLJŽƵĂƌĞĂŵĂnjŝŶŐƐƚŽƌLJƚĞůůĞƌ͘dŚĂŶŬLJŽƵĨŽƌďĞŝŶŐƐŽƐǁĞĞƚƚŽŵĞ͘/ wish you all the best. Laura, it was nice to see you again. I enjoyed a lot making ƐŽŶŐƐĨŽƌ^ŽůŽŵŽŶ͕ǁĂƐŶ͛ƚŝƚĨƵŶ͍/ƚŚŝŶŬƐŽ͘dŚĂŶŬƐzĂŶLJĂŶĂŶĚ ůŝĂƐĨŽƌŶŝĐĞ ĞŶǀŝƌŽŶŵĞŶƚŝŶƚŚĞŽĸĐĞ͘^ƉĞĐŝĂůƚŚĂŶŬƐƚŽDŝŶŝĂ͘/ĞŶũŽLJĞĚĂůŽƚLJŽƵƌĐŽŵƉĂŶLJ during your short stay in Groningen. I wish you happiness./ Ăŵ ƐŽ ůƵĐŬLJ ƚŚĂƚ ŝ ŚĂǀĞ ĨƵŶŶLJ ͕ ǁĂƌŵ͕ ĂīĞĐƟŽŶĂƚĞ͕ ĐƌĂnjLJ͕ ƐǁĞĞƚ͕ ůĂnjLJ ͕ adventerous friends. I am indebted to my friend Ana, Irene and Violeta. My dearest friends, my life in Groningen would have been so boring without you. All ƚŚŽƐĞŵŽǀŝĞƐĞǀĞŶŝŶŐ͕ƉĂƌƟĞƐ͕ĚŝŶŶĞƌƐ͕ƐŚŽƌƚƚƌŝƉƐ͕ŚŽůŝĚĂLJƐ͕ĐŽīĞĞďƌĞĂŬƐĂŶĚ much more have decorated my stay in Groningen. Ana you have been so warm and always there for me. I miss you so much. Irene, it was so nice to be your ƉĂƌĂŶLJƉŚ͘/ƚ͛ƐƐŽĨƵŶƚŽďĞĂƌŽƵŶĚLJŽƵ͘sŝŽůĞƚĂ͕LJŽƵƐŝŵƉůLJŵĂŬĞƵƐĚĂŶĐĞ͗Ϳ͘/ love you all.
/ĨĞĞůƐŽůƵĐŬLJƚŽĮŶĚĂŵĂnjŝŶŐĨƌŝĞŶĚƐĂƚŵLJǁŽƌŬƉůĂĐĞ͘dŚĂƚŝƐƐŽƌĂƌĞ͘'ŝŽƌŐŝŽ͕ you know me since I joined the lab. I sincerely want to thank you for all the delicious food you cooked for us, especially taking care of personal taste. You are the most passionate chef. Giorgio and Maggie, you both are loving and ĐĂƌŝŶŐĂŶĚLJŽƵĚŽŶ͛ƚǁĂŝƚƚŽƐŚŽǁLJŽƵƌĐĂƌĞ͘dŚĂƚ͛ƐůŽǀĞůLJ͘DĂŐŐŝĞ͕ƚŚĂŶŬƐĨŽƌĂůů ƐƵƉƉŽƌƚĚƵƌŝŶŐƚŚĞůĂƐƚĚĂLJƐŽĨŵLJWŚƌĞƐĞĂƌĐŚ͘dŚĂŶŬƐĨŽƌƚŚĞƉƵŵƉŬŝŶĐŚĂŝ ůĂƚĞ͕ĂůŵŽŶĚŵŝůŬĂŶĚĐŽīĞĞďƌĞĂŬƐƚŚĂƚŚĞůƉĞĚŵĞĐŽƉĞǁŝƚŚƟŵĞƉƌĞƐƐƵƌĞ͘ zŽƵĂƌĞŚĞĂƌƚǁĂƌŵŝŶŐ͘ZŽĐŝŽ͕LJŽƵŝŶƐƉŝƌĞĚ͕ƐƵƉƉŽƌƚĞĚĂŶĚŚĞůƉŵĞŝŵƉƌŽǀĞŝŶ so many areas of my life. I enjoy your company a lot. I look forward to making some cool clay earrings with you. Stefano, you rarely joke. But, some of your jokes are really funny. I wish you all the best.
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 152PDF page: 152PDF page: 152PDF page: 152
152
DLJůĞŬŬĞƌƐŐƌŽƵƉĨƌŝĞŶĚƐ'ƵŝĚŽ͕'ĞŽƌŐŝĂ͕'ĂďŝĂŶĚdŝŵ͘/ŚĂǀĞĞŶũŽLJĞĚĂůůƚŚĞ nice , funny, strange, warm talks . I love how we have gathered to order the ƉŽƉƵůĂƌ͞ůĨĂũŽƌĞƐ͘͟ĞĮŶĂƚĞůLJ͕ůĨĂũŽƌĞƐƐƉĞĚƵƉŵLJǁƌŝƟŶŐƉƌŽĐĞƐƐ;ZƵƌŝƌĂͿ͘ Guido, i can imagine you will be telling the story of culture shock stories even ƚŽLJŽƵƌŐƌĂŶĚĐŚŝůĚƌĞŶ͘'ĞŽƌŐŝĂ͕LJŽƵĂƌĞƐŽǁĂƌŵĂŶĚǁĞůĐŽŵŝŶŐ͘/ůŽǀĞĐŽīĞĞ ƟŵĞĂŶĚƚĂůŬƐǁŝƚŚLJŽƵ͘'Ăďŝ͕ƚŚĂŶŬLJŽƵĨŽƌŶŝĐĞƚĂůŬƐĂŶĚƐƵŐŐĞƐƟŽŶƐ͘/ǁŝƐŚ you all the best .
:ĂƐŵŝŶĞ͕ŵLJƐŝƐƚĞƌĂŶĚŵLJŇĂƚŵĂƚĞ͘zŽƵůŝŐŚƚƵƉŵLJWŚůŝĨĞ͘/ůŽŽŬĨŽƌǁĂƌĚƚŽ ŽƵƌƚƌŝƉƚŽƌŽĂƟĂƚŽŐĞƚŚĞƌ͗Ϳ͘ƟĞŚ͕ŵLJĐƌĂnjLJĨƌŝĞŶĚ͘zŽƵĂƌĞĂǁĞƐŽŵĞ͘dŚĂŶŬƐ for all support and encouragement . Both you and Jethro revive my feelings towards social work. You all are my sweet family in Groningen.
ĞĂƌDĞƌůĞĂŶĚŚƌŝƐ͕/ĂŵƐŽŚĂƉƉLJƚŚĂƚLJŽƵĂƌĞŝŶ'ƌŽŶŝŶŐĞŶ͘dŚĂŶŬƐĨŽƌ LJŽƵ ƵŶĚĞƌƐƚĂŶĚŝŶŐ ĂŶĚ ůŽǀĞ͘ dŚĞƌĞ ĂƌĞ ŵĂŶLJ ƚƌŝƉƐ ǁĞ ŵĂĚĞ ƚŽŐĞƚŚĞƌ͘ Ƶƚ ŝ ƚŚŝŶŬǁĞĂůůĂŐƌĞĞƚŚĂƚƚŚĞƐƵƌƉƌŝƐĞ,ƵŶŐĂƌLJƚƌŝƉǁĂƐĨƵŶ͗Ϳ͘dŚĂŶŬƐ'ĞƌŐĞůLJĨŽƌ ŚŽƐƟŶŐĂůůŽĨƵƐ͘dŚĂŶŬƐDĂŝƵ͕DŽƌů͕ŶŝƚĂĂŶĚ^ĂƌĂŚ͘^ĂƌĂŚ͕ŝƌĞĂůůLJůŝŬĞƚŚĂƚLJŽƵ get excited about research . I wish you all the best. Santoshi and Jimmie, you ďŽƚŚĂƌĞůŽǀĞůLJ͘dŚĂŶŬƐĨŽƌLJŽƵƌĐĂƌĞĚƵƌŝŶŐŵLJƐƚĂLJŝŶEĞƚŚĞƌůĂŶĚƐ͘DĂƌƌLJ͕ŵLJ amazing friend,thank you for showing me around Groningen and sharing your life experiences. I learn a lot from you.
ĞĂƌ ůŝƐĂ͕ǁŚĞŶLJŽƵĂƌĞĞŶƚŚƵƐŝĂƐƟĐLJŽƵďƌŝŶŐƐŽŵƵĐŚĞdžĐŝƚĞŵĞŶƚ͘dŚĂŶŬƐĨŽƌ ϭйĐŽīĞĞďƌĞĂŬƟŵĞ͘/ǁŝƐŚLJŽƵĂůůƚŚĞďĞƐƚ͘DĂƌŝŶĂ͕ŝĂƉƉƌĞĐŝĂƚĞƐŽŵƵĐŚLJŽƵƌ ĐĂƌŝŶŐŶĂƚƵƌĞ͘/ǁŽƵůĚĂůƐŽůŝŬĞƚŽƚŚĂŶŬhƐŵĂĨŽƌĂůůĨƵŶƟŵĞ͘DĂĨĂůĚĂ͕dŝĂŐŽ ĂŶĚZŝƚĂ͕ƚŚĂŶŬLJŽƵĨŽƌŶŝĐĞĐŽŶƐǀĞƌƐĂƟŽŶƐ
537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal 537819-L-bw-Nepal Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019 Processed on: 13-11-2019
Processed on: 13-11-2019 PDF page: 153PDF page: 153PDF page: 153PDF page: 153
153
ŚĂƉƚ
Ğƌϩ
yŝŶ͕ LJŽƵ ŚĂǀĞ ďĞĞŶ ĂůǁĂLJƐ ƐŽ ŶŝĐĞ ƚŽ ŵĞ͘ dŚĂŶŬƐ ĨŽƌ Ăůů ƚŚĞ ŐŽŽĚ ƚŚŽƵŐŚƚƐ͘ ĞĮŶĂƚĞůLJ͕ƚŚĂƚŝƐŚĞůƉĨƵůƚŽĚĞĂůǁŝƚŚƚŚĞŵŽŵĞŶƚƐŽĨƐĞůĨĚŽƵďƚƐ͘:ŽůĂŶĚĂ͕ŝ ǁŝůůĂůǁĂLJƐƌĞŵĞďĞƌ͞ůĞƚ͛ƐƐŚŝŶĞ͘͞dŚĂŶŬƐĨŽƌƉŽƐŝƟǀĞƚĂůŬƐ͘'ĂďLJ͕ƚŚĂŶŬƐĨŽƌĂůů jokes and fun talks in breaks. Min, i admire the way you express your enthusiasm for food and travelling. Sjouke, thanks for your help in my copper project, and ĂůƐŽLJŽƵƌŚĞůƉŝŶƚƌĂŶƐůĂƟŶŐƵƚĐŚƚŽ ŶŐůŝƐŚ͘>ŝƐƐĂŶĞ͕ƚŚĂŶŬƐĨŽƌƚŚĞƟƉƐƚŽ use inkscape . Dear, Yaremit , Paola, Lu, Marjolein. I would like to wish you all ƚŚĞďĞƐƚ͘/ĂŵƐŽƌƌLJŝĨ/ĨŽƌŐŽƚƚŽŵĞŶƟŽŶƐŽŵĞŶĂŵĞƐ͘dŚĂŶŬƐĂŵĂnjŝŶŐDŽůďĂĐ members./ ǁŽƵůĚ ůŝŬĞ ƚŽ ƚŚĂŶŬ ,ĂŶ DŽƐŚĂŐĞ ĨŽƌ ƐĞůĞĐƟŶŐ ŵĞ ŝŶ ƚŚĞ ƚŽƉ DĂƐƚĞƌƐ ƉƌŽŐƌĂŵŵĞ͘dŚĂƚǁĂƐĂƐƉĞĐŝĂůŽƉƉŽƌƚƵŶŝƚLJǁŚŝĐŚĂůůŽǁĞĚŵĞƚŽĞdžƉůŽƌĞĂŶĚ understand research world.
I would also like to thank Samiksha, Pragyi, and Greeshma. I am glad that I met you in Groningen. I wish you a lot of fun, all the best for your future. I would like ƚŽĂƉƉƌĞĐŝĂƚĞĂůůŵLJĨƌŝĞŶĚƐĨƌŽŵEĞƉĂů͘<ŝƐŚŽƌLJŽƵŚĂǀĞďĞĞŶĞŶĐŽƵƌĂŐŝŶŐĂŶĚ ĐŽŶĐĞƌŶĞĚ͘dŚĂŶŬƐĨŽƌLJŽƵƌƐƵƉƉŽƌƚ͘^ƵƌĂŝLJĂ͕<ƌŝƚĂŶ͕<ĂůƉĂŶĂ͕^ĂŬƵŶ͕ZĂƐŚŶĂ͕ ^ĂŚĂŶĂ͕ZĂƐŚŵŝ͕ZĂŵĞƐŚ͕ƚŚĂŶŬLJŽƵĂůů͘^ƉĞĐŝĂůƚŚĂŶŬƐƚŽ^ĂƌũƵĚĂŝ͘/ǁŝƐŚLJŽƵĂůů ƚŚĞďĞƐƚĨŽƌĮŶŝƐŚŝŶŐLJŽƵƌWŚ͘/ǁŽƵůĚĂůƐŽůŝŬĞƚŽƚŚĂŶŬĂůůŵLJĨĂŵŝůLJŵĞŵďĞƌƐ ŝŶEĞƉĂůĂŶĚ ƵƌŽƉĞ͘ dŚĂŶŬLJŽƵǀĞƌLJŵƵĐŚĞǀĞƌLJŽŶĞ͘zŽƵĂůůŚĂǀĞďĞĞŶĞdžƚƌĞŵĞůLJƐƵƉƉŽƌƟǀĞ͘ ĞƐƚZĞŐĂƌĚƐ͕ Suruchi
