Towards subunit specific proteasome inhibitors Linden, W.A. van der

Towards subunit specific proteasome inhibitors

Linden, W.A. van der

Citation

Linden, W. A. van der. (2011, December 22). Towards subunit specific proteasome inhibitors. Retrieved from https://hdl.handle.net/1887/18273

Version: Corrected Publisher’s Version

License: Licence agreement concerning inclusion of doctoral thesis in the Institutional Repository of the University of Leiden

Downloaded from: https://hdl.handle.net/1887/18273

Note: To cite this publication please use the final published version (if

applicable).

List of Publications

‘A Fluorescent broad-spectrum proteasome inhibitor for labeling protea- somes in vitro and in vivo.’ Verdoes, M.; Florea, B. I.; Menendez-Benito, V.;

Maynard, C. J.; Witte, M. D.; van der Linden, W. A.; van den Nieuwendijk, A. M.; Hofmann, T.; Berkers, C. R.; van Leeuwen, F. W.; Groothuis, T.

A.; Leeuwenburgh, M. A.; Ovaa, H.; Neefjes, J. J.; Filippov, D. V.; van der Marel, G. A.; Dantuma, N. P.; Overkleeft, H. S. Chem. Biol. 2006, 13, 1217 - 1226.

‘Mixing of peptides and electrophilic traps gives rise to potent, broad- spectrum proteasome inhibitors.’ Verdoes, M.; Florea, B. I.; van der Linden, W. A.; Renou, D.; van den Nieuwendijk, A. M. C. H.; van der Marel, G.

A.; Overkleeft, H. S. Org. Biomol. Chem. 2007, 5, 1416-1426.

‘Azido-BODIPY acid reveals quantitative Staudinger-Bertozzi ligation in two-step activity-based proteasome profiling.’ Verdoes, M.; Florea, B. I.;

Hillaert, U.; Willems, L. I.; van der Linden, W. A.; Sae-Heng, M.; Filippov, D. V.; Kisselev, A. F.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S. ChemBioChem 2008, 9, 1735-1738.

‘Proteasome selectivity towards Michael acceptor containing oligopeptide- based inhibitors.’ van der Linden, W. A.; Geurink, P. P.; Oskam, C.; van der Marel, G. A.; Florea, B. I.; Overkleeft, H. S. Org. Biomol. Chem. 2010, 8, 1885-1893.

‘Activity-based profiling reveals reactivity of the murine thymoproteasome-

specific subunit β5t.’ Florea, B. I.; Verdoes, M.; Li, N.; van der Linden,

W. A.; Geurink, P. P.; van den Elst, H.; Hofmann, T.; de Ru, A.; van Vee-

J.; Blom, A. E. M.; Geurink, P. P.; Risseeuw, M. D. P.; Florea, B. I.; van der Linden,W. A.; Pletnev, A. A.; Overkleeft, H. S.; Kisselev, A. F. J. Biol.

Chem. 2010, 285, 40125-40134.

‘Two-step bioorthogonal activity-based proteasome profiling using copper- free click reagents: A comparative study.’ van der Linden, W. A.; Li, N.;

Hoogendoorn, S.; Ruben, M.; Verdoes, M.; Guo, J.; Boons, G.-J.; van der Marel, G. A.; Florea, B. I.; Overkleeft, H. S. Bioorg. Med. Chem. 2011, in press.

‘Discovery of a potent and highly β1 specific proteasome inhibitor from a focused library of urea-containing peptide vinyl sulfones and peptide epoxyketones.’ van der Linden, W. A.; Willems, L. I.; Shabaneh, T. B.;

Li, N.; Ruben, M.; Florea, B. I.; van der Marel, G. A.; Kaiser, M.; Kisselev,

A. F.; Overkleeft, H. S. Org. Biomol. Chem. 2011, in press.

Curriculum Vitae

Wouter Alexander van der Linden werd op 18 februari 1983 geboren te Rotterdam. Na het behalen van het gymnasium-diploma aan het Rotterdams Montessori Lyceum in 2001 ving hij in dat jaar met de studie Scheikunde aan de Universiteit Leiden aan. Van september 2004 tot september 2005 en december 2005 tot februari 2006 werd als afstudeerproject on- der leiding van M. Verdoes en dr. B. I. Florea in de vakgroep Bio-organische Synthese onder leiding van prof. dr. G. A. van der Marel en prof. dr. H. S. Overkleeft onderzoek verricht.

Dit onderzoek omvatte het synthetiseren en biologisch evalueren van een breed scala aan proteasoomremmers. Van juni 2006 tot augustus 2006 werd in het kader van een uitwissel- ingsproject aan het Occidental College in Los Angeles (USA) onder leiding van Prof. Dr.

A. Nersissian het ontstaan van type 4-kopereiwitten in planten en gewervelden bestudeerd

met behulp van sequentieanalyse. Het doctoraal examen (Master of Science) werd ‘Cum

Laude’ behaald op 15 mei 2007. Van september 2007 tot december 2011 werd als assistent

in opleiding het in dit proefschrift beschreven onderzoek uitgevoerd in de vakgroep Bio-

organische Synthese onder leiding van dr. B. I. Florea en prof. dr. H. S. Overkleeft. In

november 2007 werd deelgenomen aan het ‘International symposium on protein modifica-

tion and degradation’ in Peking, China en in september 2010 aan het symposium ‘Chemical

biology’ van het European Molecular Biology Organisation (EMBO), Heidelberg, Duits-

land. In juli 2009 werd deelgenomen aan de HRSMC summer school ‘New horizons in

synthetic methodology’ in Maastricht.

Nawoord

Deze laatste pagina draag ik op aan iedereen die op wat voor manier dan ook de onmo- gelijkheid van de totstandkoming van dit proefschrift tenietgedaan heeft. Een stevige basis buiten het lab is erg belangrijk. Ik wil mijn ouders, broers, verdere familie en mijn vrienden bedanken voor de steun die zij mij hebben gegeven en voor alle welkome afleiding die zij hebben geleverd.

Onderzoek doen verloopt het beste in een omgeving waar wordt samengewerkt en gedis- cussieerd over plannen en resultaten. Bovendien is een goede sfeer op het lab onmisbaar als je plezier in je onderzoek wilt hebben. Voor alle zin en onzin, gezelligheid tijdens de lunch, borrels, labweekenden en andere activiteiten wil ik alle (ex)-BIOSYNers bedanken.

Chris Oskam, Annet Blom, Thias Voges, Elliot Mock en Vincent van der Weijden, ik wil jullie bedanken voor jullie inzet en enthousiasme tijdens jullie stage en ik wens jullie veel succes met jullie carrière en daarbuiten.

Apparaten benodigd voor het uitvoeren van analyses zijn vaak zeer complex, en dit wordt altijd het beste duidelijk als er niet de beoogde resultaten behaald mee kunnen worden.

Gelukkig kon ik dan altijd op de hulp rekenen van Fons, Kees, Karthick, Ine, Hans, Nico en Rian. De ama’s Hennie, Arnold en Marco wil ik ook bedanken voor hun technische ondersteuning op het lab en Trudy en Arjan voor het stroomlijnen van de vele practica.

Caroline, bedankt voor je hulp bij logistieke operaties.

Boudewijn, bedankt voor je hulp met L

TEX.

Eric Reits, Marcel Raspe, Sabine Krom en Anita Stargardt, bedankt voor de vruchtbare samenwerking. My thanks go out to the people in the Bogyo-lab for all their help and good times during my time there. Thanks to Alexei Kisselev and members of his lab for the successful collaborations.

Sytske, ik vind het heel fijn met jou en ik ben blij dat je er altijd voor me bent. Ik hoop dat

we binnenkort het regenachtige voor het zonnige gaan verruilen en een prachtige tijd gaan

beleven!