Synthetic tools to illuminate matrix metalloproteinase and proteasome activities
Geurink, P.P.
Citation
Geurink, P. P. (2010, October 6). Synthetic tools to illuminate matrix metalloproteinase and proteasome activities. Retrieved from
https://hdl.handle.net/1887/16014
Version: Corrected Publisher’s Version
License: Licence agreement concerning inclusion of doctoral thesis in the Institutional Repository of the University of Leiden
Downloaded from: https://hdl.handle.net/1887/16014
Note: To cite this publication please use the final published version (if applicable).
List of Publications
Solid-phase synthesis of succinylhydroxamate peptides: Functionalized matrix metalloproteinase inhibitors
M. A. Leeuwenburgh, P. P. Geurink, T. Klein, H. F. Kauffman, G. A. van der Marel, R. Bischoff, H. S. Overkleeft.
Organic Letters, 2006, 8, 1705–1708.
A peptide hydroxamate library for enrichment of metalloproteinases: towards an affinity-based metalloproteinase profiling protocol
P. Geurink, T. Klein, M. Leeuwenburgh, G. van der Marel, H. Kauffman, R. Bischoff, H. Overkleeft.
Organic & Biomolecular Chemistry, 2008, 6, 1244–1250.
Poly(ethylene glycol)-based stable isotope labeling reagents for the quantitative analysis of low molecular weight metabolites by LC-MS
N. Abello, P. P. Geurink, M. van der Toorn, A. J. M van Oosterhout, J. Lugtenburg, G. A. van der Marel, H. A. M. Kerstjens, D. S. Postma, H. S. Overkleeft,
R. Bischoff.
Analytical Chemistry, 2008, 80, 9171–9180.
Functional proteomics on zinc-dependent metalloproteinases using inhibitor probes
T. Klein, P. P. Geurink, H. S. Overkleeft, H. K. Kauffman, R. Bischoff.
ChemMedChem, 2009, 4, 164–170.
Incorporation of fluorinated phenylalanine generates highly specific inhibitors of proteasome’s chymotrypsin-like sites
P. P. Geurink, N. Liu, M. P. Spaans, S. L. Downey, A. M. C. H. van den Nieuwen- dijk, G. A. van der Marel, A. F. Kisselev, B. I. Florea, H. S. Overkleeft.
Journal of Medicinal Chemistry, 2010, 53, 2319–2323.
Design of peptide hydroxamate-based photoreactive activity-based probes of zinc-dependent metalloproteases
P. P. Geurink, T. Klein, L. Prèly, K. Paal, M. A. Leeuwenburgh, G. A. van der Marel, H. F. Kauffman, H. S. Overkleeft, R. Bischoff.
European Journal of Organic Chemistry, 2010, 2100–2112.
List of publications 175
Proteasome selectivity towards Michael acceptor containing oligopeptide- based inhibitors
W. A. van der Linden, P. P. Geurink, C. Oskam, G. A. van der Marel, B. I. Florea, H. S. Overkleeft.
Organic & Biomolecular Chemistry, 2010, 8, 1885–1893.
Activity-based profiling reveals reactivity of the murine thymoproteasome- specific subunit 5t
B. I. Florea, M. Verdoes, N. Li, W. A. van der Linden, P. P. Geurink,
H. van den Elst, T. Hofmann, A. de Ru, P. A. van Veelen, K. Tanaka, K. Sasaki, S.
Murata, H. den Dulk, J. Brouwer, F. A. Ossendorp, A. F. Kisselev, H. S. Overkleeft.
Chemistry & Biology, 2010, accepted for publication.
A cleavable linker based on the levulinoyl ester for activity-based protein profiling
P. P. Geurink, B. I. Florea, N. Li, M. D. Witte, J. Verasdonck, C. -L Kuo, G. A. van der Marel, H. S. Overkleeft.
Angewandte Chemie International Edition, 2010, accepted for publication.
The nature of pharmacophore influences active site specificity of proteasome inhibitors
M. Screen, M. Britton, S. L. Downey, M. Verdoes, M. J. Voges, A. E. M. Blom, P. P. Geurink, M. D. P. Risseeuw, B. I. Florea, W. A. van der Linden, A. A. Pletnev, H. S. Overkleeft, A. F. Kisselev.
Journal of Biological Chemistry, 2010, accepted for publication.
Curriculum Vitae
Paulus Petrus Geurink werd op 18 maart 1983 geboren te Haarlem. Na het behalen van het VWO-diploma aan het Rijnlands Lyceum te Oegstgeest in 2001 werd in dat jaar begonnen met de studie Scheikunde aan de Universiteit Leiden. De propedeuse werd behaald in september 2002 (cum laude). In het kader van een bijvakstage werd van maart 2004 tot juni 2004 onderzoek verricht in de vakgroep Soft Condensed Matter (SCM) onder leiding van Prof. Dr. Ir. J. G. E. M. Fraaije en Dr. Ir. J. van Male. Dit onderzoek omvatte de ontwikkeling van een methode voor de synthese van monodisperse polyacrylamide gel deeltjes via een inverse emulsie verkregen met membraan-emulsificatie. Van september 2004 tot september 2005 werd onder leiding van Dr. M.A. Leeuwenburgh een hoofdvakstage gedaan in de vakgroep Bio-organische Synthese (BioSyn) van Prof. Dr. H. S. Overkleeft en Prof. Dr. G. A. van der Marel. Dit onderzoek was gericht op het ontwikkelen van een nieuwe methode voor de efficiënte (vaste drager) synthese van peptide succinyl-hydroxamaat-gebaseerde metalloprotease remmers. Deze hoofdvakstage werd bekroond met de Unilever Research Prize in 2006.
Het doctoraal examen (Master of Science exam) werd cum laude behaald op 21 maart 2006.
Van april 2006 tot en met juni 2010 werd als assistent in opleiding het in dit proefschrift beschreven onderzoek uitgevoerd in de vakgroep Bio-organische Synthese (BioSyn) onder leiding van Prof. Dr. H. S. Overkleeft en Prof. Dr. G. A. van der Marel.
Delen van het onderzoek zijn gepresenteerd op ‘Dutch Peptide Symposium’ (Utrecht, april 2007), ‘International Symposium on Advances in Synthetic and Medicinal Chemistry’ (Sint Petersburg, augustus 2007), de jaarlijkse NWO-CW meeting ‘Design and Synthesis’ (Lunteren, oktober 2007), ‘HUPO 7th annual congress’ (Amsterdam, augustus 2008), ‘1st RSC-SGC Symposium on Chemical Biology for Drug Discovery’ (Oxford, december 2009) en ‘Wageningen Symposium on Organic Chemistry’ (Wageningen, april 2010).
Vanaf augustus 2010 is de auteur van dit proefschrift werkzaam als onderzoeker in de groep van Dr. H. Ovaa aan het Nederlands Kanker Instituut (NKI).
Nawoord
Deze laatste pagina wil ik besteden aan het bedanken van iedereen die, op wat voor manier dan ook, heeft bijgedragen aan de totstandkoming van dit proefschrift. Mijn dank gaat in de eerste plaats uit naar mijn familie en in het bijzonder naar mijn ouders.
Jullie onvoorwaardelijke steun en rotsvaste vertrouwen in mij zijn van zeer grote waarde geweest in de vorming van mij als onderzoeker en als persoon in het algemeen.
Je leert zelf het meeste door iets aan anderen te leren. In dat kader wil ik Nora Liu, Erwin van Rijssel, Mathias Voges, Annet Blom, Michiel Spaans, Joeri Verasdonck en Benachir Loukbache bedanken. Jullie inzet en enthousiasme voor het onderzoek, maar zeker ook jullie gezelligheid tijdens je Bachelor/Master stage waren voor mij een onmisbare bijdrage aan de totstandkoming van dit proefschrift. Ik wens jullie allen heel veel succes toe in je verdere loopbaan.
Uiteraard wil ik al mijn BioSyn collega’s enorm bedanken voor een onvergetelijke promotietijd. Jullie humor en gezelschap tijdens zowel de wetenschappelijke discussies als tijdens de borrels en labweekenden zorgden voor een uitstekende sfeer en een hoop creatieve ideeën en heeft ervoor gezorgd dat ik altijd met veel plezier naar het lab ben gegaan.
Aangezien het doen van chemisch onderzoek zonder de benodigde apparatuur bijzonder lastig is, wil ik Hans, Nico, Rian, Fons, Kees en de ama’s Arnold, Hennie en Marco bedanken voor hun waardevolle assistentie en ondersteuning.
Verder gaat mijn dank uit naar de Groningse collega’s Rainer Bischoff, Theo Klein, Laurette Prèly en Nicolas Abello. De succesvolle samenwerking met jullie heb ik altijd als zeer prettig en inspirerend ervaren. I thank Alexei Kisselev and Sondra Downey for the fruitful collaboration.
Af en toe een beetje ontspanning is ook zeer belangrijk en hoe kan dat nu beter dan door inspanning. In het bijzonder heb ik genoten van de wekelijkse mountainbike sessies (en andere sportieve activiteiten) met Martin en Boudewijn. Ik hoop dat we dat nog lang blijven doen. Verder vormden de zwemtrainingen bij de Columbiaan en de snowboard- en poolsessies met René een welkome ontspanning.
Mijn grootste dank gaat uit naar de belangrijkste persoon in mijn leven. Renske, van iedereen die ik hier genoemd heb, ben jij degene die mijn promotietijd het meest bijzonder heeft gemaakt.
