University of Groningen Quantifying the transcriptome of a human pathogen Aprianto, Rieza

University of Groningen

Quantifying the transcriptome of a human pathogen

Aprianto, Rieza

IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from

it. Please check the document version below.

Document Version

Publisher's PDF, also known as Version of record

Publication date:

2018

Link to publication in University of Groningen/UMCG research database

Citation for published version (APA):

Aprianto, R. (2018). Quantifying the transcriptome of a human pathogen: Exploring transcriptional

adaptation of Streptococcus pneumoniae under infection-relevant conditions. Rijksuniversiteit Groningen.

Copyright

Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).

Take-down policy

If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim.

Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.

7

Summary

Academic summary

Academische samenvatting

Ringkasan akademik

Abstract

Streptococcus pneumoniae, or the pneumococcus, is a Gram positive opportunistic pathogen and the etiologic agent of lower respiratory tract infections, sepsis and meningitis. The pneumococcal genome is relatively small (~2 Mbps), yet laden with genomic features, both coding-sequences and non-coding regulatory structures. This compact genome empowers the pneumococcus to successfully colonize the human nasopharyngeal passage and to survive host immune responses in infection sites. Recent sequencing technologies allow high-resolution and precise quantification of genome-wide transcripts abundance. By exploiting these technologies, we defined genome-wide transcriptional units as well as the exact start and termination sites. Furthermore, we have emphasized the emerging role of pneumococcal RNA in regulating the gene expression (Chapter 2). In addition,

we have shown that the pneumococcal genome is actively transcribed in response to a wide array of infection-relevant microenvironments (Chapter 3). Next, we have established

an infection model suitable for the simultaneous observation of epithelial cells and S. pneumoniae (Chapter 4) and have

developed a rapid RNA isolation technique to preserve total RNA from both species. Dual RNA-seq highlighted a different transcriptional response in adhering pneumococci, the first step of colonization and infection (Chapter 5).

Finally, we have shared the raw data in public repositories and the analyzed data in easy-to-use online browsers (www.veeninglab.com/resources). We invite the research community to explore, exploit and build their own hypothesis from these rich datasets.

7

Scientific summary

The pneumococcus, Streptococcus pneumoniae, is the main etiologic agent of pneumonia, the infection to the lower respiratory tracts (LRTI). Hippo-crates of Kos, the Father of Medicine referred to reported pneumonia as “those which the ancients named”. Two and a half millennia after Hippo-crates, these infections are still the deadliest communicable disease and the fifth most common global cause of death. Notably, S. pneumoniae sin-gle handedly makes LRTIs as one of the most dangerous diseases. Aside from pneumonia, pneumococcus causes milder infections, such as otitis media and sinusitis and other severe infections, including meningitis and septicemia. Pneumococcal meningitis and septicemia are distinguished by their high mortality rates, with 59% meningitis and 45% septicemia in young children ending in death. Unfortunately, the bacteria are a typi-cal resident of the human nasopharyngeal passage and have been ubiqui-tously reported regardless of age-group and geographic location. In addi-tion, the rising antibiotic resistance and the limited success of vaccination exacerbates the deleterious impact of S. pneumoniae on global health.

Biological systems, such as interspecies interaction, immunity and in-fection, have multiple biotic and abiotic components continuously inter-acting intimately. This interaction leads to the emergence of system prop-erties which direct the characteristics and nature of the complex system. Applying advances in sequencing technology to bacterial infection has been fruitful in understanding bacterial pathogenesis. Here, we applied sequencing technologies to infection-relevant models to understand the biology and pathogenesis of S. pneumoniae.

The central dogma of molecular biology implies that the transcript is a simple baton between the genome, the repository of information and the protein, the cellular work-horse. Nevertheless, recent reports have expanded the role of a transcript in the regulation of gene expression, by modifying the abundance of transcript and efficiency of translation. In particular, RNA-based regulation in pneumococcus has not been fully appreciated. In Chapter 2, we upgraded the status of four small genomic

features of the pneumococcal genome to uridine-responsive riboswitches. During uridine abundance, the riboswitch destabilizes an antiterminator

180

7

Summar

y

hairpin, causing early termination and turning off downstream expres-sion. Moreover, a recent study showed this early termination to be inde-pendent of PyrR, a protein-based repressor previously thought to be es-sential in facilitating riboswitch function. Therefore, this report further emphasizes the importance of RNA role in bacterial gene regulation.

In Chapter 3, we combined the quantification of total RNA with an

array of in vitro infection-relevant models, generating a compendium of transcriptomes. We have observed that rRNAs occupy around 95% of transcripts, while tRNAs take up less than 1% of the total transcripts. We combined the correlation values of neighboring genes, start sites and terminator sites (from Chapter 2) to demarcate genome-wide

puta-tive operons. In addition, we assembled a co-expression matrix to map the gene network in the pneumococcal genome. The matrix may serve as a base to build further gene regulatory networks by inferring regulation direction. Using the matrix, we revealed a new regulon of competence (Chapter 3). Since the identified gene has not been observed as a part of

the competence regulon in the previous array-based study, this research accentuates the power of next-generation sequencing in transcriptomics. In Chapter 4, we used RNA-sequencing to determine a suitable reporter

gene to tag with a fluorescent protein. We selected HlpA, a highly tran-scribed protein and the only nucleoid binding factor in Streptococcus. Furthermore, we followed the novel fluorescent pneumococcal reporter strains in infection-relevant models, including co-incubation with live con-fluent human epithelial cells. We then exploited this co-incubation model and simultaneously sequenced the host and pathogen transcripts during the progression of early infection (Chapter 5). We used a unencapsulated

strain which adheres better and has a more intimate contact with the epi-thelial monolayer than its encapsulated parental, mostly planktonic, strain. Since adherence is the first step towards pathogenesis, adherence-specific regulated genes might provide interesting novel drug and/or vaccination targets that have not yet been identified by conventional screens aimed at targeting essential and/or surface exposed proteins.

In Chapter 5, we have also developed an RNA isolation technique to

rapidly terminate protein-based RNA production and digestion, allow-ing precise kinetics observation. Furthermore, in cooperation with the

7

EMBL Genomics Core Facility, we developed a one-step dual rRNA deple-tion to remove both human and bacterial-derived rRNAs. Finally, we have strived to disseminate the results of our research as widely as possible. Most importantly, we have been using open access platforms to publish our results. We also submitted all sequencing data into the suitable public repositories. In addition, we have built easy-to-access online browsers for our datasets (Chapters 2, 3 and 5) where users can simply choose a gene

of interest and extract relevant data.

Interestingly, the pneumococcal colonization site (the human nasopharynx) contains many microorganisms as part of the respiratory microbiota. Here, S. pneumoniae competes for location and resources with other bacteria, viruses and fungi. Recent reports corroborate com-plex interspecies interaction between the microbiota involving pneu-mococcus. On the other hand, complementary approaches like pro-teomics and metabolomics which respectively quantify total protein and metabolites are being continuously refined. The combination of the interspecies model, cutting-edge transcriptomics and complementary technologies will shed more light on the pathogenesis of S. pneumoniae.

Abstract

Streptococcus pneumoniae, ook wel pneumococcus genaamd, is een Grampositief, opportunistisch pathogeen dat infecties van het lage ademhalingsstelsel, sepsis en meningitis veroorzaakt. Het genoom van pneumococcus is relatief klein (~2 Mbps), maar beladen met genomische producten, zowel coderende sequenties als niet-coderende regulatoire structuren. Dit compacte genoom staat de pneumococcus toe om de humane nasofaryngeale doorgang succesvol te koloniseren en de immuunrespons van de gastheer in de geïnfecteerde locatie te overleven. Recente sequencing technologieën maken de precieze kwantificatie van een grote hoeveelheid genoombrede transcripten in hoge resolutie mogelijk. Via deze technologieën hebben wij genoombrede transcriptie-eenheden gedefinieerd, met daarbij de exacte start- en eindlocatie. We hebben daarbij de opkomende rol van pneumococcaal RNA in de regulatie van genexpressie benadrukt (Hoofdstuk 2).

Daarnaast hebben we laten zien dat het pneumococcaal genoom actief afgeschreven wordt in reactie op een uitgebreide reeks aan micro-omgevingen die relevant zijn bij infectie (Hoofdstuk 3). Daaropvolgend hebben we een infectiemodel

opgesteld dat geschikt is voor de gelijktijdige observatie van epitheelcellen en S. pneumoniae, en hebben een snelle RNA isolatietechniek ontwikkeld voor het in stand houden van totaal RNA van beide organismen (Hoofdstuk 4). Dual

RNA-seq benadrukte een alternatieve transcriptionele respons in hechtende pneumococci, de eerste stap van kolonisatie en infectie (Hoofdstuk 5). Ten slotte hebben we de ruwe data in

openbare opslag gedeeld en data in eenvoudig te gebruiken online browsers geanalyseerd (www.veeninglab.com/resources). We nodigen de onderzoeksgemeenschap uit om deze

uitgebreide datasets te verkennen, te benutten en te gebruiken bij het opstellen van hun eigen hypothesen.

7

Wetenschappelijke samenvatting

De pneumococcus, Streptococcus pneumoniae, is de belangrijkste oorzaak van longontsteking, de infectie van het lagere ademhalingsstelsel (LRTI). Hippocrates van Kos, de Vader der Geneeskunde, verwees naar pneu-monie als “die welke de oude benoemden”. Twee en een half millennia na Hippocrates zijn deze infecties nog steeds de meest dodelijke over-draagbare ziektes en de op vijf na meest voorkomende doodsoorzaak. Opmerkelijk genoeg maakt S. pneumoniae op zichzelf de LRTIs al één van de meest gevaarlijke ziekten. Afgezien van longontsteking veroorzaakt pneumococcus ook mildere infecties zoals oor- en holteontsteking en andere ernstigere infecties, waaronder hersenvliesontsteking en bloed-vergiftiging. Pneumococcale hersenvliesontsteking en bloedvergiftiging worden gekarakteriseerd door hun hoge sterftecijfers, waarbij 59% van jonge kinderen met hersenvliesontsteking en 45% met bloedvergiftiging een vroege dood sterft. Helaas is de bacterie een typische ingezetene van de nasofaryngeale doorgang en wordt het veelvuldig opgemerkt, ongeacht leeftijdsgroep en geografische locatie. Daarbij verergert de opkomende antibioticaresistentie en het beperkte succes van vaccinatie de schadeli-jke gevolgen van S. pneumoniae op de wereldwijde gezondheid.

Biologische systemen, zoals intersoortelijke interactie, immuniteit en infectie, hebben verschillende biotische en abiotische onderdelen die doorlopend intiem op elkaar inwerken. Deze interactie leidt tot het verschijnen van systeemeigenschappen die de karakteristieken van het complexe system regisseren. Het toepassen van vooruitgegane sequenc-ingtechnologie bij bacteriële infectie is vruchtbaar gebleken bij het begri-jpen van bacteriële pathogenese. In dit onderzoek hebben we sequenc-ingtechnologie toegepast om via relevante infectiemodellen de biologie en pathogenese van S. pneumoniae te begrijpen.

Het centrale dogma van de moleculaire biologie impliceert dat het tran-script een simpele dirigeerstok is tussen het genoom, de opslag van infor-matie en het eiwit, het werkpaard van de cel. Desondanks hebben recente bevindingen de rol van een transcript in de regulatie van genexpressie uitgebreid, door middel van het modificeren van de overvloed aan tran-scripten en de efficiëntie van translatie. Vooral de RNA-afhankelijke

184

7

Summar

y

regulatie in pneumococcus wordt niet volledig op  waarde geschat. In

Hoofdstuk 2 hebben we de status van vier kleine genomische producten

van het pneumococcaal genoom uitgebreid naar uridine- responsieve riboswitches. Tijdens een overvloed aan uridine destabiliseert de riboswitch een “antiterminator hairpin”, wat zorgt voor vroegtijdige termi-natie en uitschakeling van de onderliggende expressie. Daarnaast demon-streerde een recente studie dat deze vroege terminatie onafhankelijk is van PyrR, een op eiwit gebaseerde repressor waarvan eerder werd gedacht dat deze essentieel was in het faciliteren van de riboswitch functie. Dit hoofd-stuk benadrukt daardoor het belang van RNA-rol in bacteriële genregulatie. In Hoofdstuk 3 combineerden we de kwantificatie van totaal RNA met

een reeks van in vitro modellen relevant voor infectie, wat een collectie aan transcriptomen voortbracht. We hebben geobserveerd dat rRNAs on-geveer 95% van de transcripten beslaan, terwijl tRNAs minder dan 1% van de totale transcripten innemen. We combineerden de correlatiewaarden van aangrenzende genen, start- en eindplaatsen (vanuit Hoofdstuk 2)

om genoombrede, vermeende operons te begrenzen. Daarbij stelden we een co-expressie matrix samen om het gennetwerk in het pneumococ-caal genoom in kaart te brengen. De matrix kan mogelijk dienen als ba-sis om genregulatoire netwerken verder uit te breiden door het afleiden van de richting van regulatie. Via het gebruik van de matrix hebben wij een nieuw competentieregulon onthuld (Hoofdstuk 2). Aangezien het

geïdentificeerde gen in de vorige array-based studie nog niet als on-derdeel van het competentieregulon was geobserveerd, accentueert dit onderzoek de kracht van next-generation sequencing in opheldering van transcriptomics.

In Hoofdstuk 4 gebruikten we RNA-sequencing om een geschikt

reporter gen te labellen met een fluorescent eiwit. We selecteerden HlpA, een intensief afgelezen eiwit en de enige nucleoid-bindende factor in

Streptococcus. Bovendien volgden we de nieuwe fluorescente

pneumo-coccale reporterstam in modellen relevant voor infectie, waaronder co- incubatie met levende, confluente, humane epitheelcellen. We benutten daarna dit co-incubatie model en voerden tegelijkertijd sequencing uit op de gastheer- en pathogeentranscripten gedurende de progressie van de vroege infectie (Hoofdstuk 5). We gebruikten een onge-encapsuleerde

7

stam die zich beter hecht en meer intiem contact heeft met de epitheel monolayer dan zijn gen-encapsuleerde ouder, een stam die voornamelijk planktonisch is. Aangezien adhesie de eerste stap richting pathogenese is, zouden adhesie-specifiek-gereguleerde genen interessante medicijn- en/of vaccinatiedoelen kunnen zijn die tot nu toe nog niet geïdentifi-ceerd zijn via conventionele onderzoeken gericht op essentiële en/of oppervlakte-eiwitten.

In Hoofdstuk 5 hebben we ook een RNA-isolatie techniek ontwikkeld

om snel eiwitgebaseerde productie en digestie van RNA te kunnen beëin-digen en daarmee de kinetiek precies te kunnen observeren. Bovendien hebben we, in samenwerking met de EMBL Genomics Core Facility, een één-staps tweevoudige rRNA depletie ontwikkeld om zowel humaan als bacterieel afkomstig rRNA te verwijderen. Ten slotte hebben we get-racht de resultaten van ons onderzoek zo wijdverspreid mogelijk te ver-spreiden. Als belangrijkste hebben we openlijk toegankelijke platformen gebruikt om onze resultaten te publiceren. Daarnaast hebben wij alle se-quentie data in de geschikte openbare opslag overdrogen. Ook hebben we eenvoudig te gebruiken online browsers gebouwd voor onze datasets ( Hoofdstukken 2, 3 en 5) waar gebruikers gemakkelijk een gen van

inter-esse kunnen kiezen en relevante data kunnen extraheren.

Interessant genoeg bevat de pneumococcale kolonisatie locatie (de humane nasofarynx) veel micro-organismen als onderdeel van de adem-halingsmicrobiota. S. pneumoniae concurreert hier voor locatie en mid-delen met andere bacteriën, virussen en schimmels. Recente rapporten onderschrijven de complexe intersoortelijke interacties tussen microbi-ota, waaronder pneumococcus. Aan de andere kant worden aanvullende technologieën zoals proteomics en metabolomics, die respectievelijk to-taal eiwit en metabolieten kwantificeren, voortdurend verfijnd. De com-binatie van het intersoortelijke model, de nieuwste transcriptomics en aanvullende technologieën zal meer licht werpen op de pathogenese van

Abstrak

Streptococcus pneumoniae, atau disebut juga pneumokokus, adalah bakteri patogen oportunistik berjenis Gram positif yang merupakan penyebab infeksi saluran pernapasan bagian bawah, sepsis dan meningitis. Genom bakteri ini terbilang kecil (~2 Mbps) namun mampu memuat berbagai fitur genomik, baik urutan penyandi (coding sequence) maupun struktur pengaturan yang bersifat bukan-penyandi. Karateristik inilah yang memungkinkan pneumokokus untuk mengkolonisasi saluran nasofaring manusia namun tetap aman dari respon kekebalan tubuh inang di situs infeksi. Teknologi sekuensing (sequencing technology) termutakhir memungkinkan kuantifikasi jumlah transkrip seluruh genom dengan ketelitian dan resolusi tinggi. Dengan menggunakan teknologi ini, kami mampu mendefinisikan unit transkripsi di seluruh genom, termasuk lokasi permulaan dan berakhirnya transkripsi secara terperinci. Selanjutnya, kami membahas peran baru dari RNA pneumokokus dalam mengatur ekspresi gen (Bab 2). Dalam Bab 3, kami menunjukkan

bahwa genom pneumokokus ditranskripsikan secara aktif sebagai respon terhadap berbagai lingkungan mikro yang relevan dan terkait dengan infeksi. Berikutnya, kami berhasil menyusun sebuah model infeksi yang sesuai untuk mengamati sel epitel dan S. pneumoniae sekaligus (Bab 4), serta mengembangkan teknik cepat isolasi RNA

untuk mendapatkan keseluruhan RNA dari kedua spesies tersebut. Teknik penyandi RNA rangkap (Dual RNA-seq) menyoroti respon transkripsi yang berbeda pada proses pelekatan pneumokokus, yang merupakan langkah awal dari kolonisasi dan infeksi (Bab 5).

Terakhir, kami telah memberikan akses kepada publik terhadap data mentah melalui repositori umum, juga akses terhadap data yang telah kami analisis melalui peramban daring yang ramah pengguna (www.veeninglab.com/resources). Kami mempersilakan komunitas riset untuk mengeksplorasi, menggunakan dan membangun hipotesis baru dari kumpulan data ini.

7

Ringkasan ilmiah

Pneumokokus, Streptococcus pneumoniae, merupakan agen utama penyebab pneumonia, yang merupakan infeksi terhadap saluran pernapasan bagian bawah (ISPB). Hipokrates dari Kos, bapak ilmu kedokteran, merujuk kepada pneumonia sebagai “yang dikenal sejak jaman kuno”. Dua setengah milenia sejak Hipokrates, infeksi ini masih merupakan penyakit menular yang paling mematikan dan penyebab kematian nomor lima di dunia. Dengan demikian, dapat dikatakan bahwa

S. pneumoniae secara langsung menyebabkan ISPB menjadi salah satu

penyakit yang paling berbahaya. Selain pneumonia, bakteri pneumokokus juga menyebabkan infeksi ringan, seperti otitis media dan sinusitis, hingga infeksi parah seperti meningitis dan septicemia. Meningitis akibat pneumokokus dan septicemia ditandai dengan tingginya tingkat kematian penderita, di mana 59% kasus meningitis dan 45% kasus septicemia pada anak-anak berakhir dengan kematian. Sayangnya, pneumokokus juga diketahui sebagai bakteri yang umum ditemukan pada saluran nasofaring manusia di segala kisaran usia maupun lokasi geografis. Selain itu, meningkatnya kekebalan terhadap antibiotik dan terbatasnya kesuksesan program vaksinasi meningkatkan pengaruh buruk dari S. pneumonia terhadap kondisi kesehatan global.

Sistem biologis, seperti interaksi antar spesies, kekebalan dan infeksi memiliki komponen biotik dan abiotik yang terus-menerus berinteraksi satu sama lain. Interaksi ini memicu munculnya sifat sistemik yang berpengaruh pada karakteristik sistem kompleks. Penerapan teknologi termutakhir dalam sekuensing terhadap infeksi bakteri telah menghasilkan kemajuan dalam pemahaman terhadap proses patogenesis bakteri. Dalam penelitian ini, kami menerapkan teknologi penyandi pada model infeksi yang relevan untuk memahami biologi dan patogenesis S. pneumoniae.

Dogma sentral dari biologi molekuler menyatakan bahwa transkrip dapat diandaikan sebagai tongkat estafet antara genom, tempat penyimpanan informasi, dan protein, yang merupakan “pekerja” dalam sel. Namun, perkembangan terbaru menunjukkan bahwa peran transkrip dalam hal pengaturan ekspresi gen telah bertambah luas, yaitu melalui perannya dalam pengaturan kelimpahan dan efisiensi proses translasi

188

7

Summar

y

genetik. Namun pengaturan berdasar RNA pada pneumokokus belum dapat seluruhnya dipahami. Pada Bab 2, kami meningkatkan status

empat fitur genomik pada genom pneumokokus menjadi riboswitch yang responsif terhadap uridine. Dalam keadaan di mana terjadi kelimpahan uridine, riboswitch mengganggu kerja hairpin antiterminasi dan menyebabkan terjadinya pemutusan awal dan penghentian proses ekspresi lanjut. Sebuah studi yang baru dipublikasikan memperlihatkan bahwa terjadinya pemutusan awal ini tidak tergantung pada PyrR, represor berbasis protein yang sebelumnya dianggap penting dalam mendukung kerja riboswitch. Pengetahuan mutakhir ini kembali menekankan pentingnya peran regulasi berbasis RNA pada bakteri.

Dalam Bab 3, kami menggabungkan penghitungan total RNA dan

sejumlah model infeksi in vitro yang relevan untuk menghasilkan sebuah ikhtisar transkriptom (produk transkripsi secara keseluruhan). Kami mengamati bahwa rRNA menempati kurang lebih 95% transkrip sementara tRNA menempati kurang dari 1% total transkrip. Dengan menggabungkan nilai korelasi dari gen yang berdekatan, situs permulaan dan situs terminasi (yang kami lakukan dalam Bab 2), kami memetakan operon

terduga secara ekstensif pada genom (genome-wide putative operon). Kami menyusun pula matriks ekspresi untuk memetakan jaringan gen dalam genom pneumokokus. Matriks ini dapat menjadi basis untuk membangun jaringan pengaturan gen lebih luas melalui pemahaman arah regulasi. Kami menggunakan matriks ini untuk mengungkap anngota baru dari competence

regulon (Bab 3). Gen yang teridentifikasi ini tidak dilaporkan sebagai bagian

dari competence regulon pada studi berbasis array sebelumnya, sehingga penelitian yang telah kami lakukan memperlihatkan keunggulan teknologi sekuensing dalam riset transkriptomik.

Dalam Bab 4, kami menggunakan penyandian RNA untuk menentukan

gen reporter yang cocok untuk ditandai dengan protein fluoresens. Kami memilih HlpA, yang merupakan protein yang ditranskripsi dalam jumlah besar dan satu-satunya faktor pengikat nucleus (nucleoid binding factor) pada genus Streptococcus. Kemudian kami memantau reporter ini pada model infeksi yang relevan, termasuk inkubasi dengan sel epitel manusia hidup. Kami menggunakan model inkubasi bersama ini sekaligus mengurutkan transkrip inang dan patogen selama perkembangan proses

7

Ringk

as

an ak

ademik

awal infeksi (Bab 5). Kami menggunakan jenis pneumokokus yang tidak

terenkapsulasi yang diketahui melekat lebih baik pada lapisan sel epitel dan memiliki kontak lebih dekat dengan epitel dibandingkan dengan jenis asal yang terenkapsulasi dan lebih bersifat planktonik. Pelekatan merupakan langkah awal dari patogenesis sehingga gen spesifik yang mengatur pelekatan berpotensi memberikan informasi akan target vaksinasi atau obat baru yang belum pernah teridentifikasi melalui proses penyaringan yang biasanya mentargetkan protein essensial dan/atau protein pada permukaan sel bakteri.

Dalam Bab 5, kami juga mengembangkan teknik cepat isolasi RNA

untuk menghentikan produksi dan pencernaan RNA oleh protein, sehingga memungkinkan pengamatan kerja kinetik dengan lebih cermat. Melalui kerjasama dengan EMBL Genomics Core Facility, kami mengembangkan sebuah proses pemiskinan rRNA rangkap dalam satu langkah untuk menyisihkan baik rRNA manusia maupun yang berasal dari bakteri. Kami telah melakukan diseminasi atas hasil penelitian ini seluas-luasnya. Langkah pertama dan utama yang kami lakukan adalah menggunakan platform open access dalam mempublikasikan hasil penelitian ini. Selanjutnya, selain melakukan penyimpanan semua data sekuensing ke dalam repositori publik, kami telah membangun peramban daring yang ramah pengguna untuk kumpulan data kami (Bab 2, 3 dan 5)

di mana pengguna dapat dengan mudah memilih gen yang diminati dan mengekstraksi data yang dianggap relevan/sesuai dengan keperluannya.

Situs kolonisasi pneumokokus (nasofaring manusia) mengandung banyak mikroorganisme sebagai bagian dari mikrobiota saluran pernapasan. Di lokasi ini, S. pneumoniae berkompetisi memperebutkan lokasi dan sumberdaya dengan bakteri lainnya, virus dan fungi. Laporan studi terbaru memperkuat bukti bahwa terdapat interaksi yang kompleks antara mikrobiota penghuni lokasi ini, termasuk pneumokokus. Namun, pendekatan lain yang sifatnya komplementer, seperti proteomik dan metabolomik, yang masing-masing mengkuantifikasi total protein dan metabolit, juga secara terus-menerus berkembang. Kombinasi dari model antar spesies, teknologi transkriptomik terbaru maupun teknologi komplementer lainnya akan mampu memperluas pengetahuan tentang patogenesis S. pneumoniae.