Cover Page
The handle http://hdl.handle.net/1887/18950 holds various files of this Leiden University dissertation.
Author: Velthuis, Arend Jan Wouter te
Title: A biochemical portrait of the nidovirus RNA polymerases and helicase
Date: 2012-05-16
A biochemical portrait of
the nidovirus RNA polymerases and helicase
Aartjan te Velthuis
ISBN: 978-94-6169-230-6
Layout and printing: Optima Grafische Communicatie, Rotterdam, The Netherlands
A biochemical portrait of
the nidovirus RNA polymerases and helicase
Proefschrift
ter verkrijging van
de graad van Doctor aan de Universiteit Leiden op gezag van Rector Magnificus prof. mr. P.F. van der Heijden,
volgens besluit van het College voor Promoties te verdedigen op woensdag 16 mei 2012
klokke 13.45 uur
door
Arend Jan Wouter te Velthuis geboren te Leiden
in 1983
Promotiecommissie
Promotores:
Prof.dr. E.J. Snijder - Leids Universitair Medisch Centrum Prof.dr. N.H. Dekker - Technische Universiteit Delft Overige leden:
Prof.dr. A.E. Gorbalenya - Leids Universitair Medisch Centrum Prof.dr. R.C. Hoeben - Leids Universitair Medisch Centrum Dr. S.H.E. van den Worm - Oregon Health and Science University,
Verenigde Staten
Prof.dr. J.K. Ziebuhr - Justus Liebig Universität Giessen, Duitsland
Het onderzoek dat in deze dissertatie wordt beschreven is uitgevoerd in de afdeling Medische Microbiologie van het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) en de afdeling Bionanoscience van de Technische Universiteit Delft (TUD). Het onderzoek werd hierbij financieel gesteund door de Nederlandse organisatie voor Wetenschap- pelijk Onderzoek (NWO) via Toptalent beurs 021.001.037 en ‘Open Access’ beurzen 036.001.008, 036.001.250, en 036.001.619 voor de publicatie van hoofdstukken 3, 4 en 5.
The research this thesis expatiates upon was carried out in the Department of Medical
Microbiology of the Leiden University Medical Center (LUMC)and the Department of
Bionanoscience of the Delft University of Technology (TUD). For financial support, the
Netherlands Organization for Scientific Research (NWO) is gratefully acknowledged
for Toptalent grant 021.001.037 and Open Access grants 036.001.008, 036.001.250, and
036.001.619 for the publication of chapters 3, 4 and 5.
Voor pap, mam en mijn kleine zusje ‘Pien’
TAbLe Of CONTeNTS PAge
Samenvatting 9
Chapter 1 A more general introduction 13
Chapter 2 Common and unique features of RNA virus polymerases define viral transcription and replication
31
Chapter 3 The RNA polymerase activity of SARS-coronavirus nsp12 is primer dependent 49
Chapter 4 Zn2+ inhibits coronavirus and arterivirus RNA polymerase activity in vitro and zinc ionophores block the replication of these viruses in cell culture
69
Chapter 5 The SARS-coronavirus nsp7+nsp8 complex is a unique multimeric RNA polymerase capable of both de novo initiation and primer extension
93
Chapter 6 Quantitative guidelines for force calibration through spectral analysis of magnetic tweezers data
119
Chapter 7 Nucleotide-dependent switching between active and passive unwinding in a nidovirus superfamily 1 RNA helicase
151
Chapter 8 Dual functionality for the SARS-CoV nsp(7+8) RNA polymerase at the genomic 3ʹ end
179
Chapter 9 Ribavirin triphosphate- and mismatch-stimulated 3ʹ-to-5ʹ exonuclease activity of the SARS coronavirus RNA polymerase nsp12
201
Chapter 10 A discussion of nidovirus RNA synthesis 217
References 229
Curriculum Vitae 253
List of publications 255
