UvA-DARE is a service provided by the library of the University of Amsterdam (https://dare.uva.nl)
UvA-DARE (Digital Academic Repository)
Gene expression in chromosomal Ridge domains : influence on transcription,
mRNA stability, codon usage, and evolution
Gierman, H.J.
Publication date
2010
Link to publication
Citation for published version (APA):
Gierman, H. J. (2010). Gene expression in chromosomal Ridge domains : influence on
transcription, mRNA stability, codon usage, and evolution.
General rights
It is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), other than for strictly personal, individual use, unless the work is under an open content license (like Creative Commons).
Disclaimer/Complaints regulations
If you believe that digital publication of certain material infringes any of your rights or (privacy) interests, please let the Library know, stating your reasons. In case of a legitimate complaint, the Library will make the material inaccessible and/or remove it from the website. Please Ask the Library: https://uba.uva.nl/en/contact, or a letter to: Library of the University of Amsterdam, Secretariat, Singel 425, 1012 WP Amsterdam, The Netherlands. You will be contacted as soon as possible.
9
zodat we stiekem kunnen blijven doorwerken aan Ridges! Ten eerste Mireille, je
was mijn rots in de lab-branding en hebt honderden integration sites en BACs uit je mouw geschud. Rustig maar kritisch beoordeelde je de plannen en je werkte altijd keihard. Maar net zo belangrijk zijn je sterke karakter en fantastische persoonlijkheid. Daardoor was je voor mij en de rest van het lab een sociale steunpilaar. Wekenlang zaten we met z’n tweeën opgesloten in het viruslab om honderden GFP kloons te isoleren, en urenlang hebben we over alles en niks kunnen praten. En als de virusjes eenmaal in bed lagen, dan werd het nog leuker. U2 concerten in de Arena, barbecuen met Mante of jullie superfeest in Limburg. Lieve Mireille, er zijn geen woorden die mijn dank kunnen beschrijven. Ik wens je de wereld toe en dat onze wegen zich daarin nog vaak mogen kruisen.
Jan, kan iemand tegelijk slim en aardig, hardwerkend en grappig, moleculair bioloog
en programmeur, vader en wetenschapper zijn? Ja, want dat is nou de fameuze
Dr. K.! Af en toe denk ik wel eens dat je stiekem een paar extra armen uit je shirt
laat zakken om op twee computers tegelijk te programmeren. Hoe anders kan je zo ongelooflijk snel zo veel werk doen! Jan, ik heb teveel dingen waar ik je voor moet bedanken. Van de ontelbare scripts tot aan je onzalige idee om aan GC content te gaan sleutelen! Maar wat zal ik onze fantastische discussies missen. We hebben in de jaren ons eigen vocabulaire ontwikkeld, waardoor we soms als autisten konden afdrijven naar onze eigen kleine wereld van asymmetrische centromeer medians in filter 5. Mijn dank ook aan Sandra en wie weet, ooit gaan we MyPubNotes maken!
Rogier was mijn Mr. Miyagi die, soms met meer, soms met minder succes, zijn
wijsheid op mij over probeerde te brengen. Juist doordat we af en toe compleet verschillend dachten, hebben we zware maar leuke wetenschappelijke veldslagen geleverd, die af en toe mijn werk op cruciale punten hebben verbeterd. Meer dan alles, moet ik je bedanken voor je enorme inzet en enthousiasme voor mijn onderzoek, en je onvoorwaardelijk steun aan mij. Ik twijfel soms en denk dan even dat we meer op elkaar lijken dan ons beiden lief is, maar ik weet altijd zeker dat we samen even trots zijn op het resultaat van ons harde werk aan Ridges: Wax on, wax off!
Wellicht dat Dirk dan mijn Obi-Wan Kenobi was (af en toe even wijs als onbegrijpelijk).
Onder jouw hoede ben ik het lab binnen gesmokkeld, en samen hebben we met groots enthousiasme de eerste stappen in de wondere wereld van RNA interference gezet. Het was een spannende tijd, en ik heb er veel van opgestoken. Ook daarna ben je altijd een aanspreekpunt voor advies gebleven, van Hox, Phox en Foxworthy, tot Western, Where art thou en Wachowski. Hora est!
Monique is de onzichtbare kracht die als een goede geest door de gangen van
Antropo waart. Stilletjes en bekwaam maakt ze haar magie te gelde, door op het juiste moment een zacht tikje met haar toverstok te geven. Als de sterretjes zijn uitgeschenen, is zij alweer verdwenen, maar iedereen weet, dat Moniekie ‘t deed!
Dankwoord
9
Een hele dikke kus, voor al je mannen-lok-dropjes en goede zorgen, voor al je hulp bij het geregel, en voor alle pret. Ik hoop dat je nog lang voor Antropo blijft zorgen! En dan Peter. De echte baas van het lab. Mijn onmetelijke respect voor hoe je
al jarenlang de steeds groter-wordende boel draaiende weet te houden. Maar nog meer dank voor alles daaromheen: van schaatsen in Ankeveen, tot paaldansen in de koffiekamer, voor de dronken Kerstman en voor je unieke en monumentale bijdrage aan de culturele bagage van het lab: het hondje van de bakker. En van je heee la, he la he la hoooo lala, he!
Sandra, Julio and Roel: As much as I liked working at Human Genetics, the truth
is that I was an outsider. Everybody was busy solving the pathways of pediatric cancers, whilst I was trying to figure out how chromosomes work. That is one of the reasons I so much enjoyed working with you. It gave me a great excuse to cross town to your lab every now and then, and talk chromatin & chromosomes!
Sandra, you have done fantastic work and were the driving force behind several
successful projects. For those I also owe many thanks to Osdilly, Wim, the Center for Advanced Microscopy and Scientific Volume Imaging BV. Even leuk was het
om met Maartje en Pernette te werken aan weer een ander chromatine project en
om Paul er tegen het lijf te lopen. Tot slot Roel, heel erg bedankt voor je gastvrijheid,
al je input en steun. En het was onze discussie in Montpellier over het Ridge mechanisme, die altijd in mijn hoofd is blijven hangen en me heeft aangespoord om met een model te komen voor hoofdstuk 6!
Eelco, The Lord of Layout! Wat er allemaal wel niet door jouw vingers is gegaan:
Posters voor congressen, artwork voor de cover van Genome Research, en de nodige placemats, platenhoezen en pin-ups voor vertrekkende antropogeneten. Maar meer dan alles, natuurlijk mijn dank voor je enorme hulp bij het in elkaar draaien van mijn boekje!
Jan & Piet: Jan moet ik natuurlijk bedanken voor het delen van zijn cell cycle
wijsheden ten behoeve van de EZH2 paper. Maar veel belangrijker is natuurlijk de cultureel-culinaire impact van de gebroeders Molenaar. Nooit meer Janus de Magier met lieftallige assistente, nooit meer Pedro regisseren als oscar-waardige
banaan-getraumatiseerde homo, nooit meer Jan in z’n kont knijpen, nooit meer met Piet ouwehoeren op de borrel, nooit meer jullie zalige baksels verorberen tijdens het kerstdiner. Ik ga jullie heel erg missen.
Mohamed, Danny, Gerben & Nancy, dank voor het opleuken van lab 1. Nancy,
god zegene je voor je zonnige humeur en je voorliefde voor bloederige films, maar nog veel meer voor je chocolade taarten! Mr. Veni, dank voor de Stanford tips. Nog
meer dank aan Mo voor al zijn Western-wijsheden en het organiseren van Nomad
avondjes. Heel veel dank ook aan Daniel Schumacher voor het winnen van Mireille
bij het racen (volgens Mireille mede mogelijk gemaakt dankzij mijn niet ongevaarlijke afsnijd-manoeuvres). Maar ik ga jullie nog het meeste missen om het heerlijke oeverloze geneuzel waar we ons zo zalig mee konden vermaken!
9
zelfgebouwde uitschuif-afdakje. Wat ik echter het meest zal missen is het bedrijven van onze linguïstische innovatie methodiek inzake Nederlandstalige hekelingen!
Peter: Ich danke Ihnen für die gemeinsame Nutzung Ihrer Weisheit! Sas: zet hem op
met je SNPs! Arjan, dank voor de ITCC eiwit samples en niet te veel HDRen! Fieke,
dank voor de FlowJo hulp, alle zin en onzin die we, al dan niet fietsend, hebben uitgewisseld. En denk aan de win-win weddenschap! Heleen, dank, heel veel dank,
voor het mogelijk maken van de heerlijke koffie op M0! En natuurlijk dank aan de
Blauwe tornado, mede namens Richard!
Berend, ik ben je veel dank verschuldigd voor al je onschatbare kennis en hulp.
Je hebt me de fijne kneepje van het FACSen geleerd en ik betwijfel of er in heel Nederland iemand rondloopt die net zoveel van FACSen afweet als jij!
Guus, Chrisoula & Daphne, thank you for helping out with my research. I really
enjoyed supervising your thesis work, and it has been very useful. Guus, your report
came in handy more than once when writing Chapter 1! And Chrisa & Daphne, your
work on the EZH2 clones also paid off for Chapter 5!
Jurgen & David, I owe you guys a big thanks for teaching me my way around
lentiviruses! I really liked the daily long walks to the Liver Center and it was great fun working in a completely different lab. Not to mention that it also turned out to be very useful for setting up the shRNA lentiviral library in our own lab!
Ingrid, dank voor al je enthousiasme en hulp in alles, niet in de laatste plaats bij het
verhuizen naar the bay! Ik geloof niet dat er ooit een gelijkwaardig getalenteerde Sinterklaas-dichter (of Piet schminker) je plaats heeft kunnen innemen. We did it meid; samen uit, samen thuis en een applaus voor onszelf!
Nathalie & Gerda: De Koninginnen van het Noorden en het Westen! Dank voor al
jullie labwijsheid en lol! Evan, you were a big help in my US lab hunt! I will miss our
spirited discussions and give me a call when you are ready to set up our Center (Paving the way…), then we can finally clone that talking chimp! Ankie, voor de
heerlijke discussies over foute muziek en het beginnen van al je vragen met: “Hinco, dit weet je vast wel,..”. Ingrid Ø, thanks for all the laughs and initiating me into clinical
tumor pathology! Ellen, voor het helpen optimaliseren van virus concentreren en de
droge lol op borrels met veel bier. Bart, bedankt voor de Polycomb tips! Franciska,
zonder jouw geen gezelligheid of kado’s! Jens, voor je trouwe lunch gezelschap en
het geboom over ChIP-chip! Marli, voor het fantastische labweekend in Limburg,
je siRNA wijsheid en zuidelijke vrolijkheid! Linda, dank voor het delen van je
probes, antilichamen en ongezouten wijsheid! Natalia, for keeping me linkedin via
FB! Rachida, voor de heerlijke hapjes die je meeneemt. Alvin, de koning van de
weefselkweek en aardigste man van Nederland. Tim, voor je cellen en het in ere
Dankwoord
9
Marcel, Johan, Talitha, Janine & Gitta, mijn oud M1-kamergenoten! Marcel, het
was een waar genoegen om over duizenden zaken met je van gedachten te wisselen en meer dan eens heb je me geholpen (translatie initiatie van codon construct!). We gaan elkaar blijven zien op de RISK avonden! Johan, die Cell paper zal toch echt
van jou gaan komen, ik voel het! Ik kan verder heel veel zeggen, maar Jan zei het al mooier: “..omdat het zo mooi is om een rustig haardvuur af en toe te zien knetteren.”
Talitha, jammer dat je weg bent, het was altijd dikke pret, dus voor jou een dikke
zoen. Janine & Gitta, heerlijk om af en toe wat klinische input te horen, blijf vechten
tegen de moleculaire bierkaai!
Barbera, Huib, Marco & Ramin, dank voor het pioniers werk aan Ridges! Barbera, Marco & Ramin, dank voor het inwijden in de wondere wereld van P waardes en
transcriptome maps. Jullie hebben me op weg geholpen en Barbera, je Kate Bush
impressie van het Veluwe lab weekend staat nog altijd op mijn netvlies gebrand!
Huib, bedankt dat ik je kindje heb mogen adopteren en bedankt voor je scherpe
opvoed adviezen!
Sint & Piet, jullie schijnen elk jaar langs te komen, helaas mis ik het op de een of
andere manier steeds. Dank voor de pepernoten en voor de tijdelijke metamorfose van Jan! Nico & Conny, de super sequencers! Zonder jullie super sequencing geen
RNAi hairpins of BACs! Annemieke, André & Roos, bedankt voor de labmeeting
bijdragen en Annemieke extra bedankt voor je HAT-hulp! Iedereen bij de Coffee Company aan de Kinker voor de broodnodige cafeïne tijdens de lange uren
achter mijn laptop! Hai-Yen, Hussein & Adrie, dank voor het delen van jullie BAC
kennis! Loes, voor de mooie chromosome spreads van HEK293! Inez, Robbert, Meindert & Gerrit, voor de jaren van trouwe dienst. Michael, voor het meedenken
over statistiek. Wijnand Fockink, voor de boswandeling, de kaas van Wout en al
die andere heerlijkheden. Wouter, voor de virusjes, Stampertje, voor de lol en De Feestcommissie, voor alles.
Dank ook aan Maaike, Marc, Vera en Anneke en alle andere oud gedienden. Anthony, for teaching me splinkerette! Daniel, Marta, Roxana, Lorena, Jorge & Mabel, por recibirme todos los días con un mate y sonrisa! Bas & Maarten, voor
de fantastische chromatine cursus op het NKI! Thijs & John, voor de leuke tijd
op BacGen! Eva, Stanislav, Giacomo, Thomas, Christoph, Roland, Hans, Jose
and all the other 3D Genome people for the hospitality in Brno, Heidelberg and
Montpellier. Floyd, Jurgo, Wim and all the others at the Microarray Department for
all the great work they have done! Laurence, for your insightful analysis and critique
of my papers and for flying all the way to Amsterdam. Martijn, Maartje V., Elzo, Bernike, Floor, Daan, Lars, en al die andere chromatine AIOs! Michiel & Sjoerd,
voor de natte ballen! Formijn, voor je codon kennis. Stephan, voor je p24 Elisa. Arjen v/d B., voor je Actinomycin-D. Affymetrix, for making the best microarrays. Sanger Institute, for sending us hundreds of BACs. The EU FP6 program, SKK, KWF, BioRange program (NBIC) and the Ellison Medical Foundation, for
9
bringing me into the world of aging genetics. Nikki, Kathleen, Gitte, Anna, Niina, Shanthi, Catalin, Jacki, Tim, Orit, Linda, Wilma & Annelies, for being great
colleagues and showing me another side of science. Kathy, Vanessa and all the
others at Stanford, for all your help. Stuart, for all your support in making my next
dream come true.
Jorrit & Bram, voor de onvoorwaardelijke vriendschap. Sanderijn & Maaike, voor
de gastvrijheid in Boston en New York en voor het zo nu en dan uitlenen van je man. Gerben & Lijn, voor de vele jaren van vriendschap, van Bad Hofgastein tot
aan de Bisschopsweg. Martin, Ward, Ruben, Sander, Edwin, en Albert-Jan,
voor de broodnodige testosteron tijdens de jaarlijkse pelgrimage over Europese bergmassieven. Wouter & Cindy, voor de buitenaardse humor, en voor het niet
in de fik steken van de rechtervleugel, I repeat, the right wing is not on fire! Gert & Rutger, voor de cineastische avonden die meestal eindigen als escapade in de
Amsterdamse nacht. Anton & Lienke, voor de hulp in tijden van nood, de fun in het
Vondelpark en al het overige. Guille & Clare, por los asaditos del Guille, y todo lo
otro de Clare!
Olga & Wesley, Sanna & Janne, Marjut & Mikko, Sarit & Eric, for body-combating
each other and my wife and for the great travels to London & Helsinki and the ones to come. Mira, Jose, Sylvia, Liselot, Rebecca, en alle anderen voor de goede
zorgen voor Aiko. KEMA Vlees BV, voor de op bestelling-gezaagde kalfsribben en Slagerij Zuid, voor de beste gerookte beenham van Nederland!
Natalia, por el Fernet Branca, los viajes, y esperarme el Nobel. Javier & Pablo, por
las Montañas, la amistad, y un montón de asados mas! Natacha & Aitor, por las
fajitas de la Naty, los chistes del Aitor. Mauri, por ser mi hermano, Gloria, por ser la
suegra de mi hijo. Gaby, Marti, Toti y Cris, por la locura, la Serena, y “que se yo no
mas”! Edu & Diana, por la paella y los canelones, por los calculos y discusiones, por
cuidar y no joder, y por absolutamente todo! Frank voor de nodige humor, Marijke
voor de nodige nuchterheid, en Rakker voor het niet opeten van Taeke.
Pa & Ma, aan jullie heb ik het meeste te danken. Ik ben opgegroeid in de wetenschap
altijd te kunnen terugvallen op jullie, voor alles. Dat is een enorme luxe die stiekem en onbewust, heel veel heeft mogelijk gemaakt. Ma, bedankt voor de zorgen, voor
het oppassen, voor de nuchterheid, voor je recepten, en voor de altijd gedekte tafel om aan te schuiven (met altijd lekker eten). Pa, bedankt voor je adviezen, voor de
hulp bij alles van belasting tot bankzaken, voor de opoffering, voor het oppassen, de interesse en het lezen van mijn werk en het ontbijt op zondag. Dit proefschrift en heel veel andere dingen, heb ik kunnen doen dankzij jullie steun, waarvoor mijn diepste waardering en dankbaarheid.
Dankwoord
9
Aiko & Taeke, tegen de tijd dat jullie dit lezen, zit er al een stoflaagje op de kaft
en ben ik ondertussen zelf de titel van mijn proefschrift vergeten. Wat ik niet zal vergeten, is de vreugde en liefde die jullie mij hebben gebracht, juist te midden van al het harde werk. Een hele dikke kus van papa.
Silvi, te debo todo. Sos, literalmente, el ritmo de mi vida.
