WRKY transcription factors involved in salicylic acid-induced defense gene expression
Verk, M.C. van
Citation
Verk, M. C. van. (2010, June 15). WRKY transcription factors involved in salicylic acid-induced defense gene expression.
Retrieved from https://hdl.handle.net/1887/15688
Version: Corrected Publisher’s Version
License:
Licence agreement concerning inclusion of doctoral thesis in the Institutional Repository of the University of Leiden Downloaded from: https://hdl.handle.net/1887/15688
Note: To cite this publication please use the final published version (if applicable).
Stellingen
Behorende bij het proefschrift
WRKY Transcription Factors Involved in Salicylic Acid-Induced Defense Gene Expression
1. WRKY transcriptie-factoren zijn de belangrijkste activators van PR-genexpressie in tabak.
Dit proefschrift
2. Niet alle WRKY transcriptie-factoren kunnen binden aan de consensus W-box.
Dit proefschrift
3. Een grote hoeveelheid interessante gegevens ligt verborgen in publiekelijk beschikbare datasets, wachtend om ontdekt te worden door innovatieve analyse methodes.
Dit proefschrift
4. De promoter en 5’ UTR annotatie van het PBS3 gen moet worden herzien.
Dit proefschrift
5. Het is niet betrouwbaar om conclusies uit Electro Mobiliteit Shift Assays te trekken zonder deze conclusies te bevestigen via mutatieanalyses.
6. Biologische modellen gegenereerd door bioinformatica analyses zullen altijd moeten worden geverifieerd door experimenten in het laboratorium.
7. Het verdient aanbeveling de naamgeving van genen te controleren in
verschillende databases voor een eenduidige interpretatie of gebruik in artikelen.
EMBL database (http://www.ebi.ac.uk/embl) PARP1 (At2g31320); PARP2 (At4g02390). TAIR database (www.arabidopsis.org) PARP1 (At4g02390);
PARP2 (At2g31320)
8. De promoter voor minstrengs-RNA synthese, gelegen aan het 3’-uiteinde van alfalfa mosaic virus RNAs, bestaat uit haarspeld E (hpE) en een tRNA-achtige structuur (TLS). De veronderstelling van Olsthoorn en Bol (2002) dat de functie van de TLS bij de promoteractiviteit beïnvloed wordt door een tertiaire interactie van de TLS met hpE, zou mogelijk getest kunnen worden door de invloed van hpE op de adenylering van de TLS door het ATP(CTP):tRNA nucleotidyl transferase te onderzoeken.
Olsthoorn, R.C.L. en Bol, J.F. (2002) J. Virol. 76, 8748-8756 Chen, S-C. en Olsthoorn, R.C.L. (2010) J. Virol. 84, 1423-1429
9. Onderzoekers die de core-sequentie TGAC gebruiken voor het opsporen van WRKY-bindingsplaatsen zullen in veel gevallen uitkomen op as-1 boxen.
Foster et al., (1994) The FASEB J. 8, 192-200
Rowland, O. en Jones, J.D.G. (2001) Genome Biol. 2, 1001.1-1001.3 Eulgem, T. en Somssich, I.E. (2007) Curr. Opin. Plant Biol. 10, 366-371 10. Een PhD trainingsperiode is als skiën: door de tijd verkrijg je vaardigheden en
maak je snelheid. Een incidentele uitglijder kan echter niet voorkomen worden.
11. Het uitvoeren van sommige experimenten is net zoals het meedoen aan een loterij.
Marcel van Verk 15 juni 2010
