University of Groningen
Advancing transcriptome analysis in models of disease and ageing
de Jong, Tristan Vincent
DOI:
10.33612/diss.99203371
IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from it. Please check the document version below.
Document Version
Publisher's PDF, also known as Version of record
Publication date: 2019
Link to publication in University of Groningen/UMCG research database
Citation for published version (APA):
de Jong, T. V. (2019). Advancing transcriptome analysis in models of disease and ageing. Rijksuniversiteit Groningen. https://doi.org/10.33612/diss.99203371
Copyright
Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).
Take-down policy
If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim.
Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.
Chapter 11
Dutch Summary
274
In alle cellen van levende organismen bevind zich DNA. Dit DNA word vertaald naar een bericht, RNA, wat gebruikt word voor de productie van proteinen die belangrijke functies uitvoeren in de cell. Door RNA-sequencing technieken kunnen wij de berichten onderscheppen en analyseren wat zich afspeeld op cellulair niveau. In mijn thesis onderzoek ik veranderingen in RNA niveaus die plaatsvinden onder verscheidene experimentele omstandigheden en de betekenis van de natuurlijke variatie die wij observeren in het aantal RNA moleculen tussen verschillende samples. In hoofdstuk 2 van deze thesis evalueren wij de kennis die op het moment beschikbaar is op het gebied van variatie in gen expressie, ofwel de variatie in de hoeveelheid RNA moleculen van een bepaald gen in verscheidene samples. Hierbij wordt extra aandacht bested aan de methode waarmee deze variatie op een betrouwbare manier gekwantificieerd kan worden.
Veel trascriptoom studies beperken zichzelf tot proteine coderende genen. In hoofdstuk 3 werpen wij een blik op genen die niet resulteren in proteine coderende genen om te kunnen achterhalen wat de gevolgen zijn van het aanbrengen van een gen wat een poly-glutamine proteine produceert. Dit phenotype is een mimiek van een proteine aggregerende ziekte zoals huntington of alzheimer.
Het is belangrijk om een goede strategie te hebben om de analyse van transcriptoom data op te volgen. Hierdoor kan het zeer belangrijk zijn om een goed overzicht van de resultaten te hebben voordat je verder gaat met de vervolg analyse. In hoofdstuk 4 verkenen we de conventionele gen expressive analyse om genen te identificieren die linear veranderen met mutaties geacetyleerde wild-type en on-geacetyleerde C/EBP α. Differentiele expressie analyse en over-representatie analyse wezen uit dat de mutant van C/EBPα genen op het mitochondriale DNA aan zet tot hogere expressie waarden. Door deze analyze konden waardevolle vervolg experimenten geplanned worden. In hoofdstuk 5 delven wij in de complexere modellen voor de analyse van transcriptoom analyze. Hier analyseren wij RNA-sequencing data afkomstig van prolifererende cellen die 2, 4, 10 en 20 dagen na ioniserende straling zijn genomen van
Chapter 12
275
drie verschillende cell types; Fibroblasten, keratinocyten en melanocyten. Door de grote variatie in de transcriptionele expressie na blootstelling aan straling tussen deze verschillende celltypes is er gekozen om de reactie van genen in kaart te brengen door middel van tijd patronen. De methoden die aangetoont worden in dit hoofdstuk kunnen helpen met het verkrijgen van een beter inzicht in de dynamiek van gen-expressie van verscheidene cell-typen na ionoserende straling.
Om te kunnen achterhalen wat de onderliggende oorzaken zijn van de veranderingen in gen transcriptie met veroudering hebben we eveneens een onderzoek uitgevoerd naar de genetische veranderingen die waar te nemen zijn met genoom sequencing data. In hoofdstuk 6 analyseerde wij verscheidene kenmerken van genetische veroudering, waaronder; de telomeer lengte, de relative hoeveelheid mitochondriaal DNA, de aanwezigheid van anneuploidy van sex-chromosomen, de relatieve aanwezigheid van T-cellen en tot slot de hoeveelheid retro-transposons in het genoom.
De samenstelling van de nucleotides rondom de transcriptie start locatie van genen kan een gigantisch effect hebben om de activiteit van een gen’s transcriptie. In hoofdstuk 7 analyseerde wij de mechanismen die de onderliggende variatie in de expressie van genen beinvloeden. Wij bevinden dat de variatie grotendeels door de genoom sequentie bepaald word en verder beinvloed word door epigenetische factoren, veranderingen in het dieet en veroudering. Wanneer de onderliggende systemen die variatie in gen-expressie veroorzaken bekend zijn kan dit bijdragen aan studies naar verouderingsziekten.
276
In hoofdstuk 8 onderzoeken we de variatie in gen expressie om de gevolgen van veroudering in kaart te brengen op wild-type en genetisch gemanipuleerde muizen. De verminderde C/EBPβ-LIP expressive door het verwijderen van de uORF vertraagd niet alleen de ontwikkeling van verouderings phenotypen, het verlaagd ook de variatie in gen expressie tussen verschillende individuen. Veroudering, en het vertragen van veroudering correleerd dus sterk met de variatie in gen-expressie.
Tot slot besdiscussieren wij de voordelen van de bevindingen in deze thesis en leggen de nadruk op de waarde van het benaderen van RNA-sequencing experimenten vanuit verschillende hoeken. Hierdoor kunnen we meer kennis vergaren over de characteristieken van veroudering en de gevolgen hiervan op de variatie in gen expressie.
