Spatial and dynamic organization of molecular structures in the cell nucleus
Brouwer, A.K.
Citation
Brouwer, A. K. (2010, September 8). Spatial and dynamic organization of molecular structures in the cell nucleus.
Retrieved from https://hdl.handle.net/1887/15930
Version: Corrected Publisher’s Version License:
Licence agreement concerning inclusion of doctoral thesis in the Institutional
Repository of the University of Leiden
Downloaded from: https://hdl.handle.net/1887/15930
Note: To cite this publication please use the final published
version (if applicable).
Statements
1. Telomeres have been found to be frequently associated with PML bodies and play an important role in the formation of these bodies (this thesis).
2. Unlike claimed by Ludérus (M.E. Ludérus et al., J. Cell Biol. 2006), te- lomeres are attached to a nuclear matrix structure containing lamin A, emerin and actin but not lamin B2 (this thesis).
3. Telomere dynamics are increased during the G1 phase of the cell cycle, due to rearrangements in the nucleus that occur after mitosis has taken place (this thesis).
4. Sumoylation of telomere binding proteins by the MMS21-containing SMC5/6 complex is necessary for PML body formation (this thesis).
5. The cell nucleus is an amazing structure that in spite of containing large quan- tities of macromolecules, still offers sufficient space for large structures to move at relatively high speed.
6. ALT-associated PML bodies facilitate telomere lengthening in telomerase negative cancer cells rather than functioning as rubbish-bins collecting dis- posed linear telomeric DNA (C.L. Fasching et al., Cancer Res. 2007).
7. Sliding-neighborhood image operations can be performed much more effi- cient using GPU (Graphics Processing Unit) instead of CPU (Central Proc- essing Unit) hardware.
8. Although described in nearly all student text books about cell biology there is no consistent evidence for the folding of chromatin in regular 30-nm fibers in living cells. This concept should therefore be replaced by a dynamic irregular folding model compatible with fast transcriptional regulation (K. Maeshima et al., Curr. Opin. Cell Biol. 2010).
9. The adjuvants to boost the immune response used in medical vaccines that are suspected to be the cause of allergies developed in individuals at a later age, should no longer be used since milder adjuvants with less allergenic proper- ties are available (R.K. Gupta, Adv. Drug Delivery Rev. 1998).
10. The reason why pain evolved during evolution is because animals were too stubborn to learn from milder stimuli.
Dankwoord
Allereerst wil ik iedereen van MCB bedanken voor de hulp, het meedenken en de prettige sfeer. Roeland, je was voor mij een hele goede begeleider. Het was erg prettig om met je samen te werken, je gaf me alle vrijheid en je wist me altijd op het juiste moment aan te moedigen. Het was altijd leuk om resultaten met jou te bespreken. Ook veel dank gaat uit naar mijn promotor Hans Tanke, bedankt voor de steun, je enthousiasme en voor de leuke werkplek.
Veel dank voor mijn broer Thijs Brouwer, voor het aanhoren van problemen en voor je hulp. Je hebt me altijd aangemoedigd en geadviseerd. Ook heb ik dankbaar gebruik ge- maakt van je computerkennis. Jos en Bé heel erg bedankt voor de steun, de aanmoediging en de interesse. Verder wil ik iedereen in mijn omgeving bedanken voor jullie geduld en steun.
Hans en Willem, bedankt voor de vele hulp en de gezelligheid. Nu hebben jullie eindelijk wat meer rust...
Karien, Tsion en Ilke, bedankt voor de praktische hulp, jullie waren erg fijne collega’s.
Martijn erg bedankt voor de fijne samenwerking, en geweldig dat je mijn paranimf bent.
Joop, bedankt voor de gezelligheid en de fijne samenwerking, je bent altijd vrolijk en ge- interesseerd. Jan Slats, bedankt voor de praktische hulp en voor je enthousiaste manier van uitleggen.
Marja, Danielle en Karoly, het was erg leuk om bij jullie op de kamer te zitten, jullie wa- ren geweldige collega’s.
Chiara, thanks for being a great friend and for supporting me. I am very happy that you are my paranimf.
Anneke
