DNA binding by the Rev1 BRCT region : implications for biological and structural function
Groote, F.H. de
Citation
Groote, F. H. de. (2011, February 9). DNA binding by the Rev1 BRCT region : implications
for biological and structural function. Retrieved from https://hdl.handle.net/1887/16451Version: Corrected Publisher’s Version
License: Licence agreement concerning inclusion of doctoral thesis in the Institutional Repository of the University of Leiden
Downloaded from: https://hdl.handle.net/1887/16451
Note: To cite this publication please use the final published version (if applicable).
Dankwoord
158 Dankwoord
Met plezier kijk ik terug naar mijn periode als promovendus in een vrij dynamische groep, die zowel van naam, professor en tijdelijk van locatie is gewijzigd. Als promovendus sta je nooit alleen, daarom wil ik hier een aantal mensen bedanken:
Allereerst mijn directe begeleider en co-promotor: Gregg, bedankt voor het vertrouwen en je steun bij dit interessante project. Jouw fascinatie voor de structerele biologie en de veelvoud aan technieken die hierin benut worden, vormde de belangrijkste inspiratiebron voor de afgelopen vijf jaar. Ondanks dat ZoBio af en toe veel tijd vroeg stond je altijd open voor je promovendi en was je altijd bereid tijd vrij te maken. Het voltooien van het proefschrift was op taalgebied niet altijd eenvoudig. Bedankt voor je enorme geduld hierbij! Jaap, bedankt voor het vervullen van de rol als promotor en voor de beoordeling van het proefschrift. De laatste duwtjes in de rug om het promotietraject af te sluiten waren zeer welkom.
Marcellus, bedankt voor de beoordeling van het proefschrift en de vele adviezen tijdens de werkbesprekingen.
Zoals interactie tussen eiwitten van essentieel belang is voor leven, is de interactie tussen onderzoeksgroepen van essentieel belang voor wetenschappelijk onderzoek.
Bobby en Hans (BioSyn) bedankt voor het gebruik van de MassSpec en voor jullie inzicht in de experimenten met betrekking tot de phosphopeptides. Verder heb ik het isotopenlab uitvoerig gebruikt. Hans (MolGen) bedankt voor beheren en het in stand houden van deze faciliteit, die een aantal keren verloren dreigde te raken.
Tineke en Riekje (MolGen), bedankt voor de hulp bij de gistexperimenten in hoofdstuk V, het delen van jullie indrukwekkende vakkennis en het gebruik van jullie lab. Yuji Masuda (Hiroshima University, Japan), many thanks for the Rev1 proteins used in Chapter IV. Julian (Cambridge University, UK), many thanks for your comments regarding my thesis. Natuurlijk is het van essentieel belang de biologie te
Dankwoord
159
combineren met de biochemische experimenten. Hier heb ik veel hulp en inspiratie voor gekregen van de Toxicogenetica groep van het LUMC. Jaap en Niels, jullie werk aan het muis BRCT domein vormde de basis voor dit project. Bedankt voor de vele discussies die we hebben gehad, en die een grote bijdrage hebben geleverd aan dit proefschrift.
All ‘ProtChem’ members. Thanks for all the comments during labmeeting and for the
‘gezelligheid’ during the drinks on Friday afternoon and the laboutings. All Ph.D.
students good luck on finishing your thesis! Anneloes en Francis, bedankt voor de vele technische ondersteuning. Jullie kantoor was doorgaans het kloppend sociale hart van de vakgroep en was altijd een welkome plek om succesvolle experimenten te delen en tegenslagen te verwerken. Hoofdstuk V had ik nooit af kunnen maken zonder de brede basis die er al lag, Myckel en Sophie bedankt daarvoor. Masa, your thesis formed the basis of inspiration for mine. Thanks for all the comments and help with designing the experiments. Dipen, thanks for sharing this unstable and strange protein the past years. Unfortunately, it is not likely that the structure of the DNA bound Rev1 BRCT will be elucidated. Good luck on finishing your project! Frankie, jij begon ongeveer gelijk aan je PostDoc periode als ik aan mijn promotieonderzoek.
Onze gedeelde interesses, en het delen van jouw ervaring met de vele hordes bij het doen van promotieonderzeuk waren een grote morele steun. Heidi, het was een prettige afwisseling om gemodificeerd DNA voor jou te maken. Bedankt voor jullie gastvrijheid en de zomercompetitie darts met de ‘Yeastyboys’.
Het feit “Er gaat niets boven Groningen” werd meerdere malen bevestigd door de vele vriendschappen die zijn ontstaan tijdens mijn studie en die erna nog volop in leven bleken te zijn tijdens mijn promotie en voor de broodnodige afleiding hebben gezorgd. Allereerst de “De Toppertjes”: Frank, Frans, Wendy, Gerrit, Femke, Jan, Miranda, Wouter en Maaike. Piratenfeesten, nachtvolleybaltoernooien, borrels, promotiefeesten en uiteindelijk huwelijken, het was altijd mooi om naar ’t Noorden
Dankwoord
160
af te reizen. Inmiddels zijn we internationaal verspreid, en zullen de ontmoetingen minder vaak zijn, maar dat zal de gezelligheid van elke gelegenheid niet doen verminderen. Daarnaast nog een andere vriendengroep: Behnam, Gertjan, Tineke, Marcel, Lieke, Niels, Patrick, Laura en wederom Wouter en Maaike. De vele BBQ’s, catan- of craftavondjes en onvergetelijke (road)trips naar o.a. Freiburg en Antwerpen staan eeuwig in mijn geheugen gegrafeerd. Mahthild en Alex, we moeten nog wat werken aan onze mailstiltes, maar de regel dat goede vriendschap blijft bestaan, ondanks een periode van weinig contact, is bewezen. Vrienden van het eerste uur Ka-Wing en Alexander, bedankt voor jullie vriendschap de afgelopen vele jaren.
Mijn familie, bedankt voor jullie interesse de afgelopen jaren. Robert en Marloes, Enschede was altijd een mooie plek om even te ontnuchteren en de familiebijeenkomsten waren altijd super gezellig. Bedankt voor mijn nieuwe rol als
‘ome Drie’. Broer(tje :P) succes met jouw promotieonderzoek! Mark, een extra broer is altijd welkom. Gedeelde smart is halve smart, maar laten we hopen dat Ajax toch weer eens een mooi moment beleefd in de toekomst. Pa en ma bedankt voor een geweldige jeugd waarin ik mijn interesses in de volle vrijheid heb kunnen ontwikkelen. Ik ben dankbaar dat jullie dit moment nog in volle gezondheid mee mogen maken. Mijn schoonouders, vanaf het eerste moment voelde ik mij thuis bij jullie Bedankt voor jullie steun de afgelopen drie jaar, het lijkt veel langer. De tekst onderaan pagina drie geldt ook voor jullie!
Last, but definitely not least, mijn steun, toeverlaat en soulmate: Kelly. Schat, bedankt voor jouw onvoorwaardelijke steun en liefde. Jouw vertrouwen in mij in een, op zijn zachtst gezegd, ‘roerige periode’ is onbetaalbaar. Helaas wordt ons geduld nog steeds op de proef gesteld om onze toekomstdroom in vervulling te zien gaan, maar samen blijven we hoop houden en wacht ons een mooie toekomst.
Ik hou van je!
Curriculum Vitae
161
Curriculum Vitae
Frederik Hendrik de Groote werd geboren op 6 juni 1980 te Emmen. Na het voltooien van respectievelijk het Hoger Algemeen Vormend Onderwijs in 1997 en het Voortgezet Wetenschappelijk Onderwijs in 1999 aan het Hondsrug College te Emmen ging hij Scheikunde studeren aan de Rijksuniversiteit in Groningen. De laatste twee jaren van deze studie bestond uit de specialisatie Biochemie. In deze periode werd het afstudeeronderzoek voltooid bij de vakgroep ‘Celbiochemie’ van de Rijksuniversiteit Groningen, onder begeleiding van dr. Harriët Loovers en prof.dr. Peter van Haastert. Daarnaast werd een korte stage uitgevoerd bij de vakgroep ‘straling en stress celbiologie’ van het Universitair Medisch Centrum Groningen. In 2005 werd het doctoraalexamen met succes afgerond. Na een korte periode werkzaam te zijn geweest als analist bij ‘Solenne’ BV te Groningen begon hij in 2006 aan het promotietraject aan de vakgroep ‘Protein Chemistry’ aan de Universiteit Leiden onder supervisie van dr. Gregg Siegal. Dit promotieonderzoek bevatte de biochemische karakterisatie van de Rev1 BRCT regio en leidde uiteindelijk tot de voltooiing van dit proefschrift.
List of Publications
162
List of Publications
De Groote FH, Shah DM, De Leeuw F, Siegal G. Structural characterisation of DNA binding by the BRCT region of the mouse Rev1 protein. Manuscript in preparation.
Vanwetsewinkel S, de Groote FH, Habets M, de Ruijter M, Brandsma R, Siegal G. A possible role for RFC in DNA Translesion Synthesis. Manuscript in preparation
De Groote FH, Jansen JG, Masuda Y, Shah DM, Kamija K, de Wind N, Siegal G. The Rev1 translesion synthesis protein has multiple distinct DNA binding modes. Submitted to DNA Repair
Dietrich HRC, Rieger B, Wiertz FGM, de Groote FH, Heering HA, Young IT and Garini Y, Tetherd particle motion mediated by scattering from gold nanoparticles and darkfield microscopy. Journal of Nanophotonics 3, 031795, 2009
Brinkers S, Dietrich HR, de Groote FH, Young IT, Rieger B. The persistence length of double stranded DNA determined using dark field tethered particle motion. Journal of Chemical Physics 130, 215105, 2009
Loovers HM, Kortholt A, de Groote FH, Whitty L, Nussbaum RL, van Haastert PJ. Regulation of phagocytosis in Dictyostelium by the inositol 5-phosphatase PCRL homolog Dd5P4, Traffic 8, 618- 628, 2007.
