University of Groningen
The consequences of aneuploidy and chromosome instability
Schukken, Klaske Marijke
DOI:
10.33612/diss.135392967
IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from it. Please check the document version below.
Document Version
Publisher's PDF, also known as Version of record
Publication date: 2020
Link to publication in University of Groningen/UMCG research database
Citation for published version (APA):
Schukken, K. M. (2020). The consequences of aneuploidy and chromosome instability: Survival, cell death and cancer. University of Groningen. https://doi.org/10.33612/diss.135392967
Copyright
Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).
Take-down policy
If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim.
Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.
Appendix
Appendix
Abbreviations and definitions
Nederlandse samenvatting
Acknowledgements
CV & list of publications
Appendix
Abbreviations and definitions
Nederlandse samenvatting
Acknowledgements
CV & list of publications
Abbreviations and Definitions
Aneuploidy‐ A genetic state in which the copy number of all chromosomes is not an exact multiple of the haploid karyotype. CIN‐ Chromosomal Instability. Cells are CIN when they are prone to changing their chromosome shape or number over time, often due to chromosome mis‐segregations during mitosis. Karyotype‐ The number and structure of all chromosomes within a cell. Kinetochores‐ A multi‐protein structure located on the centrosome of a chromosome, which binds chromosomes to the spindle network during mitosis. MEF‐ Mouse Embryonic Fibroblasts mESC – mouse Embryonic Stem Cells MT‐ Microtubules, tubulin molecules formed into a tube‐like polymer. Part of the cell’s cytoskeleton and spindle network. SAC‐ Spindle Assembly Checkpoint. A mitotic checkpoint which prevents the cell from entering into Anaphase until all kinetochores are properly attached to the spindle network. sgRNA – small guide RNA. RNA with a specific sequence which Cas9 can use to selectively bind to (and potential cut) DNA. SKI606‐ A tyrosine kinase inhibitor drug targeting Src and Bcr‐Abl. Also known as 1407, or Bosutinib or Axon 1407. TRE‐ Tetracycline Repetitive Element. Ninty‐six (96) adjacent binding site for the tetR protein. tetR‐ mutated tetracycline Repressor. Also known as rtTA. A protein which binds to a tet binding site upon addition of doxycycline and promotes transcription of downstream genes. Multiple tetR proteins can bind to the TRE.
APPENDIX 177
1
A
Abbreviations and Definitions
Aneuploidy‐ A genetic state in which the copy number of all chromosomes is not an exact multiple of the haploid karyotype. CIN‐ Chromosomal Instability. Cells are CIN when they are prone to changing their chromosome shape or number over time, often due to chromosome mis‐segregations during mitosis. Karyotype‐ The number and structure of all chromosomes within a cell. Kinetochores‐ A multi‐protein structure located on the centrosome of a chromosome, which binds chromosomes to the spindle network during mitosis. MEF‐ Mouse Embryonic Fibroblasts mESC – mouse Embryonic Stem Cells MT‐ Microtubules, tubulin molecules formed into a tube‐like polymer. Part of the cell’s cytoskeleton and spindle network. SAC‐ Spindle Assembly Checkpoint. A mitotic checkpoint which prevents the cell from entering into Anaphase until all kinetochores are properly attached to the spindle network. sgRNA – small guide RNA. RNA with a specific sequence which Cas9 can use to selectively bind to (and potential cut) DNA. SKI606‐ A tyrosine kinase inhibitor drug targeting Src and Bcr‐Abl. Also known as 1407, or Bosutinib or Axon 1407. TRE‐ Tetracycline Repetitive Element. Ninty‐six (96) adjacent binding site for the tetR protein. tetR‐ mutated tetracycline Repressor. Also known as rtTA. A protein which binds to a tet binding site upon addition of doxycycline and promotes transcription of downstream genes. Multiple tetR proteins can bind to the TRE.
Nederlandse Samenvatting De meeste cellen in ons lichaam hebben twee kopieën van elk chromosoom: 23 chromosomen van de moeder en 23 van de vader. Chromosomen zijn gemaakt van DNA, en dat DNA codeert voor de eiwitten die ons lichaam bouwen en beheren. Als een cel gaat delen, dan moet zij alle chromosomen dupliceren en voorzichtig over de twee nieuwe dochtercellen verdelen, zo dat elke dochtercel precies hetzelfde DNA heeft als zij. Soms gaat dit verkeerd, en dan eindigen de twee dochtercellen met extra of ontbrekende chromosomen, dit heet aneuploïdie. Als cellen vaak hun chromosomen niet goed verdelen dan is de cel chromosomaal instabiel (CIN). CIN en aneuploïdie hebben meerdere, en soms tegenstrijdige, effecten op cellen. Een extra chromosoom zorgt ervoor dat de eiwitten die op dat stuk DNA gecodeerd zijn ook extra tot expressie komen. Dit leidt tot deregulatie van RNA en eiwitten binnen deze cellen. Stelt u zich voor: een drukfout in het instructieboek van een autofabriek leidt tot een fabriek die auto’s maakt met 8 wielen in plaats van 4, maar de auto zelf is niet groter geworden. Of er komen twee motoren, maar nog maar één plek voor een motor, of alleen maar de helft van de bouten zit in de wielen. Zullen deze auto’s nog kunnen rijden? Sommige wel. Maar ze rijden lang niet zo lekker. Hetzelfde geldt voor cellen: een cel met één of twee extra chromosomen kan nog wel groeien, maar vaak langzamer, omdat deze cellen veel ‘stress’ ervaren door de extra chromosomen. Soms gaan deze cellen dan nooit meer delen, soms gaan ze dood. Het mis‐segregeren (incorrecte verdeling) van chromosomen tijdens de celsplitsing kan ook tot DNA‐schade leiden, wat uiteindelijk tot celdood kan leiden. Hoewel aneuploïdie en CIN vaak leiden tot gestreste cellen die minder groeien, kunnen ze ook een tegengesteld effect hebben, juist overmatige groei. Meer dan 3 op de 4 kankers hebben extra of ontbrekende chromosomen. Deze aneuploïde kankers zijn agressiever dan niet‐ aneuploïde (euploïde) vergelijkbare tumoren. Bovendien, aneuploïde kankers bouwen vaker resistentie op tegen medicijnen, en patiënten met deze tumors hebben een kortere levensverwachting. Hoe kan het dat aneuploïdie vaak tot celstress en langzame celgroei leidt, maar ook tot kanker, wat juist gekenmerkt wordt door verhoogde celgroei? Het antwoord ligt in evolutie; evolutie van een cel. CIN leidt tot allemaal verschillende cellen met verschillende extra en ontbrekende chromosomen; het grootste gedeelte van deze cellen zal niet goed groeien, maar er is echter maar één cel nodig die wél goed kan groeien om kanker te ontwikkelen. In onze autofabriek‐metafoor: de meeste auto’s met extra of missende onderdelen gaan kapot, maar soms maakt de fabriek een auto met twee motoren en maar de helft van de remmen. Misschien niet het beste voor de verkeersveiligheid, maar het rijdt wel snel. In deze thesis wordt er meer onderzoek gedaan naar de effecten van, en de verschillen tussen CIN en aneuploïdie. Hoofdstuk 1 is een algemene introductie van CIN en aneuploïdie, en een beschrijving van de verschillende hoofdstukken in deze thesis. In hoofdstuk 2 wordt het verschil tussen CIN en aneuploïdie uitgelegd. Cellen zijn CIN als ze vaak chromosomen mis‐segregeren tijdens mitose (het proces van celdeling), dit leidt tot aneuploïdie. Cellen zijn aneuploïd wanneer hun chromosoomaantal verschilt van het normale aantal chromosomen. In dit hoofdstuk wordt er ook naar het niveau van mis‐ segregatie gekeken; een hoge mate van chromosoom mis‐segregatie heeft een ander effect op een celpopulatie dan een lage mate van mis‐segregatie. Mis‐segregatie en CIN worden vaak bestudeerd in celkweek, maar deze cellen kunnen zich heel anders gedragen in een organisme: het immuunsysteem heeft grote invloed op de groei van cellen met CIN, en elke weefselsoort kan anders omgaan met CIN en aneuploïdie. Wij waren geïnteresseerd te zien of aneuploïde en CIN cellen gevoelig zijn voor bepaalde stoffen waar controle cellen niet zo gevoelig voor zijn. In hoofdstuk 3 bekijken wij de groei van euploïde en aneuploïde cellen met of zonder toevoeging van >50 verschillende stoffen. Deze stoffen zijn gekozen omdat ze mogelijk een specifiek effect hebben op aneuploïde of CIN cellen. Wij zien dat een stof die energiegebruik in een cel vermindert schadelijker is voor aneuploïde cellen dan voor euploïde cellen; dit is in overeenstemming met eerder onderzoek van A. Amon lab. Verder onderzoek toont aan dat een onvermoede stof specifiek effect had op cellen met CIN. Onze resultaten laten zien dat deze drug een voorheen onbekend effect heeft op cellen (instabiliteit van het DNA‐splitsing mechanisme), en dit in combinatie met een lage graad van CIN kan leiden tot een heel hoog niveau van mis‐segregatie. Zo hebben wij een potentiële nieuwe manier gevonden om CIN cellen te doden, zonder dat hierbij euploïde cellen dood gaan.
APPENDIX 179
1
A
Nederlandse Samenvatting De meeste cellen in ons lichaam hebben twee kopieën van elk chromosoom: 23 chromosomen van de moeder en 23 van de vader. Chromosomen zijn gemaakt van DNA, en dat DNA codeert voor de eiwitten die ons lichaam bouwen en beheren. Als een cel gaat delen, dan moet zij alle chromosomen dupliceren en voorzichtig over de twee nieuwe dochtercellen verdelen, zo dat elke dochtercel precies hetzelfde DNA heeft als zij. Soms gaat dit verkeerd, en dan eindigen de twee dochtercellen met extra of ontbrekende chromosomen, dit heet aneuploïdie. Als cellen vaak hun chromosomen niet goed verdelen dan is de cel chromosomaal instabiel (CIN). CIN en aneuploïdie hebben meerdere, en soms tegenstrijdige, effecten op cellen. Een extra chromosoom zorgt ervoor dat de eiwitten die op dat stuk DNA gecodeerd zijn ook extra tot expressie komen. Dit leidt tot deregulatie van RNA en eiwitten binnen deze cellen. Stelt u zich voor: een drukfout in het instructieboek van een autofabriek leidt tot een fabriek die auto’s maakt met 8 wielen in plaats van 4, maar de auto zelf is niet groter geworden. Of er komen twee motoren, maar nog maar één plek voor een motor, of alleen maar de helft van de bouten zit in de wielen. Zullen deze auto’s nog kunnen rijden? Sommige wel. Maar ze rijden lang niet zo lekker. Hetzelfde geldt voor cellen: een cel met één of twee extra chromosomen kan nog wel groeien, maar vaak langzamer, omdat deze cellen veel ‘stress’ ervaren door de extra chromosomen. Soms gaan deze cellen dan nooit meer delen, soms gaan ze dood. Het mis‐segregeren (incorrecte verdeling) van chromosomen tijdens de celsplitsing kan ook tot DNA‐schade leiden, wat uiteindelijk tot celdood kan leiden. Hoewel aneuploïdie en CIN vaak leiden tot gestreste cellen die minder groeien, kunnen ze ook een tegengesteld effect hebben, juist overmatige groei. Meer dan 3 op de 4 kankers hebben extra of ontbrekende chromosomen. Deze aneuploïde kankers zijn agressiever dan niet‐ aneuploïde (euploïde) vergelijkbare tumoren. Bovendien, aneuploïde kankers bouwen vaker resistentie op tegen medicijnen, en patiënten met deze tumors hebben een kortere levensverwachting. Hoe kan het dat aneuploïdie vaak tot celstress en langzame celgroei leidt, maar ook tot kanker, wat juist gekenmerkt wordt door verhoogde celgroei? Het antwoord ligt in evolutie; evolutie van een cel. CIN leidt tot allemaal verschillende cellen met verschillende extra en ontbrekende chromosomen; het grootste gedeelte van deze cellen zal niet goed groeien, maar er is echter maar één cel nodig die wél goed kan groeien om kanker te ontwikkelen. In onze autofabriek‐metafoor: de meeste auto’s met extra of missende onderdelen gaan kapot, maar soms maakt de fabriek een auto met twee motoren en maar de helft van de remmen. Misschien niet het beste voor de verkeersveiligheid, maar het rijdt wel snel. In deze thesis wordt er meer onderzoek gedaan naar de effecten van, en de verschillen tussen CIN en aneuploïdie. Hoofdstuk 1 is een algemene introductie van CIN en aneuploïdie, en een beschrijving van de verschillende hoofdstukken in deze thesis. In hoofdstuk 2 wordt het verschil tussen CIN en aneuploïdie uitgelegd. Cellen zijn CIN als ze vaak chromosomen mis‐segregeren tijdens mitose (het proces van celdeling), dit leidt tot aneuploïdie. Cellen zijn aneuploïd wanneer hun chromosoomaantal verschilt van het normale aantal chromosomen. In dit hoofdstuk wordt er ook naar het niveau van mis‐ segregatie gekeken; een hoge mate van chromosoom mis‐segregatie heeft een ander effect op een celpopulatie dan een lage mate van mis‐segregatie. Mis‐segregatie en CIN worden vaak bestudeerd in celkweek, maar deze cellen kunnen zich heel anders gedragen in een organisme: het immuunsysteem heeft grote invloed op de groei van cellen met CIN, en elke weefselsoort kan anders omgaan met CIN en aneuploïdie. Wij waren geïnteresseerd te zien of aneuploïde en CIN cellen gevoelig zijn voor bepaalde stoffen waar controle cellen niet zo gevoelig voor zijn. In hoofdstuk 3 bekijken wij de groei van euploïde en aneuploïde cellen met of zonder toevoeging van >50 verschillende stoffen. Deze stoffen zijn gekozen omdat ze mogelijk een specifiek effect hebben op aneuploïde of CIN cellen. Wij zien dat een stof die energiegebruik in een cel vermindert schadelijker is voor aneuploïde cellen dan voor euploïde cellen; dit is in overeenstemming met eerder onderzoek van A. Amon lab. Verder onderzoek toont aan dat een onvermoede stof specifiek effect had op cellen met CIN. Onze resultaten laten zien dat deze drug een voorheen onbekend effect heeft op cellen (instabiliteit van het DNA‐splitsing mechanisme), en dit in combinatie met een lage graad van CIN kan leiden tot een heel hoog niveau van mis‐segregatie. Zo hebben wij een potentiële nieuwe manier gevonden om CIN cellen te doden, zonder dat hierbij euploïde cellen dood gaan.Hoofdstuk 4 omschrijft het maken van een nieuw muismodel waarin chromosoom mis‐segregatie kan worden bekeken binnenin een levende muis (in vivo). Het chromatine (DNA) en tubuline zijn fluorescent zodat het DNA en spindle netwerk zichtbaar worden in levende cellen. De fluorescentie is ook induceerbaar op een enkel‐weefsel niveau (de fluorescentie kan zelfs in slechts één weefsel zichtbaar worden gemaakt). Met dit muismodel kunnen onderzoekers in het veld het niveau en de consequenties van CIN in vivo beter bekijken en volgen. Het maken van een nieuw muismodel wordt ook gestart in hoofdstuk 5. Wij laten zien dat wij aneuploïdie kunnen bekijken in een levende cel met behulp van een fluorescent DNA‐bindend eiwit en een stuk repetitief DNA waaraan dit eiwit bindt. Hiermee kunnen de aantallen van één specifiek chromosoom binnenin een cel bepaald worden. Eén van de twee onderdelen van dit systeem, het stuk repetitief DNA, hebben wij in een muismodel gezet. Dit model is echter nog niet af, omdat een nieuw muismodel met het andere onderdeel (het fluorescente DNA‐bindende eiwit) nog gemaakt moet worden voordat het zichtbaar kan worden in het uiteindelijke muismodel. In hoofdstuk 6 bestuderen wij de gevolgen van het induceren van CIN in een volwassen muis. Het was al bekend dat CIN tot embryonale letaliteit leidt, maar dat CIN wel getolereerd kan worden in bepaalde weefsels. Wij tonen aan dat CIN ook getolereerd wordt in het borstweefsel. In onze daaropvolgende experimenten zien wij dat de globale inductie van CIN snel dodelijk is voor volwassen muizen, omdat de snelgroeiende ingewanden zich niet meer normaal kunnen vormen en groeien; dit leidt tot veel gewichtsverlies. Deze resultaten laten zien dat sommige weefsels heel goed met CIN om kunnen gaan, maar andere niet. Ter conclusie, deze thesis laat zien dat CIN en aneuploïdie verschillende effecten kunnen hebben op verschillende soorten cellen. Met name tonen wij aan dat CIN cellen gevoelig zijn voor een verhoogde frequentie van chromosoom mis‐segregatie. Ook identificeren wij verschillende zwaktepunten van cellen met aneuploïdie en CIN waar men zich op zou kunnen richten om deze cellen te verwijderen. Verder worden in deze thesis twee nieuwe muismodellen gepresenteerd, waarmee onderzoekers in het veld beter de frequentie en consequenties van CIN en aneuploïdie kunnen bekijken in levende muizen.
Acknowledgments
I started my PhD several years ago, in 2014, and I have met, been supported by and learned from so many people since then. I would like to thank all the people who have supported me during my PhD. First and foremost, I would like to thank Prof. Dr. ir. Floris Foijer, my daily supervisor and co‐promoter. Floris, thank you so much for accepting me as a PhD student and supporting me all these years. I’m so grateful you chose to hire me even though I didn’t have a master’s degree and my Dutch was awkward and rusty. I was initially fascinated by the idea of chromosome instability, and my interest has only been growing these last five years as you helped guide me through this fascinating but often confusing and paradoxical field. Onze wekelijkse besprekingen hielpen mij niet alleen met biologische technieken, maar ook met het opzetten en plannen van experimenten. Bovendien hielpen ze veel met het verbeteren van mijn Nederlands, in het begin waren al onze besprekingen in het Engels, maar nu worden ze (bijna) allemaal in het Nederlands gehouden! I would like to thank my reading committee, Dr. Liesbeth Veenhof, Prof. Dr. Marcel van Vucht, and Prof. Dr. Susanne Lens for taking the time to read and assess this thesis. I’d also like to thank my co‐promoter Prof. dr. Gerald de Haan for reading and accepting my thesis. I´d also like to thank Dr. Michael Chang and Dr. Liesbeth Veenhof for being in my yearly review committee. Thank you for your advice, feedback and support throughout the years, and thank you for writing reference letters for me. I really appreciated getting advice about career paths and working internationally. I would also like to thank my paranymphs: Christy Hong and Marije Semmelink. Thank you for being my paranymphs and helping me prep for my defense. I hope it wasn’t too much work. I would of course like to thank all the members of the Foijer lab: Petra, Bjorn, Michael, Amanda, Catalina, Andrea, Christy, Laura and Lin for their support, comments, feedback and collaborative environment. I would especially like to thank Petra for all the things she had taught me in the lab, the support she’s given to my work (especially with all the mice), and for teaching me better Dutch. Bjorn, thank you for putting up with all my questions about who wrote what paper, and thanks for being a great friend.APPENDIX 181
1
A
Hoofdstuk 4 omschrijft het maken van een nieuw muismodel waarin chromosoom mis‐segregatie kan worden bekeken binnenin een levende muis (in vivo). Het chromatine (DNA) en tubuline zijn fluorescent zodat het DNA en spindle netwerk zichtbaar worden in levende cellen. De fluorescentie is ook induceerbaar op een enkel‐weefsel niveau (de fluorescentie kan zelfs in slechts één weefsel zichtbaar worden gemaakt). Met dit muismodel kunnen onderzoekers in het veld het niveau en de consequenties van CIN in vivo beter bekijken en volgen. Het maken van een nieuw muismodel wordt ook gestart in hoofdstuk 5. Wij laten zien dat wij aneuploïdie kunnen bekijken in een levende cel met behulp van een fluorescent DNA‐bindend eiwit en een stuk repetitief DNA waaraan dit eiwit bindt. Hiermee kunnen de aantallen van één specifiek chromosoom binnenin een cel bepaald worden. Eén van de twee onderdelen van dit systeem, het stuk repetitief DNA, hebben wij in een muismodel gezet. Dit model is echter nog niet af, omdat een nieuw muismodel met het andere onderdeel (het fluorescente DNA‐bindende eiwit) nog gemaakt moet worden voordat het zichtbaar kan worden in het uiteindelijke muismodel. In hoofdstuk 6 bestuderen wij de gevolgen van het induceren van CIN in een volwassen muis. Het was al bekend dat CIN tot embryonale letaliteit leidt, maar dat CIN wel getolereerd kan worden in bepaalde weefsels. Wij tonen aan dat CIN ook getolereerd wordt in het borstweefsel. In onze daaropvolgende experimenten zien wij dat de globale inductie van CIN snel dodelijk is voor volwassen muizen, omdat de snelgroeiende ingewanden zich niet meer normaal kunnen vormen en groeien; dit leidt tot veel gewichtsverlies. Deze resultaten laten zien dat sommige weefsels heel goed met CIN om kunnen gaan, maar andere niet. Ter conclusie, deze thesis laat zien dat CIN en aneuploïdie verschillende effecten kunnen hebben op verschillende soorten cellen. Met name tonen wij aan dat CIN cellen gevoelig zijn voor een verhoogde frequentie van chromosoom mis‐segregatie. Ook identificeren wij verschillende zwaktepunten van cellen met aneuploïdie en CIN waar men zich op zou kunnen richten om deze cellen te verwijderen. Verder worden in deze thesis twee nieuwe muismodellen gepresenteerd, waarmee onderzoekers in het veld beter de frequentie en consequenties van CIN en aneuploïdie kunnen bekijken in levende muizen.Acknowledgments
I started my PhD several years ago, in 2014, and I have met, been supported by and learned from so many people since then. I would like to thank all the people who have supported me during my PhD. First and foremost, I would like to thank Prof. Dr. ir. Floris Foijer, my daily supervisor and co‐promoter. Floris, thank you so much for accepting me as a PhD student and supporting me all these years. I’m so grateful you chose to hire me even though I didn’t have a master’s degree and my Dutch was awkward and rusty. I was initially fascinated by the idea of chromosome instability, and my interest has only been growing these last five years as you helped guide me through this fascinating but often confusing and paradoxical field. Onze wekelijkse besprekingen hielpen mij niet alleen met biologische technieken, maar ook met het opzetten en plannen van experimenten. Bovendien hielpen ze veel met het verbeteren van mijn Nederlands, in het begin waren al onze besprekingen in het Engels, maar nu worden ze (bijna) allemaal in het Nederlands gehouden!I would like to thank my reading committee, Prof. Cor Calkcoven, Prof.
Marcel van Vugt, and Prof. Susanne Lens for taking the time to read
and assess this thesis. I’d also lik to thank my co-promoter Prof. Gerald
de Haan for reading and accepting my thesis.
I´d also like to thank Dr. Michael Chang and Dr. Liesbeth Veenhof for being in my yearly review committee. Thank you for your advice, feedback and support throughout the years, and thank you for writing reference letters for me. I really appreciated getting advice about career paths and working internationally. I would also like to thank my paranymphs: Christy Hong and Marije Semmelink. Thank you for being my paranymphs and helping me prep for my defense. I hope it wasn’t too much work. I would of course like to thank all the members of the Foijer lab: Petra, Bjorn, Michael, Amanda, Catalina, Andrea, Christy, Laura and Lin for their support, comments, feedback and collaborative environment. I would especially like to thank Petra for all the things she had taught me in the lab, the support she’s given to my work (especially with all the mice), and for teaching me better Dutch. Bjorn, thank you for putting up with all my questions about who wrote what paper, and thanks for being a great friend.
Michael, thank you for your statistical advice, and putting up with my loudness. Christy, thanks for all the good times we had in the cell culture room and being the only other member of the lab who speaks at an American volume. I’d also like to thank the former members of the Foijer lab: Judith, Jorge, and Weilin. Judith, thank you for being both a happy, optimistic colleague and a good neighbor. I would like the thank all the members of the Foijer lab, IPS/CRISPR facility, the Bruggeman lab and Hilda van den Bos for their comments, suggestions and helpful feedback during lab meetings. Dr. Sahil Gupta, thank you for taking over the “CIN tracker” mouse project, let’s hope this leads to an awesome paper. I would like to extend a thank you to the transgenic mouse clinic, Prof. Dr. Bart van de Sluis, Niels Kloosterman and Daphne Dekker for your collaboration on the “CIN tracker” mouse projects and making the fluorescent mice. Bart, thank you as well for your advice about academic careers. I would also like to thank my family. Mam, zonder jouw goede oog en aanmoediging zou ik nooit die advertentie in de krant voor “Ploidynet” hebben gevonden! Jouw blijvende steun en gastvrije houding kan ik ook altijd op vertrouwen. Heit, je bent de enige in mijn familie die mij nog een beetje kan verstaan als ik het over mijn werk heb. Bedankt voor je steun, en voor je advies over lab werk, bio‐informatica en carrières. Aukje, Wouter, Wytse en Jelle, bedankt voor de goede tijden, steun en levensadvies Schukken‐kids + koude kant! Ik wil ook nog graag Beppe, Oma en Opa bedanken voor hun gastvrijheid, en gezelschap. I’d also like to thank my friends for keeping me sane through all these years. Marije, Sara and Stijn, thanks so much for being my board‐game buddies! We had so many great evenings playing games, laughing, and eating food; I will miss you guys. Tristan, Yanick, Mark and Enikö, thank you guys for all the fun we had together: from Elfia to new year’s parties to D&D, we had some good times together! Arthur, Danielle, Bjorn and Michael, thanks for all the great conversations we’ve had over the years, from horses to ancient Rome to frustrations at work, we always had something to chat about once the hour hit 5. There are so many other people I’d like to thank, but I don’t think I can list them all. So I will just say a broad but heartfelt thank you to all the people in ERIBA, all the people in the Ploidynet network, all of my collaborators, and all the people who have helped me throughout my years as a PhD student. Thank you for your support, friendship and lessons. And finally, I want to acknowledge that ~90% of the people reading this thesis only read these acknowledgment pages. That’s OK, I still love you guys.
APPENDIX 183
1
A
Michael, thank you for your statistical advice, and putting up with my loudness. Christy, thanks for all the good times we had in the cell culture room and being the only other member of the lab who speaks at an American volume. I’d also like to thank the former members of the Foijer lab: Judith, Jorge, and Weilin. Judith, thank you for being both a happy, optimistic colleague and a good neighbor. I would like the thank all the members of the Foijer lab, IPS/CRISPR facility, the Bruggeman lab and Hilda van den Bos for their comments, suggestions and helpful feedback during lab meetings. Dr. Sahil Gupta, thank you for taking over the “CIN tracker” mouse project, let’s hope this leads to an awesome paper. I would like to extend a thank you to the transgenic mouse clinic, Prof. Dr. Bart van de Sluis, Niels Kloosterman and Daphne Dekker for your collaboration on the “CIN tracker” mouse projects and making the fluorescent mice. Bart, thank you as well for your advice about academic careers. I would also like to thank my family. Mam, zonder jouw goede oog en aanmoediging zou ik nooit die advertentie in de krant voor “Ploidynet” hebben gevonden! Jouw blijvende steun en gastvrije houding kan ik ook altijd op vertrouwen. Heit, je bent de enige in mijn familie die mij nog een beetje kan verstaan als ik het over mijn werk heb. Bedankt voor je steun, en voor je advies over lab werk, bio‐informatica en carrières. Aukje, Wouter, Wytse en Jelle, bedankt voor de goede tijden, steun en levensadvies Schukken‐kids + koude kant! Ik wil ook nog graag Beppe, Oma en Opa bedanken voor hun gastvrijheid, en gezelschap. I’d also like to thank my friends for keeping me sane through all these years. Marije, Sara and Stijn, thanks so much for being my board‐game buddies! We had so many great evenings playing games, laughing, and eating food; I will miss you guys. Tristan, Yanick, Mark and Enikö, thank you guys for all the fun we had together: from Elfia to new year’s parties to D&D, we had some good times together! Arthur, Danielle, Bjorn and Michael, thanks for all the great conversations we’ve had over the years, from horses to ancient Rome to frustrations at work, we always had something to chat about once the hour hit 5. There are so many other people I’d like to thank, but I don’t think I can list them all. So I will just say a broad but heartfelt thank you to all the people in ERIBA, all the people in the Ploidynet network, all of my collaborators, and all the people who have helped me throughout my years as a PhD student. Thank you for your support, friendship and lessons. And finally, I want to acknowledge that ~90% of the people reading this thesis only read these acknowledgment pages. That’s OK, I still love you guys.
