Jeneverbessen zijn gevoelig voor brand vanwege de harsachtige stoffen in de struik. Naarmate de intensiteit van het vuur toeneemt, neemt ook de schade aan de struik toe. Normaal gesproken overleeft de struik een felle brand niet of deze wordt serieus beschadigd. Zo zijn in 1975 in het Buurserzand naar schatting meer dan 800, mogelijk 1400, struiken verbrand. Daarna is er nauwelijks kieming opgetreden. waardoor de populatie structureel kleiner is geworden.
Burny (1985) geeft een aardig voorbeeld van de verwoestende effecten van brand op een populatie Jeneverbes in Genk (natuurgebied de Maten). Hier kwamen in zes jaar tijd vijf heidebranden voor waardoor de populatie jeneverbessen na 400 jaar aanwezigheid reduceerde tot een enkel exemplaar. Zijn conclusie is niet alleen dat heidebrand funest is voor jeneverbessen, maar ook dat historisch gezien heidebranden als frequente beheermaatregel niet waarschijnlijk waren.
Hervestiging van door brand verwoeste populaties zal moeten plaatsvinden via zaad dat nog in de bodem voorkomt of dat door vogels vanuit andere populaties wordt aangevoerd. In Nederland is door isolatie van populaties de lokale zaadbank vrijwel de enige bron voor hervestiging. Zaden die tijdens een brand door een bodemlaag beschermd zijn kunnen deze overleven. Dat is bijvoorbeeld het geval in actieve stuifzanden en op plekken waar konijnen of andere grazers voldoende bodem- dynamiek veroorzaken. Een meer recent voorbeeld van een verwoeste populatie is de brand bij Kootwijk in 1994. Hierbij zijn vele tientallen struiken door vuur vernield. Na de brand bij Kootwijk is er 3 jaar geleden nog wel een jonge Jeneverbes gevonden.
Ziekten en aantastingen
Aantastingen van Jeneverbes worden vooral veroorzaakt door schimmels, en insecten. De volgende schimmelparasieten zijn bekend: Stigma juninpericola,
Lophodermium juniperum, Gymnosporangium cornutum en Gymnosporangium tremelloides, Gymnosporangium clavariaeforme, Heterobasidium annosum, Armillariella ostyae (Bakker,
1988). Deze parasiteren vooral op takken en twijgen en een enkele op de voet van oude stammen. Barkman (1989) geeft aan dat in Noord-Frankrijk een mutant van
Lophodermium hele struwelen doodt. Deze schimmel kan volgens hem Nederland
moeilijk bereiken vanwege het vrijwel ontbreken van Jeneverbes in België. Hij voegt daar fijntjes aan toe: ‘opgestookt vanwege de Ardenner ham’.
Schadelijke dierlijke parasieten die vooral veel schade veroorzaken aan de bessen en jeneverbesnaalden zijn: Aethes rutilana, Megastigmus bipunctatus, Trisetacus quadrisetus,
Chlorochroa juniperina (Van Dijk, 1982). Vooral Megastigmus bipunctatus is een wijd
verspreide zaadpredator die soms tot 30% van de zaden kan prederen (Garcia et al., 2000). Mineermotten die in Jeneverbes kunnen optreden zijn: Archips oporana,
Argyresthia abdominalis, Argyresthia aurulentella en Argyresthia trifasciata. Deze laatste soort
is pas in 1982 in Nederland gesignaleerd en heeft zich via jeneverbessen in tuinen sterk uitgebreid. Onbekend is of de inlandse Jeneverbes ook met deze soort is
aangetast. Hoewel deze soorten lokaal schade kunnen veroorzaken lijken ze, uitgezonderd Megastigmus bipuntatus, niet van grote invloed te zijn op de zaadproductie of kieming. Weeda et al., (1985) geven aan dat Jeneverbes niet gevoelig is voor insectenplagen.
Schimmels en aantastingen door insecten kunnen wel van invloed zijn op de vitaliteit van de struik en de zaadproductie (Breek 1978). In kleine populaties kan dit onmiskenbaar leiden tot geringere mogelijkheden voor dispersie en kieming.
Milieufactoren
Er zijn geen bronnen die verwijzen naar specifieke stressfactoren als verzuring of vermesting op de plant zelf. De factor ‘zure regen’ is wel voor andere naaldhoutsoorten aangewezen als oorzaak voor verminderde vitaliteit. Bowen (1965) noemt SO2 vervuiling als oorzaak voor afname van de soort.
Droogte kan voor de volwassen struiken een oorzaak zijn van sterfte. Vooral op zeer droge gronden worden nog wel eens exemplaren aangetroffen met een bruingroene kleur. Soms treedt verdroging van de struik op omdat deze aan de wortels beschadigd is. Zeer droge zomers kunnen dit effect versterken. Extreem hoge of lage temperaturen zijn vermoedelijk van geringe invloed op de gezonde adulte plant. Vernatting lijkt geen relevante stressfactor omdat Jeneverbessen op goed ontwaterde standplaatsen voorkomen. Als er al wateroverlast optreedt, is dit veelal van lokale of tijdelijke aard (rivierduinen).
Begrazing
Langdurige intensieve begrazing is ook een stressfactor. Intensieve begrazing kan optreden door hoge dichtheden aan edelherten, maar vooral door schapen en ander vee. Struwelen in open landschappen zijn voor het vee vaak geliefde verblijfplaatsen, waardoor naast begrazing ook vertrapping en bemesting optreedt. Clifton et al. (1997) zien in hun studiegebied populaties met jeneverbes voor 75% afnemen en het aantal schapen met 26% toenemen. Intensieve begrazing leidt tot graaslijnen, schillen en schuren van de bast, vertrapping van wortels en vraat aan naalden. Oudere struiken kunnen onder deze omstandigheden nog een tijd bloeien en zaden vormen. Jonge struiken worden kaalgeschoren en verdwijnen op den duur. Door lokale bemesting wordt de bijzondere vegetatie van struwelen sterk aangetast.
Door beweiding in de herfst en de winter neemt de sterfte onder Jeneverbessen toe of ze veroorzaakt dwergvormen van de soort. Ook kunnen er bij intensieve begrazing graaslijnen ontstaan die vermoedelijk alleen maar de vorm van de struik beïnvloeden. Bij zeer oude jeneverbessen die nog stammen uit de periode van de grote schaapskuddes zijn echter geen graaslijnen waargenomen. Het is dus de vraag of de veronderstelde overbegrazing in het verleden wel zo hoog was.
De negatieve effecten van begrazing hoeven op populatieniveau geen probleem te zijn wanneer ze vroeg of laat worden gecompenseerd door nieuwe generaties. In Nederlandse natuurgebieden lijkt dat dus niet het geval. De positieve effecten van
begrazing op Jeneverbes (Vera, 1979) worden vooral bereikt in uitgestrekte gebieden, waar lokaal uitsterven en recrutering in tijd en ruimte worden afgewisseld. Veel natuurgebieden zijn daar momenteel te klein voor.