Algemene conclusies en discussie

Toetsing op Erwinia is nog niet sluitend. Dit geeft de verandering in taxonomie en de nieuwe indeling in Dickeya (Ech) en Pectobacterium (E.carotovora) al aan. Het lijkt erop, dat vooral de Dickeya-soorten wel eens waardplantvoorkeur(en) kunnen hebben. Ook lijkt er variatie op te treden in de sequenties, zoals gevonden voor o.a. het 16 S rDNA. Hierop wordt ingespeeld door ook andere genen te gebruiken voor indeling van deze soorten.

De isolaten uit bloembolgewassen zijn vergeleken met een pannel van isolaten uit andere gewassen. De “bollenisolaten”clusteren op verschillende plekken binnen de verwantschapsboom (Fig.4.2). Ze behoren echter niet tot Dickeya zeae. Ze zijn in feite nergens aan verwant, behalve dan dat het wel duidelijk

“Dickeya's” zijn. Ze vallen onder een aparte groep waarin ook buitenlandse aardappelstammen zitten (Israel en Finland) en een aantal Nederlandse aardappelstammen (zg. S-nummers). Deze resultaten zijn bevestigd met dnaX en recA-sequenties.Het is een echte aparte groep welke in toekomstig onderzoek nader

gekarakteriseerd moet worden om bv. betere identifcatie en mogelijke waardplantspecificiteit te ontdekken. Het kweken van Erwinia benodigt een medium met pectaat, dat door zijn pectine-afbrekende enzymen (dus ook celwanden van planten) kan worden omgezet in groeistoffen (suikers). Kweek van Ecc, Ech onder anaerobe omstandigheden selecteert voor deze bacterie. Een probleem is, wanneer zowel Ech als Ecc in monsters aanwezig zijn, iets dat vanaf 2006 is waargenomen in hyacinten afkomstig uit Frankrijk. Het is niet duidelijk of het hier dan gaat om agressieve Ecc (vergelijkbaar met Ech) of met een toevallig aanwezige Ecc. Minder pathogene Ecc kunnen aan de buitenkant van de bol aanwezig zijn. In het geval van

monsterbewerking wordt de buitenkant van de bol altijd ontsmet met 70% alcohol of 0.5% bleekwater na langdurig spoelen in kraanwater.

Er zijn verschillen tussen deze twee Erwinia-soorten; Ech heeft o.a. een hogere optimumtemperatuur (30 o_C)

(literatuurstudie van Doorn et al. 2005) en is resistent tegen het antibioticum erythromycine. Ondanks toevoegen van dit antibioticum en kweek bij hogere (34-37 o_{C) is het (erg) lastig mengsels van deze twee}

soorten Erwinia van elkaar te scheiden voor isolaatcollecties.

Wat betreft detectie en beheersing van Erwinia’s vormt vooral Ecc een diverse groep die voor kort niet goed detecteerbaar was. Kang en medewerkers hebben een PCR gepubliceerd die ogenschijnlijk isolaten van Ecc goed aantonen. Deze toets is echter niet betrouwbaar (Speksnijder 2004, persoonlijke

mededeling). Ook bleek uit onderzoek van PPO, dat niet in alle gevallen Erwinia in rotsymptomen van hyacint aantoonbaar was. Dit kan echter ook betekenen dat (naast het niet goed uitvoeren van de toets) er nog andere organismen zijn die rot veroorzaken. Onderzoek naar het beter aantonen van isolaten van Ecc en ook Echr en onderzoek naar het bestaan van agressievere stammen of biovars in de bollenteelt is gewenst. Het voorkomen van andere soorten Erwinia moet niet vergeten worden. Erwinia rhapontici kan soms in andere teelten een probleem zijn, maar kan tot op heden niet goed worden gedetecteerd. De rol van latent aanwezige Erwinia’s (bv. in Zantedeschia) verdient de nodige aandacht. Latent aanwezige bacteriën zouden in zeer lage aantallen aanwezig kunnen zijn, maar misschien ook in een “viable but not culturable state”: in

deze staat zullen de bacteriën zich niet vermenigvuldigen, maar na een bepaalde impuls weer tot leven komen (Aertsen et al. 2004). Het aantonen van bacterie-cellen in deze situatie is dan erg moeilijk. Het antiserum wat gebruikt voor om via ELISA of Luminex Ech aan te tonen is redelijk specifiek. Toch komen vals-postieve reacties voor; vaak lijken dit isolaten, behorende tot Eca te zijn. Een nieuw/extra antiserum zou wenselijk zijn.

ELISA heeft nog de voorkeur boven Luminex; ondanks de veelzijdigheid, multiplexkarakter en snelheid is de techniek duur door patenten en apparatuur. De keuringsdiensten geven nog de voorkeur voor ELISA. Wanneer de ontwikkeling van een Luminex, gebaseerd op detectie via nucleinezuurprobes voortzet, kan dit een goede en snelle detectiemethode zijn om meerdere bacteriesoorten tegelijkertijd (in hetzelfde monster) aan te tonen.

De standaard PCR lijkt goed te werken. Toch werd in ongveer 30% van de mosters met zachtrot geen Erwinia aangetroffen. In een aantal gevallen werd Pseudomonas gevonden; in nieuw onderzoek moet blijken of deze bacteriesoort inderdaad zelfstandig rot kan veroorzaken of een “trendvolger” is die in aangetast plantenweefsel toeslaat. Een verschil is, dat Pseudomonas andere typen pectinasen maakt, en aeroobe omstandigheden nodig heeft om zich te handhaven.

Ecc geeft waarschijnlijk een mildere aantasting als Ech. In isolaten uit hyacintenmonsters, afkomstig uit Frankrijk zaten zowel Ecc als Ech. Ecc kan ook schade geven, maar kan ook als nietpathogeen aan de buitenkant van een plant aanwezig zijn. Toch moet de rol van Ecc niet onderschat worden. Bijzonder is, dat in Zantedeschia voornamelijk Ecc een rol speelt bij zachtrot. Echter, in een recente publikatie (Lee et al. 2006) zijn in Taiwan in witbloemige Calla’s Ech gevonden, die op grond van een afwijkende virulentie en verschillen in DNA tot een apart pathotype zouden kunnen behoren.

Mechanische of stresstoetsen zijn ontwikkeld om op eenvoudige wijze een praktisch bruikbare toets voor telers en exporteurs te ontwikkelen. Deze zijn gebaseerd op het toebrengen van stress door schade aan de bollen binnen een partij (steekproef) en is voornamelijk getest op hyacinten. Om te testen of de symptomen door Erwinia komen, wordt meestal een PCR uitgevoerd. Protocolontwikkeling tbv. de

Bloembollenkeuringsdienst om Erwinia-soorten betrouwbaar te kunnen aantonen en de toetsen te valideren wordt uitgevoerd binnen project PT13061 (“protocollering detectie Erwinia “).

Mogelijkheden om zonder schade toe te brenegen aan bloembollen toch een betrouwbare analyse op eventueel zachtrot (latente infecte) te kunnen geven is momenteel niet voorhanden (Van Doorn et al. 2007b). MIPS bleek niet geschikt; ook de toepassing vn een zg. zuurscheider (wat berust op doorlichten van bollen via röntgenstraling) werkte niet.