University of Groningen
Exploring the biochemical and biocatalytic properties of bacterial DyP-type peroxidases
Colpa, Dana Irene
IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from it. Please check the document version below.
Document Version
Publisher's PDF, also known as Version of record
Publication date: 2018
Link to publication in University of Groningen/UMCG research database
Citation for published version (APA):
Colpa, D. I. (2018). Exploring the biochemical and biocatalytic properties of bacterial DyP-type peroxidases. Rijksuniversiteit Groningen.
Copyright
Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).
Take-down policy
If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim.
Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.
123
List of publications
Colpa DI, Lončar N, Schmidt M, and Fraaije MW (2017) Creating oxidase-peroxidase fusion enzymes as a toolbox for cascade reactions. ChemBioChem 18, p. 2226–2230.
Colpa DI and Fraaije MW (2016) High overexpression of dye decolorizing peroxidase TfuDyP leads to the incorporation of heme precursor protoporphyrin IX. J. Mol. Catal. B. Enzym. 134, p. 372–377.
Lončar N*, Colpa DI* and Fraaije MW (2016) Exploring the biocatalytic potential of a DyP-type peroxidase by profiling the substrate acceptance of Thermobifida
fusca DyP peroxidase. Tetrahedron 72, p. 7276–7281.
de Gonzalo G, Colpa DI, Habib MHM, and Fraaije MW (2016) Bacterial enzymes involved in lignin degradation. J. Biotechnol. 236, p. 110-119.
Floor RJ, Wijma HJ, Colpa DI, Ramos-Silva A, Jekel PA, Szymański W, Feringa BL, Marrink SJ, and Janssen DB (2014) Computational library design for increasing haloalkane dehalogenase stability. ChemBioChem 15, p. 1660-1672.
Colpa DI, Fraaije MW and Bloois E (2014) DyP-type peroxidases: a promising and versatile class of enzymes. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 41, p. 1-7.
Winter RT, van den Berg TE, Colpa DI, van Bloois E, and Fraaije M.W. (2012) Functionalization of oxidases with peroxidase activity creates oxiperoxidases: a new breed of hydrid enzyme capable of cascade chemistry. ChemBioChem 13, p. 252-258.
124
Appendices
Acknowledgements/Dankwoord
This thesis was not accomplished without the help of other people. Even though I cannot mention everyone here, and if I try I will probably forget someone, I am very grateful for all the help and advice I have received during my PhD. I would like to thank the (former) members of the Molecular Enzymology and the Biotransformation & Biocatalysis groups for the open, friendly and stimulating environment and for all the great conversations about both scientific and non-scientific topics. I would like to thank the following people in particular.
Allereerst wil ik graag mijn promotor prof. dr. ir. Marco Fraaije bedanken. Aan het eind van mijn Master kreeg ik de gelegenheid om met een eigen onderzoeksvoorstel te solliciteren voor een PhD positie bij het GBB. Marco, bedankt dat je samen met mij deze uitdaging aan wilde gaan! Daarnaast wil ik je bedanken voor jouw begeleiding en advies. Ik waardeer het zeer dat jouw deur altijd open staat voor vragen en dat je mijn manuscripten bijzonder snel van commentaar en suggesties voorzag. Ook ben ik dankbaar dat je me bij hoofdstuk 4 langdurig in de gelegenheid hebt gesteld om uit te zoeken waarom de activiteit van het enzym zo laag was. Je had dit project ook kunnen stoppen. Ik ben blij dat we er uiteindelijk toch achter zijn gekomen wat er met het enzym gebeurd. Prof. dr. Dick Janssen, naast jouw deelname aan de leescommissie wil ik je bedanken voor jouw bijdrage en de vele vragen tijdens mijn presentaties. Nogmaals bedankt voor het motiverende en inspirerende Masteronderzoek onder begeleiding van Hein en Robert. Ik stel het ook heel erg op prijs dat ik het afgelopen half jaar aan een paar projecten in jouw groep mocht werken. Verder kijk ik altijd erg uit naar de wetenschappelijke quizen tijdens de labuitjes!
Furthermore, I would like to thank the other two members of the reading committee: Prof. dr. G. Maglia and Prof. dr. L.O. Martins.
Daarnaast wil ik graag mijn paranimfen Christiaan en Nina bedanken. Christiaan, bedankt voor de vele goede gesprekken die varieerden van het voor de zoveelste keer misdragen van een autoclaaf of HPLC tot de Grijze Jagers, scouting of de meest hilarische vogel op aarde, de lyrebird. Nina, bedankt voor de gezelligheid en ik vond het erg fijn dat we konden overleggen over onze projecten en het begeleiden van onze studenten. Ik wil je vooral ook bedanken voor het plezier dat we samen hadden, bijvoorbeeld tijdens het maken van de filmpjes voor Gosia en Hugo. Hier wil ik de rest van de crew uiteraard ook voor bedanken! Hoewel
125
Acknowledgements/Dankwoord
ik bijzonder goede herinneringen heb aan het maken van het filmpje voor Gosia, zal iedereen die het filmpje heeft gezien het begrijpen als ik zeg: Ik wil revanche! Wie gooide die emmer water ook alweer en mocht ik die dag niet nat maken?! Christiaan, Nina, Hilde? Hilde, nogmaals bedankt voor de uitnodiging en de heerlijke quiche!
It is not always easy to get a project started. Luckily, I could work on an enzyme which was discovered and partially characterized before I started my PhD. Edwin, thanks for your previous work on TfuDyP and for your advice in the beginning of my PhD. Approximately when Edwin left the group, Nikola arrived. Nikola, thanks for all your help during my PhD, for answering all my questions, for your motivating words and for your usually very easy and practical solutions. Thanks for staying in contact when you were in Belgrade. I am very happy with our collaboration and publications.
Mohamed, thanks for joining the DyP-team. It was a pleasure to work with you and to discuss our projects together. I am happy to hear that one of the new DyPs forms crystals. I wish you all the best with the remaining of your PhD! Please, keep me updated.
This work could not have been performed without the help of Master and Bachelor students Mareike, Thomas and Bastiaan. Thanks for your contribution in the projects, for finishing your reports on time and for the nice scientific and non-scientific conversations. Bastiaan, unfortunately we did not know about the problems with the heme cofactor during your project, which made the results very difficult to interpret. I hope you still had a great time in our lab. Thomas, you continued the work of Bastiaan on a more active version of the enzyme. It is great to see that you enjoy doing research and like to know exactly what is going on with the enzyme. Thanks for your very accurate work and for the conversations we had, which were not only about your project (part of chapter 3), but also about the troubles with the heme cofactor (chapter 4). I am very happy to hear that you decided to do a PhD and I wish you all the best with the last part of it! Mareike, it was nice to have you in the lab and to talk with you about our shared interests. On paper your project looked risky, so we decided to spread our chances and to make four fusion enzymes. Surprisingly, all four fusion enzymes were expressed and active. Thanks for your detailed Master thesis; it was very helpful when writing the paper. Mareike, Bastiaan and Thomas, I wish you all the best in life and your future careers.
126
Appendices
Piet en Christiaan, bedankt voor het draaiend houden van het lab, voor het bestellen en repareren van de apparaten, voor het waarborgen van de veiligheid en voor alles wat jullie verder regelen, inclusief de dingen die we soms over het hoofd zien en onterecht als vanzelfsprekend beschouwen. Piet, bedankt voor jouw technische ondersteuning. Het leek soms wel alsof de apparaten wisten wanneer je op vakantie ging en dan zelf ook ‘vakantie’ namen. Henriëtte en Lotteke, bedankt voor de pogingen om de DyPs te kristalliseren. Hein, bedankt voor de computationele hulp en Sandra, voor de secretariële ondersteuning. Johan en Theodora, bedankt voor de hulp met massaspectrometrie en prof. dr. Wesley Browne voor het gebruik maken van de faciliteiten en de hulp bij het bepalen van het redoxpotentiaal van de kleurstoffen.
Remko, Robert, Hein, Marysia en Josy, de begeleiders van mijn Bachelor- en Masterprojecten. Bedankt voor het overdragen van jullie kennis, praktische tips en vooral voor jullie enthousiasme voor het veld. Dit heeft er zeker aan bijgedragen dat ook ik voor enzymologie heb gekozen. Remko, alles wat je me tijdens mijn Bacheloronderzoek geleerd hebt over het transformeren van een oxidase in een oxiperoxidase heeft me erg geholpen bij het maken en karakteriseren van de oxidase-peroxidase fusie-enzymen in hoofdstuk 5.
All the current and former members of lab .123, office .106 and the rest of the two groups: thanks for all the good coffee breaks, lunches, Friday evening dinners (even though I did not join that often), the lab outings, ice skating and the relaxed times at the lake. Caterina, Elvira, Max, Sam, Suzan, Hugo, Marzena, Gosia and Yasser, thanks for the friendly (and quiet) environment in the office, which made it easy to concentrate. Hugo, thanks for: ‘what is the minimal amount of experiments necessary to get the answer?’. This approach kept me more focused on ‘why am I doing this experiment?’ instead of ‘blindly’ producing data. Thank you for checking the Dutch summary. Suzan, thanks for motivating me by showing interest in dye degradation. Marleen, je bent al een paar jaar verder, bedankt voor alle tips en adviezen. Antonija, thank you for all the fun and good talks. I have always appreciated your different perspective on topics and your honest opinions.
Naast een PhD project/werk is ontspanning erg belangrijk. Hiervoor wil ik mijn vrienden van binnen en buiten het lab bedanken, bedankt voor de afleiding en ontspanning in de weekenden en tijdens de pauzes. Ik heb goede herinneringen aan de tijd die we samen doorbrachten; aan de wandelingen, de (telefoon) gesprekken, het zwemmen en de spelletjes die we speelden. Sommigen van
127
Acknowledgements/Dankwoord
jullie doen/deden zelf ook een PhD waardoor we veel herkenden in elkaars verhalen. Lotteke, Laura, Sonja, Maaike, Erik en Arjan bedankt voor de (bio) chemische gesprekken. Erik, bedankt voor het beantwoorden van al mijn organisch chemische vragen. En Alexander bedankt voor je hulp bij het maken van de cover.
Tot slot wil ik mijn ouders en zusje, Opa en Oma en tantes en ooms bedanken voor alle gezelligheid en steun. Fijn dat jullie altijd voor me klaar staan. Mam en Pap, de interesse voor de natuur, nieuwsgierigheid en doorzettingsvermogen heb ik van jullie. Bedankt voor alle mogelijkheden die jullie me gegeven hebben.
