University of Groningen
Bacillus mycoides: novel tools for studying the mechanisms of its interaction with plants Yi, Yanglei
IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from it. Please check the document version below.
Document Version
Publisher's PDF, also known as Version of record
Publication date:
2018
Link to publication in University of Groningen/UMCG research database
Citation for published version (APA):
Yi, Y. (2018). Bacillus mycoides: novel tools for studying the mechanisms of its interaction with plants.
University of Groningen.
Copyright
Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).
Take-down policy
If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim.
Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.
Download date: 29-06-2021
S Samenvatting
S
163
Samenvatting
Bacteriën die plantenwortels koloniseren en de plantengroei bevorderen worden plantengroei-bevorderende rhizobacteriën (PGPR) genoemd. Ver- schillende studies hebben een toename in gezondheid en productiviteit van verschillende plantensoorten aangetoond door de toepassing van PGPR onder zowel normale als stressvolle omstandigheden. De toepassing van PGPR kan de wereldwijde afhankelijkheid van gevaarlijke landbouwche- micaliën verminderen die biologische levensgemeenschappen vernietigen en het agro-ecosysteem destabiliseren. Van alle PGPR is Bacillus een van de meest bestudeerde soorten vanwege zijn competitieve kolonisatie van de wortels en grote weerstand tegen zware omstandigheden. De mechanis- men voor plantengroeibevordering door Bacillus betreffen directe effecten (toename in de beschikbaarheid van nutriënten voor de plant) en / of indi- recte effecten (antagonistische effecten tegen pathogenen). Initiële experi- menten door onze collega’s toonden aan dat Bacillus mycoides overvloedig aanwezig is in gezonde aardappelwortels, en zelfs verblijft in wortelweef- sel als endofytische bacterie. Bovendien is er een grote diversiteit tussen de stammen afkomstig van de rhizosfeer en endosfeer. Andere onderzoekers hebben ook de biocontrole en stikstoffixatie-activiteit laten zien van B. my- coides geïsoleerd uit verschillende plantensoorten. Dit proefschrift was be- doeld om de moleculaire mechanismen onderliggende de B. mycoides-plant interacties te begrijpen. Hiervoor werd een multidisciplinaire aanpak toe- gepast en werden nieuwe moleculair genetische hulpmiddelen ontwikkeld.
B. mycoides is alomtegenwoordig in aarde en rhizosfeer. Sommige stam- men hebben het vermogen om plantenweefsel binnen te dringen en een endofytische levensfase te starten. In hoofdstuk 2 & 3 gebruikten we ver- gelijkende genoom en transcriptoom benaderingen om de genetische de- terminanten van de endosfeer (plant-geassocieerde) stammen ten opzichte van bodem (niet plant-geassocieerde) stammen te identificeren. De fylo- genetische stamboom die gebaseerd was op de genoom sequenties van drie endofytische stammen en drie bodem stammen toonde aan dat de endofy- tische stammen geclusterd zijn, wat aangeeft dat de endofytische stammen enkele gemeenschappelijke kenmerken hebben. Bovendien vertoonde de endofytische stam meer actieve of gerichte reacties tegen exsudaat van aardappelwortel dan de bodemstam. De verhoogde expressie van genen gerelateerd aan het aminozuurmetabolisme, verschillende proteolytische enzymen en O-glycosylhydrolasen wijzen op een specifieke aanpassing aan de ecologische niche en een goede rhizosfeer fitheid van de endofytische stam. Ter vergelijking: de voedingsbron voor de bodem stam lijkt beperkt te zijn tot suikers, wat het kolonisatievermogen en de proliferatie snelheid in de rhizosfeer zou kunnen belemmeren.
Voor milieu-geïsoleerde bacteriën is het gebrek aan een efficiënte trans- formatiewerkwijze een knelpunt om genetische manipulatiesystemen op
