University of Groningen
Aneuploidy in the human brain and cancer
van den Bos, Hilda
IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from it. Please check the document version below.
Document Version
Publisher's PDF, also known as Version of record
Publication date: 2017
Link to publication in University of Groningen/UMCG research database
Citation for published version (APA):
van den Bos, H. (2017). Aneuploidy in the human brain and cancer: Studying heterogeneity using single-cell sequencing. University of Groningen.
Copyright
Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).
Take-down policy
If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim.
Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.
Nederlandse samenvatting (voor niet ingewijden)
De meeste cellen in ons lichaam bevatten een kern met daarin het DNA verdeeld over 46 chromosomen. Bij elke celdeling wordt het DNA gekopieerd en verdeeld over de twee dochtercellen. Dit proces wordt nauwkeurig gereguleerd om ervoor te zorgen dat beide dochtercellen één volledige set chromosomen ontvangen. Als er iets mis is in deze regulatie, kan het zijn dat de chromosomen niet gelijk verdeeld worden waardoor de cellen te veel of te weinig kopieën ontvangen. Dit noemen we aneuploïdie. Een bekend voorbeeld van aneuploïdie is het syndroom van Down. Mensen met het syndroom van Down hebben een extra kopie van chromosoom 21 in alle cellen in hun lichaam. Aneuploïdie is ook een kenmerk van kanker. Meer dan 80% van alle kankers zijn aneuploïde en hebben dus extra chromosomen en/of chromosomen verloren. Bovendien functioneren de mechanismen die ervoor moeten zorgen dat de chromosomen gelijk over de dochtercellen verdeeld worden vaak niet goed in kankercellen, waardoor fouten bij iedere celdeling gemaakt blijven worden. Dit resulteert in een groep cellen die onderling van elkaar verschillen, dit heet chromosomale heterogeniteit.
Er zijn verschillende manieren om aneuploïdie in individuele cellen en heterogeniteit tussen cellen te meten (Hoofdstuk 1). Eén daarvan is sequencing - het aflezen van het DNA - van individuele cellen. Aan de hand van de hoeveelheid datapunten per chromosoom kan worden bepaald hoeveel kopieën van dat chromosoom aanwezig waren in de cel. Zo zal een chromosoom dat aanwezig is in drie kopieën bijvoorbeeld ongeveer 1,5 keer zoveel datapunten geven als een chromosoom waarvan de normale twee kopieën aanwezig zijn. Door de chromosomen in kleinere stukken op te delen in zogenaamde bins, kunnen ook sub-chromosomale kopieveranderingen worden aangetoond. In dit proefschrift is gebruik gemaakt van deze techniek om te kijken naar aneuploïdie en heterogeniteit in hersen- en kankercellen.
De ziekte van Alzheimer is een groeiend probleem. Mede doordat we steeds ouder worden zijn er steeds meer mensen die deze ziekte krijgen. Ondanks het vele onderzoek dat er gedaan wordt, zijn er nog geen medicijnen beschikbaar die de ziekte kunnen voorkomen, stoppen of de progressie zelfs maar afremmen. Als aneuploïde cellen een rol spelen in het ontstaan of de progressie van de ziekte van Alzheimer, betekent dit een nieuw aanknopingspunt om medicijnen te ontwikkelen. Een aantal jaar geleden zijn, met behulp van een techniek met fluorescente labels genaamd FISH (fluorescente in situ hybridisatie), grote aantallen aneuploïde cellen gevonden in muizen en humaan brein. Interessant is dat in de hierop volgende studies een grote variatie in de hoeveelheid aneuploïdie werd gevonden (Hoofdstuk 2). Bovendien is in een aantal studies meer aneuploïdie gevonden in brein van mensen met de ziekte van Alzheimer dan in normaal brein, maar ook hier zijn er grote verschillen in de resultaten van de studies. De ziekte van Alzheimer wordt gekenmerkt door eiwitophopingen in en rond de hersencellen. Aneuploïdie kan bijdragen aan de vorming van deze eiwitophopingen doordat het de eiwitproductie verstoord. Als er een extra kopie van een
Nederlandse samenvatting (voor niet ingewijden)
De meeste cellen in ons lichaam bevatten een kern met daarin het DNA verdeeld over 46 chromosomen. Bij elke celdeling wordt het DNA gekopieerd en verdeeld over de twee dochtercellen. Dit proces wordt nauwkeurig gereguleerd om ervoor te zorgen dat beide dochtercellen één volledige set chromosomen ontvangen. Als er iets mis is in deze regulatie, kan het zijn dat de chromosomen niet gelijk verdeeld worden waardoor de cellen te veel of te weinig kopieën ontvangen. Dit noemen we aneuploïdie. Een bekend voorbeeld van aneuploïdie is het syndroom van Down. Mensen met het syndroom van Down hebben een extra kopie van chromosoom 21 in alle cellen in hun lichaam. Aneuploïdie is ook een kenmerk van kanker. Meer dan 80% van alle kankers zijn aneuploïde en hebben dus extra chromosomen en/of chromosomen verloren. Bovendien functioneren de mechanismen die ervoor moeten zorgen dat de chromosomen gelijk over de dochtercellen verdeeld worden vaak niet goed in kankercellen, waardoor fouten bij iedere celdeling gemaakt blijven worden. Dit resulteert in een groep cellen die onderling van elkaar verschillen, dit heet chromosomale heterogeniteit.
Er zijn verschillende manieren om aneuploïdie in individuele cellen en heterogeniteit tussen cellen te meten (Hoofdstuk 1). Eén daarvan is sequencing - het aflezen van het DNA - van individuele cellen. Aan de hand van de hoeveelheid datapunten per chromosoom kan worden bepaald hoeveel kopieën van dat chromosoom aanwezig waren in de cel. Zo zal een chromosoom dat aanwezig is in drie kopieën bijvoorbeeld ongeveer 1,5 keer zoveel datapunten geven als een chromosoom waarvan de normale twee kopieën aanwezig zijn. Door de chromosomen in kleinere stukken op te delen in zogenaamde bins, kunnen ook sub-chromosomale kopieveranderingen worden aangetoond. In dit proefschrift is gebruik gemaakt van deze techniek om te kijken naar aneuploïdie en heterogeniteit in hersen- en kankercellen.
De ziekte van Alzheimer is een groeiend probleem. Mede doordat we steeds ouder worden zijn er steeds meer mensen die deze ziekte krijgen. Ondanks het vele onderzoek dat er gedaan wordt, zijn er nog geen medicijnen beschikbaar die de ziekte kunnen voorkomen, stoppen of de progressie zelfs maar afremmen. Als aneuploïde cellen een rol spelen in het ontstaan of de progressie van de ziekte van Alzheimer, betekent dit een nieuw aanknopingspunt om medicijnen te ontwikkelen. Een aantal jaar geleden zijn, met behulp van een techniek met fluorescente labels genaamd FISH (fluorescente in situ hybridisatie), grote aantallen aneuploïde cellen gevonden in muizen en humaan brein. Interessant is dat in de hierop volgende studies een grote variatie in de hoeveelheid aneuploïdie werd gevonden (Hoofdstuk 2). Bovendien is in een aantal studies meer aneuploïdie gevonden in brein van mensen met de ziekte van Alzheimer dan in normaal brein, maar ook hier zijn er grote verschillen in de resultaten van de studies. De ziekte van Alzheimer wordt gekenmerkt door eiwitophopingen in en rond de hersencellen. Aneuploïdie kan bijdragen aan de vorming van deze eiwitophopingen doordat het de eiwitproductie verstoord. Als er een extra kopie van een
chromosoom in een cel aanwezig is, worden ook de genen op dit extra chromosoom afgeschreven en extra eiwit geproduceerd. Alle eiwitten moeten in de juiste conformatie gevouwen worden of worden afgebroken. De extra geproduceerde eiwitten kunnen dit proces van vouwen en afbreken overladen, waardoor eiwitten zouden kunnen gaan samenklonteren. Om meer inzicht te krijgen in de aanwezigheid van aneuploïde cellen in het menselijk brein en de mogelijke rol van aneuploïdie in de ziekte van Alzheimer hebben we individuele cellen gesequenced van normaal brein en brein in verschillende stadia van de ziekte van Alzheimer (Hoofdstuk 3). Sequencing heeft ten opzichte van FISH het voordeel dat het veel meer datapunten geeft. Met FISH wordt een specifieke plek op een bepaald chromosoom aangekleurd met een fluorescent label. Door het aantal fluorescente signalen te tellen wordt bepaald hoeveel kopieën van dat chromosoom er in de cel aanwezig zijn. Sequencing geeft informatie over de gehele lengte van het chromosoom en bovendien van alle chromosomen tegelijk, in iedere cel. FISH is beperkt in het aantal chromosomen dat tegelijk onderzocht kan worden, omdat voor elk chromosoom een ander fluorescent label nodig is en het aantal fluorescente kleuren beperkt is.
In tegenstelling tot de met FISH verkregen data, is er uit ons onderzoek gebleken dat er heel weinig aneuploïde cellen in normaal brein aanwezig zijn. Bovendien hebben we vergelijkbare hoeveelheden aneuploïde cellen gevonden in normaal brein als in brein van patiënten met de ziekte van Alzheimer. Deze resultaten worden ondersteund door een aantal andere studies die op een klein aantal normale brein cellen sequencing hebben uitgevoerd en ook weinig aneuploïde cellen hebben gevonden. Een belangrijke controle voor de betrouwbaarheid van onze data was het sequencen van cellen met een bekende aneuploïdie. Hiervoor hebben we gebruik gemaakt van cellen afkomstig van een persoon met het syndroom van Down. In elk van deze cellen zitten drie kopieën van chromosoom 21. Zoals verwacht, vonden we in al deze cellen inderdaad drie kopieën van chromosoom 21. We concluderen dan ook dat onze methode zeer betrouwbaar is om aneuploïde cellen te identificeren. De resultaten van onze studie maken het onwaarschijnlijk dat aneuploïdie wijdverspreid aanwezig is in het menselijk brein en we denken dan ook dat het waarschijnlijk geen rol van betekenis speelt in het ontstaan of de progressie van de ziekte van Alzheimer.
In tegenstelling tot het brein, is het bekend dat aneuploïdie een belangrijke rol speelt in kanker. Het is zelfs één van de kenmerken van kankercellen dat ze vaak aneuploid zijn. Het is bekend dat cellen die een extra chromosoom hebben minder snel groeien, maar toch zorgt aneuploïdie in kankercellen juist voor snellere groei. Dit wordt ook wel de aneuploïdie-paradox genoemd. Blijkbaar zijn kankercellen in staat om de nadelige gevolgen van aneuploïdie om te zetten in een groei voordeel. Aneuploïde tumoren zijn geassocieerd met een slechtere prognose voor de patiënt. De mate waarin tumorcellen onderling genetisch van elkaar verschillen in de aanwezigheid van mutaties en veranderingen in het aantal kopieën van chromosomen of delen van chromosomen wordt de heterogeniteit van de tumor genoemd. Deze heterogeniteit speelt een belangrijke rol in de progressie en behandeling van de kanker. Een tumor die erg heterogeen is en dus veel genetische variatie binnen de tumor laat zien, heeft een grotere kans resistentie te ontwikkelen tegen therapie. Dit betekent dat
de tumor niet meer reageert op de therapie er verder zal groeien. Daarnaast geeft de heterogeniteit inzicht in het ontstaan en de ontwikkeling van een tumor. Als een cel bijvoorbeeld een mutatie heeft, wordt deze doorgegeven aan alle dochtercellen. Wanneer één van de dochtercellen nog een mutatie krijgt, zullen de dochtercellen die hier uit ontstaan beide mutaties hebben. Door het kijken naar welke mutaties en welke combinaties van mutaties in individuele cellen aanwezig zijn, kan er een ‘stamboom’ van de tumor worden gemaakt. Hiermee kan worden geanalyseerd welke mutatie aan de oorsprong van de tumor staat. Het bepalen van de heterogeniteit van een tumor kan dus veel waardevolle informatie geven en dit kan bijzonder nauwkeuring worden gedaan met het sequencen van individuele cellen (Hoofdstuk 4).
Omdat de techniek van het sequencen van individuele cellen slechts een paar jaar bekend is, is het aantal studies waarin deze techniek gebruikt wordt om te kijken naar de heterogeniteit van kankercellen nog beperkt. Wij hebben met behulp van single cell sequencing gekeken naar de rol van heterogeniteit in kleincellige longkanker. Deze vorm van longkanker groeit snel en heeft een slechte prognose. Bovendien zijn er op het moment van diagnose vaak al uitzaaiingen aanwezig. Om meer inzicht te krijgen in de heterogeniteit in kleincellige longkanker hebben we cellen uit twee plaatsen in primaire tumor en verschillende metastasen (lever, lymfeklier en bijnier) afkomstig van dezelfde patiënt gesequenced (Hoofdstuk 5). Hieruit is gebleken dat er grote verschillen zijn tussen de heterogeniteit van de primaire tumor en de metastasen. De primaire tumor, de lymfekliermetastase en de bijniermetastase bleken in deze specifieke patiënt veel heterogener dan de lever metastase. Dit kan bijvoorbeeld betekenen dat de lever metastase uit één cel is ontstaan, en de andere metastasen uit een klompje van heterogene cellen. Het is bekend dat bij kleincellige longkanker kleine klompjes kankercellen in het bloed aanwezig kunnen zijn. Bovendien hebben we in de primaire tumor cellen gevonden die qua patroon van chromosomale veranderingen zeer veel lijken op de cellen in de levermetastase. Deze cellen staan in de ‘stamboom’ dus erg dichtbij de cellen in de levermetastase. Daarnaast hebben we in de bijniermetastase een aantal cellen gevonden die ook het patroon van de levermetastase hebben. Deze cellen zouden afkomstig kunnen zijn uit de primaire tumor, maar ook uit de levermetastase. Onze studie geeft daarmee aan dat binnen één patiënt op verschillende manieren metastasen kunnen ontstaan; uit één cel, dit heet monoklonaal, of uit meerdere cellen, polyklonaal.
In de komende jaren zullen de technieken om individuele cellen te sequencen blijven verbeteren en de kosten verminderen. Samen met de ontwikkeling van bioinformatische methoden om de grote hoeveelheid data te analyseren zal dit ervoor zorgen dat deze techniek steeds meer gebruikt zal worden. De ontrafeling van genetische heterogeniteit en de consequenties hiervan zullen een grote rol gaan spelen bij de behandeling van kanker en het monitoren van de therapie.
chromosoom in een cel aanwezig is, worden ook de genen op dit extra chromosoom afgeschreven en extra eiwit geproduceerd. Alle eiwitten moeten in de juiste conformatie gevouwen worden of worden afgebroken. De extra geproduceerde eiwitten kunnen dit proces van vouwen en afbreken overladen, waardoor eiwitten zouden kunnen gaan samenklonteren. Om meer inzicht te krijgen in de aanwezigheid van aneuploïde cellen in het menselijk brein en de mogelijke rol van aneuploïdie in de ziekte van Alzheimer hebben we individuele cellen gesequenced van normaal brein en brein in verschillende stadia van de ziekte van Alzheimer (Hoofdstuk 3). Sequencing heeft ten opzichte van FISH het voordeel dat het veel meer datapunten geeft. Met FISH wordt een specifieke plek op een bepaald chromosoom aangekleurd met een fluorescent label. Door het aantal fluorescente signalen te tellen wordt bepaald hoeveel kopieën van dat chromosoom er in de cel aanwezig zijn. Sequencing geeft informatie over de gehele lengte van het chromosoom en bovendien van alle chromosomen tegelijk, in iedere cel. FISH is beperkt in het aantal chromosomen dat tegelijk onderzocht kan worden, omdat voor elk chromosoom een ander fluorescent label nodig is en het aantal fluorescente kleuren beperkt is.
In tegenstelling tot de met FISH verkregen data, is er uit ons onderzoek gebleken dat er heel weinig aneuploïde cellen in normaal brein aanwezig zijn. Bovendien hebben we vergelijkbare hoeveelheden aneuploïde cellen gevonden in normaal brein als in brein van patiënten met de ziekte van Alzheimer. Deze resultaten worden ondersteund door een aantal andere studies die op een klein aantal normale brein cellen sequencing hebben uitgevoerd en ook weinig aneuploïde cellen hebben gevonden. Een belangrijke controle voor de betrouwbaarheid van onze data was het sequencen van cellen met een bekende aneuploïdie. Hiervoor hebben we gebruik gemaakt van cellen afkomstig van een persoon met het syndroom van Down. In elk van deze cellen zitten drie kopieën van chromosoom 21. Zoals verwacht, vonden we in al deze cellen inderdaad drie kopieën van chromosoom 21. We concluderen dan ook dat onze methode zeer betrouwbaar is om aneuploïde cellen te identificeren. De resultaten van onze studie maken het onwaarschijnlijk dat aneuploïdie wijdverspreid aanwezig is in het menselijk brein en we denken dan ook dat het waarschijnlijk geen rol van betekenis speelt in het ontstaan of de progressie van de ziekte van Alzheimer.
In tegenstelling tot het brein, is het bekend dat aneuploïdie een belangrijke rol speelt in kanker. Het is zelfs één van de kenmerken van kankercellen dat ze vaak aneuploid zijn. Het is bekend dat cellen die een extra chromosoom hebben minder snel groeien, maar toch zorgt aneuploïdie in kankercellen juist voor snellere groei. Dit wordt ook wel de aneuploïdie-paradox genoemd. Blijkbaar zijn kankercellen in staat om de nadelige gevolgen van aneuploïdie om te zetten in een groei voordeel. Aneuploïde tumoren zijn geassocieerd met een slechtere prognose voor de patiënt. De mate waarin tumorcellen onderling genetisch van elkaar verschillen in de aanwezigheid van mutaties en veranderingen in het aantal kopieën van chromosomen of delen van chromosomen wordt de heterogeniteit van de tumor genoemd. Deze heterogeniteit speelt een belangrijke rol in de progressie en behandeling van de kanker. Een tumor die erg heterogeen is en dus veel genetische variatie binnen de tumor laat zien, heeft een grotere kans resistentie te ontwikkelen tegen therapie. Dit betekent dat
de tumor niet meer reageert op de therapie er verder zal groeien. Daarnaast geeft de heterogeniteit inzicht in het ontstaan en de ontwikkeling van een tumor. Als een cel bijvoorbeeld een mutatie heeft, wordt deze doorgegeven aan alle dochtercellen. Wanneer één van de dochtercellen nog een mutatie krijgt, zullen de dochtercellen die hier uit ontstaan beide mutaties hebben. Door het kijken naar welke mutaties en welke combinaties van mutaties in individuele cellen aanwezig zijn, kan er een ‘stamboom’ van de tumor worden gemaakt. Hiermee kan worden geanalyseerd welke mutatie aan de oorsprong van de tumor staat. Het bepalen van de heterogeniteit van een tumor kan dus veel waardevolle informatie geven en dit kan bijzonder nauwkeuring worden gedaan met het sequencen van individuele cellen (Hoofdstuk 4).
Omdat de techniek van het sequencen van individuele cellen slechts een paar jaar bekend is, is het aantal studies waarin deze techniek gebruikt wordt om te kijken naar de heterogeniteit van kankercellen nog beperkt. Wij hebben met behulp van single cell sequencing gekeken naar de rol van heterogeniteit in kleincellige longkanker. Deze vorm van longkanker groeit snel en heeft een slechte prognose. Bovendien zijn er op het moment van diagnose vaak al uitzaaiingen aanwezig. Om meer inzicht te krijgen in de heterogeniteit in kleincellige longkanker hebben we cellen uit twee plaatsen in primaire tumor en verschillende metastasen (lever, lymfeklier en bijnier) afkomstig van dezelfde patiënt gesequenced (Hoofdstuk 5). Hieruit is gebleken dat er grote verschillen zijn tussen de heterogeniteit van de primaire tumor en de metastasen. De primaire tumor, de lymfekliermetastase en de bijniermetastase bleken in deze specifieke patiënt veel heterogener dan de lever metastase. Dit kan bijvoorbeeld betekenen dat de lever metastase uit één cel is ontstaan, en de andere metastasen uit een klompje van heterogene cellen. Het is bekend dat bij kleincellige longkanker kleine klompjes kankercellen in het bloed aanwezig kunnen zijn. Bovendien hebben we in de primaire tumor cellen gevonden die qua patroon van chromosomale veranderingen zeer veel lijken op de cellen in de levermetastase. Deze cellen staan in de ‘stamboom’ dus erg dichtbij de cellen in de levermetastase. Daarnaast hebben we in de bijniermetastase een aantal cellen gevonden die ook het patroon van de levermetastase hebben. Deze cellen zouden afkomstig kunnen zijn uit de primaire tumor, maar ook uit de levermetastase. Onze studie geeft daarmee aan dat binnen één patiënt op verschillende manieren metastasen kunnen ontstaan; uit één cel, dit heet monoklonaal, of uit meerdere cellen, polyklonaal.
In de komende jaren zullen de technieken om individuele cellen te sequencen blijven verbeteren en de kosten verminderen. Samen met de ontwikkeling van bioinformatische methoden om de grote hoeveelheid data te analyseren zal dit ervoor zorgen dat deze techniek steeds meer gebruikt zal worden. De ontrafeling van genetische heterogeniteit en de consequenties hiervan zullen een grote rol gaan spelen bij de behandeling van kanker en het monitoren van de therapie.
List of abbreviations
aCGH - array comparative genomic hybridization AD - Alzheimer’s disease
AS - aneuploidy score Aβ - amyloid β
BFB - breakage-fusion-bridge BrdU - bromodeoxyuridine CIN - chromosomal instability CNA - copy number aberration CNV - copy number variation CTC - circulating tumor cell
DOP-PCR - degenerative oligonucleotide primer PCR DS - Down syndrome
DTCs - disseminated tumor cell
FACS - fluorescence-activated cell sorting FFPE - formalin fixed paraffin embedded FISH - fluorescence in situ hybridization HMM - Hidden Markov Model
HS - heterogeneity score
MALBAC - multiple annealing and looping based amplification cycles MDA - multiple displacement amplification
MVA - mosaic variegated aneuploidy syndrome NGS - next generation sequencing
SAC - spindle assembly checkpoint SCLC - small cell lung cancer sc-seq - single-cell sequencing
scWGS - single-cell whole genome sequencing SKY - spectral karyotyping
List of abbreviations
aCGH - array comparative genomic hybridization AD - Alzheimer’s disease
AS - aneuploidy score Aβ - amyloid β
BFB - breakage-fusion-bridge BrdU - bromodeoxyuridine CIN - chromosomal instability CNA - copy number aberration CNV - copy number variation CTC - circulating tumor cell
DOP-PCR - degenerative oligonucleotide primer PCR DS - Down syndrome
DTCs - disseminated tumor cell
FACS - fluorescence-activated cell sorting FFPE - formalin fixed paraffin embedded FISH - fluorescence in situ hybridization HMM - Hidden Markov Model
HS - heterogeneity score
MALBAC - multiple annealing and looping based amplification cycles MDA - multiple displacement amplification
MVA - mosaic variegated aneuploidy syndrome NGS - next generation sequencing
SAC - spindle assembly checkpoint SCLC - small cell lung cancer sc-seq - single-cell sequencing
scWGS - single-cell whole genome sequencing SKY - spectral karyotyping
List of publications
van den Bos H, Bakker B, Spierings DCJ, Lansdorp PM, Foijer F. 2017. Single-cell sequencing
to quantify genomic integrity in cancer. International Journal of Biochemistry and Cell Biology, in press.
Ferronika P, van den Bos H, Taudt A, Spierings DCJ, Saber A, Hiltermann TJN, Kok K, Porubsky D, van der Wekken AJ, Timens W, Foijer F, Colomé-Tatché M, Groen HJM, Lansdorp PM, van den Berg A. 2017. Copy number alterations assessed at the single-cell level revealed mono- and polyclonal seeding patterns of distant metastasis in a small cell lung cancer patient. Annals of oncology.Jul 1;28(7):1668-1670.
van den Bos H, Spierings DCJ, Foijer F, Lansdorp PM. 2017. Does aneuploidy in the brain play
a role in neurodegenerative disease? Book chapter in ‘Chromosomal Abnormalities - A Hallmark Manifestation of Genomic Instability’, InTech
van den Bos H. Chromosome gains and losses in the human brain are probably less
important than previously thought. Layman summary of van den Bos et. al, 2016. AtlasOfScience.org
van den Bos H, Spierings DCJ, Taudt AS, Bakker B, et al. 2016. Single-cell whole genome
sequencing reveals no evidence for common aneuploidy in normal and Alzheimer’s disease neurons. Genome Biology. May 31;17(1):116.
Bakker B, van den Bos H, Lansdorp PM, Foijer F. 2015. How to count chromosomes in a cell: An overview of current and novel technologies. BioEssays May;37(5):570-7
Smigielska-Czepiel K, van den Berg A, Jellema P, Slezak-Prochazka I, Maat H, van den Bos H, van der Lei RJ, Kluiver J, Brouwer E, Boots AMH, Kroesen BJ. 2013. Dual Role of miR-21 in CD4+ T-Cells: Activation-Induced miR-21 Supports Survival of Memory T-Cells and Regulates CCR7 Expression in Naive T-Cells. PLoS One Oct 1;8(10):e76217
Bouma HR, Samarska I V., Schenk M, Dahlem KKK, , van den Bos H, Brebenel I, Duin M, Houwertjes MC, Loef BG, Mungroop HE, Struys MM, Epema AH, Henning RH. 2013. Microarray analysis of gene expression profiles in the rat kidney demonstrates a local inflammatory response induced by cardiopulmonary bypass. European Journal of Anaesthesiology. Aug;30(8):492-500.
List of publications
van den Bos H, Bakker B, Spierings DCJ, Lansdorp PM, Foijer F. 2017. Single-cell sequencing
to quantify genomic integrity in cancer. International Journal of Biochemistry and Cell Biology, in press.
Ferronika P, van den Bos H, Taudt A, Spierings DCJ, Saber A, Hiltermann TJN, Kok K, Porubsky D, van der Wekken AJ, Timens W, Foijer F, Colomé-Tatché M, Groen HJM, Lansdorp PM, van den Berg A. 2017. Copy number alterations assessed at the single-cell level revealed mono- and polyclonal seeding patterns of distant metastasis in a small cell lung cancer patient. Annals of oncology.Jul 1;28(7):1668-1670.
van den Bos H, Spierings DCJ, Foijer F, Lansdorp PM. 2017. Does aneuploidy in the brain play
a role in neurodegenerative disease? Book chapter in ‘Chromosomal Abnormalities - A Hallmark Manifestation of Genomic Instability’, InTech
van den Bos H. Chromosome gains and losses in the human brain are probably less
important than previously thought. Layman summary of van den Bos et. al, 2016. AtlasOfScience.org
van den Bos H, Spierings DCJ, Taudt AS, Bakker B, et al. 2016. Single-cell whole genome
sequencing reveals no evidence for common aneuploidy in normal and Alzheimer’s disease neurons. Genome Biology. May 31;17(1):116.
Bakker B, van den Bos H, Lansdorp PM, Foijer F. 2015. How to count chromosomes in a cell: An overview of current and novel technologies. BioEssays May;37(5):570-7
Smigielska-Czepiel K, van den Berg A, Jellema P, Slezak-Prochazka I, Maat H, van den Bos H, van der Lei RJ, Kluiver J, Brouwer E, Boots AMH, Kroesen BJ. 2013. Dual Role of miR-21 in CD4+ T-Cells: Activation-Induced miR-21 Supports Survival of Memory T-Cells and Regulates CCR7 Expression in Naive T-Cells. PLoS One Oct 1;8(10):e76217
Bouma HR, Samarska I V., Schenk M, Dahlem KKK, , van den Bos H, Brebenel I, Duin M, Houwertjes MC, Loef BG, Mungroop HE, Struys MM, Epema AH, Henning RH. 2013. Microarray analysis of gene expression profiles in the rat kidney demonstrates a local inflammatory response induced by cardiopulmonary bypass. European Journal of Anaesthesiology. Aug;30(8):492-500.
Acknowledgements/Dankwoord
Four years of experiments, trial and error, failing and succeeding have resulted in the thesis in front of you. This would not have been possible without the people around me, whom I would like to thank.
Als eerste wil ik graag mijn promotor Peter Lansdorp bedanken. Bedankt voor je vertrouwen in mij en de mogelijkheid om dit onderzoek te doen. Ik heb heel veel geleerd de afgelopen jaren en heb dat zeker aan jou te danken.
Mijn copromotoren Floris en Diana, bedankt voor de fijne begeleiding. De vele meetings en overleggen zijn voor mij erg motiverend. Bedankt dat ik altijd bij jullie aan kan kloppen met problemen of vragen over van alles en nog wat.
I would like to thank the members of the assessment committee, prof. Rene Medema, prof. Ellen Nollen and prof. Geert Kops. Thank you for taking the time to read and asses my thesis. This work would not have been possible without the help of our bioinformaticians. Thank you Aaron, David, Victor and Maria, for not only helping with the data analysis and writing programs, but also teaching me a lot. Thank you Aaron and David for always having the time to help me figure out why my commands gave an error this time and answering my thousand questions.
A good atmosphere in the lab very important. I would like to thank the present, Anne Margriet, Nancy, Karina, Jennifer, and former lab members, Niek, David, Marianna, Jorn, Sandra, Ale, Inge, for creating an open atmosphere where you can always ask anyone for help or advice. I really enjoyed working with all or you. Thank you for the all the useful meetings and gezellige lab-lunches.
En Frits, ik vond het erg leuk en leerzaam dat je bij ons stage kwam lopen. Jouw enthousiasme werkt aanstekelijk en ik hoop dat je het hier naar je zin gehad hebt. Ik wens je veel succes met je master je bent altijd welkom om tussen je colleges door een kopje thee te komen drinken. Thank you all First Floor People for making the first floor the best floor. I always enjoy the lunches during which almost any subject can be discussed. Special thanks to Bjorn; het is erg prettig om met jou samen te werken. En ik blijf me verbazen over jouw eindeloze stroom kennis over alles van Griekse oudheid tot kwantummechanica.
All people from ERIBA, thanks for the great working environment. Even though the open offices can be a bit noisy sometimes, it does stimulate collaborating. Thank you all!
Also, I would like to thank all our collaborators. I hope by continuing to work together now and in the future we will obtain more interesting new insights.
Acknowledgements/Dankwoord
Four years of experiments, trial and error, failing and succeeding have resulted in the thesis in front of you. This would not have been possible without the people around me, whom I would like to thank.
Als eerste wil ik graag mijn promotor Peter Lansdorp bedanken. Bedankt voor je vertrouwen in mij en de mogelijkheid om dit onderzoek te doen. Ik heb heel veel geleerd de afgelopen jaren en heb dat zeker aan jou te danken.
Mijn copromotoren Floris en Diana, bedankt voor de fijne begeleiding. De vele meetings en overleggen zijn voor mij erg motiverend. Bedankt dat ik altijd bij jullie aan kan kloppen met problemen of vragen over van alles en nog wat.
I would like to thank the members of the assessment committee, prof. Rene Medema, prof. Ellen Nollen and prof. Geert Kops. Thank you for taking the time to read and asses my thesis. This work would not have been possible without the help of our bioinformaticians. Thank you Aaron, David, Victor and Maria, for not only helping with the data analysis and writing programs, but also teaching me a lot. Thank you Aaron and David for always having the time to help me figure out why my commands gave an error this time and answering my thousand questions.
A good atmosphere in the lab very important. I would like to thank the present, Anne Margriet, Nancy, Karina, Jennifer, and former lab members, Niek, David, Marianna, Jorn, Sandra, Ale, Inge, for creating an open atmosphere where you can always ask anyone for help or advice. I really enjoyed working with all or you. Thank you for the all the useful meetings and gezellige lab-lunches.
En Frits, ik vond het erg leuk en leerzaam dat je bij ons stage kwam lopen. Jouw enthousiasme werkt aanstekelijk en ik hoop dat je het hier naar je zin gehad hebt. Ik wens je veel succes met je master je bent altijd welkom om tussen je colleges door een kopje thee te komen drinken. Thank you all First Floor People for making the first floor the best floor. I always enjoy the lunches during which almost any subject can be discussed. Special thanks to Bjorn; het is erg prettig om met jou samen te werken. En ik blijf me verbazen over jouw eindeloze stroom kennis over alles van Griekse oudheid tot kwantummechanica.
All people from ERIBA, thanks for the great working environment. Even though the open offices can be a bit noisy sometimes, it does stimulate collaborating. Thank you all!
Also, I would like to thank all our collaborators. I hope by continuing to work together now and in the future we will obtain more interesting new insights.
Dan, mijn biologie buddies Tam, Thea en Rianne. Dank jullie wel voor alle gezelligheid, etentjes, spelletjes, wijntjes etc. in de afgelopen jaren. Ik hoop dat we dit nog lang kunnen voortzetten. Al begrijp ik ook niet altijd wat jullie precies op het lab uitspoken, het is fijn om frustraties over gefaalde experimenten met jullie te kunnen delen.
Jolien, mijn sportmaatje! Jij motiveert me om ook als het regent, waait of gewoon ijskoud is toch naar buiten te gaan om te sporten en mijn hoofd leeg te maken. En samen sporten is natuurlijk ook veel leuker. Dank je wel dat je mijn paranimf wil zijn en voor alle uurtjes sporten, eten en gezelligheid.
Ook al zie ik je niet zo heel vaak, als we weer eens afspreken Ank, is het altijd als vanouds gezellig. Jij vind het misschien ingewikkeld wat ik doe, maar ik kijk enorm op tegen jouw lef, moed en doorzettingsvermogen en ben blij dat we in al die jaren vriendinnen zijn gebleven. Niets is zo belangrijk als familie. Gerrit en Gerdien, vanaf dag één voelt het bij jullie als thuiskomen. Ik voel me altijd welkom. Grote zus Es en Jaap, pa en ma, en mijn liefste Sjoerd bedankt voor jullie onvoorwaardelijke steun. Jullie hebben mij mede gevormd tot wie ik nu ben. Ik kan altijd op jullie rekenen, dank jullie wel voor alles.
Dan, mijn biologie buddies Tam, Thea en Rianne. Dank jullie wel voor alle gezelligheid, etentjes, spelletjes, wijntjes etc. in de afgelopen jaren. Ik hoop dat we dit nog lang kunnen voortzetten. Al begrijp ik ook niet altijd wat jullie precies op het lab uitspoken, het is fijn om frustraties over gefaalde experimenten met jullie te kunnen delen.
Jolien, mijn sportmaatje! Jij motiveert me om ook als het regent, waait of gewoon ijskoud is toch naar buiten te gaan om te sporten en mijn hoofd leeg te maken. En samen sporten is natuurlijk ook veel leuker. Dank je wel dat je mijn paranimf wil zijn en voor alle uurtjes sporten, eten en gezelligheid.
Ook al zie ik je niet zo heel vaak, als we weer eens afspreken Ank, is het altijd als vanouds gezellig. Jij vind het misschien ingewikkeld wat ik doe, maar ik kijk enorm op tegen jouw lef, moed en doorzettingsvermogen en ben blij dat we in al die jaren vriendinnen zijn gebleven. Niets is zo belangrijk als familie. Gerrit en Gerdien, vanaf dag één voelt het bij jullie als thuiskomen. Ik voel me altijd welkom. Grote zus Es en Jaap, pa en ma, en mijn liefste Sjoerd bedankt voor jullie onvoorwaardelijke steun. Jullie hebben mij mede gevormd tot wie ik nu ben. Ik kan altijd op jullie rekenen, dank jullie wel voor alles.
