Magnetic tweezers based force spectroscopy studies of the structure and dynamics of nucleosomes and chromatin
Kruithof, M.C.
Citation
Kruithof, M. C. (2009, October 1). Magnetic tweezers based force spectroscopy studies of the structure and dynamics of nucleosomes and chromatin. Retrieved from
https://hdl.handle.net/1887/14030
Version: Corrected Publisher’s Version
License: Licence agreement concerning inclusion of doctoral thesis in the Institutional Repository of the University of Leiden
Downloaded from: https://hdl.handle.net/1887/14030
Note: To cite this publication please use the final published version (if applicable).
1. Viscous drag of the paramagnetic bead plays an important role during dynamic force spectroscopy measurements using magnetic tweezers and should not be ignored (chapter 2 of this thesis).
2. Detailed knowledge of the energy landscape of a reaction represented by a Hidden Markov chain results in a much better fit of the different states of the Hidden Markov model (chapter 3 of this thesis).
3. DNA with nucleosomes spaced by 50 base pairs of DNA folds into a sin- gle solenoidal chromatin fiber (chapter 4 of this thesis).
4. The length of the linker DNA in a chromatin fiber determines its under- lying structure (chapter 4 of this thesis).
5. The unwrapping of a nucleosome attached on one or both ends behaves as a rocked thermal ratchet (chapter 5 of this thesis).
6. The asymmetric energy landscape of nucleosome unwrapping stabilizes the nucleosome if it is attached on one or both ends (chapter 5 of this thesis).
7. The Brownian motion of a bead during a force clamp experiment is de- termined by the properties of the tether whilst the Brownian motion of a bead in a position clamp experiment is determined by the properties of the trap.
8. For a complete picture of the physical properties of a transient force de- pendent reaction both dynamic and static force spectroscopy measure- ments are necessary.
9. Better control over the substrate and the environment during in vitro com- pared to in vivo measurements leads to a more precise result of the phys- ical properties of the biomolecules studied.
10. The nontrivial combination of in vivo and in vitro experiments is needed to fully understand a complex biological system.
11. The Kruithof curve1shows that LED light bulbs are not yet suited for use in people’s homes.
1A.A. Kruithof, “Tubular Luminescence Lamps for General Illumination”, Philips Technical Review, vol. 6, pp. 65–96, 1941 and http://en.wikipedia.org/wiki/Kruithof_curve
1. De visceuze weerstand van het paramagnetische bolletje speelt een belan- grijke rol tijdens dynamische krachtmetingen met een magnetisch pincet en mag niet worden genegeerd (hoofdstuk 2 van dit proefschrift).
2. Gedetailleerde kennis van het energielandschap van een reactie, beschre- ven door een verborgen Markov-keten, zorgt ervoor dat het verborgen Markov-model veel beter past op de verschillende toestanden (hoofdstuk 3 van dit proefschrift).
3. DNA met nucleosomen gescheiden door 50 baseparen DNA vouwt tot een enkele solenoide chromatine vezel (hoofdstuk 4 van dit proefschrift).
4. De lengte van het linker DNA in een chromatine vezel bepaalt zijn on- derliggende structuur (hoofdstuk 4 van dit proefschrift).
5. Het proces van het ontwinden van een nucleosoom, dat aan beide kanten vast zit, gedraagt zich als een schommelende thermische ratel (hoofdstuk 5 van dit proefschrift).
6. Het asymmetrische energielandschap van het ontwinden van een nucle- osoom stabiliseert het nucleosoom, als deze aan beide kanten vast zit (hoofdstuk 5 van dit proefschrift).
7. De Brownse beweging van een bolletje gedurende een constante-kracht experiment wordt bepaald door de eigenschappen van het molecuul ter- wijl de Brownse beweging van een bolletje gedurende een constante-po- sitie experiment word bepaalt door de eigenschappen van het pincet.
8. Voor een compleet beeld van de fysische eigenschappen van een krachts- afhankelijke reactie zijn zowel dynamische als statische krachtspectro- scopie metingen nodig.
9. Betere controle over het substraat en de omgeving gedurende een in vitro meting, vergeleken met een in vivo meting, leidt tot een preciezer resultaat van de fysische eigenschappen van het bestudeerde biomolecuul.
10. De niet-triviale combinatie van in vivo en in vitro experimenten is nodig om complexe biological systemen volledig te begrijpen.
11. De Kruithof curve1 laat zien dat LED lichten nog niet geschikt zijn voor thuisgebruik.
1A.A. Kruithof, “Tubular Luminescence Lamps for General Illumination”, Philips Technical Review, vol. 6, pp. 65–96, 1941 and http://en.wikipedia.org/wiki/Kruithof_curve
