Cover Page
The handle http://hdl.handle.net/1887/48824 holds various files of this Leiden University dissertation
Author: Lou, Sha
Title: Biomarker discovery in high grade sarcomas by mass spectrometry imaging
Issue Date: 2017-05-16
123
References
(1) Fletcher, C. D. M., Bridge, J. A., Hogendoorn, P., Mertens, F. WHO Classification of Tumors of Soft Tissue and Bone., Fourth ed., 2013; Vol. 5, p 468.
(2) Jemal, A.; Tiwari, R. C.; Murray, T.; Ghafoor, A.; Samuels, A.; Ward, E.; Feuer, E. J.; Thun, M. J.;
American Cancer, S. CA Cancer J Clin 2004, 54, 8-29.
(3) Taylor, B. S.; Barretina, J.; Maki, R. G.; Antonescu, C. R.; Singer, S.; Ladanyi, M. Nature reviews.
Cancer 2011, 11, 541-557.
(4) Willems, S. M.; van Remoortere, A.; van Zeijl, R.; Deelder, A. M.; McDonnell, L. A.; Hogendoorn, P.
C. J Pathol 2010, 222, 400-409.
(5) Ray-Coquard, I.; Montesco, M. C.; Coindre, J. M.; Tos, D. A. P.; Lurkin, A.; Ranchère-Vince, D.;
Vecchiato, A.; Decouvelaere, A. V.; Mathoulin-Pélissier, S.; Albert, S.; Cousin, P.; Cellier, D.; Toffolatti, L.; Rossi, C. R.; Blay, J. Y.; group, C. Annals of Oncology 2012, 23, 2442-2449.
(6) Jain, S.; Xu, R.; Prieto, V. G.; Lee, P. Int J Clin Exp Pathol 2010, 3, 416-428.
(7) Coindre, J. M.; Terrier, P.; Guillou, L.; Le Doussal, V.; Collin, F.; Ranchere, D.; Sastre, X.; Vilain, M.
O.; Bonichon, F.; N'Guyen Bui, B. Cancer 2001, 91, 1914-1926.
(8) Arifi, S.; Belbaraka, R.; Rahhali, R.; Ismaili, N. Rare Cancers Ther 2015, 3, 69-87.
(9) Villacis, R. A.; Silveira, S. M.; Barros-Filho, M. C.; Marchi, F. A.; Domingues, M. A.; Scapulatempo- Neto, C.; Aguiar, S., Jr.; Lopes, A.; Cunha, I. W.; Rogatto, S. R. PloS one 2014, 9, e102281.
(10) Carneiro, A.; Francis, P.; Bendahl, P. O.; Fernebro, J.; Akerman, M.; Fletcher, C.; Rydholm, A.;
Borg, A.; Nilbert, M. Lab Invest 2009, 89, 668-675.
(11) Renner, M.; Wolf, T.; Meyer, H.; Hartmann, W.; Penzel, R.; Ulrich, A.; Lehner, B.; Hovestadt, V.;
Czwan, E.; Egerer, G.; Schmitt, T.; Alldinger, I.; Renker, E. K.; Ehemann, V.; Eils, R.; Wardelmann, E.;
Buttner, R.; Lichter, P.; Brors, B.; Schirmacher, P.; Mechtersheimer, G. Genome Biol 2013, 14, r137.
(12) Hou, P.; Ji, M.; Yang, B.; Chen, Z.; Qiu, J.; Shi, X.; Lu, Z. Cancer 2006, 106, 1602-1609.
(13) Castaining, R.; Slodzian, G. Microscopie 1962, 1.
(14) Hillenkamp, F.; Unsold, E.; Kaufmann, R.; Nitsche, R. Nature 1975, 256, 119-120.
(15) Oppenheimer, S. R.; Mi, D.; Sanders, M. E.; Caprioli, R. M. Journal of proteome research 2010, 9, 2182-2190.
(16) Takats, Z.; Wiseman, J. M.; Gologan, B.; Cooks, R. G. Science 2004, 306, 471-473.
(17) Lanekoff, I.; Burnum-Johnson, K.; Thomas, M.; Short, J.; Carson, J. P.; Cha, J.; Dey, S. K.; Yang, P.;
Prieto Conaway, M. C.; Laskin, J. Analytical chemistry 2013, 85, 9596-9603.
(18) Giesen, C.; Wang, H. A.; Schapiro, D.; Zivanovic, N.; Jacobs, A.; Hattendorf, B.; Schüffler, P. J.;
Grolimund, D.; Buhmann, J. M.; Brandt, S.; Varga, Z.; Wild, P. J.; Günther, D.; Bodenmiller, B. Nature methods 2014, 11, 417-422.
(19) Etalo, D. W.; De Vos, R. C.; Joosten, M. H.; Hall, R. D. Plant physiology 2015, 169, 1424-1435.
(20) Weickhardt, C.; Moritz, F.; Grotemeyer, J. Mass spectrometry reviews 1996, 15, 139-162.
(21) Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L.; Jackson, G. S. Mass spectrometry reviews 1998, 17, 1-35.
(22) Caprioli, R. M. Journal of the American Society for Mass Spectrometry 2015, 26, 850-852.
(23) Abdelmoula, W. M.; Skraskova, K.; Balluff, B.; Carreira, R. J.; Tolner, E. A.; Lelieveldt, B. P.; van der Maaten, L.; Morreau, H.; van den Maagdenberg, A. M.; Heeren, R. M.; McDonnell, L. A.; Dijkstra, J. Analytical chemistry 2014, 86, 9204-9211.
(24) Kriegsmann, J.; Kriegsmann, M.; Casadonte, R. Int J Oncol 2015, 46, 893-906.
(25) McDonnell, L. A.; Corthals, G. L.; Willems, S. M.; van Remoortere, A.; van Zeijl, R. J.; Deelder, A.
M. J Proteomics 2010, 73, 1921-1944.
(26) Rauser, S.; Hofler, H.; Walch, A. Pathologe 2009, 30 Suppl 2, 140-145.
(27) Shariatgorji, M.; Nilsson, A.; Goodwin, R. J.; Kallback, P.; Schintu, N.; Zhang, X.; Crossman, A. R.;
Bezard, E.; Svenningsson, P.; Andren, P. E. Neuron 2014, 84, 697-707.
(28) Walch, A.; Rauser, S.; Deininger, S. O.; Hofler, H. Histochemistry and cell biology 2008, 130, 421- 434.
(29) Stoeckli, M.; Chaurand, P.; Hallahan, D. E.; Caprioli, R. M. Nat Med 2001, 7, 493-496.
124
(30) Schwartz, S. A.; Weil, R. J.; Thompson, R. C.; Shyr, Y.; Moore, J. H.; Toms, S. A.; Johnson, M. D.;
Caprioli, R. M. Cancer research 2005, 65, 7674-7681.
(31) Chaurand, P.; Schwartz, S. A.; Caprioli, R. M. Journal of proteome research 2004, 3, 245-252.
(32) Chaurand, P.; Sanders, M. E.; Jensen, R. A.; Caprioli, R. M. The American journal of pathology 2004, 165, 1057-1068.
(33) Rauser, S.; Marquardt, C.; Balluff, B.; Deininger, S. O.; Albers, C.; Belau, E.; Hartmer, R.; Suckau, D.; Specht, K.; Ebert, M. P.; Schmitt, M.; Aubele, M.; Hofler, H.; Walch, A. Journal of proteome research 2010, 9, 1854-1863.
(34) Balluff, B.; Elsner, M.; Kowarsch, A.; Rauser, S.; Meding, S.; Schuhmacher, C.; Feith, M.;
Herrmann, K.; Rocken, C.; Schmid, R. M.; Hofler, H.; Walch, A.; Ebert, M. P. Journal of proteome research 2010, 9, 6317-6322.
(35) Ronci, M.; Bonanno, E.; Colantoni, A.; Pieroni, L.; Di Ilio, C.; Spagnoli, L. G.; Federici, G.; Urbani, A. Proteomics 2008, 8, 3702-3714.
(36) Groseclose, R. M.; Massion, P. P.; Chaurand, P.; Caprioli, R. M. Proteomics 2008, 8, 3715-3724.
(37) Lee, G. K.; Lee, H. S.; Park, Y. S.; Lee, J. H.; Lee, S. C.; Lee, J. H.; Lee, S. J.; Shanta, S. R.; Park, H.
M.; Kim, H. R.; Kim, I. H.; Kim, Y. H.; Zo, J. I.; Kim, K. P.; Kim, H. K. Lung Cancer 2012, 76, 197-203.
(38) Yanagisawa, K.; Shyr, Y.; Xu, B. J.; Massion, P. P.; Larsen, P. H.; White, B. C.; Roberts, J. R.;
Edgerton, M.; Gonzalez, A.; Nadaf, S.; Moore, J. H.; Caprioli, R. M.; Carbone, D. P. Lancet 2003, 362, 433-439.
(39) Lemaire, R.; Menguellet, S. A.; Stauber, J.; Marchaudon, V.; Lucot, J. P.; Collinet, P.; Farine, M.
O.; Vinatier, D.; Day, R.; Ducoroy, P.; Salzet, M.; Fournier, I. Journal of proteome research 2007, 6, 4127-4134.
(40) El Ayed, M.; Bonnel, D.; Longuespee, R.; Castelier, C.; Franck, J.; Vergara, D.; Desmons, A.;
Tasiemski, A.; Kenani, A.; Vinatier, D.; Day, R.; Fournier, I.; Salzet, M. Med Sci Monit 2010, 16, BR233- 245.
(41) Longuespee, R.; Boyon, C.; Castellier, C.; Jacquet, A.; Desmons, A.; Kerdraon, O.; Vinatier, D.;
Fournier, I.; Day, R.; Salzet, M. Histochemistry and cell biology 2012, 138, 141-154.
(42) Schwamborn, K.; Krieg, R. C.; Reska, M.; Jakse, G.; Knuechel, R.; Wellmann, A. Int J Mol Med 2007, 20, 155-159.
(43) Cazares, L. H.; Troyer, D.; Mendrinos, S.; Lance, R. A.; Nyalwidhe, J. O.; Beydoun, H. A.;
Clements, M. A.; Drake, R. R.; Semmes, O. J. Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research 2009, 15, 5541-5551.
(44) Pagni, F.; De Sio, G.; Garancini, M.; Scardilli, M.; Chinello, C.; Smith, A. J.; Bono, F.; Leni, D.;
Magni, F. Proteomics 2016, 16, 1775-1784.
(45) Buck, A.; Ly, A.; Balluff, B.; Sun, N.; Gorzolka, K.; Feuchtinger, A.; Janssen, K. P.; Kuppen, P. J.;
van de Velde, C. J.; Weirich, G.; Erlmeier, F.; Langer, R.; Aubele, M.; Zitzelsberger, H.; Aichler, M.;
Walch, A. The Journal of pathology 2015.
(46) Powers, T. W.; Neely, B. A.; Shao, Y.; Tang, H.; Troyer, D. A.; Mehta, A. S.; Haab, B. B.; Drake, R.
R. PloS one 2014, 9, e106255.
(47) Everest-Dass, A. V.; Briggs, M. T.; Kaur, G.; Oehler, M. K.; Hoffmann, P.; Packer, N. H. Molecular
& cellular proteomics : MCP 2016, 15, 3003-3016.
(48) Briggs, M. T.; Kuliwaba, J. S.; Muratovic, D.; Everest-Dass, A. V.; Packer, N. H.; Findlay, D. M.;
Hoffmann, P. Proteomics 2016, 16, 1736-1741.
(49) Schwartz, S. A.; Weil, R. J.; Thompson, R. C.; Shyr, Y.; Moore, J. H.; Toms, S. A.; Johnson, M. D.;
Caprioli, R. M. Cancer research 2005, 65, 7674-7681.
(50) Yanagisawa, K.; Shyr, Y.; Xu, B. J.; Massion, P. P.; Larsen, P. H.; White, B. C.; Roberts, J. R.;
Edgerton, M.; Gonzalez, A.; Nadaf, S.; Moore, J. H.; Caprioli, R. M.; Carbone, D. P. Lancet (London, England) 2003, 362, 433-439.
(51) Balluff, B.; Rauser, S.; Meding, S.; Elsner, M.; Schone, C.; Feuchtinger, A.; Schuhmacher, C.;
Novotny, A.; Jutting, U.; Maccarrone, G.; Sarioglu, H.; Ueffing, M.; Braselmann, H.; Zitzelsberger, H.;
125 Schmid, R. M.; Hofler, H.; Ebert, M. P.; Walch, A. The American journal of pathology 2011, 179, 2720- 2729.
(52) Aichler, M.; Elsner, M.; Ludyga, N.; Feuchtinger, A.; Zangen, V.; Maier, S. K.; Balluff, B.; Schone, C.; Hierber, L.; Braselmann, H.; Meding, S.; Rauser, S.; Zischka, H.; Aubele, M.; Schmitt, M.; Feith, M.;
Hauck, S. M.; Ueffing, M.; Langer, R.; Kuster, B.; Zitzelsberger, H.; Hofler, H.; Walch, A. K. The Journal of pathology 2013, 230, 410-419.
(53) Elsner, M.; Rauser, S.; Maier, S.; Schone, C.; Balluff, B.; Meding, S.; Jung, G.; Nipp, M.; Sarioglu, H.; Maccarrone, G.; Aichler, M.; Feuchtinger, A.; Langer, R.; Jutting, U.; Feith, M.; Kuster, B.; Ueffing, M.; Zitzelsberger, H.; Hofler, H.; Walch, A. Journal of proteomics 2012, 75, 4693-4704.
(54) Benabdellah, F.; Touboul, D.; Brunelle, A.; Laprevote, O. Analytical chemistry 2009, 81, 5557- 5560.
(55) Hattori, K.; Kajimura, M.; Hishiki, T.; Nakanishi, T.; Kubo, A.; Nagahata, Y.; Ohmura, M.; Yachie- Kinoshita, A.; Matsuura, T.; Morikawa, T.; Nakamura, T.; Setou, M.; Suematsu, M. Antioxid Redox Signal 2010, 13, 1157-1167.
(56) Esteve, C.; Tolner, E. A.; Shyti, R.; van den Maagdenberg, A. M.; McDonnell, L. A. Metabolomics 2016, 12, 30.
(57) Hanahan, D.; Weinberg, R. A. Cell 2011, 144, 646-674.
(58) Dekker, T. J.; Jones, E. A.; Corver, W. E.; van Zeijl, R. J.; Deelder, A. M.; Tollenaar, R. A.; Mesker, W. E.; Morreau, H.; McDonnell, L. A. Analytical and bioanalytical chemistry 2015, 407, 2167-2176.
(59) Warburg, O.; Wind, F.; Negelein, E. J Gen Physiol 1927, 8, 519-530.
(60) Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207.
(61) Altelaar, A. F.; Munoz, J.; Heck, A. J. Nat Rev Genet 2013, 14, 35-48.
(62) Zhang, H.; Ge, Y. Circ Cardiovasc Genet 2011, 4, 711.
(63) Zhang, Z.; Wu, S.; Stenoien, D. L.; Pasa-Tolic, L. Annu Rev Anal Chem (Palo Alto Calif) 2014, 7, 427-454.
(64) Maier, S. K.; Hahne, H.; Gholami, A. M.; Balluff, B.; Meding, S.; Schoene, C.; Walch, A. K.; Kuster, B. Molecular & cellular proteomics : MCP 2013, 12, 2901-2910.
(65) McDonnell, L. A.; Walch, A.; Stoeckli, M.; Corthals, G. L. Journal of proteome research 2014, 13, 1138-1142.
(66) Uhlen, M.; Oksvold, P.; Fagerberg, L.; Lundberg, E.; Jonasson, K.; Forsberg, M.; Zwahlen, M.;
Kampf, C.; Wester, K.; Hober, S.; Wernerus, H.; Björling, L.; Ponten, F. Nature biotechnology 2010, 28, 1248-1250.
(67) Miladinovic, S. M.; Kozhinov, A. N.; Gorshkov, M. V.; Tsybin, Y. O. Analytical chemistry 2012, 84, 4042-4051.
(68) Hilario, M.; Kalousis, A.; Pellegrini, C.; Muller, M. Mass spectrometry reviews 2006, 25, 409-449.
(69) Zacharaki, E. I.; Kanterakis, S.; Bryan, R. N.; Davatzikos, C. Med Image Comput Comput Assist Interv 2008, 11, 620-627.
(70) Rauser, S.; Marquardt, C.; Balluff, B.; Deininger, S.-O. O.; Albers, C.; Belau, E.; Hartmer, R.;
Suckau, D.; Specht, K.; Ebert, M. P.; Schmitt, M.; Aubele, M.; Höfler, H.; Walch, A. Journal of proteome research 2010, 9, 1854-1863.
(71) Balluff, B.; Elsner, M.; Kowarsch, A.; Rauser, S.; Meding, S.; Schuhmacher, C.; Feith, M.;
Herrmann, K.; Röcken, C.; Schmid, R. M.; Höfler, H.; Walch, A.; Ebert, M. P. Journal of proteome research 2010, 9, 6317-6322.
(72) Casadonte, R.; Kriegsmann, M.; Zweynert, F.; Friedrich, K.; Baretton, G.; Otto, M.; Deininger, S.
O.; Paape, R.; Belau, E.; Suckau, D.; Aust, D.; Pilarsky, C.; Kriegsmann, J. Proteomics 2014, 14, 956- 964.
(73) Jones, E. A.; van Remoortere, A.; van Zeijl, R. J.; Hogendoorn, P. C.; Bovee, J. V.; Deelder, A. M.;
McDonnell, L. A. PloS one 2011, 6, e24913.
(74) Eberlin, L. S.; Norton, I.; Dill, A. L.; Golby, A. J.; Ligon, K. L.; Santagata, S.; Cooks, R. G.; Agar, N. Y.
Cancer research 2012, 72, 645-654.
(75) Shibata, D. Nat Genet 2006, 38, 402-403.
126
(76) Marusyk, A.; Almendro, V.; Polyak, K. Nature reviews. Cancer 2012, 12, 323-334.
(77) Greaves, M.; Maley, C. C. Nature 2012, 481, 306-313.
(78) Deininger, S. O.; Ebert, M. P.; Futterer, A.; Gerhard, M.; Rocken, C. Journal of proteome research 2008, 7, 5230-5236.
(79) Balluff, B.; Frese, C. K.; Maier, S. K.; Schone, C.; Kuster, B.; Schmitt, M.; Aubele, M.; Hofler, H.;
Deelder, A. M.; Heck, A. J.; Hogendoorn, P. C.; Morreau, J.; Maarten Altelaar, A.; Walch, A.;
McDonnell, L. A. The Journal of pathology 2015, 235, 3-13.
(80) Robert L. Caldwell, A. G., Stacey R. Oppenheimer, Herbert S. Schwartz and Richard M. Caprioli.
Cancer Genomics & Proteomics 2006, 3, 279-288.
(81) Baumhoer, D.; Elsner, M.; Smida, J.; Zillmer, S.; Rauser, S.; Schoene, C.; Balluff, B.; Bielack, S.;
Jundt, G.; Walch, A.; Nathrath, M. Oncotarget 2011, 2, 970-975.
(82) Ludyga, N.; Englert, S.; Pflieger, K.; Rauser, S.; Braselmann, H.; Walch, A.; Auer, G.; Hofler, H.;
Aubele, M. Molecular cancer 2013, 12, 28.
(83) Huber, K.; Feuchtinger, A.; Borgmann, D. M.; Li, Z.; Aichler, M.; Hauck, S. M.; Zitzelsberger, H.;
Schwaiger, M.; Keller, U.; Walch, A. Analytical chemistry 2014, 86, 10568-10575.
(84) Cole, L. M.; Bluff, J. E.; Carolan, V. A.; Paley, M. N.; Tozer, G. M.; Clench, M. R. Proteomics 2014, 14, 890-903.
(85) McDonnell, L. A.; Heeren, R. M. Mass spectrometry reviews 2007, 26, 606-643.
(86) Schwamborn, K.; Caprioli, R. M. Nature reviews. Cancer 2010, 10, 639-646.
(87) R. M. Caprioli, T. B. F., J. Gile. Anal. Chem. 1997, 69, 4751-4760.
(88) Gode, D.; Volmer, D. A. Analyst 2013, 138, 1289-1315.
(89) Miura, D.; Fujimura, Y.; Yamato, M.; Hyodo, F.; Utsumi, H.; Tachibana, H.; Wariishi, H. Analytical chemistry 2010, 82, 9789-9796.
(90) Powers, T. W.; Jones, E. E.; Betesh, L. R.; Romano, P. R.; Gao, P.; Copland, J. A.; Mehta, A. S.;
Drake, R. R. Analytical chemistry 2013, 85, 9799-9806.
(91) Prideaux, B.; Stoeckli, M. Journal of proteomics 2012, 75, 4999-5013.
(92) Boxer, S. G.; Kraft, M. L.; Weber, P. K. Annu Rev Biophys 2009, 38, 53-74.
(93) Longuespee, R.; Casadonte, R.; Kriegsmann, M.; Pottier, C.; Picard de Muller, G.; Delvenne, P.;
Kriegsmann, J.; De Pauw, E. Proteomics. Clinical applications 2016, 10, 701-719.
(94) Zheng, Q.; Chen, H. Annu Rev Anal Chem (Palo Alto Calif) 2016, 9, 411-448.
(95) Giesen, C.; Wang, H. A.; Schapiro, D.; Zivanovic, N.; Jacobs, A.; Hattendorf, B.; Schuffler, P. J.;
Grolimund, D.; Buhmann, J. M.; Brandt, S.; Varga, Z.; Wild, P. J.; Gunther, D.; Bodenmiller, B. Nat Methods 2014, 11, 417-422.
(96) Schone, C.; Hofler, H.; Walch, A. Clin Biochem 2013, 46, 539-545.
(97) Rauser, S.; Deininger, S. O.; Suckau, D.; Hofler, H.; Walch, A. Expert Rev Proteomics 2010, 7, 927- 941.
(98) Rompp, A.; Schramm, T.; Hester, A.; Klinkert, I.; Both, J. P.; Heeren, R. M.; Stockli, M.; Spengler, B. Methods Mol Biol 2011, 696, 205-224.
(99) McDonnell, L. A.; Rompp, A.; Balluff, B.; Heeren, R. M.; Albar, J. P.; Andren, P. E.; Corthals, G. L.;
Walch, A.; Stoeckli, M. Analytical and bioanalytical chemistry 2015, 407, 2035-2045.
(100) Blay, J. Y.; Sleijfer, S.; Schoffski, P.; Kawai, A.; Brodowicz, T.; Demetri, G. D.; Maki, R. G. Eur J Cancer 2014, 50, 679-689.
(101) Jones, E. A.; Schmitz, N.; Waaijer, C. J.; Frese, C. K.; van Remoortere, A.; van Zeijl, R. J.; Heck, A.
J.; Hogendoorn, P. C.; Deelder, A. M.; Altelaar, A. F.; Bovee, J. V.; McDonnell, L. A. Journal of proteome research 2013, 12, 1847-1855.
(102) Lou, S.; Balluff, B.; de Graaff, M. A.; Cleven, A. H.; Briaire-de Bruijn, I.; Bovee, J. V.; McDonnell, L. A. Proteomics 2016, 16, 1802-1813.
(103) Chaurand, P.; Schwartz, S. A.; Billheimer, D.; Xu, B. J.; Crecelius, A.; Caprioli, R. M. Analytical chemistry 2004, 76, 1145-1155.
(104) Heijs, B.; Abdelmoula, W. M.; Lou, S.; Briaire-de Bruijn, I. H.; Dijkstra, J.; Bovee, J. V.;
McDonnell, L. A. Analytical chemistry 2015, 87, 11978-11983.
127 (105) Seeley, E. H.; Oppenheimer, S. R.; Mi, D.; Chaurand, P.; Caprioli, R. M. Journal of the American Society for Mass Spectrometry 2008, 19, 1069-1077.
(106) Thomas, A.; Chaurand, P. Bioanalysis 2014, 6, 967-982.
(107) Carreira, R. J.; Shyti, R.; Balluff, B.; Abdelmoula, W. M.; van Heiningen, S. H.; van Zeijl, R. J.;
Dijkstra, J.; Ferrari, M. D.; Tolner, E. A.; McDonnell, L. A.; van den Maagdenberg, A. M. Journal of the American Society for Mass Spectrometry 2015, 26, 853-861.
(108) Schwartz, S. A.; Reyzer, M. L.; Caprioli, R. M. Journal of mass spectrometry : JMS 2003, 38, 699- 708.
(109) Martin-Lorenzo, M.; Balluff, B.; Sanz-Maroto, A.; van Zeijl, R. J.; Vivanco, F.; Alvarez-Llamas, G.;
McDonnell, L. A. Journal of proteomics 2014, 108, 465-468.
(110) Deutskens, F.; Yang, J.; Caprioli, R. M. Journal of mass spectrometry : JMS 2011, 46, 568-571.
(111) Thomas, A.; Patterson, N. H.; Laveaux Charbonneau, J.; Chaurand, P. Journal of mass spectrometry : JMS 2013, 48, 42-48.
(112) Yang, J.; Caprioli, R. M. Analytical chemistry 2011, 83, 5728-5734.
(113) McDonnell, L. A.; van Remoortere, A.; de Velde, N.; van Zeijl, R. J.; Deelder, A. M. J Am Soc Mass Spectrom 2010, 21, 1969-1978.
(114) Hetzel, D. J.; Wilson, T. O.; Keeney, G. L.; Roche, P. C.; Cha, S. S.; Podratz, K. C. Gynecol Oncol 1992, 47, 179-185.
(115) Ohtaki, Y.; Shimizu, K.; Kakegawa, S.; Nagashima, T.; Nakano, T.; Atsumi, J.; Enokida, Y.; Igai, H.;
Ibe, T.; Sugano, M.; Kamiyoshihara, M.; Kawashima, O.; Kaira, K.; Sunaga, N.; Takeyoshi, I. Mol Clin Oncol 2014, 2, 187-196.
(116) Norris, J. L.; Caprioli, R. M. Chemical reviews 2013, 113, 2309-2342.
(117) Chughtai, K.; Heeren, R. M. Chemical reviews 2010, 110, 3237-3277.
(118) Alexandrov, T. BMC bioinformatics 2012, 13 Suppl 16, S11.
(119) Jones, E. A.; Deininger, S. O.; Hogendoorn, P. C.; Deelder, A. M.; McDonnell, L. A. Journal of proteomics 2012, 75, 4962-4989.
(120) Martin-Liberal, J.; Judson, I.; Benson, C. Expert review of anticancer therapy 2013, 13, 975-982.
(121) Quaas, A.; Bahar, A. S.; von Loga, K.; Seddiqi, A. S.; Singer, J. M.; Omidi, M.; Kraus, O.;
Kwiatkowski, M.; Trusch, M.; Minner, S.; Burandt, E.; Stahl, P.; Wilczak, W.; Wurlitzer, M.; Simon, R.;
Sauter, G.; Marx, A.; Schluter, H. Histopathology 2013, 63, 455-462.
(122) Steurer, S.; Borkowski, C.; Odinga, S.; Buchholz, M.; Koop, C.; Huland, H.; Becker, M.; Witt, M.;
Trede, D.; Omidi, M.; Kraus, O.; Bahar, A. S.; Seddiqi, A. S.; Singer, J. M.; Kwiatkowski, M.; Trusch, M.;
Simon, R.; Wurlitzer, M.; Minner, S.; Schlomm, T.; Sauter, G.; Schluter, H. International journal of cancer. Journal international du cancer 2013, 133, 920-928.
(123) Steurer, S.; Singer, J. M.; Rink, M.; Chun, F.; Dahlem, R.; Simon, R.; Burandt, E.; Stahl, P.;
Terracciano, L.; Schlomm, T.; Wagner, W.; Hoppner, W.; Omidi, M.; Kraus, O.; Kwiatkowski, M.; Doh, O.; Fisch, M.; Soave, A.; Sauter, G.; Wurlitzer, M.; Schluter, H.; Minner, S. Urol Oncol 2014, 32, 1225- 1233.
(124) Mantini, D.; Petrucci, F.; Pieragostino, D.; Del Boccio, P.; Di Nicola, M.; Di Ilio, C.; Federici, G.;
Sacchetta, P.; Comani, S.; Urbani, A. BMC Bioinformatics 2007, 8, 101.
(125) Nipp, M.; Elsner, M.; Balluff, B.; Meding, S.; Sarioglu, H.; Ueffing, M.; Rauser, S.; Unger, K.;
Hofler, H.; Walch, A.; Zitzelsberger, H. Journal of molecular medicine 2012, 90, 163-174.
(126) Soini, Y.; Kahlos, K.; Napankangas, U.; Kaarteenaho-Wiik, R.; Saily, M.; Koistinen, P.; Paaakko, P.; Holmgren, A.; Kinnula, V. L. Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research 2001, 7, 1750-1757.
(127) Takahashi, H.; Nakayama, R.; Hayashi, S.; Nemoto, T.; Murase, Y.; Nomura, K.; Takahashi, T.;
Kubo, K.; Marui, S.; Yasuhara, K.; Nakamura, T.; Sueo, T.; Takahashi, A.; Tsutsumiuchi, K.; Ohta, T.;
Kawai, A.; Sugita, S.; Yamamoto, S.; Kobayashi, T.; Honda, H.; Yoshida, T.; Hasegawa, T. PloS one 2013, 8, e78250.
(128) Hardesty, W. M.; Kelley, M. C.; Mi, D.; Low, R. L.; Caprioli, R. M. Journal of proteomics 2011, 74, 1002-1014.
128
(129) Kaneko, N.; Gotoh, A.; Okamura, N.; Matsuo, E.; Terao, S.; Watanabe, M.; Yamada, Y.; Hamami, G.; Nakamura, T.; Ikekita, M.; Okumura, K.; Nishimura, O. International journal of urology : official journal of the Japanese Urological Association 2013, 20, 530-535.
(130) Pote, N.; Alexandrov, T.; Le Faouder, J.; Laouirem, S.; Leger, T.; Mebarki, M.; Belghiti, J.;
Camadro, J. M.; Bedossa, P.; Paradis, V. Hepatology 2013, 58, 983-994.
(131) Dekker, T. J.; Balluff, B. D.; Jones, E. A.; Schone, C. D.; Schmitt, M.; Aubele, M.; Kroep, J. R.;
Smit, V. T.; Tollenaar, R. A.; Mesker, W. E.; Walch, A.; McDonnell, L. A. Journal of proteome research 2014, 13, 4730-4738.
(132) Hanrieder, J.; Ekegren, T.; Andersson, M.; Bergquist, J. Journal of neurochemistry 2013, 124, 695-707.
(133) Woong-Shick, A.; Sung-Pil, P.; Su-Mi, B.; Joon-Mo, L.; Sung-Eun, N.; Gye-Hyun, N.; Young-Lae, C.; Ho-Sun, C.; Heung-Jae, J.; Chong-Kook, K.; Young-Wan, K.; Byoung-Don, H.; Hyun-Sun, J. Cancer science 2005, 96, 197-201.
(134) Takahashi, H.; Nemoto, T.; Yoshida, T.; Honda, H.; Hasegawa, T. BMC bioinformatics 2006, 7, 399.
(135) Zhang, J.; Wang, K.; Zhang, J.; Liu, S. S.; Dai, L.; Zhang, J. Y. Journal of proteome research 2011, 10, 2863-2872.
(136) Sanchez-Martin, D.; Martinez-Torrecuadrada, J.; Teesalu, T.; Sugahara, K. N.; Alvarez- Cienfuegos, A.; Ximenez-Embun, P.; Fernandez-Perianez, R.; Martin, M. T.; Molina-Privado, I.;
Ruppen-Canas, I.; Blanco-Toribio, A.; Canamero, M.; Cuesta, A. M.; Compte, M.; Kremer, L.; Bellas, C.; Alonso-Camino, V.; Guijarro-Munoz, I.; Sanz, L.; Ruoslahti, E.; Alvarez-Vallina, L. Proc Natl Acad Sci U S A 2013, 110, 13791-13796.
(137) Pisters, P. W.; Leung, D. H.; Woodruff, J.; Shi, W.; Brennan, M. F. J Clin Oncol 1996, 14, 1679- 1689.
(138) Vigneron, N.; Van den Eynde, B. J. Biomolecules 2014, 4, 994-1025.
(139) de Graaff, M. A.; Cleton-Jansen, A. M.; Szuhai, K.; Bovee, J. V. Hum Pathol 2013, 44, 1597-1604.
(140) de Graaff, M. A.; de Rooij, M. A.; van den Akker, B. E.; Gelderblom, H.; Chibon, F.; Coindre, J.
M.; Marino-Enriquez, A.; Fletcher, J. A.; Cleton-Jansen, A. M.; Bovee, J. V. British journal of cancer 2016, 114, 1219-1226.
(141) Baranski, Z.; Booij, T. H.; Cleton-Jansen, A. M.; Price, L. S.; van de Water, B.; Bovee, J. V.;
Hogendoorn, P. C.; Danen, E. H. The Journal of pathology 2015, 236, 348-359.
(142) Hoekstra, A. S.; de Graaff, M. A.; Briaire-de Bruijn, I. H.; Ras, C.; Seifar, R. M.; van Minderhout, I.; Cornelisse, C. J.; Hogendoorn, P. C.; Breuning, M. H.; Suijker, J.; Korpershoek, E.; Kunst, H. P.;
Frizzell, N.; Devilee, P.; Bayley, J. P.; Bovee, J. V. Oncotarget 2015, 6, 38777-38788.
(143) Wojcik, C.; DeMartino, G. N. Int J Biochem Cell Biol 2003, 35, 579-589.
(144) Groettrup, M.; Soza, A.; Eggers, M.; Kuehn, L.; Dick, T. P.; Schild, H.; Rammensee, H. G.;
Koszinowski, U. H.; Kloetzel, P. M. Nature 1996, 381, 166-168.
(145) von Mikecz, A. J Cell Sci 2006, 119, 1977-1984.
(146) Muratani, M.; Tansey, W. P. Nat Rev Mol Cell Biol 2003, 4, 192-201.
(147) Jungmann, J. H.; Heeren, R. M. Journal of proteomics 2012, 75, 5077-5092.
(148) Sijts, A.; Sun, Y.; Janek, K.; Kral, S.; Paschen, A.; Schadendorf, D.; Kloetzel, P. M. Mol Immunol 2002, 39, 165-169.
(149) Hochstrasser, M. Annu Rev Genet 1996, 30, 405-439.
(150) Zhu, Q.; Wani, G.; Yao, J.; Patnaik, S.; Wang, Q. E.; El-Mahdy, M. A.; Praetorius-Ibba, M.; Wani, A. A. Oncogene 2007, 26, 4199-4208.
(151) Tsvetkov, P.; Reuven, N.; Shaul, Y. Cell Death Differ 2010, 17, 103-108.
(152) Almond, J. B.; Cohen, G. M. Leukemia 2002, 16, 433-443.
(153) Montagut, C.; Rovira, A.; Albanell, J. Clin Transl Oncol 2006, 8, 313-317.
(154) Voorhees, P. M.; Orlowski, R. Z. Annu Rev Pharmacol Toxicol 2006, 46, 189-213.
(155) Orlowski, R. Z.; Dees, E. C. Breast Cancer Res 2003, 5, 1-7.
(156) von Mikecz, A.; Chen, M.; Rockel, T.; Scharf, A. Methods Mol Biol 2008, 463, 191-202.
129 (157) Lim, J.; Poulin, N. M.; Nielsen, T. O. Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research 2015, 21, 4753-4759.
(158) Fletcher, C. D. M.; Bridge, J. A.; Hogendoorn, P. C. W.; Mertens, F. WHO Press 2013, 5.
(159) Taylor, B. S.; Barretina, J.; Maki, R. G.; Antonescu, C. R.; Singer, S.; Ladanyi, M. Nat Rev Cancer 2011, 11, 541-557.
(160) Ray-Coquard, I.; Montesco, M. C.; Coindre, J. M.; Tos, D. A. P.; Lurkin, A.; Ranchère-Vince, D.;
Vecchiato, A.; Decouvelaere, A. V.; Mathoulin-Pélissier, S.; Albert, S.; Cousin, P.; Cellier, D.; Toffolatti, L.; Rossi, C. R.; Blay, J. Y.; group, C. Ann Oncol 2012, 23, 2442-2449.
(161) Tyagi, S.; Raghvendra; Singh, U.; Kalra, T.; Munjal, K. Int J Pharm Sci Rev Res 2010, 3, 83-86.
(162) Patel, S.; Ahmed, S. J Pharm Biomed Anal 2015, 107, 63-74.
(163) Kumar, R.; Bhargava, P.; Bozkurt, M. F.; Zhuang, H.; Potenta, S.; Alavi, A. Indian J Cancer 2003, 40, 87-100.
(164) Dhull, V. S.; Sharma, P.; Mukherjee, A.; Jana, M.; Bal, C.; Kumar, R. Mol Imaging Radionucl Ther 2015, 24, 32-36.
(165) Sahiner, I.; Vural, G. U. Quant Imaging Med Surg 2014, 4, 195-206.
(166) Armitage, E. G.; Barbas, C. J Pharm Biomed Anal 2014, 87, 1-11.
(167) Vermeersch, K. A.; Styczynski, M. P. J Carcinog 2013, 12, 9.
(168) Chen, K.; Zhu, C.; Cai, M.; Fu, D.; Cheng, B.; Cai, Z.; Li, G.; Liu, J. J. Cancer Res. Clin. Oncol 2014, 140, 1715-1721.
(169) Das, S.; Chatterjee, N.; Bose, D.; Banerjee, S.; Jha, T.; Saha, K. D. Tumour Biol 2015, 36, 3109- 3118.
(170) Braas, D.; Ahler, E.; Tam, B.; Nathanson, D.; Riedinger, M.; Benz, M. R.; Smith, K. B.; Eilber, F.
C.; Witte, O. N.; Tap, W. D.; Wu, H.; Christofk, H. R. Cancer Discov 2012, 2, 1109-1117.
(171) Addie, R. D.; Balluff, B.; Bovee, J. V.; Morreau, H.; McDonnell, L. A. Analytical chemistry 2015, 87, 6426-6433.
(172) Dekker, T. J. A.; Jones, E. A.; Corver, W. E.; van Zeijl, R. J. M.; Deelder, A. M.; Tollenaar, R. A. E.
M.; Mesker, W. E.; Morreau, H.; McDonnell, L. A. Anal Bioanal Chem. 2015, 407, 2167-2176.
(173) Buck, A.; Ly, A.; Balluff, B.; Sun, N.; Gorzolka, K.; Feuchtinger, A.; Janssen, K.-P. P.; Kuppen, P. J.;
van de Velde, C. J.; Weirich, G.; Erlmeier, F.; Langer, R.; Aubele, M.; Zitzelsberger, H.; Aichler, M.;
Walch, A. J Pathol. 2015, 237, 123-132.
(174) Jarmusch, A. K.; Pirro, V.; Baird, Z.; Hattab, E. M.; Cohen-Gadol, A. A.; Cooks, R. G. Proc Natl Acad Sci U S A 2016, 113, 1486-1491.
(175) Guenther, S.; Muirhead, L. J.; Speller, A. V.; Golf, O.; Strittmatter, N.; Ramakrishnan, R.; Goldin, R. D.; Jones, E.; Veselkov, K.; Nicholson, J.; Darzi, A.; Takats, Z. Cancer Res 2015, 75, 1828-1837.
(176) Caldwell, R. L., Gonzalez, A., Oppenheimer, S.R., Schwartz, H.S., Caprioli, R.M. Cancer Genomics Proteomics 2006, 3, 279–288
(177) Carreira, R. J.; Shyti, R.; Balluff, B. D.; Abdelmoula, W. M.; van Heiningen, S. H.; van Zeijl, R. J.;
Dijkstra, J.; Ferrari, M. D.; Tolner, E. A.; McDonnell, L. A.; van den Maagdenberg, A. M. J. M. J Am Soc Mass Spectrom. 2015, 26, 853–861
(178) Zavalin, A.; Todd, E. M.; Rawhouser, P. D.; Yang, J.; Norris, J. L.; Caprioli, R. M. J Mass Spectrom 2012, 47, i.
(179) Tusher, V. G.; Tibshirani, R.; Chu, G. Proc Natl Acad Sci U S A 2001, 98, 5116-5121.
(180) Beloribi-Djefaflia, S.; Vasseur, S.; Guillaumond, F. Oncogenesis 2016, 5, e189.
(181) Longo, N.; Amat di San Filippo, C.; Pasquali, M. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2006, 142C, 77-85.
(182) Currie, E.; Schulze, A.; Zechner, R.; Walther, T. C.; Farese, R. V. Cell Metab. 2013, 18, 153-161.
(183) Qu, Q.; Zeng, F.; Liu, X.; Wang, Q. J.; Deng, F. Cell Death Dis. 2016, 7, e2226 (184) Berridge, M. J. Biochim. Biophys. Acta. 2009, 1793, 933-940.
(185) Shi, J.-l. L.; Fu, L.; Wang, W.-d. D. Oncotarget 2015, 6, 5299-5309.
(186) Greenberg, E. F.; Lavik, A. R.; Distelhorst, C. W. Biochim. Biophys. Acta. 2014, 1843, 2205-2210.
130
(187) Mulder, I. A.; Esteve, C.; Wermer, M. J.; Hoehn, M.; Tolner, E. A.; van den Maagdenberg, A. M.;
McDonnell, L. A. Proteomics 2016, 16, 1652-1659.
(188) Sugiura, Y.; Honda, K.; Kajimura, M.; Suematsu, M. Proteomics 2014, 14, 829-838.
(189) Gundisch, S.; Hauck, S.; Sarioglu, H.; Schott, C.; Viertler, C.; Kap, M.; Schuster, T.; Reischauer, B.; Rosenberg, R.; Verhoef, C.; Mischinger, H. J.; Riegman, P.; Zatloukal, K.; Becker, K. F. J Proteome Res 2012, 11, 5748-5762.
(190) Luxembourg, S. L.; Mize, T. H.; McDonnell, L. A.; Heeren, R. M. Analytical chemistry 2004, 76, 5339-5344.
(191) Jurchen, J. C.; Rubakhin, S. S.; Sweedler, J. V. Journal of the American Society for Mass Spectrometry 2005, 16, 1654-1659.
(192) Villanueva, J.; Philip, J.; Chaparro, C. A.; Li, Y.; Toledo-Crow, R.; DeNoyer, L.; Fleisher, M.;
Robbins, R. J.; Tempst, P. Journal of proteome research 2005, 4, 1060-1072.
(193) El Rammouz, R.; Letisse, F.; Durand, S.; Portais, J. C.; Moussa, Z. W.; Fernandez, X. Anal Biochem 2010, 398, 169-177.
(194) Eikel, D.; Vavrek, M.; Smith, S.; Bason, C.; Yeh, S.; Korfmacher, W. A.; Henion, J. D. Rapid communications in mass spectrometry : RCM 2011, 25, 3587-3596.
(195) Aichler, M.; Walch, A. Lab Invest 2015, 95, 422-431.
(196) Gurdak, E.; Green, F. M.; Rakowska, P. D.; Seah, M. P.; Salter, T. L.; Gilmore, I. S. Analytical chemistry 2014, 86, 9603-9611.
(197) Erich, K.; Sammour, D. A.; Marx, A.; Hopf, C. Biochim Biophys Acta 2016.
(198) Bouschen, W.; Schulz, O.; Eikel, D.; Spengler, B. Rapid communications in mass spectrometry : RCM 2010, 24, 355-364.
(199) Hankin, J. A.; Barkley, R. M.; Murphy, R. C. Journal of the American Society for Mass Spectrometry 2007, 18, 1646-1652.
(200) Cottingham, K. Analytical chemistry 2007, 79, 12.
(201) Stapels, M. D.; Barofsky, D. F. Analytical chemistry 2004, 76, 5423-5430.
(202) Yang, Y.; Zhang, S.; Howe, K.; Wilson, D. B.; Moser, F.; Irwin, D.; Thannhauser, T. W. J Biomol Tech 2007, 18, 226-237.
(203) Brodbelt, J. S. Analytical chemistry 2016, 88, 30-51.
(204) Faron, M. L.; Buchan, B. W.; Hyke, J.; Madisen, N.; Lillie, J. L.; Granato, P. A.; Wilson, D. A.;
Procop, G. W.; Novak-Weekley, S.; Marlowe, E.; Cumpio, J.; Griego-Fullbright, C.; Kindig, S.; Timm, K.;
Young, S.; Ledeboer, N. A. PloS one 2015, 10, e0141350.
(205) Crutchfield, C. A.; Thomas, S. N.; Sokoll, L. J.; Chan, D. W. Clin Proteomics 2016, 13, 1.
(206) Wisztorski, M.; Fatou, B.; Franck, J.; Desmons, A.; Farre, I.; Leblanc, E.; Fournier, I.; Salzet, M.
Proteomics. Clinical applications 2013, 7, 234-240.
(207) Longuespee, R.; Fleron, M.; Pottier, C.; Quesada-Calvo, F.; Meuwis, M. A.; Baiwir, D.;
Smargiasso, N.; Mazzucchelli, G.; De Pauw-Gillet, M. C.; Delvenne, P.; De Pauw, E. OMICS 2014, 18, 539-552.
