The role of p53.S389 phosphorylation in DNA damage response
pathways and tumorigenesis
Bruins, W.
Citation
Bruins, W. (2007, October 24). The role of p53.S389 phosphorylation in DNA damage response pathways and tumorigenesis. Department Toxicogenetics, Medicine / Leiden University Medical Center (LUMC), Leiden University. Retrieved from
https://hdl.handle.net/1887/12389
Version: Corrected Publisher’s Version
License: Licence agreement concerning inclusion of doctoral thesis in the Institutional Repository of the University of Leiden
Downloaded from: https://hdl.handle.net/1887/12389
Note: To cite this publication please use the final published version (if applicable).
Samenvatting
Abbreviations
Curriculum Vitae
List of publications
Color fi gures
Samenvatting
De mens bezit naar schatting 20.000-30.000 genen. Hoewel de DNA code van deze genen be- kend is, is de functie van veel eiwitten waarvoor de genen coderen nog (gedeeltelijk) onbekend.
Het gevolg van DNA schade in een specifieke groep genen kan ongecontroleerde celdeling zijn, een eigenschap die frequent voorkomt bij de vorming van kanker. Fouten in dit soort genen vormen dan ook vaak de eerste stap in het langdurige proces van tumorvorming. Sommige af- wijkingen in een gen die voorkomen in tumoren zijn bekend. Wanneer ze van invloed zijn op de agressiviteit van de tumor kunnen ze routinematig worden onderzocht zoals bij het BRCA gen dat een rol speelt bij familiaire borstkanker.
Dit proefschrift gaat over het p53 gen. Als tumor-suppressor (onderdrukker) gen houdt het p53 gen de celgroei onder controle en het p53 gen wordt daarom ook wel de ‘beschermer van het genoom’ genoemd. Wanneer een cel DNA schade oploopt stopt het p53 gen het verdere delings- proces van de beschadigde cel, om de cel de tijd te geven het beschadigde DNA te herstellen.
Een beschadigde genetische code (mutatie) kan daardoor niet verder doorgegeven worden aan dochtercellen, en kan hierdoor ook geen aanleiding geven tot het aanmaken van een veranderd eiwit. Wanneer het stoppen van het delingsproces niet mogelijk is of wanneer dit teveel risico voor de cel draagt, bijvoorbeeld omdat een cel teveel schade bevat, kan p53 er ook voor zorgen dat de cel dood gaat (geprogrammeerde celdood, ook wel ‘apoptose’ genoemd). Wanneer p53 zelf gemuteerd raakt en dus niet meer goed functioneert, valt deze verdediging weg en kan de cel onbeperkt delen en zich ongecontroleerd vermenigvuldigen, met mogelijk tumorvorming tot gevolg.
In de helft van alle kankergevallen bij de mens is in het p53 gen een mutatie gevonden, wat aangeeft hoe belangrijk dit gen is bij het tegengaan van kanker. Het niet goed werken van p53 komt vaak door de aanwezigheid van puntmutaties. Hierbij is er 1 van de 1179 coderende nu- cleotiden (nucleotide is een bouwsteen van het DNA) veranderd. Het is erg indrukwekkend dat alleen al het veranderen van 1 base voldoende is om de functie van p53 zo te beïnvloeden. Een humaan syndroom veroorzaakt door een mutatie in het p53 gen is het zogeheten Li-Fraumeni syndroom (LFS). Deze patiënten zijn erg kanker gevoelig en ontwikkelen hun eerste tumor meestal voor het 30ste levensjaar. Ook hieruit blijkt hoe cruciaal het optimaal functioneren van p53 is om tumorontwikkeling tegen te gaan.
Het p53 eiwit vervult dus verschillende belangrijke beschermende functies. Om dit te kunnen doen, moet het eerst geactiveerd worden. Dit kan op verschillende manieren waarbij fosfory- lering één van de belangrijkste vormen is voor p53 activering. Bij fosforylering wordt een fos- faatgroep op een bepaalde plek aan het eiwit gekoppeld. Dit kan op veel verschillende plekken (aminozuren) binnen het eiwit. Ieder aminozuur draagt bij aan een specifiek stukje van de p53 functie. DNA schade door zonlicht (UV-stralen) veroorzaakt plaatsing van een andere reeks fosfaatgroepen dan DNA schade veroorzaakt door gamma straling. Het verschil tussen p53 fosforylering na blootstelling aan één van deze twee DNA beschadigende stralingen is in ieder geval te zien op één plaats op het eiwit, namelijk op codon 389 (een codon is een combinatie van 3 opeenvolgende DNA letters die coderen voor 1 aminozuur). Er is al eerder aangetoond dat op deze plaats wel een fosfaatgroep wordt geplaatst na schade veroorzaakt door UV-stralen, maar niet na schade veroorzaakt door gamma stralen. Om te kunnen onderzoeken wat het effect is van deze fosforylering op het functioneren van het p53 eiwit, is op deze plek (codon 389) een Samenvatting | 173
mutatie in het DNA aangebracht zodat er op die plaats geen fosfaatgroep meer geplaatst kan worden. Om een goed beeld te krijgen van het effect van bepaalde fouten in genen of van com- plete afwezigheid van een bepaald gen, worden vaak muismodellen gemaakt om dit heel speciek te kunnen bestuderen in een levend organisme. Muismodellen hebben bewezen een belangrijk hulpmiddel te zijn doordat ze vaak een ziektebeeld dat bij de mens voorkomt kunnen reprodu- ceren. Hierdoor kan er beter onderzoek worden gedaan naar de onderliggende oorzaak van deze ziektes. Ook in dit project is een muismodel ontwikkeld (het p53.S389A muis model) wat de specifieke puntmutatie op codon 389 bezit, zodat we konden onderzoeken wat dit voor effecten veroorzaakt. Deze specifieke mutatie wordt niet vaak in humane tumoren gevonden maar heeft wel een rol bij het functioneren van p53 zoals hierboven beschreven. Op deze manier kunnen we de rol van deze zogeheten fosforyleringssite onderzoeken in relatie tot DNA schade herstel routes en tumorontwikkeling (zoals de titel ook omschrijft).
In hoofdstuk 1 van dit proefschrift wordt beschreven hoe het p53.S389A muismodel is ont- wikkeld en dat er in een normale situatie geen bijzonderheden worden gevonden in deze mui- zen. De mutante muizen lijken op normale (wild-type) muizen wat betreft het krijgen van nageslacht, het ontwikkelen van tumoren en het verouderingsproces, wanneer ze niet worden blootgesteld aan DNA beschadigende agentia. Er zijn al eerder studies gedaan met muizen die het gehele p53 eiwit missen waarin wèl verschillen worden gevonden zoals tumorontwikkeling, zelfs zonder dat DNA schade werd aangebracht. Nu we dit weten, kunnen we concluderen dat het p53 eiwit noodzakelijk is voor het onderdrukken van spontane tumorontwikkeling, maar dat deze specifieke site op codon 389 daar niet voor nodig is.
Verder bleek dat, wanneer we geen DNA schade toebrengen in cellen van deze muizen, we ook vrijwel geen fosforylering van p53.S389 zien, maar wel wanneer we cellen blootstellen aan stoffen die DNA schade veroorzaken (hoofdstukken 2, 4 en 6). Deze bevinding klopt met de afwezigheid van spontane tumoren in de p53.S389A muis, omdat deze fosforylering blijkbaar alleen een essentiële rol speelt wanneer het DNA wordt beschadigd.
Het p53 eiwit speelt, zoals eerder gezegd, een belangrijke rol bij het voorkomen van tumoront- wikkeling. We hebben gekeken naar de rol van fosforylering van p53.S389 in het tegengaan van tumorontwikkeling veroorzaakt door kankerverwekkende stoffen. De resultaten, die tot nu toe gevonden waren, duidden erop dat de p53.S389 site belangrijk is na het introduceren van DNA schades. Daarom hebben we een aantal zogenoemde chronische (langdurende) carcinogeniteit studies uitgevoerd. Aangezien we al enkele interessante effecten hadden gezien na blootstelling aan UV zijn we gestart met een tumor studie na blootstelling aan UV op de huid van de muizen.
De p53.S389A muis bleek gevoeliger te zijn voor het ontwikkelen van huidtumoren aangezien ze sneller en in grotere aantallen ontstonden dan in wild-type muizen. De tumoren die ontston- den waren echter niet kwaadaardiger van aard, waaruit we af konden leiden dat fosforylering van p53.S389 geen rol speelt in progressie van tumoren.
In een vervolg experiment hebben we muizen blootgesteld aan 2-AAF. Deze stof werd vroeger gebruikt als insecticide maar werd verboden nadat het als kankerverwekkende stof werd geïden- tificeerd. Opnieuw konden we aantonen dat de ontwikkeling van tumoren, ditmaal blaastu- moren, in p53.S389A muizen verhoogd was in vergelijking tot wild-type dieren, al waren de verschillen in deze studie kleiner tussen de verschillende groepen. Zowel UV als 2-AAF intro- duceren schades in het DNA die door hetzelfde DNA herstelsysteem worden gerepareerd; het 174 | Samenvatting
nucleotide excisie herstel systeem (afgekort als NER). Mogelijk duiden deze bevindingen dan ook op een relatie tussen fosforylering van p53.S389 en dit DNA herstelsysteem. In de huid- tumoren, veroorzaakt door blootstelling aan UV, hebben we vervolgens gekeken naar andere mutaties in het p53 gen (hoofdstuk 4). Daarbij vonden we o.a. een interessante mutatie op codon 210. Deze mutatie was eerder in verband gebracht met een defect in het NER DNA herstel systeem.
In een controle experiment waarbij we de muizen hebben blootgesteld aan gamma bestraling bleek dat fosforylering van p53.S389 geen rol speelt bij andere DNA schades, in dit geval breu- ken in beide DNA strengen.
Wanneer een cel DNA schade oploopt, en de celcyclus stopgezet wordt door p53, is het natuur- lijk ook van groot belang dat er een systeem is wat de schades opruimt. Wanneer het DNA her- stel systeem niet goed werkt is zeer aannemelijk dat ook dit kan leiden tot een verhoogde kans op tumorontwikkeling. Er zijn humane ziektebeelden bekend waaruit blijkt dat dit het geval is. Bij een niet goed functionerend NER systeem krijgen patiënten het zogeheten Xeroderma pigmentosum syndroom (XP), waarbij ze extreem gevoelig worden voor zonlicht en daarmee samenhangend het ontwikkelen van tumoren op zonlicht geëxposeerde delen van de huid.
In hoofdstuk 6 hebben we verder onderzocht of er een mogelijk verband bestaat tussen fosfo- rylering van p53.S389 en regulatie van het NER systeem. We maakten hierbij gebruik van stof- fen waarvan de veroorzaakte DNA schades worden hersteld door het NER systeem en stoffen waarvan de veroorzaakte schades door een ander DNA repair systeem worden hersteld. Uit deze studies constateerden we dat er in beide gevallen fosforylering van p53.S389 plaatsvond en dat deze modificatie dus niet stof specifiek is.
In hoofdstuk 6 zijn nog meer experimenten beschreven waarbij de mogelijke relatie tussen p53.S389 fosforylering en NER is onderzocht. Het NER systeem kent twee routes waarbij er één een rol speelt bij herstel van het actief afgeschreven DNA naar RNA en de ander is betrok- ken bij herstel van het overige DNA. Uit onze experimenten vonden we een aanwijzing dat fosforylering van p53.S389 mogelijk een rol speelt wanneer het aflezen van DNA naar RNA niet goed verloopt. Echter, om hier meer duidelijkheid over te krijgen is verder onderzoek noodzakelijk.
Een andere vraagsteling binnen het in dit proefschrift beschreven onderzoek was of de fosforyle- ring van p53.S389 nodig is voor p53 om zijn cellulaire functies uit te oefenen. Zoals hierboven al genoemd is een cel met behulp van functioneel p53 in staat de celdeling stop te zetten om DNA schade op te kunnen ruimen of de cel in apoptose te laten gaan. In hoofdstukken 2 en 6 hebben we onderzocht of de p53.S389 site hierbij een rol speelt. Dit bleek van het soort DNA schade af te hangen. Zo bleken de mutante p53.S389A cellen verminderde apoptose (celdood) te induceren na blootstelling aan UV, en niet na gamma-blootstelling, dit in vergelijking met wild-type cellen. Ook in andere celtypes en organen van muizen die aan DNA beschadigende stoffen waren blootgesteld werd geen verschil gevonden tussen p53.S389A en het wild-type p53. Onze conclusie is dat deze site geen rol vervult wanneer er schade aan het DNA wordt toegebracht in de vorm van DNA breuken (veroorzaakt door gamma straling), maar dat deze site wel een rol speelt na UV-geïnduceerde DNA schades.
Om meer inzicht te krijgen in de eerder genoemde verhoogde tumorgevoeligheid na blootstel- Samenvatting | 175
ling aan zowel UV als 2-AAF, hebben we vervolgens gebruik gemaakt van een nieuwe techniek, de microarray analyse. Een microarray is een plaatje waarop allemaal verschillende ‘spots’ zijn aangebracht, waarbij iedere spot een ander gen vertegenwoordigt. Doordat in een cel allerlei processen plaatsvinden moet er ook een constante stroom aan informatie worden doorgegeven.
Dit gebeurt door middel van het aflezen van de genen (DNA) naar RNA. Wanneer we het RNA uit de cel isoleren kunnen we het ‘markeren’ met fluorescerende label, waardoor we ieder
‘signaalgen’ afzonderlijk kunnen volgen. Het is dus mogelijk, door middel van de microarray technologie, te bestuderen wat het effect van een genmutatie (in bijvoorbeeld p53) is op de expressie van verschillende genen. Dit kunnen we doen al dan niet na blootstelling aan stoffen.
Analyses worden door een computer uitgevoerd aangezien er vaak enkele 1000-en genen in expressie niveaus verschillen. Er kan niet alleen worden aangeven of een gen al dan niet wordt afgeschreven, maar ook in welke mate dit gebeurd.
Op deze manier hebben we de p53.S389A mutant vergeleken met de wild-type (normale) si- tuatie na blootstelling aan zowel UV als 2-AAF. Met behulp van deze microarray technologie hadden we de mogelijkheid meer inzicht te krijgen in de onderliggende processen, die een rol spelen bij de verhoogde gevoeligheid van de p53 mutant voor deze stoffen. De resultaten hiervan zijn beschreven in de hoofdstukken 3 en 5. In beide hoofdstukken werd gevonden dat genen betrokken bij de twee bekende p53-afhankelijke processen (apoptose en celdeling arrest) een veranderd genexpressie patroon zichtbaar is in de p53.S389A mutant, dit ten opzichte van de wild-type situatie. Na blootstelling van cellen aan UV werd er in p53.S389A cellen een verminderde respons van deze genen gevonden, terwijl na blootstelling van muizen aan 2-AAF juist een vertraagde respons in de urine blaas van p53.S389A muizen werd gevonden. Blijkbaar is een opeenstapeling van kleinere verstoringen, zoals we dat met deze techniek hebben aange- toond, en niet het aanwezig zijn van een grote verstoring van een enkel gen, van invloed op een versnelde tumorontwikkeling .
Samenvattend, onze strategie was een muismodel te ontwikkelen waarin een enkele mutatie in het p53 gen aanwezig is. Deze aanpak is zeer waardevol gebleken om te bestuderen hoe een belangrijk eiwit als p53 gereguleerd wordt. We hebben kunnen aantonen dat fosforylering van p53.S389 betrokken is bij verschillende processen, en dat activatie van p53 een ingewikkeld samenspel is van diverse factoren.
De experimenten die we beschreven hebben zijn uitgevoerd met het p53.S389A mutante muis- model of in cellen die we hieruit geïsoleerd hebben. Een interessante vraag blijft natuurlijk of een mutatie of andere verandering op deze positie ook een rol speelt bij een verhoogde gevoelig- heid voor zonlicht-geïnduceerde huidtumoren die bij sommige mensen gevonden wordt. Dit zou een interessante vraag voor vervolgonderzoek kunnen zijn. Hierbij zou gedacht kunnen worden aan het screenen van mensen met een verhoogde gevoeligheid voor zonlicht op het bezitten van een mutatie in codon 389 van het p53 gen.
176 | Samenvatting
Abbreviations
2-AAF 2-acetylaminofluorene Ala Alanine
Arg Arginine
ASPP Apoptosis-stimulating protein of p53
BER Base excision repair BrdU Bromodeoxyuridine
CTD Carboxy-terminal regulatory domain
DBD DNA binding domain DMBA 7,12-dimethylbenzanthracene DMEM Dulbecco's modified eagle me- ELISA diumEnzyme-linked immunosorbent
assay
EMSA Electrophoretic mobility shift assay
ES Embryonic stem
FACS Fluorescence-activated cell sorter FCS Fetal calf serum
FDR False discovery rate FITC Fluorescein-isothiocyanate GG-NER Global genome nucleotide exci-
sion repair Glu Glutamic acid GO Gene ontology
GSEA Gene set enrichment analysis HR Homologous recombination HRP Horseradish peroxidase HUPKI Human knock-in IR Ionizing radiation KO or -/- p53-/-
LFS Li-Fraumeni syndrome
Lys Lysine
MED Minimal erythema dose MEF Mouse embryonic fibroblast MNU N-methyl-N-nitrosourea NER Nucleotide excision repair NES Nuclear export signal NHEJ Non-transcribed strand PBS Phosphate buffered saline PCA Principal components analysis PI Propidium Iodide
PRD Proline rich domain ROS Reactive oxygen species
RT-PCR Real-time polymerase chain reac- SA tionp53.S389A
SCC Squamous cell carcinoma
Ser Serine
SOM Self-organizing map TAD Transactivation domain TAF TBP associated factor
TC-NER Transcription-coupled nucleotide excision repair
Thr Threonine
TNF Tumor necrosis factor TS Transcribed strand
UDS Unscheduled DNA synthesis UV Ultraviolet
WT Wild-type
Abbreviations | 177
Curriculum Vitae
Op 20 augustus 1977 werd Wendy Bruins, dochter van Bertus en Dicky Bruins, geboren te Zwolle. Na het behalen van haar VWO-diploma in 1995 aan het Lambert Franckens College in Elburg behaalde ze haar analisten-diploma in 1999 aan Hogeschool IJselland te Deventer.
De eerste wetenschappelijke stage heeft ze uitgevoerd binnen de afdeling Laboratorium voor Toxicologie, Pathologie en Genetica (TOX, voormalig LEO) van het Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM) te Bilthoven. Na een korte tussenstop is ze vervolgens als research-analist op dezelfde afdeling aan de slag gegaan. Rond de zomer van 2002 begon ze haar werk als research-analist om te zetten in een promotie-traject met als doel; de rol van p53.S389 fosforylering in DNA schade en tumorsuppressie processen te bestuderen. In het voorjaar van 2007 rondde Bruins haar proefschrift ‘The role of p53.S389 phosphorylation in DNA damage response pathways and tumorigenesis’ af. Het promotieonderzoek, waarvan de resultaten in dit proefschrift beschreven staan, is uitgevoerd onder begeleiding van Prof. Dr.
H. van Steeg en Dr. A. de Vries.
178 | Curriculum Vitae
List of publications
Bruins W., Bruning O., Jonker M.J., Rauwerda H., van der Hoeven T.V., Zwart P.E., Schaap M.M., Pennings J.L.A., de Vries A. & Breit T.M.
Absence of Ser389 phosphorylation in p53 affects the basal gene-expression level of many p53-dependent genes and alters the biphasic response to UV exposure in MEFs. Submitted for publication (2007)
Bruins W., Jonker M.J., Bruning O., Pennings J.L.A., Schaap M.M., Hoogervorst E.M., van Steeg H., Breit T.M. & de Vries A.
Delayed expression of apoptotic and cell cycle control genes in carcinogen-exposed bladders of mice lacking p53.S389 phosphorylation. Carcinogenesis (2007), Aug; 28(8):1814-1823 Hoogervorst E.M., Bruins W., Zwart E., van Oostrom C.T.M., van den Aardweg G.J., Beems R.B., van den Berg J., Jacks T., van Steeg H. & de Vries A.
Lack of p53 Ser389 phosphorylation predisposes mice to develop 2-acetylaminofluorene-in- duced bladder tumors but not ionizing radiation-induced lymphomas. Cancer Research (2005) May;65(9):3610-3616
Bruins W., Zwart E., Attardi L.D., Iwakuma T., Hoogervorst E.M., Beems R.B., Miranda B., van Oostrom C.T.M., van den Berg J., van den Aardweg G.J., Lozano G., van Steeg H., Jacks T. & de Vries A.
Increased sensitivity to UV radiation in mice with a p53 point mutation at Ser389. Moll.Cell.
Biol. (2004) Oct;24(20):8884-8894
Hoogervorst E.M., de Vries A., Beems R.B., van Oostrom C.T.M., Wester P.W., Vos J.G., Bruins W., Roodbergen M., Cassee F.R., Vijg J., van Schooten F.J. & van Steeg H.
Combined oral benzo[a]pyrene and inhalatory ozone exposure have no effect on lung tumor development in DNA repair-deficient Xpa mice. Carcinogenesis (2003) Mar;24(3):613-619
List of publications | 179
wks after start UV-exposure 0
10 20 30 40 50 60
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21
tumor bearing a
Squamous Cell Papilloma Squamous Cell Carcinoma
B
Chapter 2, Figure 8, page 60
0 3 6 9 12 24
0 3 6 9 12 24
Time (hours)
Genotype
30 5 5
5 5 5 5 KO
30 5 5
5 5 5 5 SA
30 5 5
5 5 5 5 WT
30 5 5
5 5 5 5
30 5 5
5 5 5 5
30 5 5
5 5 5 5
UV
6 9 3
12
0
24
6
3 0
9
12
3
6 9
0
12
24 24 20
0
-20
-40
20 10
principal component 1
principal component 2
0 -10 -20 -30
WT SA KO
Chapter 3, Figure 1, page 75
180 | Color figures
Color figures | 181
-1.5 1.5
0
0 3 6 9 12 24 WT
0 3 6 9 12 24
-2-1012
-2-1012
-2-1012
-2 -1 0 1 2
-2 -1 0 1 2
-2 -1 0 1 2
-2 -1 0 1 2
-2 -1 0 1 2
Late responders
Early-Late responders Early responders
A B
727 genes
439 genes
1,034 genes
927 genes
753 genes
751 genes
549 genes
878 genes 1
2
3
4
5
6
7
8
Hours after UV exposure
0 3 6 9 12 24
0 3 6 9 12 24
UV
D
II
(289 genes)
I
(1,427 genes)
III
(1,756 genes) 47
387 Early-Late resp.
923 Early resp.
1,257 Late resp.
107 Middle resp
70 65
C
I II III
Middle responders
regulation of transcription, DNA-dependent tRNA processing
transcription induction of apoptosis apoptosis
regulation of cell growth biological process unknown anti-apoptosis
ubiquitin cycle
regulation of progression through cell cycle anterior/posterior pattern formation antigen processing
ubiquitin-dependent protein catabolism early endosome to late endosome transport positive regulation of endocytosis positive regulation of B cell activation
regulation of transcription from RNA polymerase II promoter RNA processing
humoral defense mechanism (sensu Vertebrata) negative regulation of progression through cell cycle
signal transduction regulation of transcription
regulation of transcription, DNA-dependent
DNA replication DNA replication initiation protein transport transport cell adhesion
cytoskeleton organization and biogenesis ubiquitin cycle
ER to Golgi vesicle-mediated transport intracellular protein transport
nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolism cell cycle
ubiquitin-dependent protein catabolism protein amino acid dephosphorylation protein modification
DNA metabolism protein folding protein catabolism
ATP synthesis coupled proton transport ATP biosynthesis
phosphate transport regulation of transcription proton transport metabolism endocytosis cell proliferation angiogenesis
G-protein coupled receptor protein signaling pathway one-carbon compound metabolism
protein targeting rRNA processing
transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway meiosis
negative regulation of signal transduction negative regulation of transcription, DNA-dependent
regulation of progression through cell cycle protein amino acid dephosphorylation response to DNA damage stimulus cell cycle
heart development
small GTPase mediated signal transduction ubiquitin cycle
apoptosis DNA repair
Chapter 3, Figure 4, page 80
Cell Cycle Arrest Apoptosis Cyclin E
Cdk2 p21
Cdc25C
Cdc2 Cyclin B
14 -3-3
Gadd45 Reprimo
B99 G1 -S
G2 -M
Scotin IGF-BP3
Perp Bax
PIGs (Ei24)
Siah Noxa
Wig1
PUMA
Cyto C
Apaf-1
Casp 3 Casp 9 Bid
Casp 8 PIDD
Fas
Killer/DR5
p53
MDM2 p14ARF
E2f1
p53AIP
BAI-1
GD-AIF
Maspin TSP1
PAI p48
KAI p53R2
Inhibition of Angiogenesis
and Metastasis DNA Repair
*
*
*
*
*
*
*
WT UV responsive
*
WT and SA UV responsive; expression level SA<WT WT and SA UV responsive; expression level SA > WT WT and SA UV non-responsive
Absent on microarry
Differential basal gene-expression level
Chapter 3, Figure 6, page 85
B
Chapter 4, Supplementary Figure 4, page 108
Chapter 4, Supplementary Figure 3, page 108
182 | Color figures
Color figures | 183
Cell Cycle Arrest Apoptosis
Cyclin E
Cdk2 p21
Cdc25C
Cdc2 Cyclin B
14-3-3-Ã
Gadd45 Reprimo
B99
G2-M
Scotin IGF-BP3
Perp Bax
PIGs (Ei24)
Siah Noxa
Wig1
PUMA
Cyto C
Apaf-1
Casp 3 Casp 9 Bid
Casp 8 PIDD
Fas
Killer/DR5
p53
MDM2 p14ARF
E2F1
p53AIP
BAI-1
GD-AIF
Maspin TSP1
PAI p48
KAI p53R2
Inhibition of Angiogenesis
and Metastasis DNA Repair G1-S
Chapter 5, Figure 4, page 122
#1 #3 #2 #4 #1 #4 #2 #3 #4 #1 #2 #3
-2 -1 0 1
Tumor Non-Tumor Control
Clusters of samples
Clusters of genes
Chapter 5, Figure 5, page 123
