Examenvragen Proteïnechemie (juni 2005)
Soms krijg je veel tijd om voor te bereiden, soms net niet. Zie dat je naast de cursus ook de labo’s goed hebt bekeken. Nadenken staat centraal.
1 persoone
a) Geef de verschillende parameters die de werking van een enzyme bepalen en geef hun betekenis . Bespreek
b) Een formele vergelijking voor de reactiesnelheid van een enzyme geeft geen éénduidig mechanisme . Verklaar
Bijvraagjes over soorten inhibitoren, eenheden 2de orde snelheidsconstante. Hoe kom je aan die eenheden? Wat zijn die eenheden?
En wat wil het just zeggen als ze spreken van eerste tweede en nulde orde snelheodsconstanten en reacties???
* eenheden van bimoleculaire reactie : M-1.s-1 >> stel ge vormt ES uit E+S (bimoleculaire reactie) snelheid van vorming van ES :
d[ES] / dt = constante x [E]x[S] >> M/s = ? x M x M >> ? = M-1.s-1
* voor nulde orde : v = k dus eenheden k zijn: M/s * voor eerste orde : v = k . [ X ] >> eenhden k : s-1 2 persoone : vraag idem als persoon 1
* die eenheden van kcat/Km
* alles in een energiediagramma plaatsen, ook uitleggen waarom het over G gaat en niet G°, waarom het kcat/Km is en niet kcat - Km (omdat we met logaritmes werken), en nog vanalles over dat diagramma.
* inhibitoren (alles uitleggen en eigenlijk zonder notities): competitief, niet competitief, oncompetitief, zijne commentaar erbij reproduceren, ook diene uitleg over protonen. En de dimensie van een proton (= oneindig klein)
* en dan kreeg ik een grafiek voorgeschoteld ivm transitieanalogen (dat van thermolysine) en daarover moest ik vertellen wat dat wilde zeggen enz.
* practicum: 'k mocht kiezen hetwelk ik vertelde. Blijkbaar is dat daarna afgeschaft. Ik had spectrometrie gekozen. Ik was mijne uitleg aan't doen over 't feit dat dat thioredoxine niet terug mooi gevouwen was. 'm vroeg dan wat 't probleem daarmee was. opl: omdat al de thermodynamica gebaseerd is op reversiebele processen en dat dit hier dus niet het geval was. Ge hebt dus geen waterdicht resultaat. en da's goed genoeg voor 'n practicum maar niet voor 'n publicatie.
3 persoone
Hoe zou je stabiliteit definieren? Hoe je het meten? Hoe kan je ze
verbeteren? En dan bijvraagjes over dat hele hoofdstuk en over het practicum van spectroscopie...
4 persoone
aminozuur cysteine en al zijn toepassingen Ook als katalytisch site in cysteïne-proteasen.
Hoe eiwitstabiliteit verhogen? Dus hoe SS bruggen inbrengen (serine omvormen tot cysteine). 5 persoone
Histidine, proline, (ont)vouwing en over labo van CD 6e persoon
proteine vouwing
1) wat is de vraagstelling (kunnen eiwitten vouwen)
want der is ne filosoof die ooit zei dat het oneindig lang zou duren eer je eiwit correct gevouwen is er zijn zoveel verschillende mogelijkheden hij vroeg mij wat is de stelling van ....(naam filosoof)
2) hoe bestudeer je dit experimenteel (bestuderen kinetiek, stabiliteit niet gevraagd, hierbij dan vouwkinetiek via fast kinetics bestuderen)
3) waarom is de vraagstelling zo belangrijk (om genetic engineering te kunnen toepassen, bijvoorbeeld bij inbouwen S brug voor stabilisatie)
alles wa da daar staat van Beta waarden en fi waarden, prolines, labo van transient kinetics
7e persoon
Bespreek kinetiek van folding en unfolding. Wat doe je experimenteel om dit te meten. Welke parameters haal je daaruit en wat vertellen ze ons.
Kinetiek gaat dus over de k waarden die je kan halen uit o.a. stopped-flow (uitleggen). uit de smeltcurves haal je de evenwichtsconstante maar dat hoort ni meer bij kinetiek zegt hij. Bijvragen:
Hoe je van Keq naar delta G gaat ( delta G fold = Gnatief - Gunfolded = -RT ln Keq ) K haal je uit de midpoint value en de andere punten in de transitiefase van de denaturatiecurve. Uit K bereken je dan delta G volgens de formule hierboven. Dan kan je delta G uitzetten in functie van de concentratie denaturans en extrapoleren voor water. Zo krijg ze dan de uitdrukking voor delta G met de m- factor erin.
Hetzelfde kan je doen voor de k-waarden, maar hier moet je dan stopped-flow doen met verschillende concentraties denaturans in de spuit en telkens de k-waarde meten. Ook weer k uitzetten tegenover concentratie denaturans en extrapoleren naar water (0% denaturans). Dat verband met de tanford beta-waarde moest ik ook uitleggen en ook wat de FI-waarde is en welk experiment we daarbij doen (mutant vergelijken met wildtype)
Dus eigenlijk zowat alles van folding en unfolding kwam eraan te pas.
Over labo: het volledige labo van thioredoxine uitleggen (de twee proeven) en ook uitleggen wat CD is, wanneer iets een goed reductans of oxidans is en hoe je dat kan bewijzen.
8e persoon
kinetiek van enzymes, kinetiek van protein folding bespreek de basisideeën en vergelijk beide.
Bijvragen:
kcat/Km uitleggen, op energiediagram tekenen: heel dat energiediagram uitleggen het verschil uitleggen tss overmaat aan S en weinig S: 2 andere energieprofielen Binding van E aan S
Heel den uitleg over deltaG: ivm folding
k (de snelheidscte) ifv T: Eyrind plot en Vant Hoff plot Dan labo:
Heel het labo van spectrofotometrie
CD gans uitleggen, pKa bepalen, T-smeltcurve, reactie van thioredoxine: tekenen 9e persoon
Redoxchemie is belangrijk bij eiwitten en bij cellen. Leg uit.
En geef enkele voorbeelden, leg de nadruk op disulfide binding en redoxpotentialen! Dus cysteïne (Geen alkylatie, Geen metaalionen); Wel :
· Zwavelbruggen in Ab reduceren · oxidatie van zwavel-> sulfon · disulfide exchange
En waarom DIT beter is dan mercapto ethanol (Entropie)
Glutathion (nogal in detail met hele reactie en Kox) Kan Kox = 0? (ja, als de zwavels aan mekaar ni aangeraken)
Ook stabiliteit met verhoging van vrije energie door zwavelbruggen
En vanalle vraagjes over pka en pH en hoe dat zit in de cel. En hoe kan je de pka verlagen/verhogen van een cysteïne.
Labo:
En hoe dat zit bij thioredoxine: Hoe de pka bepaald? Abs ifv pH
Hoe enthalpie weten? Wet van van 't Hoff en dan ln K nodig en die zit op grafiek van CD ifv T in het krommende gebied. Want K=1 als er evenveel gedenatureerd als natief is.
CD dus ook uitleggen
10e persoon
Cys en Pro zijn belangrijke AZ: leg uit in welke context. Antw:
Cys:
1) die reacties van 1ste Hfstk
2) Stabiliteit verhogen met S-S brug 3) cys in cysteine protease
4) S-S belang bij redox potentialen: DsbA, Trx
(bij Txr begint em direct over t labo: spectroscopie + fast kinetics) Pro:
kink in helix Ramachandran plot
probleem van sis en trans en PPI + een miljoen vragen over hoe ge da met fast kinetics zou kunne onderzoeken, maar het antw op die vraagjes kon ik zelf ni bedenken, hij heeft t wel uitgelegd, maar vr mij was t toen al gedaan en dus heb ikke ni al te best geluisterd:-)
