In Hoofdstuk 5 is onderzoek verricht aan urineweginfecties, de meest voorkomende bacteriële infectie bij volwassenen. Door vergelijking van de metaboliet-profielen die werden gegenereerd met behulp van 1H NMR, konden we verschillende moleculen aantonen die specifiek geassocieerd waren met deze infecties. Gebruikmakend van de klinische gegevens van het studiecohort en de longitudinale studieopzet, waarbij meerdere urinemonsters van dezelfde patiënten beschikbaar waren, konden een aantal veranderingen geassocieerd worden met bacteriële verontreiniging van de urine (bv. acetaat, hippuraat en trimethylamine) terwijl andere mogelijke markers zijn voor morbiditeit (bv. para-aminohippurinezuur en scyllo-inositol). Een dergelijke studieopzet geeft dus mogelijkheden voor een meer verfijnde biologische interpretatie van de data. De urinemonsters die werden verzameld op het moment dat de patiënten als symptoomvrij werden beschouwd, werden vervolgens gebruikt om de voorspellende kracht van het model te testen; de meeste werden hierbij geclassificeerd als niet-geïnfecteerde controles wat aangeeft dat ons model mogelijk gebruikt kan worden om de status van onbekende urinemonsters te bepalen. De gegevens van een ander tijdpunt gedurende de behandeling van de patiënten werden gebruikt om aan te tonen dat ons model niet de gebruikte therapie weerspiegelde maar inderdaad de status van de infectie.
We hebben aangetoond dat een longitudinale studieopzet de interpretatie van metabolomics studies verbetert. Door gebruik te maken van verschillende statistische methoden die specifiek geschikt zijn voor een dergelijke studieopzet is het zelfs mogelijk om nog dieper op de data in te gaan en de verschillende niveaus van de biologische variatie die
Nederlandse Samenvatting
169 in metabolomics data aanwezig zijn, te bestuderen. In Hoofdstuk 6 is deze benadering toegepast op een relatief kleine selectie van urinemonsters die over verschillende dagen bij gezonde personen zijn verzameld. De twee gebruikte statistische methoden leverden complementaire informatie op: persoonsgebonden profielen konden worden gegenereerd door middel van een persoonsherkenning benadering terwijl de intra- en inter-individuele variatie met behulp van een “multilevel component” analyse konden worden geëxtraheerd. We konden hiermee voor het eerst laten zien dat een individu-specifiek profiel niet alleen in
1H NMR maar ook in LC-MS data (vloeistofchromatografie gekoppeld aan massaspectrometrie) aanwezig is. Vergelijking van de twee analytisch technieken liet verder zien dat de technieken mogelijk verschillende verschijnselen weerspiegelen. Onze analyse suggereert dat LC-MS data meer individu-specifieke kenmerken bevat dan 1H NMR data.
De hoofdstukken in dit proefschrift bestreken een breed scala aan onderwerpen met betrekking tot analytische methodeontwikkeling en de klinische toepassing van de analyse van metaboliet-profielen. Bij beide stond de analyse van biologische lichaamsvloeistoffen centraal en hopelijk kunnen de beschreven methoden en benaderingen in de toekomst onderdeel worden van een robuuste metabolomics pijplijn die een belangrijke bijdrage kan leveren aan de ontwikkeling van persoonsgebonden geneeskunde.
171
ACKNOWLEDGEMENTS
The four years of my PhD-studentship was an incredible experience. It was the time of professional and personal growth. I would like to thank all the people that I met and worked together with during this period.
First of all, my promotor, André. Thank you for giving me the opportunity to join your group and opening possibilities to do research on various subjects and projects. I admire the breadth of your scientific knowledge and the quickness of understanding of any given subject.
Oleg, my co-promotor, I could hardly wish for a better supervisor than you. You are always there to listen to me, you give me freedom, but also guidance. And you give me the confidence that whatever happens you will always be on my side.
I’m very grateful to the committee for the critical evaluation of my thesis.
I would also like to thank all the co-authors of my publications for their contributions and useful comments.
Thanks to all the other colleagues. You are a group of friendly, supportive people with the sense of humor that makes days go easier.
In the first year I worked in the lab, and although it is not the case anymore, I believe that experience was important for better understanding of what I am now doing behind the computer. Rico, Rawi and Bart, thank you for teaching me working with the instruments.
Axel, thanks for what you have taught me about NMR and data analysis and for your careful examination of my results and papers.
I’m very fortunate with my office-mates. Judit, Irina, Paul, Oleg, Tiziana, Anton and previously Alegría, Rocio, Artem, Jean-Marc, Janine, it’s been fun! Special thanks to Paul for all the support. If you ever want a career switch, go for tax-advisor for foreigners!
Moving to another country always requires a lot of organizational things to be done. Caroline, your help was splendid!
I’m looking forward to the day of my defense to have such a beautiful paranymph by my side as Sibel. My friend and colleague, thank you for the late evenings in the lab before Christmas, for being a great companion in travelling, shopping and talking about everything.
There are many more people I would like to mention and though here I cannot dedicate some words for each and every one of them, I hope they know how much I appreciate belonging to this group: Alex, Aswin, Carolien, Crina, Dick-Paul, Dorien, Emrys, Gerhild, Hans, Kate, Kristell, Liam, Magnus, Manfred, Marco, Martin, Maurice, Ollie, Ralf, Rene, Rob, Ron, Simone, Suzanne, Yassene, Yuri.
In the Netherlands I met a lot of incredible people and I am very happy to have them as friends. The sad thing is that some of them leave the country after a while, however it’s great that we stay in touch: Lisa, Roman, Polyna, I miss you!
I’m very grateful to Anton for the cover of this thesis. You have a great talent!
Dmitry, two of these four years we spent together and there is and always will be a special place for you in my heart.
My other paranymph, Eric, you are, I guess, the first person I met in the Netherlands, besides the colleagues. Being friends with you is a lot of fun!
It is incredible that, despite the distance, I still have close connection with my friends in Russia. Ромчик, спасибо тебе за твою дружбу и доверие. Катя и Никита, мои школьные друзья, с вами всегда тепло и уютно; я так рада, что у вас в семье скоро будет пополнение!
My dearest aunt and uncle, Lana and Ken, you are far away, over the Atlantic Ocean, still I always feel your support and care. I love you and miss you.
Мои дорогие мамулечка, папулечка, Лёнечка, бабушка, я вас очень люблю. Спасибо, что вы у меня есть, что поддерживаете и гордитесь мной. Безумно по вам скучаю.
Katja Leiden, 2011
173