University of Groningen
Novel peptide replicators from dynamic combinatorial libraries
Altay, Yigit
DOI:
10.33612/diss.90041906
IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from it. Please check the document version below.
Document Version
Publisher's PDF, also known as Version of record
Publication date: 2019
Link to publication in University of Groningen/UMCG research database
Citation for published version (APA):
Altay, Y. (2019). Novel peptide replicators from dynamic combinatorial libraries. University of Groningen. https://doi.org/10.33612/diss.90041906
Copyright
Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).
Take-down policy
If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim.
Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.
320 Samenvatting gaan en de morfologie van de fibers verandert.
In Hoofdstuk 3 hebben we een wederkerige relatie gevonden tussen een thre-onine bevattende replicator en een serine bevattende replicator. Verrassend genoeg bleek niet alleen de structuur van de bouwsteen van de replicator van belang te zijn voor deze relatie, maar ook de ringgrootte van de replicator. Threonine bevattende 6-ringen werden alleen gevormd in aanwezigheid van een serine bevattende 8-ring replicator. Op een vergelijkbare manier helpen threonine bevattende 6-ring replica-toren de groei van serine bevattende 6-ringen en 8-ringen.
In tegenstelling tot deze zeer specifieke interactie tussen replicatoren, hebben we in Hoofdstuk 4 laten zien hoe de grootte van nieuwe replicatoren kan worden bepaald door de grootte van een al aanwezige replicator. In dit system, gebaseerd op een tyrosine bevattende peptide bouwsteen, hangt de aard van de nieuwe replicator niet specifiek af van de structuur van de bouwsteen van de al bestaande replicator. In plaats daarvan is de ringgroote van de al bestaande replicator bepalend; dat wil zeggen: 6-ring replicatoren leiden tot vorming van een 6-ring replicator en 8-ring replicatoren induceren de vorming van een 8-ring replicator. In sommige gevallen is de relatie tussen replicatoren commensalistisch en in sommige gevallen is er sprake van een parasitaire relatie.
In Hoofdstuk 5 hebben we gekeken naar het ontstaan van een zogenaamde “quasi-species”. We hebben replicator families gemaakt door het mengen van twee verschillende bouwstenen. Deze conceptueel gezien erg eenvoudige experimenten leverden flinke uitdagingen op. Nieuwe protocollen en procedures moesten worden opgezet en vergden uitgebreide optimalisatie van de experimentele parameters. We hebben laten zien dat, in niet-evenwichtssystemen, waarbij replicatie en het “verni-etigen” van replicatoren gelijktijdig plaatsvinden, een familie van replicatoren zich in stand kan houden die is opgebouwd uit serine- fenylalanine bevattende peptide bouwstenen.
In Hoofdstuk 6 laten we een nieuwe methode zien waarmee snel en betrouw-baar het gedrag van een complex mengsel kan worden geanalyseerd. Een combi-natori moleculaire sensor, ontwikkeld door de Margulies groep, werd gebruikt om de compositie van dynamische combinatori bibliotheken te onderzoeken. De molec-ulaire sensor kan zelf-geassembleerde fibers onderscheiden van niet-geassembleerde monomeren van niet-geassembleerde trimeren en tetrameren. Daarnaast konden ook zelf-geassembleerde structuren, opgebouwd uit ringen van dezelfde grootte en gemaakt van bouwstenen die erg op elkaar lijken, succesvol van elkaar worden onder-scheiden.
Hoofdstuk 7 biedt een terugblik op het werk dat is beschreven in dit proefschrift en een vooruitblik naar de toekomst van het veld.
Acknowledgements
I would like to express my sincere appreciation to my supervisor Sijbren Otto for giving me the opportunity to work in his research group and perform my PhD stud-ies under his supervision. I cannot express how greatly these “so what?” questions helped me to explore new perspectives.
I would like to thank Morteza for all the help and introduction to the dynamic combinatorial chemistry. I would like to extend my special thanks to Monique and Theodora for always being there when I faced with a problem in chromatography. Without your efforts to fix problems and help to improve our analysis, this work could not be finished.Additionally, I would like to thank all the past and present members of the Otto group that I have been working with during my PhD studies: Andrea, Andreas, Ankush, Asish, Babis, Bartosz, Bin, Boris, David, Elio, Falk, Gael, Giulia, Guille, Hugo, Ivana, Ivar, Ivica, Jan, Jianwei, Jim, Marcel, Masoumeh, Mathieu, Omer, Peter, Pim, Piotr, Saleh, Shuo, Sinem, Wietse, and Xiaoming. I thank them all for helpful discussions and collaborations.
Dear Tuba, Tu˘g¸ce, Can, Pınar and Damla... Thank you for your unconditional friendship and continuous support. I have learnt that distance means so little, when someone means so much. I also would like to express my sincere appreciation to M¨uge, Patrick, Ay¸seg¨ul, Sema, Turhan, Burcu, Se¸ckin, Pınar, Nihat, Nilay, S¸eyda, G¨okhan for making Groningen more bearable.
Canım ailem... Bana olan sonsuz destek ve g¨uveninizi her g¨un hissediyor ve buna layık olmaya ¸calı¸sıyorum. Bana olan inancınızı hi¸c kaybetmedi˘giniz i¸cin minnettarım. ˙Iyi ki varsınız, hepinizi ¸cok seviyorum.
And Meniz... Without you, this thesis would not get published. Thank you for being my best friend, a patient colleague and an amazing wife.
Yi˘git Altay
website: altaycoins.com yigitaltay.com email: info@yigitaltay.com
Current Post-doctoral Research Fellow
Eindhoven University of Technology, Eindhoven Supervisor: Prof. Jan van Hest
September 2019 Doctor of Philosophy in Chemistry University of Groningen, Groningen Supervisor: Prof. Sijbren Otto
July 2013 Master of Science in Chemistry Bilkent University, Ankara, Turkey Supervisor: Prof. Engin U. Akkaya CumGPA: 3.84/4.00
June 2011 Bachelor of Science in Chemistry Bilkent University, Ankara, Turkey Supervisor: Prof. Engin U. Akkaya CumGPA: 3.71/4.00 —cum laude Spring 2010 Erasmus Exchange Semester
Eindhoven University of Technology, Eindhoven Supervisor: Prof. Rint Sijbesma
June 2006 Yıldırım Beyazıt Anatolian High School Final Grade: 5/5
Yi˘git Altay
website: altaycoins.com yigitaltay.com email: info@yigitaltay.com
Current Post-doctoral Research Fellow
Eindhoven University of Technology, Eindhoven Supervisor: Prof. Jan van Hest
September 2019 Doctor of Philosophy in Chemistry University of Groningen, Groningen Supervisor: Prof. Sijbren Otto
July 2013 Master of Science in Chemistry Bilkent University, Ankara, Turkey Supervisor: Prof. Engin U. Akkaya CumGPA: 3.84/4.00
June 2011 Bachelor of Science in Chemistry Bilkent University, Ankara, Turkey Supervisor: Prof. Engin U. Akkaya CumGPA: 3.71/4.00 —cum laude Spring 2010 Erasmus Exchange Semester
Eindhoven University of Technology, Eindhoven Supervisor: Prof. Rint Sijbesma
June 2006 Yıldırım Beyazıt Anatolian High School Final Grade: 5/5
List of Publications
1. Y. Altay, M. Altay, J. Ottele, P. W. J. M. Frederix, M. Malakoutikhah, G. Leonetti and S. Otto, “A Structural Survey in the Search for Novel Self-Replicating Peptides”, Manuscript in preparation.
2. Y. Altay, J. Hatai, A. Sood, L. Motiei, D. Margulies and S. Otto, “Optical Identification of Self-Replicating Molecules”, Manuscript in preparation. 3. Y. Altay M. Altay and S. Otto, “Existing Self-Replicators Can Direct the
Emergence of New Ones”, Chem. Eur. J. 2018, 24, 11911 - 11915.
4. M. Altay, Y. Altay and S.Otto, “Parasitic Behavior of Self-Replicating Molecules”, Angew. Chem. Int. Ed., 2018, 139 (57), 10564 - 10568.
5. Y. Altay, M. Tezcan and S. Otto, “Emergence of a New Self-Replicator from a Dynamic Combinatorial Library Requires a Specific Pre-Existing Replicator”, J. Am. Chem. Soc., 2017, 139 (39), 13612 - 13615.
6. P. W. J. M. Frederix, J. Ide, Y. Altay, G. Schaeffer, M. Surin, D. Beljonne, A. S. Bondarenko, T. L. C. Jansen, S. Otto, and S. J. Marrink, “Structural and Spectroscopic Properties of Assemblies of Self-Replicating Peptide Macro-cycles”, ACS Nano, 2017, 11 (8), 7858 - 7868.
7. M. I¸sık, R. Guliyev, S. Kolemen, Y. Altay, and E. U. Akkaya, “Selective Sens-ing in Space and Time: DesignSens-ing Kinetic and Thermodynamic Differentiation for Biologically Relevant Thiols”, Org. Lett., 2014, 16 (12), 3260 - 3263. 8. S. Kolemen, Y. Cakmak, S. Erten-Ela, Y. Altay, J. Brendel, M. Thelakkat,
and E. U. Akkaya. , “Solid State Dye-Sensitized Solar Cells Using Red and Near IR Absorbing Bodipy Sensitizers”, Org. Lett., 2010, 12 (17), 3812 -3815.
List of Publications
1. Y. Altay, M. Altay, J. Ottele, P. W. J. M. Frederix, M. Malakoutikhah, G. Leonetti and S. Otto, “A Structural Survey in the Search for Novel Self-Replicating Peptides”, Manuscript in preparation.
2. Y. Altay, J. Hatai, A. Sood, L. Motiei, D. Margulies and S. Otto, “Optical Identification of Self-Replicating Molecules”, Manuscript in preparation. 3. Y. Altay M. Altay and S. Otto, “Existing Self-Replicators Can Direct the
Emergence of New Ones”, Chem. Eur. J. 2018, 24, 11911 - 11915.
4. M. Altay, Y. Altay and S.Otto, “Parasitic Behavior of Self-Replicating Molecules”, Angew. Chem. Int. Ed., 2018, 139 (57), 10564 - 10568.
5. Y. Altay, M. Tezcan and S. Otto, “Emergence of a New Self-Replicator from a Dynamic Combinatorial Library Requires a Specific Pre-Existing Replicator”, J. Am. Chem. Soc., 2017, 139 (39), 13612 - 13615.
6. P. W. J. M. Frederix, J. Ide, Y. Altay, G. Schaeffer, M. Surin, D. Beljonne, A. S. Bondarenko, T. L. C. Jansen, S. Otto, and S. J. Marrink, “Structural and Spectroscopic Properties of Assemblies of Self-Replicating Peptide Macro-cycles”, ACS Nano, 2017, 11 (8), 7858 - 7868.
7. M. I¸sık, R. Guliyev, S. Kolemen, Y. Altay, and E. U. Akkaya, “Selective Sens-ing in Space and Time: DesignSens-ing Kinetic and Thermodynamic Differentiation for Biologically Relevant Thiols”, Org. Lett., 2014, 16 (12), 3260 - 3263. 8. S. Kolemen, Y. Cakmak, S. Erten-Ela, Y. Altay, J. Brendel, M. Thelakkat,
and E. U. Akkaya. , “Solid State Dye-Sensitized Solar Cells Using Red and Near IR Absorbing Bodipy Sensitizers”, Org. Lett., 2010, 12 (17), 3812 -3815.
