University of Groningen
The gut microbiome in intestinal diseases Imhann, Floris
IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from it. Please check the document version below.
Document Version
Publisher's PDF, also known as Version of record
Publication date:
2019
Link to publication in University of Groningen/UMCG research database
Citation for published version (APA):
Imhann, F. (2019). The gut microbiome in intestinal diseases: and the infrastructure to investigate it.
Rijksuniversiteit Groningen.
Copyright
Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).
Take-down policy
If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim.
Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.
Appendices
List of abbreviations
AHR: Aryl hydrocarbon receptor
AMC: Amsterdam Medical Centre in Amsterdam
BBMRI-NL: Biobanking and BioMolecular resources Research Infrastructure - The Netherlands
BBMRI-ERIC: Biobanking And BioMolecular Resources Research Infrastructure - European Research Infrastructure Consortium
BC: Bray-Curtis
BMD: Bone mineral density BMI: Body mass index CD: Crohn’s Disease CgA: Chromogranin A CRP: C-reactive protein EHR: Electronic Health Record EIM: Extra-intestinal manifestations EMC: Erasmus Medical Centre in Rotterdam EMX: Entity Model Extensible
ERCP: Endoscopic retrograde cholangiopancreatography FDR: False discovery rate
GI: Gastro-intestinal HBI: Harvey-Bradshaw Index HBD-2: Human beta defensin 2 IBD: Inflammatory Bowel Disease
IBD-I: Inflammatory Bowel Disease Indeterminate IBD-U: Inflammatory Bowel Disease Unclassified IBS: Irritable Bowel Syndrome
ICC: Initiative on Crohn and Colitis IT: Information Technology HBI Harvey-Bradshaw Index
mHBI: modified Harvey-Bradshaw Index
MRCP: Magnetic resonance cholangiopancreatography LUMC: Leiden University Medical Centre in Leiden mSCCAI: modified Simple Clinical Colitis Activity Index
MIBS: Maastricht IBS cohort
MUMC+: Maastricht University Medical Center+
NAFLD: Non-alcoholic fatty liver disease NASH: Non-alcoholic steatohepatitis
NFU: Dutch Federation of University Medical Centers NSAID: Nonsteroidal anti-inflammatory drug
OTU: Operational taxonomic unit PPI: Proton Pump Inhibitor PCoA: Principal Coordinate Analysis PCo: Principal Coordinate
PPI: Proton Pump Inhibitor PRO: Patient reported outcome
PROMs: Patient reported outcome measurements PSC: Primary sclerosing cholangitis
PSI: Parelsnoer Institute
SCCAI: Simple Clinical Colitis Activity Index SCFA: Short chain fatty acids
SNRIs: Serotonin-norepinephrine reuptake inhibitors SCCAI: Simple Clinical Colitis Activity Index
SD: Standard deviation
SSRI: Serotonin-specific reuptake inhibitors TCAs: Tricyclic antidepressants
TNF: Tumour necrosis factor TTP: Trusted Third Party UC: Ulcerative colitis
UMC: University Medical Centre
UG: University of Groningen in the Netherlands UMC: University Medical Centre Utrecht in Utrecht UMCG: University Medical Center Groningen in Groningen UMCN: Radboud University Nijmegen Medical Centre in Nijmegen VUMC: VU (Vrije Universiteit) University Medical Centre in Amsterdam WMW test: Wilcox-Mann-Whitney test
Acknowledgements/Dankwoord
Dit proefschrift maken was geen eenzame exercitie. Integendeel, het was het resultaat van echt teamwork. Daarom ben ik heel veel mensen mijn dank verschuldigd.
Allereerst, de patiënten en vrijwilligers die deel hebben genomen aan de
onderzoeksprojecten in dit proefschrift. In totaal hebben bijna 2000 mensen een beetje poep uit het toilet geschept. Dat is al een vervelend klusje als je je goed voelt, maar als je een darmziekte hebt, misselijk bent en diarree hebt, is dat echt een offer. Ik hoop dat de resultaten van het microbioomonderzoek de darmziekten waar jullie aan lijden in de toekomst zullen verlichten.
Ook ben ik mijn promotores, twee topwetenschappers, veel dank verschuldigd. Rinse (Prof. Dr. R.K. Weersma), het was fantastisch om in jouw team te mogen werken.
De afgelopen jaren is het team flink gegroeid van vijf man, naar bijna 20 man (voornamelijk vrouw). Van jou heb ik geleerd mijn gedrevenheid wat te temmen en tactischer in te zetten. ‘Choose your battles’ was een belangrijke les. Zo werd ik steeds productiever. Voor het schrijven van artikelen had je ook een belangrijke tip: “Keep your butt on your seat,” geen wandelingetjes maken, koffie halen of kletsen, maar gewoon doortypen. Het heeft geleid tot een dik boekje. Toch kon ik naast deze serieuze lessen je ook gewoon om 01.00 uur ’s nachts tijdens Eurosonic in de Vera tegenkomen en konden we samen een biertje drinken.
Op vrijdag om 18.00 uur een manuscript inleveren betekent meestal dat je er voor het weekend vanaf bent. Dat geldt echter niet als Cisca (Prof. Dr. C. Wijmenga) je promotor is. Als je dan om 21.00 uur stiekem nog je e-mail controleert, zie je een volledig becommentarieerde versie van je manuscript klaar staan. Het is voorzien van scherp commentaar waarvan het ergste is dat alle op- en aanmerkingen terecht zijn.
Cisca, van jou heb ik geleerd om de lat hoog te leggen, om altijd goed beslagen ten ijs te komen en m’n presentaties ten minste zeven keer te oefenen. Dat laatste heb ik niet altijd gedaan, maar de voorbereiding op de congressen was hierdoor wel altijd goed.
De beste wetenschap kun je alleen bedrijven met de beste collega’s. Arnau, Val, Lieke en MJ, dat zijn jullie. Arnau, jij bent de slijpsteen waaraan dit boekje geslepen is. Waar ik te optimistisch was zette jij me met beide benen op de grond. Waar ik te hoog inzette hield jij het realistisch en waar ik een mooi verhaal bedacht, kwam jij met de keiharde cijfers. Jij hebt dit proefschrift beter gemaakt. Valerie, zonder jouw humor had ik het niet gered. De klacht dat mensen door de muur heen zo veel last van ons gelach hadden, is veelzeggend. Grof schelden als het tegenzit, hard drinken als we succes hebben en verder alles belachelijk maken; ik ga jou heel erg missen als collega en ik hoop dat we later als MDL-artsen weer ergens samen mogen werken.
Lieve Lieke, vanaf het begin dat je in de groep kwam werken was jij degene die ik een beetje kon plagen. Daar kon je erg slecht tegen en dat maakte het natuurlijk des te leuker. Samen hebben we ons door het Parelsnoer-project heen geworsteld wat heeft geleid tot een hoofdstuk in onze beide proefschriften. Al dat werk is helaas niet beloond met een publicatie in een hoog blad. Sterker nog, dit artikel is in onze groep de recordhouder Rejections & Rebuttals. Toch ben ik enorm trots op ons werk en we hebben samen mooie tijden op congressen beleefd.
Marc Jan, samen met Arnau hebben we hard gewerkt aan het artikel over
protonpompremmers. De afspraak was dat het nieuwsbericht met het fotomodel in de Telegraaf op de cover van alle drie onze proefschriften zou komen. Jij brak als eerste deze belofte. Ik heb me er ook niet aan gehouden, maar het bericht wel als afbeelding in mijn Discussie verwerkt. Arnau heeft nog een kans om alles recht te zetten.
Mijn opvolgsters: Marjolein en Laura, jullie begonnen in jullie 2e jaar van de studie geneeskunde met een pilotproject op het gebied van het microbioom en ik mocht jullie begeleiden. Marjolein, dat ik volgens je echte vader je wetenschappelijke vader ben is een grote eer. Nu je bent aangenomen voor een MD-PhD traject, ga je ‘het wetenschappelijke huis uit.’ Ik ben trots op hoe jij je de wetenschap eigen hebt gemaakt en op hoeveel plezier je in je werk beleeft. Nu ik je begeleider niet meer ben, ga ik ervan uit dat onze vriendschap blijft bestaan. Laura, jouw unieke combinatie van kennis en kunde op het gebied van dieet en het microbioom gaat je nog heel ver brengen. Ik vond het leuk om jou met de start van jouw wetenschappelijke carrière te mogen helpen.
Michiel, Boston-maat. We hebben twee maanden samengewoond en een perfecte vaste routine ontwikkeld in Boston: ‘s avonds Peaky Blinders op Netflix, drie keer per week gymmen, elke vrijdagavond eerst hamburgers eten en daarna met de dames Nine, Annelotte, Svenna en Bo van de plastische chirurgie van het Massachusetts General Hospital op stap. Zaterdag altijd eerst uitslapen, American pancakes bakken en dan een oorlogsfilm op Netflix kijken en vervolgens op zondag de boodschappen doen met de Uber. Comfort is immers te koop, dus sjouwen met boodschappen is niet nodig. Mogen we de komende jaren nog vele Bier-Burgers-en-Blinders-avonden beleven.
Lieve Marijn, jij bent een collega waarvan je er altijd een in je team moet hebben.
Echt betrokken bij ieders welzijn en iemand waar je op kunt op bouwen. Je hebt altijd aandacht voor de mensen waar het even minder mee gaat en dat maakt je onmisbaar.
Tobias, Elmire en Jasper, samen met Lieke en Marijn mocht ik met jullie een tweeweekse reis door Californië, Nevada, Utah en Arizona maken. Het hoogtepunt was natuurlijk het wetenschappelijke congres DDW in San Diego, maar de pool party in Las Vegas, het nadoen van de U2 Joshua Tree albumcover in het Joshua Tree National Park, het van de brandweerpaal naar beneden glijden in onze superdeluxe AirBnB in Seqoia National Park en de cocktails van Kim mochten er ook zijn.
Ineke, samen hebben we rendang gekookt waar je Indonesische oma trots op zou zijn. Ik hoop dat we dat af en toe blijven doen en uiteraard mag Nicholas dat komen opeten. Dianne, als analist van onze groep kon jij vaak onze rotzooi opruimen en de poepsamples in de vriezer sorteren. Dat was niet altijd leuk, maar bedenk goed dat jij het fundament onder dit team bent. Noor, jij was al post-doc vanaf het begin van mijn promotie en van jou kon ik leren dat de wetenschap veel frustratie brengt, maar ook veel plezier. Werna, kijk uit wie je waar een klap verkoopt. Rudi, Shixuan, Anne, Amber, Yanni, Ruggero, Ranko, Boudewijn, Suzanne, Karin and the research nurses thank you for being part of the IBD Genetics Research Team.
Sasha, Jing, Alex, Soesma, Serena, Taco, Thijs, Debbie, Eelke, and other members of the Poepgroep, thank you for being an awesome microbiome analysis team.
Morris, Joeri, Luuk, Fleur, Dennis, Bart, Salome, Tommy, Chao, Connor, Mark, Mariska, Marieke, Sido, David, Carin and all the other members of the GCC, thank you for the MOLGENIS Research and 1000IBD projects.
Sebo, Iris, Kiu, Raul, Dineke, Adriaan, Zuzanna, Isis, Rodrigo, Barbara and the entire Wijmenga-groep / Department of Genetics, thanks for the great atmosphere.
Erna, Jurya en Esther, dank voor het regelen van mijn declaraties, mijn afspraken en het ophalen van OV-chipkaarten. Zonder jullie was het een zooitje geweest.
Kate and Jackie, thanks a lot for editing my texts. Kate, thanks for the California travel advice to just rent a big van and drive all day.
Gerard en Hendrik, dank voor het includeren van alle IBD-patiënten. Gerard, moge er uit de chaos nog vele publicaties ontstaan. Hendrik, dank voor het narekenen van de 43 supplementary tables van metagenomics paper.
Florien, zonder jou geen Parelsnoer. Gerhard, Hein, Judith en Tessa, dank voor jullie hulp.
Dirk, Ramnik, Eric and Curtis, it’s been an honour to visit your labs in Boston and learn so much about the gut microbiome. Thomas, I hope you will enjoy Switzerland and visit Groningen soon.
Rijk (Prof. Dr. R.O.B. Gans), dank voor de twee maanden research-tijd tijdens de vooropleiding Interne Geneeskunde. Zo kon ik dit proefschrift afronden.
Rutmer, dank voor het grafisch ontwerp van dit proefschrift.
Lieve vrienden en familie, jullie zijn wat het leven leuk maakt. Lennaert, Jan, Ron, Daan, Joep, Thijs, Manfred, Wytse, Jurek, Rutger, Thales, Wouter, Peter en Rogier, dank voor jullie vriendschap voor het leven. Na 14 jaar nog elke woensdag samen eten, de mannenwintersporten, de lustrumreizen en de weekenden, het blijft allemaal fantastisch.
Pap en mam, van samen het Jeugdjournaal en Klokhuis kijken op de bank tot het bijwonen van de ouderavonden en het bezoeken van deze promotie, jullie hebben mij altijd gesteund. Het is dat ik het verbood, anders weet ik dat jij, mam, het liefst stiekem mijn congressen zou bijwonen, zodat je achterin de zaal kon zitten om te kijken hoe ik het deed.
Luuk, klein broertje, steun en toeverlaat in goede en slechte tijden. Met jouw boek bij Querido was je me voor met publiceren. Ik laat het voorlopig maar bij een boek, terwijl jouw tweede boek alweer bij de uitgever ligt. Ik ben trots op je en heel benieuwd naar jouw creatieve avontuur.
Lieve Noer, gezellig dat je bij de familie Imhann bent gekomen.
Renske, de liefste, de mooiste. Zonder jou was dit proefschrift er zeker niet geweest.
We zijn nu ruim zeven jaar samen en een jaar getrouwd. Mijn promotie betekende voor jou dat ik soms op mijn werkkamer ongezellig zat te typen. Toch verdiepte jij je altijd weer in mijn stukken en las je telkens de introductie, zodat je goed begreep wat ik deed.
Kleine Tom, mooi ventje. Je bent één maand oud nu ik dit schrijf. Na het leven in je moeders buik hoor je nu echt bij ons gezin! Het is fantastisch met z’n drietjes.
Curriculum vitae
Floris Imhann was born in Delft, the Netherlands in 1985. After growing up in Poeldijk and Castricum, he graduated from the Jac. P. Thijsse high school and moved to Groningen in 2003 to start medical school at the University of Groningen and the University Medical Center Groningen (UMCG). Floris was interested in science early on and joined the International Student Congress of Medical Sciences (ISCOMS) and the Junior Scientific Masterclass (JSM), where he had a studentship and pilot project at the Department of Surgery in 2004. At the age of 21, he founded the IT-company Aceso B.V. with two friends. Together with the UMCG and the University Medical Centres (UMCs) in Nijmegen and Amsterdam, Aceso B.V. designed and built the Dutch Registry for Intestinal Failure and Transplantation (DRIFT) in order to create a single registry for intestinal failure patients. Floris joined the Groningen Economic Talent Board where he, together with fifteen young entrepreneurs, advised the Mayor and Aldermen of Groningen on economic affairs for young people for two years. Meanwhile he completed his clinical rotations in the UMCG, the Martini Hospital in Groningen and Ndala Hospital in Tanzania. Using his knowledge of East-Africa and entrepreneurship, Floris joined the Bake It Smart and Simple (BISS) Bakeries initiative for two years, funded by the Liliane foundation. BISS Bakeries helps parents of disabled children to start their own bakery in Uganda.
Following his final clinical and research internships at the Department of
Gastroenterology & Hepatology of the UMCG, Floris graduated from medical school in 2011. In 2013, he started his PhD study in the Departments of Genetics and Gastroenterology & Hepatology, during which he visited the Broad Institute of Harvard and MIT and the MIT Center for Microbiome Informatics and Therapeutics to study the gut microbiome.
During his medical training, Floris received the University of Groningen GUF100 Award in 2009. During his PhD, he received the Dutch Gastroenterology and Hepatology Society’s (MLDS) 2016 award for the Dutch gastroenterology-related article with the largest impact on patients and the Young-Initiative on Crohn’s and Colitis (Young-ICC) 2017 award for best IBD-related article by a junior scientist in the Netherlands in 2016.
In addition, the 1000IBD project presented in this thesis was nominated for the NWO Dutch Data Award.
In October 2017, Floris started as a gastroenterologist-in-training in the UMCG. Floris is married to Renske. Their son Tom was born in February 2019.
List of publications
2014
Complex host genetics influence the microbiome in inflammatory bowel disease
Knights D, Silverberg MS, Weersma RK, Gevers D, Dijkstra G, Huang H, Tyler AD, van Sommeren S, Imhann F, Stempak JM, Huang H, Vangay P, Al-Ghalith GA, Russell C, Sauk J, Knight J, Daly MJ, Huttenhower C, Xavier RJ.
Genome Medicine. 2014 Dec 2;6(12):107. doi: 10.1186/s13073-014-0107-1. eCollection 2014.
2015
The Gut Microbiome Contributes to a Substantial Proportion of the Variation in Blood Lipids
Fu J, Bonder MJ, Cenit MC, Tigchelaar EF, Maatman A, Dekens JA, Brandsma E, Marczynska J, Imhann F, Weersma RK, Franke L, Poon TW, Xavier RJ, Gevers D, Hofker MH, Wijmenga C, Zhernakova A.
Circulation Research. 2015 Oct 9;117(9):817-24. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.115.306807.
Epub 2015 Sep 10.
2016
HSPA6 is an ulcerative colitis susceptibility factor that is induced by cigarette smoke and protects intestinal epithelial cells by stabilizing anti-apoptotic Bcl-XL
Regeling A, Imhann F, Volders HH, Blokzijl T, Bloks VW, Weersma RK, Dijkstra G, Faber KN.
Biochimica Biophysica Acta. 2016 Apr;1862(4):788-796. doi: 10.1016/j.bbadis.2016.01.020.
Epub 2016 Jan 26.
Pooled Resequencing of 122 Ulcerative Colitis Genes in a Large Dutch Cohort Suggests Population-Specific Associations of Rare Variants in MUC2
Visschedijk MC, Alberts R, Mucha S, Deelen P, de Jong DJ, Pierik M, Spekhorst LM, Imhann F, van der Meulen-de Jong AE, van der Woude CJ, van Bodegraven AA, Oldenburg B, Löwenberg M, Dijkstra G, Ellinghaus D, Schreiber S, Wijmenga C; Initiative on Crohn and Colitis; Parelsnoer Institute, Rivas MA, Franke A, van Diemen CC, Weersma RK.
PLoS One. 2016 Aug 4;11(8):e0159609. doi: 10.1371/journal.pone.0159609.
eCollection 2016.
Population-based metagenomics analysis reveals markers for gut microbiome composition and diversity.
Zhernakova A, Kurilshikov A*, Bonder MJ*, Tigchelaar EF*, Schirmer M, Vatanen T, Mujagic Z, Vila AV, Falony G, Vieira-Silva S, Wang J, Imhann F, Brandsma E, Jankipersadsing SA, Joossens M, Cenit MC, Deelen P, Swertz MA; LifeLines cohort study, Weersma RK, Feskens EJ, Netea MG, Gevers D, Jonkers D, Franke L, Aulchenko YS, Huttenhower C, Raes J, Hofker MH, Xavier RJ, Wijmenga C, Fu J.
Science. 2016 Apr 29;352(6285):565-9. doi: 10.1126/science.aad3369. Epub 2016 Apr 28.
Presentation of a nationwide multicenter registry of intestinal failure and intestinal transplantation
Neelis EG, Roskott AM, Dijkstra G, Wanten GJ, Serlie MJ, Tabbers MM, Damen G, Olthof ED, Jonkers CF, Kloeze JH, Ploeg RJ, Imhann F, Nieuwenhuijs VB, Rings EH.
Clinical Nutrition. 2016 Feb;35(1):225-9. doi: 10.1016/j.clnu.2015.01.010. Epub 2015 Jan 21.
Proton pump inhibitors affect the gut microbiome
Imhann F*, Bonder MJ*, Vich Vila A*, Fu J, Mujagic Z, Vork L, Tigchelaar EF, Jankipersadsing SA, Cenit MC, Harmsen HJ, Dijkstra G, Franke L, Xavier RJ, Jonkers D, Wijmenga C, Weersma RK, Zhernakova A.
Gut. 2016 May;65(5):740-8. doi: 10.1136/gutjnl-2015-310376. Epub 2015 Dec 9. (this thesis)
The effect of host genetics on the gut microbiome
Bonder MJ, Kurilshikov A, Tigchelaar EF, Mujagic Z, Imhann F, Vila AV, Deelen P, Vatanen T, Schirmer M, Smeekens SP, Zhernakova DV, Jankipersadsing SA, Jaeger M, Oosting M, Cenit MC, Masclee AA, Swertz MA, Li Y, Kumar V, Joosten L, Harmsen H, Weersma RK, Franke L, Hofker MH, Xavier RJ, Jonkers D, Netea MG, Wijmenga C, Fu J, Zhernakova A.
2017
Cohort profile: design and first results of the Dutch IBD Biobank:
a prospective, nationwide biobank of patients with inflammatory bowel disease
Spekhorst LM, Imhann F, Festen EAM, van Bodegraven AA, de Boer NKH, Bouma G, Fidder HH, d'Haens G, Hoentjen F, Hommes DW, de Jong DJ, Löwenberg M, Maljaars PWJ, van der Meulen-de Jong AE, Oldenburg B, Pierik MJ, Ponsioen CY, Stokkers PC, Verspaget HW, Visschedijk MC, van der Woude CJ, Dijkstra G, Weersma RK; Parelsnoer Institute (PSI) and the Dutch Initiative on Crohn and Colitis (ICC).
BMJ Open. 2017 Nov 8;7(11):e016695. doi: 10.1136/bmjopen-2017-016695. (this thesis)
Genetic association analysis identifies variants associated with disease progression in primary sclerosing cholangitis
Alberts R, de Vries EMG, Goode EC, Jiang X, Sampaziotis F, Rombouts K, Böttcher K, Folseraas T, Weismüller TJ, Mason AL, Wang W, Alexander G, Alvaro D, Bergquist A, Björkström NK, Beuers U, Björnsson E, Boberg KM, Bowlus CL, Bragazzi MC, Carbone M, Chazouillères O, Cheung A, Dalekos G, Eaton J, Eksteen B, Ellinghaus D, Färkkilä M, Festen EAM, Floreani A, Franceschet I, Gotthardt DN, Hirschfield GM, Hoek BV, Holm K, Hohenester S, Hov JR, Imhann F, Invernizzi P, Juran BD, Lenzen H, Lieb W, Liu JZ, Marschall HU, Marzioni M, Melum E, Milkiewicz P, Müller T, Pares A, Rupp C, Rust C, Sandford RN, Schramm C, Schreiber S, Schrumpf E, Silverberg MS, Srivastava B, Sterneck M, Teufel A, Vallier L, Verheij J, Vila AV, Vries B, Zachou K; International PSC Study Group, The UK PSC Consortium, Chapman RW, Manns MP, Pinzani M, Rushbrook SM, Lazaridis KN, Franke A, Anderson CA, Karlsen TH, Ponsioen CY, Weersma RK.
Gut. 2017 Aug 4. pii: gutjnl-2016-313598. doi: 10.1136/gutjnl-2016-313598.
[Epub ahead of print]
Prevalence of- and risk factors for work disability in Dutch patients with inflammatory bowel disease
Spekhorst LM, Oldenburg B, van Bodegraven AA, de Jong DJ, Imhann F, van der Meulen- de Jong AE, Pierik MJ, van der Woude JC, Dijkstra G, D'Haens G, Löwenberg M, Weersma RK, Festen EAM; Parelsnoer Institute and the Dutch Initiative on Crohn and Colitis.
World Journal of Gastroenterology. 2017 Dec 14;23(46):8182-8192. doi: 10.3748/wjg.v23.
i46.8182
The Impact of Ethnicity and Country of Birth on Inflammatory Bowel Disease Phenotype: a Prospective Cohort Study
Spekhorst LM, Severs M, de Boer NKH, Festen EAM, Fidder HH, Hoentjen F, Imhann F, de Jong DJ, van der Meulen-de Jong AE, Pierik MJ, van der Woude CJ, Dijkstra G, Ponsioen CY, Löwenberg M, Oldenburg B, Weersma RK; Parelsnoer Institute and the Dutch Initiative on Crohn and Colitis.
Journal of Crohns and Colitis. 2017 Dec 4;11(12):1463-1470. doi: 10.1093/ecco-jcc/jjx098.
The influence of proton pump inhibitors and other commonly used medication on the gut microbiota
Imhann F, Vich Vila A, Bonder MJ, Lopez Manosalva AG, Koonen DPY, Fu J, Wijmenga C, Zhernakova A, Weersma RK.
Gut Microbes. 2017 Jul 4;8(4):351-358. doi: 10.1080/19490976.2017.1284732.
Epub 2017 Jan 24. Review. (this thesis)
2018
Genomic and Expression Analyses Identify a Disease-Modifying Variant for Fibrostenotic Crohn's Disease
Visschedijk MC, Spekhorst LM, Cheng SC, van Loo ES, Jansen BHD, Blokzijl T, Kil H, de Jong DJ, Pierik M, Maljaars JPWJ, van der Woude CJ, van Bodegraven AA, Oldenburg B, Löwenberg M, Nieuwenhuijs VB, Imhann F, van Sommeren S, Alberts R, Xavier RJ, Dijkstra G, Nico Faber K, Aldaz CM, Weersma RK, Festen EAM
Journal of Crohns and Colitis. 2018 Apr 27;12(5):582-588. doi: 10.1093/ecco-jcc/jjy001.
Interplay of host genetics and gut microbiota underlying the onset and clinical presentation of inflammatory bowel disease
Imhann F*, Vich Vila A*, Bonder MJ, Fu J, Gevers D, Visschedijk MC, Spekhorst LM, Alberts R, Franke L, van Dullemen HM, Ter Steege RWF, Huttenhower C, Dijkstra G, Xavier RJ, Festen EAM, Wijmenga C, Zhernakova A, Weersma RK.
Gut. 2018 Jan;67(1):108-119. doi: 10.1136/gutjnl-2016-312135. Epub 2016 Oct 8. (this thesis)
The gut metagenomes of inflammatory bowel disease and irritable bowel syndrome
Vich Vila A*, Imhann F*, Collij V*, Jankipersadsing SA†, Gurry T†, Mujagic Z†, Kurilshikov A†, Bonder MJ, Jiang X, Tigchelaar EF, Dekens JAM, Peters V, Voskuil MD, Visschedijk MC, Van Dullemen HM, Keszthelyi D, Swertz MA, Franke L, Alberts R, Festen EAM, Dijkstra G, Masclee AAM, LifeLines cohort study, Hofker MH, Xavier RJ, Alm EJ, Fu J, Wijmenga C‡, Jonkers DMAE‡, Zhernakova A‡, Weersma RK‡.
Science Translational Medicine. 2018 Dec 19;10(472). pii: eaap8914. doi: 10.1126/scitranslmed.
aap8914 (this thesis)
Analysis of 1135 gut metagenomes identifies sex-specific resistome profiles
Sinha T, Jankipersadsing SA, Vich Vila A, Imhann F, Collij V, Bonder MJ, Jiang X, Gurry T, Alm EJ, D’Amato M, Weersma RK, Scherjon S, Wijmenga C, Fu J, Kurilshikov A, Zhernakova A.
Gut Microbes. 2018 Oct 29:1-9. doi: 10.1080/19490976.2018.1528822. [Epub ahead of print]
MOLGENIS Research: Advanced bioinformatics software for non-bioinformaticians
Van der Velde KJ, Imhann F, Charbon B, Pang C, Van Enckevort D, Slofstra M, Barbieri R, Alberts R, Hendriksen D, Kelpin F, De Haan M, De Boer T, Haakma S, Stroomberg C, Weersma RK, Dijkhuis LJ, Swertz MA.
Bioinformatics. 2018 Mar 15;35(6):1076-1078. doi: 10.1093/bioinformatics/bty742. (this thesis)
2019
Gut microbiome structure and metabolic activity in inflammatory bowel disease
Franzosa EA, Sirota-Madi A, Avila-Pacheco J, Fornelos N, Haiser HJ, Vatanen T, Hall AB, Mallick H, McIver LJ, Sauk JS, Wilson RG, Scott J, Peirce K, Deik A, Bullock K, Imhann F, Porter J, Zhernakova A, Weersma RK, Wijmenga C, Clish CB, Vlamakis H, Huttenhower C, Xavier RJ.
Nature Microbiology. 2019 Feb;4(2):293-305. doi: 10.1038/s41564-018-0306-4. Epub 2018 Dec 10.
The 1000IBD project: multi-omics data of 1000 inflammatory bowel disease patients; Data release 1
Imhann F, Van der Velde KJ*, Barbieri R*, Alberts R, Voskuil MD, Vich Vila A, Collij V, Spekhorst LM, Van der Sloot KWJ, Peters V, Van Dullemen HM, Visschedijk MC#, Festen EAM#, Swertz MA#, Dijkstra G#, Weersma RK#.
BMC Gastroenterology. 2019 Jan 8;19(1):5. doi: 10.1186/s12876-018-0917-5. (this thesis)
SLC39A8 missense variant is associated with Crohn’s disease but not with the gut microbiota composition
Collij V, Imhann F*, Vich Vila A*, Fu J, Dijkstra G, Festen EAM, Barbieri R, Daly MJ, Xavier RJ, Wijmenga C, Zhernakova A, Weersma RK.
PLoS ONE. 2019 Jan 31;14(1):e0211328. doi: 10.1371/journal.pone.0211328. eCollection 2019. (adapted version in this thesis)
Genetic effects on the commensal microbiota in inflammatory bowel disease patients.
Aschard H, Tchetgen ET, Knights D, Imhann F, Seksik P, Zaitlen N, Silverberg M, Cosnes J, Weersma RK, Xavier RJ, Beaugerie L, Skurnik D, Sokol H.
PLoS Genetics. 2019 Mar 8;15(3):e1008018. doi: 10.1371/journal.pgen.1008018. eCollection 2019 Mar.
SUBMITTED
Anti-inflammatory gut microbial pathways are decreased during Crohn’s disease exacerbations
Klaassen MAY*, Imhann F*, Collij V, Fu J, Wijmenga C, Zhernakova A, Dijkstra G, Festen EAM, Gacesa R, Vich Vila A, Weersma RK.
Submitted
Branched-chain amino acids link the microbiome to insulin resistance
Doestzada M, Kurilshikov A, Vich Vila A, Sanna S, Le T, Imhann F, Lifelines Cohort Study, Weersma RK, Kuipers F, Netea M, Wijmenga C, Hofker MH, Zhernakova A, Fu J.
Submitted
Habitual dietary intake of Dutch IBD patients differs from population controls and is inconsistent in potential (un)favorable dietary factors: a case-control study
Peters V, Tigchelaar EF, Sheedfar F, Imhann F, Campmans-kuijpers M, Dekens J, Wijmenga C, Swertz MA, Franke L, Weersma RK, Dijkstra G, Alizadeh B.
Submitted
Patient’s attitudes towards faecal sampling for gut microbiome studies and clinical care
Bolte LA*, Klaassen MAY* Collij V, Vich Vila A, Fu J, Van der Meulen TA, De Haan JJ, Versteegen GJ, Dotinga A, Zhernakova A, Wijmenga C, Weersma RK, Imhann F.
Submitted (this thesis)
Impact of 41 commonly used drugs on the composition, metabolic function andresistome of the gut microbiome
Vich Vila A, Collij V, Sanna S, Imhann F, Sinha T, Mujagic Z, Jonkers D, Masclee AAM, Fu J, Kurilshikov A, Wijmenga C, Zhernakova A, Weersma, RK.
Submitted
Whole exome sequencing analyses reveal gene-microbiota interactions in the context of inflammatory bowel disease
Hu S#, Vich Vila A#, Gacesa R#, Collij V#, Stevens C, Rivas M, Imhann F, van Dullemen HM, Dijkstra G, Visschedijk MC, Festen EAM, Xavier RJ, Fu J, Daly MJ, Wijmenga C, Zhernakova A*, Kurilshikov A*, Weersma RK.*
Submitted
