• No results found

A stochastic quasi Newton method for molecular simulations Chau, C.D.

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2021

Share "A stochastic quasi Newton method for molecular simulations Chau, C.D."

Copied!
3
0
0

Bezig met laden.... (Bekijk nu de volledige tekst)

Hele tekst

(1)

A stochastic quasi Newton method for molecular simulations

Chau, C.D.

Citation

Chau, C. D. (2010, November 3). A stochastic quasi Newton method for molecular simulations. Retrieved from

https://hdl.handle.net/1887/16104

Version: Corrected Publisher’s Version

License:

Licence agreement concerning inclusion of doctoral thesis in the Institutional

Repository of the University of Leiden Downloaded from: https://hdl.handle.net/1887/16104

Note: To cite this publication please use the final published version (if applicable).

(2)

Stellingen

behorende bij het proefschrift

’A Stochastic quasi Newton method for molecular simulations’

1. De inverse Hessiaan van de energiepotentiaal als mobiliteitstensor voor de Langevin vergelijking draagt bij aan de snellere verplaat- sing over energiebarri`eres.

Hoofstuk 2 van dit proefschrift

2. Het gefactoriseerde-secant-update schema (FSU) convergeert naar de inverse Hessiaan en is een goede basis voor de constructie van een gelimiteerde - in opslag en rekentijd - FSU versie (L-FSU).

Hoofdstuk 3 van het proefschrift

3. Het (L)-FSU schema draagt automatisch bij aan multi-schaling en de bewandeling van grotere gebieden van het energie lanschap.

Hoofdstuk 3 en 4 van het proefschrift

4. De constructie van (L)-FSU en de automatische multi-schaling eigenschap van de mobiliteit in de Langevin vergelijking, geeft ons een veelbelovende methode voor moleculaire simulaties.

Hoofdstuk 5 van het proefschrift

5. Voor een niet-triviaal model zal de Fourier Acceleratie methode de kritische vertragingen in simulaties niet compleet ontnemen.

B. D¨unweg, Computer simulations of surfaces and interfaces, proceedings of the NATO Advanced Study Institute (2003)

(3)

6. Volledige benutting van voorspellende eigenschappen van simu- laties vereist multi-schaling methodes.

J.T. Oden, T. Belytschko, V. Babuska, T.J.R. Hughes, Comput.

Meth. Appl. Mech. Eng. 192, 913 (2003)

7. Ondanks het bestaan van betere optimalisatietechnieken blijft de BFGS methode de meest populaire quasi-Newton methode.

J. A. Ford and S. Tharmlikit, J. Comp. Appl. Math. 152, 133 (2003)

8. Door onderzoek naar nieuwe en verbetering van bestaande op- timalisatietechnieken, ontbreekt er fundamenteel onderzoek over de oorzaak van het goed presteren van de populaire L-BFGS me- thode.

9. Wovon man nicht sprechen kann, dar¨uber soll man schweigen.

L.J.J. Wittgenstein (modified by C.D. Chau)

10. Goed in het β-vak wiskunde zijn = goed in taal zijn.

11. Het lijkt erop dat eυρω momenten belangrijker zijn in de weten- schap dan ǫυρηκα momenten.

Referenties

GERELATEERDE DOCUMENTEN

Last but not least in this chapter, an example of a system with a slow and fast mode is given and shows illustratively that integration with larger time steps for slow modes

For higher dimensional energy surfaces, high energy barriers can be avoided in favor of lower energy transition states or saddle points, and the performance of the method

The S-QN method is related to the conventional Langevin equation but differs by the fact that curvature information is contained in the mobility via the inverse Hessian,

Second, S-QN simulations for several initial structures at very low temperature (T = 0.01 < T F , where T F is the folding temperature), when the protein is known to fold

We finalize this chapter by considering the total computa- tional cost of the general Langevin equation with adaptive mobility using the limited memory method.. Only considering

License: Licence agreement concerning inclusion of doctoral thesis in the Institutional Repository of the University of Leiden. Downloaded

The variable storage conjugate gradient (VSCG) method of Buckley and LeNir [77] is based on the BFGS formula in the additive form and overwrites the most recent update once m

Therefore, a method that automatically changes the mobility matrix in the Langevin equation is developed, such that in the resulting movements the slow modes are