1. Vegetatiekunde en Computers . '

T cl rij I

Inhoudsopqave

1. Vegetatiekunde en Computers .

1.1. Verwerking

van Vegetatiekundige Gegevens met

1.2.

terInleiding VG-Pack

de Coinou—

1

1 2

4. Overzicht

^VG—Pack

4.1.

Installatieprocedure

^VG-Pack.

4.1.1. Persoonlilke Installatie.

4.2. Overzicht prograinma's

4.3. Dimensionering van de progranuna's 4.4.

Moeilijkheden

& Oplossingen

5. Literatuurlijst

Lijst van Figuren

29

32

Lijst van Tabellen.

32

Index 33

2. 2.1.

Waaruit bestaat VG—Pack

'

2.1.1. Hoe het programma te starten.

2.2. Voor een eerste kennismaking.

2.3. Voor gevorderden.

2.4. Omgang met VG—Pack

2.4.1. Foutmeldingen op de VAX

2^. 4 . 2. Werken met VG—Pack

3. Bestanden en Omgang met de VAX—computer.

3.1.

Bestandsnamen

3.2. Bestands— of filetypes.

3.2.1. Groningen Condensed.

3.2.2. Cornell Condensed 3.2.3. Databank

3.3. Bestanden en Programma's 3.4. Oxngang met de Computer.

3.4.1.

Overzicht

^{Bestanden .}

4 4 4 6 7 7 8

10

3.4.2. Copiëren en verwijderen van Bestanden 3.4.3. Wijzigen van bestanden

3.4.4.

Printen

van bestanden 3.4.5.

Het

^Password

1. Vegetatjekunde en Computers

1.1. Verwerking van Vegetatiekundjge Gegevens met de Computer.

Vegetatiekundige inethoden maken de veelheid van mogelijke vegeta- ties en milieu's hanteerbaar voor de wetenschap. Hierbij _wordt gebruik gemaakt van beschrijvingen van de vegetatie en het milieu (Fresco,l98o; Kreeb,1983; Legendre & Legendre, 1983; Kershaw &

Looney, 1985; Whittaker & Tuxen, 1973). Deze beschrijvingen _wor- den opnarnes genoeind. Doordat een groot deel van de gegevens in getalsvorxn is en in een matrix gerangschikt kan worden is het mogelijk deze gegevens met behulp van een computer te verwerken.

Door de computer door iniddel van een programina —evt. meerdere programma's —

te

instrueren krijgt de vegetatiekundige een bijzonder krachtig hulprniddel voor de analyse erbij.

Er zijn ondertussen veel programma's ontwikkeld die een bepaalde analyse kunnen uitvoeren. Het is belangrijk oxn ult het woud van

prograrnrna's, die progranmia's te kiezen die een antwoord kunnen helpen vinden op de vraagste].ling.

Om de keuze van de programina's te vergemakkelijken is VG—Pack ontwikkeld.

Door middel van Menu's, een beproefde methode om

computergebruik te vereenvoudigen, zijn een aantal programma's _op simpele wijze met elkaar verbonden.

Afhankelijk van de vraagstelling is het mogelijk een aanwijzing te geven over de te ondernemen stappen bij de analyse.

Bij vraagstellingen waarbij het gaat om het ordenen

van de

vegetatie, zonder dat daarbij milieuparameters betrokken zijn, zijn technieken als clusteren, ordineren —al wat oudere bekendere methodes- toepasbaar. Tevens bestaat de mogelijk- held om met huip van de computer een "klassieke" vegetatieta- bel op te (laten) stellen. Analysetechnieken die in deze catagorie vallen zijn: o.a. Correspondance analysis, Detren-

ded Correspondance analysis voor ordineren en Association

analysis voor clusteren.

Bij vraagstellingen waarbij naast de gegevens over de

vegetatie ook gegevens over het milieu beschikbaar en van

belang zijn, zijn Canonical Correspondance analysis, en Detrended Canonical Correspondance analysis de aangewezen analysemethodieken. Deze nieuwe xnethodieken zijn beschikbaar in het prograinrna 'CANOCO'. Het gaat hier om rekenmethoden die behoren tot de categorie van de 'direct gradient analysis'.

Dit houdt in dat de onderzoeker niet meer

na de ordinatie hoeft uit te zoeken hoe demilieuvariabelen de vegetatie beIn- vloeden en hoe groot die invloed is. De xnogelijkheden en de haken en ogen van deze technieken zijn echter zo vele dat een behandeling daarvan hier niet haalbaar is.

Voor

uitgebreidere

informatie over vegetatiekunde en deze technieken wordt verwezen naar de Handleiding die bij CANOCO (Ter Braak, l987a) hoort en Lindemann et al (1980), Legendre &

Legendre (1983).

VC-Pack Manual

Nota Bene: Bij vraagstellingen over vegetaties en milieufac-

toren

is het aanbevelenswaardig alvorens de hier

_beschreven

technieken toe te passen de structuur in de

gegevensset te bestucleren met de oudere, beproefde, en makkelijker te door—

gronden methodes. Zodat er al een idee bestaat over hoe de zaak iii elkaar steekt. Welke opnames horen bij elkaar, en welke soorten horen daarbij. Wanneer dit eerst wordt gedaan, wordt de interpretatie van de resultaten van de canonische analyses veel beter uitvoerbaar. Het mechanisine is,

dat met kennis van de

structuur van de gegevens de veelheid aan opties, die bij de

carionische analyses beschikbaar is, bewuster en correcter genanipuleerd kan worden.

Bij vraagstellingen waarbij het gaat om

het

verband tussen een soort en het milieu waarin die soort voorkomt, is het berekenen van responsiecurven de aangewezen techniek. _Het programma CURVE is voor deze problemen het aangewezen programma. Zowel datasets met en zonder milieugegevens kunnen geanalyseerd worden.

1.2. Inleiding VG-Pack.

VG—Pack is een set computerprograinma's voor analyse van vegeta—

tiekundige gegevens. Het is de bedoeling, het gebruik van deze programma's te vergemakkelijken door "menu's" voor de koppeling van de programma's aan elkaar.

VG-Pack is ontwikkeld aan

de Rijksuniversiteit Groningen, Biologisch Centrum

Laboratorium voor PlantenOecologie.

Postbus 14 9750 AA Haren

Het rnenu-programma is ontwikkeld aan de R.U.G., sommige program- ma's die in het systeem zijn opgenomen zijn elders ontwikkeld. _De meeste programma's zijn ontwikkeld op het Laboratorium voor Plan—

tenOecologie.

Plannen bestaan om VG-Pack uit te breiden en te vernieuwen met verbeterde (snellere,vriendeljkere) versies van de huidige pro- gramma's. Hier inoet met name gedacht worden aan een grotere ver- wantschap met VEGROW, het vegetatiekundige verwerkingspakket _voor de P.C. Ook wordt gewerkt aan een op Twinspan geInspireerd _pro- gramma.

Door hun verscheidenheid in afstamming maken de programma's niet allemaal gebruik van hetzelfde data-formaat (=vormgeving van de gegevensbestanden).

Hierdoor kunnen problemen ontstaan bij

_de analyses van gegevens met verschillende programma's. Dit is _on—

dervangen door in VG—Pack een programina op te nemen, dat de ver- schillende data-formaten in elkaar om kan zetten. Hierdoor is het rnogelijk de gegevens m.b.v. programma's van verschillende oorsprong te analyseren of gegevens van diverse bronnen met het—

zelfde prograinma te analyseren.

2

De beschikbare formaten voor gegevensbestanden zijn:

-

Groningen

Condensed (v.h. PLOEC),

- Databank en

-

Cornell

^Condensed.

Meer is hierover te lezen in het hoofdstuk over data—forrnaten.

Enkele van de programina's die in VG-Pack zijn opgenoxnen werken niet met de oorspronkelijke gegevensbestanden. Zij maken b.v.

gebruik van een file waarin de dissimilariteitsmatrix staat. Een van de prograinma's (DIMAT) berekent deze matrix en schrijft deze naar een file, dat door andere progranuna's gelezen kan worden.

Tevens is een optie in het programma voor gegevenstransformatie.

Ordinatie technieken die in VG-Pack zijn opgenoinen zijn:

—

Reciprocal

^averaging, Detrended Correspondance Analysis, Canonical Correspondance Analysis, Principal Components Analysis, Reduncancy Analysis (=

linear

least squares tegenhanger van CCA).

Ook het maken van een —bij benadering- klassieke vegetatiekundige tabel kan met de computer gedaan worden. Sommige ordinatie-pro- gramma's produceren uitvoer, die gelezen kan worden door een pro—

gramrna dat autornatisch de opnamen en de soorten volgens de "idea—

le volgorde" rangschikt in een tabel. Dit prograrnma, Sheet, kan ook gebruikt worden voor het maken van een vegetatiekundige ta- bel, waarbij het knip- en plakwerk met de computer wordt gedaan.

Clustering technieken die tot Uw beschikking staan zijn:

— Group Average Clustering, Agglomerative Clustering, Association Analysis.

Programma's voor vlotte produktie van dendrogrammen, om cluste- ringen uit te werken, maken deel uit van VG—Pack. Vergelijkeri van dendrogrammen met elkaar en de analyse van dendrogrammen (of van een dendrogram), is mogelijk. Waardoor het mogelijk is de kwali- teit van een clustering objectief te beoordelen.

N.B. Een belangrijk onderdeel

van VG-Pack

is het Fortran- programrna Canoco, afkomstig van het

I.T.I.—T.N.O., Postbus 100,

6700 AC Wageningen.

En kan daar besteld worden voor o.a.

VAX-computers en IBM P.C.'s en compatibles.

Dit programma is onder andere in staat tot het uitvoeren van de volgende analyses:

Principal Componants Analysis, Correspondance Analysis, Detren- ded Correspondance Analysis, Canonical Correspondance Analysis en Detrended Canonical Correspondance Analysis en xneer.

VG-Pack Manual

2. Starten met VG-Pack

2. 1. Waaruit bestaat VG-Pack?

1) Dit manual.

2) Een aantal files aanwezig in de computer, of op een externe informatiedrager (floppydisk, inagnetische tape) vastgelegd.

Deze files zijn:

ASSAN

EXE ,CORAN EXE ,CURVE EXE ,DENAL EXE

DENDO

EXE ,ACLUS EXE ,INDI EXE ,OPLOT EXE

ORDIN

EXE ,SHEET EXE ,TRANS EXE ,VGMAIN EXE

VGSCREEN EXE , DIMAT EXE ^,VGPACK HLP , VGORDIN HLP VGCLUS HLP ,VGFORN HLP ,VGTRANS HLP ,VGORDI HLP

VGPREP COM

met daaraan toegevoegd de files van Canoco.

CANOCO EXE ,CANOPLOT EXE.

2 . 1.

1. Hoe het programina te starten.

1)

Maak,

na het

inloggen, aan de computer bekend met welk type terminal U werkt, door een tsymbol te declareren _op de volgende wijze:

termtype:==tvi9l2 of b.v. vtlOO i.p.v. tvi9l2.

Dit is nodig voor bepaalde procedures in VG-pack, die van dit symbol gebruik maken om o.a. te bepalen wat de juiste _scherrn—

wis—opdracht is voor Uw terminal. Wanneer steeds van dezelfde terminal gebruik wordt gernaakt, kan deze

actie ook worden

opgenomen in t1ogin.com of in VGPREP.corn.

2) Start het comfile (VGPREP.com) dat de 'logical'—s defini-

eert waardoor VG-pack kan werken vanuit het directory, waar de datafiles

zich bevinden, _terwijl

in een ander

directory de prograrnma—files staan.

Het commando hiervoor is: VGPREP.

Een voorbeeld van zo'n file is VGPREP.com, dat met het

pakket wordt meegeleverd. Aan de hand hiervan kunt U een eigen file rnaken dat op Uw eigen computersysteem is toege- sneden. Zie

over dit

onderwerp ook de paragraaf over

"Persoonlijke Installatie". Heeft U nog niet de beschik- king over een file VGPREP.com, ga dan eerst naar 4.1.1.

Persoonlijke Installatie.

3) Toets vervolgens in 'VGPACK'

Eerst krijgt U

het startscherm te

zien, na indrukken van RETURN, komt het hoofdmenu van VGPACK op het scherm. Hier heeft U de keuze uit:

Clusteren, Ordineren (+Tabelmanipulatie), Responsie—curves, Data—file-manipulaties,

Informatie over het programma

en de mogelijkheid om het menuprogramma te verlaten.

Na een keuze (b.v. Clusteren) krijgt U een vers menu. In dit menu staan de programma's die in VG-pack zijn opgenornen die _een clustering uitvoeren ofwel dienen om een berekende cluster in

4

VG-Pack Manual

een dendrogram weer te geven, of in combinatie met een cluste- ring een vegetatiekundig nuttige analyse verrichten.

Hetzelfde geidt wanneer een andere mogelijkheid wordt gekozen in het hoofdmenu.

In Figuur 1 wordt de structuur van VG—pack weergegeven.

Merk op dat de meeste programma's aan het eind de keuze bieden:

1) terug keren naar het hoofmenu of 2) stoppen met VG-pack.

Een uitzondering op deze regel is CANOCO dat wanneer het klaar is met de verwerking van de gegevens vraagt of de gebruiker verder wenst te werken met CANOCO of niet. Wanneer hier gekozen wordt om niet verder te gaan met CANOCO, komt men niet automatisch in het hoofinenu terug. In piaats daarvan van verschijnt de prompt "VG- PACK>>" in beeld. Door hierachter VGPACK in te typen wordt VG- Pack opnieuw gestart.

Figuur 1: Structuur VG-PACK

Main Menu

H

—f1———

^{Qui t/}

Menu

H ^Ordinatie

^{1 1}

Menu

H ^Hulp

^I

j Quit!

Menu

H

^{Responce I I}

^etc.

etc.

H Data-trans.]

_L

H ^Quit

Ter verduidelijking van het voorafgaande, en om te laten zien wat hoort te gebeuren, ^is in Figuur 2 een stuk terminaidialoog te zien. In de Figuur is uitgegaan van de situatie aan de R.U. Gro- ningen. De eerste melding is van de PACX-poortselector, die vraagt van welk computersysteern men gebruik wil maken. In dit geval VX8600 voor de VAX8600—coinputer. Na beantwoorden van deze vraag,

wordt contact met het gevraagde systeexn tot stand ge-

bracht. De gekozen computer, VAX8600, vraagt orn

te

beginnen de

'belier' zich bekend te maken.

Indien een correcte "Usernaine"&"Password"—combinatie wordt inge- typt,

wordt de belier verwelkoind door de computer.

Na enige seconden geduld, waarin door het systeem de nodige voorbereidin- gen worden getroffen orn de gebruiker van dienst te kunnen zijn, volgt de systeem-prompt. De systeem-proxnpt is een dollar-teken

('$') op de VAX8600, en is het teken van de computer, dat hij/zij

VG-Pack Manual

2.2,

Voor

een eerste kennismaking.

Indien U voor het eerst met VG—pack aan het werk gaat, is het aan te raden dat U de meegeleverde test-dataset gebruikt. Met deze

dataset kunt u zeif de voorbeelden uit

_{Bijiage 1} uit voeren.

Voordeel van deze methode is dat U de uitkomsten en resultaten hunt vergelijken met de resultaten zoals in de bijiage vermeld. U hunt ook met een andere dataset kennismaken met VG—pack. In zo'n geval

is het aan te raden dat U hiervoor

een kleine dataset gebruikt.

Daarnaast is het belangrijk bij het gebruik van computerprogram- ma's dat, voordat met het werk begonnen wordt, eerst de handlei—

ding wordt bestudeerd. Hoe grondiger eerst de handleiding wordt bestiideerd, des te minder kans bestaat op onaangename verrassin—

gen en teleurstellingen.

Figuur 2: Terrninaldialoog van inloggen tot en met opstarten VG- Pack. (Commentaar in de Figuur staat uiterst _rechts en tussen (fl.

WELCOME TO THE PACX-2000E PORTSELECTOR OF THE RUG.

enter class: vx8600 class start

(Belletje gaat}

19 juni: Maandagrnorgen 22 juni is de VAX8600 BUITEN BEDRIJF

van 9 -

10.30

^uur.

Username: XXXXXX (Username invullen)

Password: (Password invullen)

Welcome to VAX/VMS V4.3 on RUGR86

Last interactive login on Friday, l9-JUN-1987 _11:22 Last non—interactive login on Monday, 18-MAY-1987 14:49 Setup definitions, please wait a few seconds

$ @vgprep

VG-pack >>

vgpack

(Scherrn wordt gewist)

* *

***** *****

*

****

* *

* * * * *

**

^{* *} *

* * * * * * * * * *

*

**

* *^*

** *** *****

^{* *}

*****

^{* *} **

** *

* *

*

*****

* * *

****

* *

University

of Groningen Department of Plant Ecology

P.O.Box 14 Haren, The Netherlands Press RETURN—key to continue

(Scherin wordt gewisd, en het hoofdmenu verschijnt)

6

2.3. Voor gevorderderi.

Bij later gebruik van VG-Pack is het aan te bevelen niet direct met de meest geraffineerde en tijdrovende analysemethodes te beginnen. Met name om wille van de interpretatie van de uitkom—

sten is het, het beste eerst met een eenvoudige methode na te gaan wat de belangrijkste/meest opvallende zaken zijn die in de dataset zijn opgenomen.

Welke opnaxnes hebben de neiging sainen te klonteren in een ordinatie, of behoren tot dezelfde cluster?

Welke soorten komen veel gezamenlijk voor in de opnames, en wat zijn de groepen die ze vormen?

Wat zijn de mogelijke verbanden tussen de soorten en de _opnames en de milieuvariabelen?

Welk type gegevens worden verwerkt, b.v. reeks opnames van _{p.q. 's} of zijn het allemaal opnaxnes die binnen een kort tijdsbestek zijn gemaakt.

Wat voor vraagstelling heeft het onderzoek:

_verband tussen milieu en (een) soort(en), typologie van vegetaties.

Zijn al dan niet milieugegevens beschikbaar, en hoe worden die gebruikt bij de analyse.

Bekijk eerst de structuur van de data.

Ook inoet de gebruiker zich bewust zijn van de gevaren die een complexe analyse met zich meebrengt.

Bijvoorbeeld CANOCO is een programina dat de verleiding met zich mee brengt alle gegevens maar in één keer in de analyse te gooien en maar zien wat er uitkornt. Deze wijze van omgang met de pro- gramma's zal zeker niet de in best haalbare analyse van de _gege- vens resulteren. Er inoet voorzichtig en zorgvuldig te werk worden gegaan.

Duidelijk moet zijn welke factoren van belang zijn

en welke factoren genegeerd kunnen worderi zonder de betrouwbaarheid nadelig te beInvloeden. Van te voren moet bij b.v. CANOCO bekend zijn wat de betekenis is van de verschillende gemeten milieuvari- abelen. Zodat een geschikte analyse methode gekozen wordt, _{en de} opties bewust gekozen kunnen worden. Evt. kan dit met CANOCO wor- den onderzocht. Dan kan blijken dat bepaalde variabelen niet _van rechtstreeks belang zijn voor het beantwoorden van de vraagstel—

ling, maar wel van invloed zijn op de structuur in de data. En _op die manier het vinden van het juiste antwoord in de _{weg staan.}

Wanneer dan nioet bekenci is, dat de mogelijkheid bestaat van CANO- Co om met covariabelen te werken. In een dergelijk geval kan het gebruik maken van deze optie, de overzichtelijkheid van de analy- se ten goede komen. De optie voor werken met covariabelen houdt in dat een milieuvariabele die als covariabele wordt _opgegeven, rekenkundig zo wordt behandeld dat zijn invloed wordt uitgevlakt

(partialled out).

Door eerst de gegevens met eenvoudiger technieken te verwerken, de structuur verkennen, kan een correcte, bewuste keuze van de verwerkings-methoden worden opgebouwd.

2.4. Omgang met VG-Pack

Het is de bedoeling van VG-Pack om de omgang met verwerkingpro- gramma's voor vegetatiekundige gegevens te vergemakkelijken. Door

VG-Pack Manual

Pack gegevensbestanden te manipuleren, d.w.z. datatransformatje en forrnaatconversje.

VG—Pack is de aanzet tot wat een gebruiksvriendelijk en handig verwerkingssysteem voor vegetatiekundige gevevens op de VAX8600 van de Rijksuniversiteit moet worden. Doordat het systeem nog niet volledig is uitgekristalliseerd kurinen probleinen optreden.

Wanneer die probleinen duidelijk gesignaleerd worden kan _gepro- beerd de probleinen te verhelpen. Dit vergt van diegenen, die het pakket gebruiken, de discipline fouten te signaleren en te melden. Om ernstige problemen te voorkoinen,

is achterin deze

handleiding een Trouble Shooting onderdeel (paragraaf 4.4 blz 24)opgenomen. In deze paragraaf is ruiinte vrij gelaten voor het noteren van nieuwe problenien. Noteer in deze ruiinte ten eerste zo

duidelijk inogelijk wat het probleem is _{en 1)} hoe het probleeni omzeild kan worden, en/of 2) wat de vermoedelijke oorzaak is, of

3)

onder

welke omstandigheden de fout optreedt.

Om de gebruiker te helpen bij het optreden een foutnielding zal in

de volgende paragrafen aandacht besteed worden aan de

vorni,

betekenis en de ernst van foutnieldingen op de VAX. En zal enige aandacht worden geschonken aan nianieren waarop VG—Pack kan worden gebruikt.

2.4.1. Foutmeldingen op de VAX

Wanneer een coinputer er niet in slaagt een ontvangen opdracht succesvol uit te voeren laat het apparaat dit weten door iniddel

van een

foutxnelding. Afhankelijk van de gebruikte computer _en progranirnatuur is de kwaliteit en vorm van zo'n foutinelding _erg wisselend. Sonis is het alleen maar een nurnmer, dat bijzonder wei—

nig informatie geeft. Vaak is het wat ineer dan alleen maar een nummer. Meestal blijft het ook dan bij een weinig informatieve melding als "ERROR" of "BAD COMMAND"

8

Figuur 3: Voorbeelden VAX-foutmeldingen

a) een pascal programma dat vastloopt.

b) een VAX-commando dat een bestand niet kan vinden.

C) een melding dat een bepaald programma te veel vergt van het virtuele geheugen,

%PAS-F-GETAFTEOF, GET attempted after end-of-file

File "FD" Filename"HSC000$DUA4: [GWBB.JTJVDW.VEGDATA]GANSGC.VEG;8"

%TRACE-F-TRACEBACK, symbolic stack dump follows

module name routine name line rel PC abs PC 00034907 00034907 0002FD82 0002FD82

DIMAT READREC 246 00000l7F 0000D34F

DIMAT OPNMAT 271 0000012B 0000D6l7

DIMAT DIMAT 374 0000004E 0000B686

VG-pack >>

type

gansploec

%TYPE-W-SEARCHFAIL, error searching for

HSC000$DUA4: [GWBB.JTJVDW.VEGDATA]GANSPLQEC.LIS;

-R!S-E-FNF, file not found VG-pack >>

type

^gansploec.

%DCL-W-ACTIMAGE, error activating image ASSAN

-CLI-E-IMGNANE, image file HSC000$DUA4: [GWBB.JTJVDWJASSAN.EXE;7 -SYSTEM-F-EXQUOTA, exceeded quota

Wanneer de in Figuur 3 beschreven foutmeldingen worden bekeken is te zien dat de meldingen systexnatisch zijn opgebouwd. Ze beginnen met een %—teken, daarna komt een ineestal 3—tekens bevattende code die aangeeft waar iets is misgegaan (PAS voor Pascal programma's;

TYPE voor het type commando, DCL voor fouten in zakeri aangaande igital Command janguage etc.). Dan volgt tussen gedachtenstreep- jes een teken (E=error, F=failure, W=warning) dat aangeeft hoe ernstig het probleem is. Na deze code volgt een kryptische om- schrijving van wat is misgegaan b.v. GETAFTEOF, hierna volgt een langere en betere omschrijving van wat is misgegaan. In dit geval is getracht te lezen (GET) voorbij het einde van het file, waar- bij wordt aangegeven bij welk file het lezen is misgegaan. Bij Pascal en Fortran programma's wordt tevens met een TRACEBACK aan—

gegeven waar (regel en procedure) de fout is opgetreden. Om even—

tuele fouten in het programma te kunnen verbeteren is dit bijzon—

der nuttige informatie. De traceback geeft n.1. haarfijn op welke plaats in het programma de fout is geconstateerd. Voor een pro—

grammeur is dat de plaats waar de verbetering van de

f out zal

beginnen. Wees bij het melden van fouten zo duidelijk mogelijk, het is n.l. een kunst om een programina opnieuw op dezelfde wijze

fout te laten gaan.

Treedt tijdens gebruik van de VAXB600 een foutmelding op, dan is

er geen reden tot paniek. Alle bestanden zijn nog intact en

bruikbaar. Er wordt veel ruimte genoinen voor de foutrnelding, maar de foutmelding bevat veel inforinatie. Door dat de foutmeldingen uitgebreid zijn,

lijkt de situatie vaak ernstiger dan zij

in werkelijkheid is.

VG-Pack Manual

B.V, wanneer bij de tweede foutmelding uit Figuur 3 uitsluitend

"FILE NOT FOUND" zou worden gemeld, zou een volstrekt onduidelij- ke ituatie ontstaan. Immers het file bestaat wel degelijk. Het probleem is dat de computer het commando anders interpreteert dan verwacht.

Er wordt gezocht naar een

file met ".LIS"-extensie i.p.v. een file zonder extensie. Door hetzelfde commando nogmaals in te voeren, met toevoeging van een ".' aan het einde van de filenaain lukt het wel.

Type "filenaaxn" : betekent kennelijk type "filenaam.lis"

Type "filenaam.ext" : is duidelijk.

Type "filenaam." : is de vorm die nodig is om een extensieloos file op het beeldscherm afgebeeld te krijgen.

2.4.2. Werken met VG-Pack

Tijdens het gebruik van VG—Pack zijn er legio xnogelijkheden oxn

het

pakket te gebruiken. Het verschil zit daarbij niet in de keu- ze in de menu's maar in de keuze van opties in de progrannna's. De keuze van opties is van invloed op hoe de analyse wordt uitge- voerd. Een goede keuze kan de analyse vergemakkelijken. Vergis- singen kunnen problernen veroorzaken, doordat de resultaten lasti—

ger zijn oni

te

interpreteren. In Bijlage 1 is een grote hoeveel—

heid terminaldialoog opgenomen, waarin te zien is wat voor vragen de diverse progranirna's stellen. En hoe die vragen bijvoorbeeld beantwoord zouden kunnen worden. Bijlage 1 is ook te gebruiken _om na te slaan hoe een bepaald programma hoort te gaan. Waarbij de beperking geldt dat de voorbeelden zich nieestal beperken tot 1

mogelijkheid voor elke optie binnen een progranima. Wanneer het nodig is oni bepaalde vragen anders te beantwoorden, kan dat _tot gevoig hebben dat een programma, zich heel anders gedraagt dan in

Bijlage 1.

In Bijiage 1 zijn de volgende delen opgenomen:

1) terminaldialoog, wat komt er op het scherm tijdens het gebruik van VG-Pack.

2) resultaten van de diverse analyses, die in de terrninaldialoog voorkonien.

3) de invoerbestanden, waarin de oorspronkelijke gegevens staan.

Een nuttige aanwijzing oni het gebruik van CANOCO, een onderdeel van VG-Pack te vergexnakkelijken is het uitbuiten van de rnogelijk- heden die de files CANOCO.CON en CANOC2.CON bieden. In deze beide files worden door CANOCO de antwoorden die op een vraag worden

gegeven opgeslagen. Wanneer er een analyses is uitgevoerd met

CANOCO die vermoedelijk nog vaker zal voor komen is het verstan—

dig dit file na afloop van de analyse een nieuwe naani te _geven.

Een naani die bij voorkeur de uitgevoerde analyse typeert.

B.V. 'CCASQRT.con' zou de naam kunnen zijn van een file waarin de antwoorden staan die nodig zijn om CANOCO een Canonische Corres—

pondentie Analyse te laten uitvoeren. Waarbij de gegevens voordat aan de analyse wordt begonnnen, worden vervangen door hun wortel

(SQuareRooT). Een copie van dit file kan, voor een volgende ana-

lyse,

met een editor worden bewerkt zodat de juiste bestanden

worden gebruikt. Voordeel van deze wijze van werken is dat onrno—

gelijk is, ongewenst,

door een vergissing een optie anders te

kiezen dan bij een voorgaande analyse. Hierdoor zijn de resulta-

10

ten van de analyses optiniaal met elkaar vergeiijkbaar. Het editen van .CON-f lies van CANOCO is niet inoeilijk doordat de files van automatisch, door CANOCO, van commentaar voorzien worden.

VG-Pack Manual

3. Bestanden en Omgang met de VAX—computer.

3. 1. Bestandsnamen

Bastanden of files moeten van een

naam worden voorzien. _Bij 1enoemen van de files zijn er enkele zaken waar U, als gebruiker n VG-Pack, rekening inee xnoet houden.

3..) De regels die op de VAX gelden aangaande de naamgeving van bestanden. N.L. een naam van maximaal 39 tekens (aA—zZ, 0—

9,$ en _),

waarbij

geen onderscheicl wordt gemaakt tussen hoofd— en kleine letters, gevolgd door een optionele ex—

tensie van 3 tekens. Deze extensie is vergelijkbaar met de extensie die ook op P.C.'s wordt _gebruikt. (R.C. R.UG.,

1986)

2) De ruiinte die VG-Pack U biedt oin de voorgaande xnogelijkhe- den in toe te passen. VG-Pack gebruikt voor filenamen een string van 10 tekens. U kunt de volgeride filenamen- sjablonen gebruiken binnen VG—Pack:

n.l. xxxxxx.yyy.

xxxxxxx.yy xxxxxxxx.y

xxxxxxxxxx xxxxxxxxxx. dat

Al met al levert dit een groot aantal mogelijke filenamen op.

De laatste vorm, resulteert binnen VG-Pack in het bewerken van een file met de naam xxxxxxxxxx.dat.

3.2. Bestands- of filetypes.

Bestanden of

files kunnen

op vele manieren opgebouwd worden.

Binnen VG-pack zult U de volgende drie

bestandstypes het meest tegen komen.

Deze types zijn: 1) Groningen Condensed, 2) Cornell Condensed,

3) Databarik.

Elk van de types heeft zijn eigen voordelen en nadelen.

De verschillende types zullen hier

achtereenvolgens behandeld worden, waarbij

ook enige aandacht zal worden besteed aan de

voor- en nadelen van elk type.

Alle formaten omvatten de volgende _gegevens:

1) Een nummer ter identificatie van de opname.

2) Omschrijving van de soorten, door ofwel nurnmers waaraan _een naam wordt gekoppeld of rechtstreeks een naam.

Die naam bestaat steeds ult een 6 of 7 tekens lange code in _wat

Free Format wordt genoemd. Voor bet

in korten van een echte soortsnaam tot 6 of 7 tekens bestaat de volgende _conventje:

eerste 4 letters van de geslachtsnaam gevolgd door de eerste ₂ letters van het tweede deel van de naam. De zevende positie wordt gebruikt om ondersoorten aan te geven m.b.v. een cijfer.

Voor de Nederlandse Flora is een lijst opgestelcj met officjële

"computer—codes", die op de zojuist beschreven _{regel is} gebaseerd. Het

is nuttig om de soortscodes uit de lijst te

gebruiken, zeker bij gegevens die uitgewisseld gaan worden, of wanneer er ondersoorten onderscheidden zijn tijdens het _maken van de opnames. De Lijst met ComputerSoortsNamen

is als Bijiage

2, aari deze handleiding toegevoegd.

3) Daarnaast is in alle datafileformaten vanzelfsprekend de abundantie—waarde opgenomen.

12

3.2.1. Groningen Condensed.

Dit type file ziet er als volgt uit.

"opname nummer"

"soort

nummer" "abundantie" ["srt.nr." "ab"]

Afhankelijk van de soortnummers moeten de opnames genurnmerd worden met nurnmers >1000 of >10000. (Opnainenummers moeten groter zijn dan de soortnummers)

Een opnaine wordt afgesloten met een "00" achteraan de laatste

regel.

Opnames kunnen verdeeld over Ineerdere regels staan, waarbij de keuze bestaat of het opnaxne nununer op elke nieuwe regel te herha- len of deze herhaling achterwege te laten. Het herhalen van het opnainenununer op volgende regels kan bij sominige programma's tot fouten leiden. Wanneer de opnarnes in het file worden opgenomen zoals in figuur 4 ontstaan voor zover bekend geen probleinen, en is gemakkelijk te zien hoeveel regels een opname in beslag neemt.

Figuur 4: Groningen Condensed

1034 01 10 02 30 03 15 04 05 24 20 15 10 16 02 17 02 08 02 09 02 10 02 12 05 00

Op de tweede regel staan soorten die ook bij opname 1034 horen.

In een bijbehorend file kunnen de soortsnamen staan in een 6 of 7 lettercode in "Free Format", waarbij elke code van de volgende xnoet zijn gescheiden door ininstens 1 spatie. Het beste is om 2 of meer spaties tussen de namen te hebben. Het belangrijkst is dat elke naarn 8 posities in neemt. Kortere namen inoeten met spaties tot 8 posities warden uitgevuld. N.B. het kan uitmaken waar de uitvul 1 ingsspaties geplaatst warden.

Figuur 5: Groningen Condensed soortnarnen-file

PUCCMA JUNCGE TRIGMA ARNEMA ARTMEA FESTRU SPATAN GLAXMA SUEAMA POAAXX PLANMA PLANCO PLANMJ PLANLA BELLPE

Deze reeks geeft

aan de soortnummers 1 t/m 15 eeri betekenis.

Waarbij de soorten opeenvolgend genuinmerd worden. Opeenvolgend nuinmeren van soorten heeft de voorkeur omdat soxnmige programma's dit eisen.

Een tweede rnogelijkheid om aan soortsnummers een betekenis te geven is met een file met de volgende opbouw:

(NR) naam (NR) naam etc.

In een dergelijk file hoeven de soorten niet opeenvolgende genummerd te zijn.

Een nadeel van Groningen Condensed is dat twee files nodig zijn

\1G-Pack Manual

analyse files die niet bij elkaar horen met elkaar gecombineerd

woren.

Een voordeel is dat de opzet van de files erg overzichtelijk is, waardoor dit type file bij uitstek geschikt is voor invoer _van gegevens.

3.2.2. Cornell Condensed

Dit data—formaat wordt door veel programma's gebruikt, met _name door prograrnma's die aan de Cornell University zijn ontwikkeld.

Canoco is een van de programma's die in VG—pack zijn opgenonien

die gebruik

_{maken van bestanden met het Cornell Condensed}

formaat.

Het Cornell Condensed formaat (Ter Braak, l987a) bestaat uit de volgende onderdelen:

1) een titelregel, ter identificatie van de gegevens in het file.

2) een Fortran—formaatregel, die voor Fortran—programma's beschrijft hoe het file gelezen moet worden. Een Fortran-formaat—

regel is uit de volgende elementen op te bouwen:

'X' of 'nX' ^: lees 1 of lees n spaties.

'In' of 'pIn' : lees een integer (geheel getal) vanaf de komende n posities of lees

p maal

zo'n

integer.

'Fn,rn'of 'pFn.m' ^: lees een Fortran—real, van de volgende n

posities, de real heeft m decimale plaatsen of lees p maal ZO'fl real.

herhaal het stuk tussen de haakjes n maal.

ga naar de volgende regel.

De complete formaatregel staat ook tussen haakjes

Q.

De formaatregel uit Figuur 6, (i4,9(i4,f3.0)), betekent dat de regels in het file beginnen met een integer van 4 posities, _en

dat daarna

nog 9

getallenparen komen van een

integer van 4

posities en een real van van 3 posities zonder decirnalen. In Ter Braak, 1987b, worden ook een aantal formaatregels besproken.

3) veelal zit in het formaat

een herhaling van een

_aantal getallenparen op éen regel ingebakken. Hoeveel van zulke _{paren er} inaximaal op een regel staan, staat ook nog eens op het einde van regel 2 (positie 69/70 -

tientallen

op positie 69, eenheden op positie 70) of aan het begin van regel 3.

4) Op de volgende regels staan de gegevens gerangschikt in het formaat zoals dat is omschreven in regl 2. Dit zijn in eerste instantie de opnames en de soorten met de bijbehorende abundan- ties. Een opnamenummer 0000 (nul) geeft het einde van de opname- gegevens aan.

Hierna volgen de namen van de soorten, in 6 of 7 karakter Free Format. En tot slot de namen van de opnames. Meestal is dit _een herhaling de opnamenummers, maar het kan ook een nadere Karakte- risering van de opnames zijn. Ook hier moet voldaan worden _aan 6/7 kar. Free Format.

Voor Cornell Condensed (en Full) Format—files die door Canoco gelezen worden moeten de soorts- en opname karakteriseringen _per 10 op een regel staan. Elke 'naam' moet 8 posities in nemen. Het aantal 'namen' op een regel is onafhankelijk van de formaatregel boven aan in het file (op regel 2).

14

VG-Trans schrijft Cornell Condensed

files op deze wize. Het

invoerfile voor VG-Trans kan zowel in Groningen Condensed forrnaat zijn als in Databank formaat.

Figuur 6: file in Cornell Condensed formaat.

cornell condensed format, r=50, s=24.

(i4,9(i4,f3.0))

9

11222330440510627292105

1 11 10

2122235045055627592105

2 11 20

31235045557282092102112

3 12 2

4 1 2 3 40 4 10 5 10 7 2 8 10 9 2 10 2 11 5

4 12 2

Hier zijn enkele opnarnes verwijderd) 0000

SALCXX SUAEMA PUCCMA LIMOVU TRIGMA ASTETR ARTEMA GLAXMA _JUNCGE SPEGMA PL7NMA ARNEMA FESTRU AGRSST ELYMPY TRIFRE POTEAN LOLIPE POAAXX PLANCO CERAFO PLANLA LEONAU PLANMJ

1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010

lOll

1012 1013 1014 1015 1016 1017 1018 1019 1020 1021 1022 1023 1024 1025 1026 1027 1028 1029 1033 1034 1035 1037 1040 1041 1042 1043 1044 1045 1046 1047 1048 1049 1050 1051 1052 1053 1054 1055 1056

Een voordeel van Cornell Condensed t.o.v. Groningen Condensed is dat alle gegevens in hetzelfde file staan en dus bij elkaar blij- yen. Doordat de gehele structuur van het file complexer is dan van Groningen Condensed is het moeilijker om de gegevens recht- streeks in te voeren in Cornell Condensed format.

3.2.3. Databank

Dit formaat bestaat uit een ingewikkelde kopregel, waarin o.a.

een identificatiecode voor de opnemer is opgenomen, aismede het aantal soorten dat in de opnarne voorkomt. En verder uit een tus- senregel, waarin ruimte is voor commentaar en een aantal regels waarin de opnamegegevens staan.

Opbouw Databank—file.

"kopregel, Imet id-code opnemer, "jaar", drie vrije plaatsen, opnarne nr, acht vrije plaatsen, aantal soorten]"

"tussenregel, vrij te besteden, moet met 99 worden afgesloten"

"soortscode" "abundantie" _[

"srt

code" "ab" _]

De vrije plaatsen in de kopregel kunnen door de gebruiker zeif worden ingevuld om opnames te coderen. De tussenregel, kan b.v.

VG-Pack Manual

een regel staan. Elk koppel van soortcode en abundantie moet _aan de volgende vormgeving voldoen:

6+1 posities voor de soortsnaam

₍₊₁ indien ondersoorten zijn onderscheidden).

2 posities voor de bedekking/abundantie.

1 spatie als scheiding tot het volgende koppel.

Eén koppel beslaat dus precies 10 posities, en wanneer 7 posities gebruikt Zijn voor de soort, met aanduiding van de ondersoort, staat er geen spatie tussen de soortscode en de abundantiewaarde.

Figuur 7: DATABANK-file.

aaa 11111034 1111111115

99

SUAEMA 02

ASTETR 02

ARTEMA 30 JUNCGE 10 SPEGMA 02

_{PLANMA 05}

GLAXMA 02

FESTRU 30 AGRSST 05 TRIFRE 05 POTEAN 20 ELYMPY 05

LOLIPE 05 POAAXX 02 PLANCO 02

aaa 1 ¹ 1 1 1035 1 1 1 3. 1 1 1 1 12

99

TRIGMA 02 ARTEMA 02

JUNCGE 20 SPEGMA 02

PLANMA 02 GLAXMA 05

FESTRU 50 AGRSST 10 TRIFRE 05 POTEAN 05 ELYMPY 05 LOLIPE

₀₂

Het belangrijkste voordeel, is dat een file met opnarnes in Data- bankformaat

leesbaar is. Door het file te lezen kan iemand _zich een beeld vormen van de vegetatie op de opnarneplaats, mits hij enigzins bekend is met de soorten en een groeiomstandigheden. De andere datafileformaten laten zich niet op deze manier 'lezen' Een ander voordeel van het Databankformaat is dat alle _gegevens in hetzelfde file staan en dat bij elke opnarne kan staan door wie en wanneer deze opname is geniaakt. Regelniatig is dat echter niet het geval, meestal onidat databank—files vanuit Gronirigen of Cor- nell Condensed zijn onigezet met behuip van VG-Trans. Files waarin al deze informatie niet is opgenomen.

Voor gegevensinvoer is Databank niet geschikt. De structuur _van de kopregel is erg complex, en steeds opnieuw intikken van een 6 tekens lange soortscode kost veel tijd. Bovendien brengt de her- haling een groot risico voor typefouten met zich _mee.

Naast deze bestandstypes kan voor Canoco, dat ook deel uit maakt van de VG-pack, een ander type file gebruikt worden n.1. _Full

Format. Deze files lijken qua opzet veel op Cornell Condensed- files. Het grote verschil is dat in Full Format voor elke moge- lijke waarneming/nieting jets in het file staat. Dit betekent dat vaak veel nullen in een Full Format file staan.

Veel statistische pakketten maken

gebruik van

files in dit formaat.

Voor nadere uitleg van de bestanden die Canoco kan

_verwerken, wordt verwezen naar de handleiding van dit prograinma (Ter Braak,

1987a)

16

3.3. Bestanden en Prograinma's

Door de verschillende data-formaten die mogelijk zijn kan ondui- delijkheid ontstaan over het formaat dat voor een programma ge- bruikt inoet worden.

In het algexneen geldt dat Groningen Condensed geschikt is voor alle programma's In.u.v. Canoco (Cornell Condensed) en Canoplot (Machine Readable Copy van Canoco) en de prograxnxna's Ordin en Aclus die een dissirnilariteitsmatrix als invoer nodig hebben.

Naast deze programma's zijn er prograxnma's zoals Denal, dat den- drogrammen van clusteringen op kwaliteit beoordeelt, die een re- sultaat van een ander programrna als invoer gebruiken. In Tabel 1 is een samenvatting gemaakt van de xnogelijkheden van de program- ma's en de files die de programina's als invoer en uitvoer hebben.

Een ander voorbeeld van een afwij king van het patroon van in— en uitvoerfiles, is de productie van een (semi-) kiassieke associa- tietabel in.b.v. de computer. Door eerst met Coran een Correspon- dance Analysis uit te voeren krijgt men de beschikking over een

uitvoerfile dat als tweede invoerfile kan dienen voor Sheet.

Sheet leest in eerste instantie een Groningen Condensed—file, waarna Sheet de mogelijkheid biedt om de tabel te inanipuleren.

Een van de inanipulatiemogelijkheden xnaakt gebruik van de analyse van Coran oin de soorten en opnames autoinatisch volgens de

'ideale' volgorde te rangschikken.

3.4. Omgang met de Computer.

Niet alle taken die nodig zijn bij de gegevensverwerking met be- huip van de computer zijn in VG-Pack opgenomen. Zo zijn in VG- Pack geen faciliteiten opgenomen voor:

—

overzichten

van bestanden.

-

het

copiëren/verwijderen/herbenoemen van bestanden.

-

wijzigen

van bestanden (editen).

—

printen

van bestanden.

Om de eerste problernen die rnogelijk ontstaan op te helpen oplos- sen, wordt een kort overzicht gegeven van een aantal commando's.

Van deze commando's wordt in het kort aangegeven wat de gebruiks—

mogelijkheden zijn (R.C. R.U.G. 1986).

3.4.1. Overzicht Bestanden

Het commando om een overzicht van de aanwezige bestanden te

krijgen is:

DIR

Nuttige toevoegingen aan dit commando kunnen zijn :

Alleen files met een bepaalde naam/extensie: b.v. DIR *.veg geeft een overzicht van alle (*) files met .veg als extensie Laat ook de filebeschermingscode zien: DIR /PROT Laat de filegrootte zien (per blok van 512 bytes): DIR /SIZE Deze mogelijkheden kunnen gecombineerd worden.

VG-Pack Manual

3.4.2. Copiëren en verwilderen van Bestanden Het commando om een bestand te copiëren is:

Copy oudenaam..ext nieuwenaam.ext

Indien de filenamen worden weggelaten vraagt de computer eerst:

From:

en vervolgens:

To:

Waar de filenamen alsnog kunnen worden ingevuld.

Oxn een bestand te verwijderen is het volgende commando _beschik—

baar:

DELETE /CONFIRN filenaam.ext;nr

Door dit commando te gebruiken vraagt de computer om een beves- tiging (confirmation) alvorens het file daadwerkelijk te verwij—

deren. Het versienummer (nr) van het file rnoet worden opgegeven, wanneer dit wordt weggelaten volgt een foutmelding van de _compu- ter.

DEL /CONFIRN opnames82%%%%.dat;*

Dit commando verwijdert, met bevestiging per file, alle files met opnainegegevens uit 1982, voor alle versies (;*) en waarbij de ₄ procent-tekens een 4—karaktercodering van de plaats waar de opna- mes gemaakt zijn, kunnen zijn. Indien hier een * _was gebruikt in

plaats van

%%%% zouden ook

files met een langere plaatscode

o.i.d. meegenomen worden.

N.B. voor deze zogeheten 'wildcards' (=jokers, % en *) geldt dat ze resp. staan voor 1 of geen willekeurig teken, en voor

O—X tekens; X E [1. .39].

Om een verwijdering te bevestigen moet 'y' of 'Y' + _{RETURN worden} ingetikt. Voor behouden van een file is een druk RETURN voldoen- de; 'N' of 'n' is n.l. het Voorgeprogrammeerde antwoord. _Deze tekens mogen echter ook worden gebruikt. Doordat op RETURN moet worden gedrukt, is er gelegenheid tot correctie. B.v. is er op

'y' gedrukt, maar moet het file niet verwijderd worden, dan _kan op 'n' worden gedrukt om te corrigeren. Wordt daarna op RETURN gedrukt dan blijft het file bestaan.

Bestanden kunnen worden herbenoemd, d.w.z. de naam waaronder de gegevens bereikbaar zijn kan gewijzigd worden. Het commando hiervoor is:

RENAME

oudenaam.ext nieuwenaam.ext

Indien de filenamen worden weggelaten vraagt de computer _eerst:

From:

en

vervolgens:

To:

Waar de filenamen alsnog kunnen worden ingevuld.

18

Wildcards kunnen bij niet alleen bij de DELETE-opdracht worden gebruikt. 00k bij de copy- en RENAME-opdracht kunnnen wildcards worden opgegeven, zodat in één kiap meerdere files verwerkt kunnen

worden.

3.4.3.

Wijzigen van bestanden

Het wijzigen of editen van bestanden is op de VAX met verschil- lende editors mogelijk. Beschikbaar zijn o.a. EDIT, EDN en ESE.

De eerste is een bij de computer horende regeleditor.

De tweede is een VAX-versie van de EDiNburgh editor (EDN), deze verschilt

in enige opzichten van de CYBER—versie. Het is een

regeleditor.

ESE, is een schermeditor,

vergelijkbaar met veel

editors op P.C.'s. Met de cursor en de pijltjes—toetsen kan de plaats van de typefout worden aangewezen/bereikt, en kan de verbetering direct plaatsvinden. In ESE moeten voor o.a. zoeken naar en vervarigen van tekstfragmenten EDN-cornmando's gebruikt worden.

ESE kan op de VAX gebruikt worden in combinatie met de volgende Terminals: Televideo 910,912,920,925, DEC VT100 en P.C.'s die met Kermit een terminal eniuleren. Na aanroep vraagt ESE met wat voor terminal gewerkt wordt.

Van welke editor U gebruik zal maken, zal van een aantal factoren afhangen. 0.a. kent U een van de editors al, wat moet er gedaan worden, welke terminal gebruikt U.

De inhoud van een tekst- of gegevensfile kan op de VAX bekeken worden zonder gebruik te niaken van een editor. Hiertoe is het TYPE filenaam.ext commando beschikbaar.

3.4.4. Printen van bestanden

Na het uitvoeren van analyses, moet men de resultaten ook op

papier kunnen krijgen. Er zijn twee manieren beschikbaar om op de VAX8600 een file te laten printen.

De eerste mogelijkheid laat een file printen op de standaard-

printer voor de VAX8600. Deze printer staat op de 1e verdieping van het WSN-gebouw in een printerruimte.

Print filenaam

De tweede mogelijkheid laat een file afdrukken via een printer die is aarigesloten op het printernetwerk. Hiermee kan een file b.v. worden afgedrukt door de printer die op de Oude Boteringe- straat staat.

Spool filenaam printernaam

Op het printernetwerk zijn o.a. de volgende printers aangesloten:

Oude Boteringestraat= 0B23. RCZB= zelfbedieningsstation Reken- Centruni; WSN1= zelfbedieningsstation 1e verdieping WSN.

VG-Pack Manual 3.4.5. Het Password

Om toegang te krijgen tot de VAX rnoet U in het bezit zijn van een UserNanie en Password, en iemand , de MasterUser, moet toestaan dat Uop zijn (evt. uw eigen) rekening de computer te gebruikt.

De meeste rekeningen zijn niet van een persoon inaar van een yak—

groep of deel daarvan. Binnen een groep is er iemand die namens de groep de functie van MasterUser op zich heeft _genomen.

Cornputergebruik is, in principe, niet gratis. Binnen de Universi- teit is door veel instituten e.d. een afkoopsom betaald, binnen zekere grenzen kan onbeperkt worden gerekend voor dat geld. Ande- re zaken zoals het laten printen van teksten op de laserprinter of het laten plotten van grafieken kunnen echter extra geld _kos- ten.

Uw Password heeft een beperkte geldigheidsduur n.l. 180 dagen. _Na die periode xnoet U een nieuw password kiezen. Wanneer het pass—

word vernieuwed Inoet worden, geeft de computer bij het inloggen de volgende boodschap: Your password has expired. En wat begelei- dende tekst. In deze tekst staat al hoe het password gewijzigd kan worden.

Het commando om het password te wijzigen is:

SET PASSWORD

De computer vraagt vervolgens:

Old Password:

New Password:

Verification:

De verification/controlestap wordt evt. herhaald. Herhaling vind plaats totdat het nieuwe password nogmaals correct d.w.z. gelijk aan de eerste keer wordt ingetypt.

Indien tijdens de inlogprocedure gemeld wordt, dat het password is verlopen, moet tijdens de sessie het password vernieuwd _wor- den. Wordt dit niet gedaan, dan is het onmogelijk _oin

een

^volgende

keer contact met de computer te leggen.

De enige rnogelijkheid oni opnieuw toegang tot de computer te krij- gen, is uw inasteruser verzoeken uw Password opnieuw te initiali—

seren. Na initialisatie is het Password gelijk aan uw _username, en rnoet het m.b.v. SET PASSWORD ingesteld worden.

Voorkomen is beter dan genezen, voorkom daarom dat uw password verloopt. Vervang het password vaker dan eenmaal in de 180 dagen, wanneer de computer eroin vraagt. Dit is ineteen een verbetering van de bescherniing van uw gegevens.

20

4. Overzicht VG-Pack

4.1. Installatieprocedure VG-Pack.

Bij het installeren van VG-Pack is het raadzaam een speciaal di- rectory te maken, waar de files van VG—Pack in geplaatst worden.

Door VGPREP.com (zie Figuur 8) aan te passen kan het pakket voor gebruikers werken alsof het bij de gebruiker in het eigen direc- tory staat.

Door VG-Pack in een eigen directory te plaatsen en dit te cornbi- neren met VGPREP.com kan de 'system overhead' gereduceerd worden.

Met andere woorden de aanwezigheid van overbodige kopieën van het pakket wordt voorkomen.

Elke gebruiker dient in zijn eigen directory de beschikking te hebben over een 'persoonlijke' versie van het file VGPREP.com.

Na het plaatsen van VG—Pack in een eigen subdirectory is het nut—

tig dat degene die hiervoor gezorgd heeft zorgt dat de versie van VGPREP.com, die in dat directory aanwezig is, aangepast is aan de naarn van het directory. Ook is het nuttig wanneer deze persoon er

zorg voor draagt dat de protectie van de programxna's zodanig

wordt ingesteld dat zo mm mogelijk xnensen de files kunnen wijzi-

gen of verwijderen.

De wijziging in VGPREP.com gaat oin

de

logical in regel 7. Het aan te passen deel is de directory-specificatie tussen de blokhaken.

Om de wijzigingen in VGPREP te begeleiden, is het file intern van begeleidende (engelse) tekst voorzien.

Voor de

beveiliging van de

files moet een commando als

het volgende gegeven worden:

Set protection=(S,G,W:RE,O:RWED) *.*

Figuur

8: VGPREP.com

$ ! Redifinition of the systemprompt to remind you that

$ ! than you are free to use VG-pack facilities

$

set

prompt="VG—pack >>

$ ^! The directory specification in the following logical

$ ! should match the directory where the

$ ! VG-pack files are to be found on your system.

$

assign

[gwbb.jtjvdw] vgexe

$ ! The next logical is for the directory containing your

$ ! datafiles. Preferably this is another directory than

$ ! the one containing the program-files of VG-pack.

$ ! In this way the files do not clutter up the transparancy

$ ^! of your data- or program-directory

$

assign

[gwbb.jtjvdw.vegdata] data

$ ! This is to make sure that VG-pack is started in your

$ ! data directory enabling it to find your data.

$

set

default data

$ ! Symbol to start VG-pack with.

$

vgpack

^:==

run

vgscreen

$ ! The next two lines make a file easily accessible. This file

$ ! reduces system overhead, by deleting the helpfiles

and tabel.veg from your datadirectory. If this file finds

VG-Pack Manual

$ end @vgend

$

assign

vgexe:vgend vgend

$ ^! vgexe in the next command should be replaced with data

$ ^! when vgprep.corn is in your data-directory in stead of

$ ^! in the VG-pack-directory

$

assign

vgexe:vgprep vgprep

$ I The next command enable VG-pack to execute its

$ ! programs at your request with these programs being

$ ^! present in your own datadirectory. Thus reducing system

$ I overhead.

$ ASSIGN vgexe:aclus aclus

$ ASSIGN vgexe:assan assan

Hier staan in werkelijkheid nog ineer assign-statements.

$ ASSIGN vgexe:vgmain vgTnain

$ ASSIGN vgexe:vgscreen vgscreen

$ ^! The next construction determines if the help-files

$ ^I and tabel.veg are already present in your data-

$ ! directory. (This is where they need to be if you want

$ ^! to be able to use the help-facility)

$ ^I If these files are not yet present, then they are copied

$ ^! to your data directory. In other cases they are not copied

$ ^! which saves you some time.

$ ^I If the files were not present, than you can get rid of them

$ ¹ by typing "end" when you are done with VG-pack

$

Hulpexist

==

f$search

("data:*.hlp;l")

$

Tabelexist

==

f$earch

("data:tabel.veg;l")

$

if

hulpexist.eqs. "

then

copy vgexe:*.hlp data:*.hlp;l

$

if tabelexist.eqs. " then

copy vgexe:tabel.veg data:tabel.-

veg; 1

4.1.1. Persoonli-jice Installatie.

Voor een gebruiker van VG-Pack is weinig moeite voldoende _{om vol-} ledig met het pakket overweg te kunnen. Enige kennis van omgang met de computer is wel wenselijk. Meer kennis dan in dit manual beschikbaar is, is niet nodig voor wat betreft de oingang met de computer. Zeker niet wanneer de moeite wordt genoinen om tijdens het gebruik de boodschappen, mededelingen en vragen van de pro—

graxnma's te lezen en te begrijpen. En wanneer daar vervolgens naar gehandeld wordt.

Hoe VG—Pack gestart moet worden is omschreven in 2.1.1

Om zelf de persoonlijke installatie te kunnen uitvoeren moet de gebruiker een copie van VGPREP.com kunnen maken in zijn eigen f 1—

legebied (=directory). Daarvoor moet bekend zijn in welk directo- ry de originele VGPREP.com staat.

Met behuip van een editor moet dan een kleine wijziging in VGPREP .com worden aangebracht. Op regel 13 moet tussen de blokhaken de

omschrijving worden geplaatst van

het (sub)directory waar de data—bestanden van de gebruiker staan. Zie ook figuur 8.

22

4.2. Overzicht prograinma's

De volgende tabel geeft een overzicht van de rnogelijkheden die de diverse programma's bieden. In de kolommen Input-file en Uitvoer wordt de default filenaam tussen haakjes aangegeven. Canoco en Canoplot kennen geen defaults voor filenanien.

Ten behoeve van de overzichtelijkheid zijn de programma's geordend naar toepassingsgebied.

Tabel 1: Overzicht van de xnogelijkheden van de programma's die in VG-Pack zijn opgenolnen.

Naam gen.

Input-f ile Uitvoer

Opties/Opmerkin-

Clustering.

Dimat Gron. Condensed (FD.veg)

Dissiin. xnatr.

(FT.veg) Opn. nrs.

(FZ.veg)

-test datafile, opn.

matrix, soortsrnatrix

— geen datatransf., pres./abs.

—

%diss.,

Comm.

Coeff., Euc..Dis., Euc.Dis.

Aclus Gron. Condensed (FD.veg)

Nanien (FN.veg)

Agloinerative Clustering

(FOACL.veg) Infile voor Dendro (FB.veg) Assan Gron. Condensed

(FD.veg)

Narnen (FN.veg)

Dendro Uitvoer van o.a.

Assan en Aclus (FB.veg)

evt. opname nrs.

(FZ.veg)

Association Analysis

(FOASS .veg) Infile voor Dendro (FB.veg) Dendrogram

(FODEN .veg)

—divisieve, hierar- chische, rnonothe- thische clustering.

Eerste regel van FB.veg is:

1)Aantal opnames.

2)Breedte grafiek (65=scherm)

3) aantal dissecties 0=geen, X 0=

dissectie bij X Denal 1 of 2 clusterin-

gen in een file (o.a. FB.veg)

Resultaat (FODAL.veg)

- 1

^clustering

analyseren of 2 met elkaar vergelijken.

Indic Clustering (FB.veg) +

Groningen

Condensed (FD.veg)

evt. Namen (FN.veg)

Resultaat (FOIND.veg)

— datatransforrnatje

-

gemiddelde

opn.

—

soortnamen

-

indicatoren/groep

10, default =

3).

VG-Pack Manual

Overzicht

inogelijkheden programma's

1Jaam

Input-file, Uitvoer Opties/Opmerkin-

gen.

Ordinatie

Cok

enkele van deze programxna's inaken gebruik van de dissinuilari- teitsmatrix zoals die door Diinat wordt berekend (Zie onder Clustering)

Coran

Gron. Condensed Coördinaten & Correspondance Ana—

(FD.veg) rangnurnrners lysis op 1 as, geeft opn. en srt.; in combinatie met

"ideale" orde— Shif een ideale ye—

fling tabel; tatietabel.

invoer voor Shift.

(FOCOR.veg)

Ordin Diss.mat (FT.veg) Ordinatie Wisconsin Colnpa- (FUORD.veg) rative Ordination.

invoer voor Oplot.

Oplot Gron. Condensed Grafiek -

aantal

assen (2-4) (FD.veg) + (FOOPL.veg) -

lengte

^assen

Speciaal - aanmnaken FQ.veg

(FUORD. veg)

evt. kiassedef in.

en codes in (FQ.veg)

Canoco Cornell Cond. Tabellen —

"Alles—kunner"

^op

(geen default) (geen default) ordinatiegebied.

Machine — Zeer veel opties readable copy

(geen default)

Canoplot Machine readable Grafieken — Vragen over vele

copy (geen zaken aangaande

(geen default) default)

variabelen

etc. die in de grafieken

worden afgebeeld.

Shift Gron. Condensed -

Tabelinanipulatie,

mnogelijkheid om m.b.v.

FOCOR.veg (uitvoer van Coran) een bij benade—

ring ideale klassieke

vegetatietabel

te maken.

24

Overzicht mogelijkheden programma's

Naam Input-file Uitvoer

gen.

Opt ies/Opmerkin-

File formaat conversie Trans Gr.cond., Cornell

Condensed, Data—

bank (FA.veg) evt. Nainen

(FN.veg)

evt. nuinmers en namen van opnames en soorten die weg—

gelaten moeten wor—

den (FW.veg)

4.3. Diinensionering van de programma's

—welke soort -welke xnilieufactor

—curve bereken /

curve

constructie

—opvul len

-

afh.

van type v/h infile vragen, over o.a. hernummeren of converteren, type conversie, evt.

data-transforinatje, weg te laten soor—

ten en opnames.

N.B..: niet elk Cor- nell condensed file kan door deze versie van Trans verwerkt worden.

De meeste prograinma's zijn op de VAXB600 geherdiinensioneerd. Dit houdt in dat alleen zéér grote datasets niet met de programma's, in gecompileerde vorm, verwerkt kunnen worden. Indien de program- ma's toch te klein blijken, is het mogelijk om de arrays verder te vergroten, zodat nog grotere datasets verwerkt kunnen worden.

Als waarschuwing hierbij geldt dat bij verder vergroten van de arrays de kans bestaat dat de grenzen van het virtuele geheugen van de VAX bereikt worden of overschreden worden. Of het hierbij gaat am een fysische beperking of een beperking in de mogelijk- heden die, door de systeembeheerders, aan de gebruiker is _opge—

legd, is niet bekend. Ook kanhet voor verschillende gebruikers of de ene mogelijkheid of de andere zijn. Deze opmerking geldt

voor de VAX8600 van het Rekencentrum van R.U. Groningen. Vax-

computers van andere instituten kunnen afwijkende mogelijkheden hebben van hetgeen hier gesteld is.

Voor het aanpassen van de declaraties van arrays nioet beschikt kunnen worden over de source—codes van programnma's. De source—

codes zijn beschikbaar op de VAX8600 van de R.U. Groningen. Maar deze files zijn, door fileprotectie, niet voor iedereen toeganke- lijk. Indien de behoefte ontstaat aan aanpassing van een program-

ma, moet

contact worden opgenomen met

het Laboratorium voor PlantenOecologie.

Responcie curves

Curve / FD.veg (Gr.cond.) FOCtJR.veg Ecam2 FF.veg (2dimn. ma- (grafieken,

trix, opnames x berekende mnilieufactoren). responcie—

curves)

File in het gevraagde formaat

(FD.veg)

VG-Pack Manual

— Aantal

^OpnaInes

-

Aantal

Soorten

-

Aantal

Milieuvariabelen

—

Interacties

tussen Milieuvariabelen

—

Covariabelen

—

Presenties

in de opnaine gegevens

—

Aantal

metingen van Milieuvariabelen

—

Aantal

waardes van Covariabelen

4.4. Moeilijkheden & Oplossingen

In dit deel van de handleiding is van een aantal bekende nog

voorkoinende probleinen de oorzaak en de inogelijke oplossing be- schreven. Deze bezigheid staat bekend als "Trouble Shooting".

ProgramTna gaat niet verder. Geen foutinelding!!!

Oplossing:

Wacht nog wat langer, het kan zijn dat er gerekend wordt. Duurt het té lang, druk dan nogmaals op de "Enter"/"Return"—toets.

Sommige prograrnina's moeten aangeinoedigd worden.

Programma stopt/loopt vast bij het inlezen van een file. Foutinel—

ding!!!

Mogelijke oorzaak: het file dat gelezen wordt, heeft een verkeerde opbouw, het is in een verkeerd Data—formaat geschre—

yen.

Kijk na

1) welk data—formaat correct is en

2) welk data-forinaat het in te lezen file heeft. Dan mn.b.v.

Trans het file ornzetten naar het correcte data-formaat.

3) zijn geen tikfouten geinaakt bij het invoeren van de file- naam.

4) wanneer een Groningen Condensed file gelezen wordt, kan het herhalen van het opnainenuininer vooraan elke nieuwe regel voor problemen zorgen. Verwijder de opnamenuinmers van de begin van vervoigregels van een opnaine.

5) er is een te lange naain voor een file opgegeven.

Oplossing: met de renaine-opdracht (of met copy) het bestand een kortere naani geven.

26

'rabel 2: Dirnensionering van arrays in VG—Pack.

Alle programnma's in.u.v. Coran, max. aantal opnamnen: 6000 2000 max. aantal soorten: 1500 500

Assan & Canoco.

2500 500 Canoco

max. diinensies:

MNAX = 3000 NMAX = 600 NZMAX = 108

INTMAX = 50

NANAX = 100 IDMAX = 100000 NZDAT = 35000 NADAT = 9000

Active samples (CANOCO) worden nul in aantal. En het prograinma stopt, met een melding.

Oorzaak: De nummering van de opnaines en de nainen van de opnames

is het niet gelijk in het file met de opnamegegevens en het

file met de milieugegevens.

Oplossing: zeker stellen dat nurnmering en naaxngeving van de

opnaines in beide files identiek is. N.B. voor de naamgeving maakt het verschil of een opnainenaarn ^ti Opnaxne" is of ttopna_

me_". Let

daar

heel erg goed op.

Formaat conversie met Trans van Cornell Condensed naar Groningen Condensed of Databank mislukt.

Oorzaak: Trans analyseert de formaat regel van Cornell Conden- sed files niet. Trans verwacht 4 posities voor het opnamenummer en vervolgends 9 koppels van eeri soortnuininer (4 posities) en een abundantiewaarde (3 posities).

Oplossing: Cornell Condensed file (Handinatig) ombouwen zodat het wel met Trans verwerkt kan worden. Beter Trans de formaat- regel laten analyseren en daarnaar laten handelen.

Dendo, geen opnamenummers gebruiken uit FZ. Wanneer deze optie

wordt gekozen ontstaan er tijdens het inlezen van de nummers

problemen met de

indexwaarde van een variabele van het type

varying (=string). Verrnoedelijk is de string ofwel te lang of

heeft de string een lengte nul terwiji naar de waarde van de

inhoud op positie één of later wordt gevraagd.

VG-Pack Manual

Ruirnte ten behoeve van notities over inoeilijkheden met VG-Pack en evt. de gevonden oplossingen voor de moeilijkheden.

28

5.

Literatuurlj-jst

Braak

C.J.F. (l987a)

The analysis of vegetation-environment relationships by canonical correspondence analysis

Vegetatio 69 (in press) Braak C.J.F. Ter (1986)

Canonical Correspondance Analyis; A new eigenvector technique for multivariate direct gradient analysis

Ecology 67(5), 1167—1179 Braak C.J.F. Ter (l987b)

Canoco — a FORTRAN program for canonical community ordination by [partial) [detrended) correspondance analysis, principal compone- nts analysis and redundancy analysis (version 2.1).

IWIS-TNO, Wageningen, manual Braak C.J.F. Ter (1985)

Correspondance Analysis of Incidence and Abundance Data: Proper- ties in Terms of a Unirnodal Response Model.

IWIS-TNO, Wageningen, report

Braak C.J.F. ter, Looman, C.W.N. (1987)

Weighted averaging, logistic regression and the Gaussian response model.

Vegetatio ₍

in

press ⁾

Braak C.J.F., Cohn Prentice, I. (1986) A theory of gradient analysis

ITI-TNO, Wageningen, report Everitt B. (1974)

Cluster Analysis

SSRC, Heinernann Educ. Books Ltd.

Fresco L. (1980)

?Iethoden bij het Vegetatiekundig Onderzoek.

Cursusmap, R.U. Groningen Gauch H.G. jr. (1982)

Multivariate analysis in community ecology Cambridge University Press

Heiser Willem J. (1983)

Joint Ordination of Species and Sites: The Unfolding Technique.

New Dev.s in Num. Ecol. ed. P. Legendre & L. Legeridre Springer Verlag, Berlin

Hill M.O. (1973)

Reciprocal Averaging: an eigenvector method of ordination.

3.

of

Ecology, 63, 237—250

Hill M.O., Gauch H.G. jr. (1980)

Detrended

Correspondance

Analysis: an improved ordination

VG-Pack Manual Vegetatio 41, 47—58

Kershaw K.A., Looney J.H.H. (1985)

Quantative and Dynamic Plant Ecology (3.ed) Edward Arnolds Lim., London

Kramer, Koen (1986)

Evaluatie

van een aantal hierarchisch—polythetjsch-djvjsieve clustermethoden met betrekking tot de verwerking van vegetatie- kundige datasets.

doctoraal verslag, R.U. Groningen Kreeb K.H. (1983)

Vegetationskunde.

Verlag Eugen Ulmer, Stuttgart Legendre L. & Legendre P. (1983) Numerical Ecology.

Elsevier Scientific Publ. Cornp., Amsterdam Lindeman R.H., Merenda P.F., Gold, R.Z. (1980) Introduction to multivariate analysis

Scott, Foresman & Company Maarel, E. van der (1982)

on the manipulation and editing of phytosociologica]. and ecologi- cal data.

Vegetatio 50, 71—76 Orloci L. (1975)

Multivariate analysis in vegetation research.

Junk, Den Haag R.C. R.U.G. (1986) Inleiding VAX/VMS RC—publikatie 13

Wal, J.T. van der (1987)

Canonische Correspondentie Analyse doctoraal versiag, R.U. Groningen Wal, J.T. van der (1987)

VG—Pack Programmers Manual handleiding, R.U. Groningen

Whittaker R. (ed.), Tuxen R. _{(ed.) (1973)}

Handbook of Vegetation Science (V) Ordination and Classification of Communities

Junk, Den Haag

Wiegleb, Gerhard (1986)

Grenzen und Moglichkeiten der Datenanalyse in der PflanzenOkolo- gie.

Tuexenia 6, 365—377 Wildi, Otto (1986)

30

Eonzeption vegetationskundlicher Untersuchungen am Beispeil einer Gradientenanalyse.

Tuexenia 6, 379—396 Wishart D. (1978)

Clustan, User Manual (3 ed.) Edinburgh University