• No results found

University of Groningen Evolutionary ecology of sea turtles van der Zee, Jurjan Pieter

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2021

Share "University of Groningen Evolutionary ecology of sea turtles van der Zee, Jurjan Pieter"

Copied!
66
0
0

Bezig met laden.... (Bekijk nu de volledige tekst)

Hele tekst

(1)

Evolutionary ecology of sea turtles

van der Zee, Jurjan Pieter

DOI:

10.33612/diss.135516256

IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from it. Please check the document version below.

Document Version

Publisher's PDF, also known as Version of record

Publication date: 2020

Link to publication in University of Groningen/UMCG research database

Citation for published version (APA):

van der Zee, J. P. (2020). Evolutionary ecology of sea turtles. University of Groningen. https://doi.org/10.33612/diss.135516256

Copyright

Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons).

Take-down policy

If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim.

Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.

(2)
(3)

A Abreu‑Grobois A, Plotkin P. 2008. Lepidochelys olivacea. The IUCN Red List of Threatened Species  2008:e.T11534A3292503. DOI: 10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T11534A3292503.en. Ali OA, O’Rourke SM, Amish SJ, Meek MH, Luikart G, Jeffres C, Miller MR. 2016. Rad capture  (Rapture): Flexible and ef icient sequence‑based genotyping. Genetics 202:389–400.  DOI: 10.1534/genetics.115.183665. Allard M, Miyamoto MM, Bjorndal KA, Bolten AB, Bowen BW. 1994. Support for natal homing in  green turtles from mitochondrial DNA sequences. Copeia 1994:34–41. DOI:  10.2307/1446668. Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. 1990. Basic local alignment search tool.  Journal of Molecular Biology 215:403–410. DOI: 10.1016/S0022‑2836(05)80360‑2. Alvarado‑Serrano DF, Knowles LL. 2014. Ecological niche models in phylogeographic studies:  Applications, advances and precautions. Molecular Ecology Resources 14:233–248.  DOI: 10.1111/1755‑0998.12184. Alvarez‑Filip L, Dulvy NK, Gill JA, Côté IM, Watkinson AR. 2009. Flattening of Caribbean coral  reefs: Region‑wide declines in architectural complexity. Proceedings of the Royal  Society B 276:3019–3025. DOI: 10.1098/rspb.2009.0339. Amos B, Hoelzel AR. 1991. Long‑term preservation of whale skin for DNA analysis. Reports of  the International Whaling Commission, Special Issue:99–103. Anastácio R, Santos C, Lopes C, Moreira H, Souto L, Ferrão J, Garnier J, Pereira MJ. 2014.  Reproductive biology and genetic diversity of the green turtle (Chelonia mydas) in  Vamizi island, Mozambique. SpringerPlus 3:540. DOI: 10.1186/2193‑1801‑3‑540. Anderson JD, Shaver DJ, Karel WJ. 2013. Genetic diversity and natal origins of green turtles  (Chelonia mydas) in the western Gulf of Mexico. Journal of Herpetology 47:251–257.  DOI: 10.1670/12‑031. Avise JC, Bowen BW. 1994. Investigating sea turtle migration using DNA markers. Current  Opinion in Genetics & Development 4:882–886. DOI: 10.1016/0959‑437X(94)90074‑4. B Bacona CD, Silvestro D, Jaramillo C, Smith BT, Chakrabarty P, Antonelli A. 2015. Biological  evidence supports an early and complex emergence of the Isthmus of Panama.  Proceedings of the National Academy of Sciences 112:6110–6115. DOI: 10.1073/ pnas.1423853112. Baird NA, Etter PD, Atwood TS, Currey MC, Shiver AL, Lewis ZA, Selker EU, Cresko WA, Johnson  EA. 2008. Rapid SNP Discovery and Genetic Mapping Using Sequenced RAD Markers.  PLoS ONE 3:e3376‑8. DOI: 10.1371/journal.pone.0003376. Balazs GH, Chaloupka M. 2004. Thirty‑year recovery trend in the once depleted Hawaiian green  sea turtle stock. Biological Conservation 117:491–498. DOI: 10.1016/ j.biocon.2003.08.008.

(4)

Ball RM, Neigel JE, Avise JC. 1990. Gene genealogies within the organismal pedigrees of  random‑mating populations. Evolution 44:360–370. DOI: 10.1111/j.1558‑ 5646.1990.tb05205.x. Barbanti A, Martin C, Blumenthal JM, Boyle J, Broderick AC, Collyer L, Ebanks‑Petrie G, Godley  BJ, Mustin W, Ordóñez V, Pascual M, Carreras C. 2019. How many came home?  Evaluating ex situ conservation of green turtles in the Cayman Islands. Molecular  Ecology 28:1637–1651. DOI: 10.1111/mec.15017. Bass AL, Epperly SP, Braun‑McNeill J. 2004. Multi‑year analysis of stock composition of a  loggerhead turtle (Caretta caretta) foraging habitat using maximum likelihood and  Bayesian methods. Conservation Genetics 5:783–796. DOI: 10.1007/s10592‑004‑ 1979‑1. Bass AL, Epperly SP, Braun‑McNeill J. 2006. Green turtle (Chelonia mydas) foraging and nesting  aggregations in the Caribbean and Atlantic: impact of currents and behavior on  dispersal. Journal of Heredity 97:346–354. DOI: 10.1093/jhered/esl004. Bass AL, Good DA, Bjorndal KA, Richardson JI, Hillis ZM, Horrocks JA, Bowen BW. 1996. Testing  models of female reproductive migratory behaviour and population structure in the  Caribbean hawksbill turtle, Eretmochelys imbricata, with mtDNA sequences.  Molecular Ecology 5:321–328. DOI: 10.1046/j.1365‑294X.1996.00073.x. Bass AL, Lagueux CJ, Bowen BW. 1998. Origin of green turtles, Chelonia mydas, at “Sleeping  Rocks” off the northeast coast of Nicaragua. Copeia 1998:1064–1069. DOI:  10.2307/1447360. Bass AL, Witzell WN. 2000. Demographic composition of immature green turtles (Chelonia  mydas) from the East Central Florida Coast: evidence from mtDNA markers.  Herpetologica 56:357–367. Becking LE, Christianen MJA, Nava MI, Miller N, Willis S, Van Dam RP. 2016. Post‑breeding  migration routes of marine turtles from Bonaire and Klein Bonaire, Caribbean  Netherlands. Endangered Species Research 30:117–124. DOI: 10.3354/esr00733. Beerli P. 2006. Comparison of Bayesian and maximum‑likelihood inference of population  genetic parameters. Bioinformatics 22:341–345. DOI: 10.1093/bioinformatics/bti803. Beerli P, Felsenstein J. 1999. Maximum‑likelihood estimation of migration rates and effective  population numbers in two populations using a coalescent approach. Genetics 152:763– 773. Beerli P, Palczewski M. 2010. Uni ied framework to evaluate panmixia and migration direction  among multiple sampling locations. Genetics 185:313–326. DOI: 10.1534/ genetics.109.112532. Beggs JA, Horrocks JA, Krueger BH. 2007. Increase in hawksbill sea turtle Eretmochelys  imbricata nesting in Barbados, West Indies. Endangered Species Research 3:159–168.  DOI: 10.3354/esr003159. Bell I. 2013. Algivory in hawksbill turtles: Eretmochelys imbricata food selection within a 

(5)

foraging area on the Northern Great Barrier Reef. Marine Ecology 34:43–55. DOI:  10.1111/j.1439‑0485.2012.00522.x. Bell JJ, Davy SK, Jones T, Taylor MW, Webster NS. 2013. Could some coral reefs become sponge  reefs as our climate changes? Global Change Biology 19:2613–2624. DOI: 10.1111/ gcb.12212. Bell CDL, Parsons J, Austin TJ, Broderick AC, Ebanks‑Petrie G, Godley BJ. 2005. Some of them  came home: The Cayman Turtle Farm headstarting project for the green turtle  Chelonia mydas. ORYX 39:137–148. DOI: 10.1017/S0030605305000372. Bintanja R, Wal RSW van de, Oerlemans J. 2005. Modelled atmospheric temperatures and  global sea levels over the past million years. Nature 437:125–128. DOI: 10.1038/ nature03975. Birky CW, Fuerst P, Maruyama T. 1989. Organelle gene diversity under migration, mutation, and  drift: Equilibrium expectations, approach to equilibrium, effects of heteroplasmic cells,  and comparison to nuclear genes. Genetics 121:613–627. Bjorndal KA. 1980. Nutrition and grazing behavior of the green turtle Chelonia mydas. Marine  Biology 56:147–154. DOI: 10.1007/BF00397131. Bjorndal KA, Bolten AB. 1988. Growth rates of immature green turtles, Chelonia mydas, on  feeding grounds in the southern Bahamas. Copeia 1988:555–564. DOI:  10.2307/1445373. Bjorndal KA, Bolten AB. 2008. Annual variation in source contributions to a mixed stock:  implications for quantifying connectivity. Molecular Ecology 17:2185–2193. DOI:  10.1111/j.1365‑294X.2008.03752.x. Bjorndal KA, Bolten AB, Chaloupka MY. 2000. Green turtle somatic growth model: evidence for  density dependence. Ecological Applications 10:269–282. DOI: 10.2307/2641001. Bjorndal KA, Bolten AB, Chaloupka MY. 2005. Evaluating trends in abundance of immature  green turtles, Chelonia mydas, in the Greater Caribbean. Ecological Applications 15:304– 314. DOI: 10.1890/04‑0059. Bjorndal KA, Bolten AB, Chaloupka M, Saba VS, Bellini C, Marcovaldi MAG, Santos AJB, Bortolon  LFW, Meylan AB, MEYLAN PA, Gray J, Hardy R, Brost B, Bresette M, Gorham JC, Connett  S, Crouchley BVS, Dawson M, Hayes D, Diez CE, van Dam RP, Willis S, Nava M, Hart KM,  Cherkiss MS, Crowder AG, Pollock C, Hillis‑Starr Z, Muñoz Tenerı́a FA, Herrera‑Pavón R,  Labrada‑Martagón V, Lorences A, Negrete‑Philippe A, Lamont MM, Foley AM, Bailey R,  Carthy RR, Scarpino R, McMichael E, Provancha JA, Brooks A, Jardim A, López‑ Mendilaharsu M, González‑Paredes D, Estrades A, Fallabrino A, Martı́nez‑Souza G,  Vélez‑Rubio GM, Boulon RH, Collazo JA, Wershoven R, Guzmán Hernández V, Stringell  TB, Sanghera A, Richardson PB, Broderick AC, Phillips Q, Calosso M, Claydon JAB, Metz  TL, Gordon AL, Landry AM, Shaver DJ, Blumenthal J, Collyer L, Godley BJ, McGowan A,  Witt MJ, Campbell CL, Lagueux CJ, Bethel TL, Kenyon L. 2017. Ecological regime shift  drives declining growth rates of sea turtles throughout the West Atlantic. Global 

(6)

Change Biology 23:4556–4568. DOI: 10.1111/gcb.13712. Bjorndal KA, Bolten AB, Moreira L, Bellini C, Marcovaldi MA. 2006. Population structure and  diversity of Brazilian green turtle rookeries based on mitochondrial DNA sequences.  Chelonian Conservation and Biology 5:262–268. DOI: 10.2744/1071‑ 8443(2006)5[262:PSADOB]2.0.CO;2. Bjorndal KA, Bolten AB, Troëng S. 2005. Population structure and genetic diversity in green  turtles nesting at Tortuguero, Costa Rica, based on mitochondrial DNA control region  sequences. Marine Biology 147:1449–1457. DOI: 10.1007/s00227‑005‑0045‑y. Bjorndal K, Jackson JBC. 2003. Roles of sea turtles in marine ecosystems: reconstructing the  past. In: The Biology of Sea Turtles, Volume II. Boca Raton, FL, USA: CRC Press. Blumenthal JM, Abreu‑Grobois FA, Austin TJ, Broderick AC, Bruford MW, Coyne MS, Ebanks‑ Petrie G, Formia A, Meylan PA, Meylan AB, Godley BJ. 2009. Turtle groups or turtle  soup: dispersal patterns of hawksbill turtles in the Caribbean. Molecular Ecology  18:4841–4853. DOI: 10.1111/j.1365‑294X.2009.04403.x. Bolker B, Okuyama T, Bjorndal K, Bolten A. 2003. Sea turtle stock estimation using genetic  markers: accounting for sampling error of rare genotypes. Ecological Applications  13:763–775. DOI: 10.1890/1051‑0761(2003)013[0763:STSEUG]2.0.CO;2. Bolker BM, Okuyama T, Bjorndal KA, Bolten AB. 2007. Incorporating multiple mixed stocks in  mixed stock analysis: ‘many‑to‑many’ analyses. Molecular Ecology 16:685–695. DOI:  10.1111/j.1365‑294X.2006.03161.x. Bolten AB. 2003. Variation in sea turtle life history patterns: neritic vs. oceanic developmental  stages. In: The Biology of Sea Turtles, Volume II. Boca Raton, FL, USA: CRC Press. Bouchard SS, Bjorndal KA. 2000. Sea turtles as biological transporters of nutrients and energy  from marine to terrestrial ecosystems. Ecology 81:2305–2313. DOI: 10.1890/0012‑ 9658(2000)081[2305:STABTO]2.0.CO;2. Bourjea J, Ciccione S, Dalleau M. 2013. Dynamique migratoire des tortues marines nidi iant  dans les ı̂les françaises de l’océan Indien. Rapport Scienti ique et Technique Ifremer 60. Bourjea J, Ciccione S, Ratsimbazafy R. 2006. Marine turtles surveys in Nosy Iranja Kely, north‑ western Madagascar. Western Indian Ocean Journal of Marine Science 5:209–212. DOI:  10.4314/wiojms.v5i2.28511. Bourjea J, Dalleau M, Derville S, Beudard F, Marmoex C, M’Soili A, Roos D, Ciccione S, Frazier J.  2015a. Seasonality, abundance, and  ifteen‑year trend in green turtle nesting activity at  Itsamia, Mohéli, Comoros. Endangered Species Research 27:265–276. DOI: 10.3354/ esr00672. Bourjea J, Lapegue S, Gagnevin L, Broderick D, Mortimer JA, Ciccione S, Roos D, Taquet C, Grizel  H. 2007. Phylogeography of the green turtle, Chelonia mydas, in the Southwest Indian  Ocean. Molecular Ecology 16:175–186. DOI: 10.1111/j.1365‑294X.2006.03122.x. Bourjea J, Mortimer JA, Garnier J, Okemwa G, Godley BJ, Hughes G, Dalleau M, Jean C, Ciccione S,  Muths D. 2015b. Population structure enhances perspectives on regional management 

(7)

of the western Indian Ocean green turtle. Conservation Genetics 16:1069–1083. DOI:  10.1007/s10592‑015‑0723‑3. Bowen BW, Abreu‑Grobois FA, Balazs GH, Kamezaki N, Limpus CJ, Ferl RJ. 1995. Trans‑Paci ic  migrations of the loggerhead turtle (Caretta caretta) demonstrated with  mitochondrial DNA markers. Proceedings of the National Academy of Sciences 92:3731– 3734. DOI: 10.1073/pnas.92.9.3731. Bowen BW, Avise JC, Richardson JI, Meylan AB, Margaritoulis D, Hopkins‑Murphy SR. 1993.  Population structure of loggerhead turtles (Caretta caretta) in the northwestern  Atlantic Ocean and Mediterranean Sea. Conservation Biology 7:834–844. DOI: 10.1046/ j.1523‑1739.1993.740834.x. Bowen BW, Bass AL, Chow S, Bostrom M, Bjorndal KA, Bolten AB, Okuyama T, Bolker BM,  Epperly S, LaCasella E, Shaver D, Dodd M, Hopkins‑Murphy SR, Musick JA, Swingle M,  Rankin‑Baransky K, Teas W, Witzell WN, Dutton PH. 2004. Natal homing in juvenile  loggerhead turtles (Caretta caretta). Molecular Ecology 13:3797–3808. DOI: 10.1111/ j.1365‑294X.2004.02356.x. Bowen BW, Bass AL, Garcia‑Rodriguez A, Diez CE, van Dam R, Bolten A, Bjorndal KA, Miyamoto  MM, Ferl RJ. 1996. Origin of hawksbill turtles in a Caribbean feeding area as indicated  by genetic markers. Ecological Applications 6:566–572. DOI: 10.2307/2269392. Bowen BW, Bass AL, Rocha LA, Grant WS, Robertson DR. 2001. Phylogeography of the  trumpet ishes (Aulostomus): Ring species complex on a global scale. Evolution 55:1029– 1039. Bowen BW, Bass AL, Soares L, Toonen RJ. 2005. Conservation implications of complex  population structure: lessons from the loggerhead turtle (Caretta caretta). Molecular  Ecology 14:2389–2402. DOI: 10.1111/j.1365‑294X.2005.02598.x. Bowen BW, Clark AM, Abreu‑Grobois FA, Chaves A, Reichart HA, Ferl RJ. 1997. Global  phylogeography of the ridley sea turtles (Lepidochelys spp.) as inferred from  mitochondrial DNA sequences. Genetica 101:179–189. DOI: 10.1023/ A:1018382415005. Bowen BW, Gaither MR, DiBattista JD, Iacchei M, Andrews KR, Grant WS, Toonen RJ, Briggs JC.  2016. Comparative phylogeography of the ocean planet. Proceedings of the National  Academy of Sciences 113:7962–7969. DOI: 10.1073/pnas.1602404113. Bowen BW, Grant WS, Hillis‑Starr Z, Shaver DJ, Bjorndal KA, Bolten AB, Bass AL. 2007. Mixed‑ stock analysis reveals the migrations of juvenile hawksbill turtles (Eretmochelys  imbricata) in the Caribbean Sea. Molecular Ecology 16:49–60. DOI: 10.1111/j.1365‑ 294X.2006.03096.x. Bowen BW, Kamezaki N, Limpus CJ, Hughes GR, Meylan AB, Avise JC. 1994. Global  phylogeography of the loggerhead turtle (Caretta caretta) as indicated by  mitochondrial DNA haplotypes. Evolution 48:1820–1828. DOI: 10.1111/j.1558‑ 5646.1994.tb02217.x.

(8)

Bowen BW, Meylan AB, Avise JC. 1989. An odyssey of the green sea turtle: Ascension Island  revisited. Proceedings of the National Academy of Sciences 86:573–576. Bowen BW, Meylan AB, Ross JP, Limpus CJ, Balazs GH, Avise JC. 1992. Global population  structure and natural history of the green turtle (Chelonia mydas) in terms of  matriarchal phylogeny. Evolution 46:865–881. DOI: 10.2307/2409742. Bowen BW, Nelson WS, Avise JC. 1993. A molecular phylogeny for marine turtles: trait  mapping, rate assessment, and conservation relevance. Proceedings of the National  Academy of Sciences 90:5574–5577. Boyle MC, FitzSimmons NN, Limpus CJ, Kelez S, Velez‑Zuazo X, Waycott M. 2009. Evidence for  transoceanic migrations by loggerhead sea turtles in the southern Paci ic Ocean.  Proceedings of the Royal Society B 276:1993–1999. DOI: 10.1098/rspb.2008.1931. Braconnot P, Otto‑Bliesner B, Harrison S, Joussaume S, Peterchmitt J‑Y, Abe‑Ouchi A, Cruci ix M,  Driesschaert E, Fichefet Th, Hewitt CD, Kageyama M, Kitoh A, Laı̂né A, Loutre M‑F,  Marti O, Merkel U, Ramstein G, Valdes P, Weber SL, Yu Y, Zhao Y. 2007. Results of PMIP2  coupled simulations of the Mid‑Holocene and Last Glacial Maximum ‑ Part 1:  Experiments and large‑scale features. Climate of the Past 3:261–277. DOI: 10.5194/cp‑ 3‑261‑2007. Broderick AC, Godley BJ, Hays GC. 2001. Trophic status drives interannual variability in nesting  numbers of marine turtles. Proceedings of the Royal Society B 268:1481–1487. DOI:  10.1098/rspb.2001.1695. Buonaccorsi VP, McDowell JR, Graves JE. 2001. Reconciling patterns of inter‑ocean molecular  variance from four classes of molecular markers in blue marlin (Makaira nigricans).  Molecular Ecology 10:1179–1196. DOI: 10.1046/j.1365‑294X.2001.01270.x. C Caley T, Giraudeau J, Malaizé B, Rossignol L, Pierre C. 2012. Agulhas leakage as a key process in  the modes of Quaternary climate changes. Proceedings of the National Academy of  Sciences 109:6835–6839. DOI: 10.1073/pnas.1115545109. Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL. 2009. BLAST+:  Architecture and applications. BMC Bioinformatics 10:421. DOI: 10.1186/1471‑2105‑ 10‑421. Carr A. 1975. The Ascension Island green turtle colony. Copeia 1975:547–555. DOI:  10.2307/1443656. Carr A. 1980. Some problems of sea turtle ecology. American Zoologist 20:489–498. DOI:  10.1093/icb/20.3.489. Carr A. 1987. New perspectives on the pelagic stage of sea turtle development. Conservation  Biology 1:103–121. DOI: 10.1111/j.1523‑1739.1987.tb00020.x. Carr AF, Carr MH, Meylan AB. 1978. The ecology and migrations of sea turtles, 7. The West  Caribbean green turtle colony. Bulletin of the American Museum of Natural History 162.

(9)

Carr A, Hirth H, Ogren L. 1966. The ecology and migrations of sea turtles, 6. The hawksbill  turtle in the Caribbean Sea. American Museum Novitates 2248:1–29. Carr AF, Meylan AB. 1980. Evidence of passive migration of green turtle hatchlings in  Sargassum. Copeia 1980:366–368. DOI: 10.2307/1444022. Carreras C, Godley BJ, León YM, Hawkes LA, Revuelta O, Raga JA, Tomás J. 2013. Contextualising  the last survivors: population structure of marine turtles in the Dominican Republic.  PLoS ONE 8:e66037. DOI: 10.1371/journal.pone.0066037. Carreras C, Pascual M, Cardona L, Aguilar A, Margaritoulis D, Rees A, Turkozan O, Levy Y, Gasith  A, Aureggi M, Khalil M. 2007. The genetic structure of the loggerhead sea turtle  (Caretta caretta) in the Mediterranean as revealed by nuclear and mitochondrial DNA  and its conservation implications. Conservation Genetics 8:761–775. DOI: 10.1007/ s10592‑006‑9224‑8. Casale P, Tucker AD. 2017. Caretta caretta. The IUCN Red List of Threatened Species  2017:e.T3897A119333622. DOI: 10.2305/IUCN.UK.2017‑ 2.RLTS.T3897A119333622.en. Catchen JM, Amores A, Hohenlohe P, Cresko W, Postlethwait JH. 2011. Stacks: building and  genotyping loci de novo from short‑read sequences. G3: Genes, Genomes, Genetics  1:171–182. DOI: 10.1534/g3.111.000240. Catchen J, Hohenlohe PA, Bassham S, Amores A, Cresko WA. 2013. Stacks: an analysis tool set  for population genomics. Molecular Ecology 22:3124–3140. DOI: 10.1111/mec.12354. Chaloupka M, Bjorndal KA, Balazs GH, Bolten AB, Ehrhart LM, Limpus CJ, Suganuma H, Troëng  S, Yamaguchi M. 2008. Encouraging outlook for recovery of a once severely exploited  marine megaherbivore. Global Ecology and Biogeography 17:297–304. DOI: 10.1111/ j.1466‑8238.2007.00367.x. Chambault P, de Thoisy B, Huguin M, Martin J, Bonola M, Etienne D, Gresser J, Hiélard G, Mailles  J, Védie F, Barnerias C, Sutter E, Guillemot B, Dumont‑Dayot E, Régis S, Lecerf N,  Lefebvre F, Frouin C, Aubert N, Guimera C, Bordes R, Thieulle L, Duru M, Bouaziz M,  Pinson A, Flora F, Queneherve P, Woignier T, Allenou J, Cimiterra N, Benhalilou A,  Murgale C, Maillet T, Rangon L, Chanteux N, Chanteur B, Béranger C, Le Maho Y, Petit O,  Chevallier D. 2018. Connecting paths between juvenile and adult habitats in the  Atlantic green turtle using genetics and satellite tracking. Ecology and Evolution  4:12790–12802. DOI: 10.1002/ece3.4708. Chevreux B, Wetter T, Suhai S. 1999. Genome sequence assembly using trace signals and  additional sequence information. In: Computer Science and Biology: Proceedings of the  German Conference on Bioinformatics (GCB). 45–56. Chikhi L, Sousa VC, Luisi P, Goossens B, Beaumont MA. 2010. The confounding effects of  population structure, genetic diversity and the sampling scheme on the detection and  quanti ication of population size changes. Genetics 186:983–995. DOI: 10.1534/ genetics.110.118661.

(10)

Christianen MJA, Herman PMJ, Bouma TJ, Lamers LPM, van Katwijk MM, van der Heide T,  Mumby PJ, Silliman BR, Engelhard SL, van de Kerk M, Kiswara W, van de Koppel J.  2014. Habitat collapse due to overgrazing threatens turtle conservation in marine  protected areas. Proceedings of the Royal Society B 281:20132890. DOI: 10.1098/ rspb.2013.2890. Christianen MJA, Smulders FOH, Engel MS, Nava MI, Willis S, Debrot AO, Palsbøll PJ, Vonk JA,  Becking LE. 2018. Megaherbivores may impact expansion of invasive seagrass in the  Caribbean. Journal of Ecology 107:45–57. DOI: 10.1111/1365‑2745.13021. Christiansen F, Putman NF, Farman R, Parker DM, Rice MR, Polovina JJ, Balazs GH, Hays GC.  2016. Spatial variation in directional swimming enables juvenile sea turtles to reach  and remain in productive waters. Marine Ecology Progress Series 557:247–259. DOI:  10.3354/meps11874. Cingolani P, Platts A, Wang L, Coon M, Nguyen T, Wang L, Land SJ, Lu X, Ruden DM. 2012. A  program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms,  SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso‑2; iso‑3. Fly  6:80–92. DOI: 10.4161/ ly.19695. Clark PU, Dyke AS, Shakun JD, Carlson AE, Clark J, Wohlfarth B, Mitrovica JX, Hostetler SW,  McCabe AM. 2009. The Last Glacial Maximum. Science 325:710–714. DOI: 10.1126/ science.1172873. Clusa M, Carreras C, Pascual M, Gaughran SJ, Piovano S, Giacoma C, Fernández G, Levy Y, Tomás  J, Raga JA, Maffucci F, Hochscheid S, Aguilar A, Cardona L. 2013. Fine‑scale distribution  of juvenile Atlantic and Mediterranean loggerhead turtles (Caretta caretta) in the  Mediterranean Sea. Marine Biology 161:509–519. DOI: 10.1007/s00227‑013‑2353‑y. Coates AG, Jackson JBC, Collins LS, Cronin TM, Dowsett HJ, Bybell LM, Jung P, Obando JA. 1992.  Closure of the Isthmus of Panama: The near‑shore marine record of Costa Rica and  western Panama. GSA Bulletin 104:814–828. DOI: 10.1130/0016‑ 7606(1992)104<0814:COTIOP>2.3.CO;2. Colman LP, Sampaio CLS, Weber MI, De Castilhos JC. 2014. Diet of Olive ridley sea turtles,  Lepidochelys olivacea, in the waters of Sergipe, Brazil. Chelonian Conservation and  Biology 13:266–271. DOI: 10.2744/CCB‑1061.1. Costa Jordao J, Bondioli ACV, Almeida‑Toledo LF de, Bilo K, Berzins R, Le Maho Y, Chevallier D,  de Thoisy B. 2017. Mixed‑stock analysis in green turtles Chelonia mydas: mtDNA  decipher current connections among west Atlantic populations. Mitochondrial DNA  Part A 28:197–207. DOI: 10.3109/19401736.2015.1115843. D Dahl‑Jensen D, Albert MR, Aldahan A, Azuma N, Balslev‑Clausen D, Baumgartner M, Berggren  A‑M, Bigler M, Binder T, Blunier T, Bourgeois JC, Brook EJ, Buchardt SL, Buizert C,  Capron E, Chappellaz J, Chung J, Clausen HB, Cvijanovic I, Davies SM, Ditlevsen P, 

(11)

Eicher O, Fischer H, Fisher DA, Fleet LG, Gfeller G, Gkinis V, Gogineni S, Goto‑Azuma K,  Grinsted A, Gudlaugsdottir H, Guillevic M, Hansen SB, Hansson M, Hirabayashi M, Hong  S, Hur SD, Huybrechts P, Hvidberg CS, Iizuka Y, Jenk T, Johnsen SJ, Jones TR, Jouzel J,  Karlsson NB, Kawamura K, Keegan K, Kettner E, Kipfstuhl S, Kjær HA, Koutnik M,  Kuramoto T, Köhler P, Laepple T, Landais A, Langen PL, Larsen LB, Leuenberger D,  Leuenberger M, Leuschen C, Li J, Lipenkov V, Martinerie P, Maselli OJ, Masson‑Delmotte  V, McConnell JR, Miller H, Mini O, Miyamoto A, Montagnat‑Rentier M, Mulvaney R,  Muscheler R, Orsi AJ, Paden J, Panton C, Pattyn F, Petit J‑R, Pol K, Popp T, Possnert G,  Prié F, Prokopiou M, Quiquet A, Rasmussen SO, Raynaud D, Ren J, Reutenauer C, Ritz C,  Röckmann T, Rosen JL, Rubino M, Rybak O, Samyn D, Sapart CJ, Schilt A, Schmidt AMZ,  Schwander J, Schüpbach S, Seierstad I, Severinghaus JP, Sheldon S, Simonsen SB, Sjolte  J, Solgaard AM, Sowers T, Sperlich P, Steen‑Larsen HC, Steffen K, Steffensen JP,  Steinhage D, Stocker TF, Stowasser C, Sturevik AS, Sturges WT, Sveinbjörnsdottir A,  Svensson A, Tison J‑L, Uetake J, Vallelonga P, Van De Wal RSW, Van Der Wel G, Vaughn  BH, Vinther B, Waddington E, Wegner A, Weikusat I, White JWC, Wilhelms F, Winstrup  M, Witrant E, Wolff EW, Xiao C, Zheng J. 2013. Eemian interglacial reconstructed from a  Greenland folded ice core. Nature 493:489–494. DOI: 10.1038/nature11789. Dalén L, Nyström V, Valdiosera C, Germonpre M, Sablin M, Turner E, Angerbjörn A, Arsuaga JL,  Götherström A. 2007. Ancient DNA reveals lack of postglacial habitat tracking in the  arctic fox. Proceedings of the National Academy of Sciences 104:6726–6729. DOI:  10.1073/pnas.0701341104. Danecek P, Auton A, Abecasis G, Albers CA, Banks E, DePristo MA, Handsaker RE, Lunter G,  Marth GT, Sherry ST, McVean G, Durbin R, Group 1000 Genomes Project Analysis. 2011.  The variant call format and VCFtools. Bioinformatics 27:2156–2158. DOI: 10.1093/ bioinformatics/btr330. Davenport J. 1997. Temperature and the life‑history strategies of sea turtles. Journal of Thermal  Biology 22:479–488. DOI: 10.1016/S0306‑4565(97)00066‑1. De A, Durrett R. 2007. Stepping‑stone spatial structure causes slow decay of linkage  disequilibrium and shifts the site frequency spectrum. Genetics 176:969–981. DOI:  10.1534/genetics.107.071464. Debrot AO, Hylkema A, Vogelaar W, Meesters HWG, Engel MS, de León R, Nagelkerken I. 2012.  Baseline surveys of Lac Bay benthic and  ish communities, Bonaire. IMARES. Derville S, Jean C, Dalleau M, Le Gall J, Ciccione S, Bourjea J. 2015. Long‑term monitoring of  green turtle nesting on Tromelin Island demonstrates stable reproduction and  population parameters. Chelonian Conservation and Biology 14:11–20. DOI: 10.2744/ ccab‑14‑01‑11‑20.1. Dethmers KEM, Broderick D, Moritz C, FitzSimmons NN, Limpus CJ, Lavery S, Whiting S, Guinea  M, Prince RIT, Kennett R. 2006. The genetic structure of Australasian green turtles  (Chelonia mydas): exploring the geographical scale of genetic exchange. Molecular 

(12)

Ecology 15:3931–3946. DOI: 10.1111/j.1365‑294X.2006.03070.x. Donguy J, Piton B. 1991. The Mozambique channel revisited. Oceanologica Acta 14:549–558. Duchêne S, Frey A, Alfaro‑Núñez A, Dutton PH, Thomas P Gilbert M, Morin PA. 2012. Marine  turtle mitogenome phylogenetics and evolution. Molecular Phylogenetics and Evolution  65:241–250. DOI: 10.1016/j.ympev.2012.06.010. Dulvy NK, Sadovy Y, Reynolds JD. 2003. Extinction vulnerability in marine populations. Fish and  Fisheries 4:25–64. DOI: 10.1046/j.1467‑2979.2003.00105.x. Duncan KM, Martin AP, Bowen BW, Couet HGD. 2006. Global phylogeography of the scalloped  hammerhead shark (Sphyrna lewini). Molecular Ecology 15:2239–2251. DOI: 10.1111/ j.1365‑294X.2006.02933.x. Duran N, Dunbar SG, Escobar RA, Standish TG. 2015. High frequency of multiple paternity in a  solitary population of olive ridley sea turtles in Honduras. Journal of Experimental  Marine Biology and Ecology 463:63–71. DOI: 10.1016/j.jembe.2014.10.023. Dutton PH, Bowen BW, Owens DW, Barragan A, Davis SK. 1999. Global phylogeography of the  leatherback turtle (Dermochelys coriacea). Journal of Zoology 248:397–409. DOI:  10.1111/j.1469‑7998.1999.tb01038.x. Dutton PH, Davis SK, Guerra T, Owens D. 1996. Molecular phylogeny for marine turtles based  on sequences of the ND4‑leucine tRNA and control regions of mitochondrial DNA.  Molecular Phylogenetics and Evolution 5:511–521. DOI: 10.1006/mpev.1996.0046. Dutton DL, Dutton PH, Chaloupka M, Boulon RH. 2005. Increase of a Caribbean leatherback  turtle Dermochelys coriacea nesting population linked to long‑term nest protection.  Biological Conservation 126:186–194. DOI: 10.1016/j.biocon.2005.05.013. Dutton PH, Jensen MP, Frutchey K, Frey A, LaCasella E, Balazs GH, Cruce J, Tagarino A, Farman  R, Tatarata M. 2014. Genetic stock structure of green turtle (Chelonia mydas) nesting  populations across the Paci ic Islands. Paci ic Science 68:451–464. DOI: 

10.2984/68.4.1. Dutton PH, LeRoux RA, LaCasella EL, Seminoff JA, Eguchi T, Dutton DL. 2019. Genetic analysis  and satellite tracking reveal origin of the green turtles in San Diego Bay. Marine Biology  166:3. DOI: 10.1007/s00227‑018‑3446‑4. Dutton PH, Roden SE, Stewart KR, LaCasella E, Tiwari M, Formia A, Thomé JC, Livingstone SR,  Eckert S, Chacon‑Chaverri D, Rivalan P, Allman P. 2013. Population stock structure of  leatherback turtles (Dermochelys coriacea) in the Atlantic revealed using mtDNA and  microsatellite markers. Conservation Genetics 14:625–636. DOI: 10.1007/s10592‑013‑ 0456‑0. Dwyer GS, Cronin TM, Baker PA, Raymo ME, Buzas JS, Corr ge T. 1995. North Atlantic  deepwater temperature change during Late Pliocene and Late Quaternary climatic  cycles. Science 270:1347–1351. DOI: 10.1126/science.270.5240.1347.

(13)

E Edgar RC. 2004. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high  throughput. Nucleic Acids Research 32:1792–1797. DOI: 10.1093/nar/gkh340. Edwards S, Beerli P. 2000. Perspective: gene divergence, population divergence, and the  variance in coalescence time in phylogeographic studies. Evolution 54:1839–1854.  DOI: 10.1111/j.0014‑3820.2000.tb01231.x. Ellegren H. 2014. Genome sequencing and population genomics in non‑model organisms.  Trends in Ecology & Evolution 29:51–63. DOI: 10.1016/j.tree.2013.09.008. van der Elst R, Fennessy S, Everett B, Mackay F, Floros C, Schleyer M, Kiszka J, Bourjea J,  Wanless R. 2012. Mainstreaming biodiversity in  isheries management: a retrospective  analysis of existing data on vulnerable organisms in the South West Indian Ocean.  Specialist Report South West Indian Ocean Fisheries Project (SWIOFP). Encalada SE, Bjorndal KA, Bolten AB, Zurita JC, Schroeder B, Possardt E, Sears CJ, Bowen BW.  1998. Population structure of loggerhead turtle (Caretta caretta)  nesting colonies in  the Atlantic and Mediterranean as inferred  from mitochondrial DNA control region  sequences. Marine Biology 130:567–575. DOI: 10.1007/s002270050278. Encalada SE, Lahanas PN, Bjorndal KA, Bolten AB, Miyamoto MM, Bowen BW. 1996.  Phylogeography and population structure of the Atlantic and Mediterranean green  turtle Chelonia mydas: a mitochondrial DNA control region sequence assessment.  Molecular Ecology 5:473–483. DOI: 10.1046/j.1365‑294X.1996.00108.x. Evanno G, Regnaut S, Goudet J. 2005. Detecting the number of clusters of individuals using the  software STRUCTURE: a simulation study. Molecular Ecology 14:2611–2620. DOI:  10.1111/j.1365‑294X.2005.02553.x. Excof ier L, Lischer HEL. 2010. Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform  population genetics analyses under Linux and Windows. Molecular Ecology Resources  10:564–567. DOI: 10.1111/j.1755‑0998.2010.02847.x. Excof ier L, Smouse PE, Quattro JM. 1992. Analysis of molecular variance inferred from metric  distances among DNA haplotypes: application to human mitochondrial DNA  restriction data. Genetics 131:479–491. F Falush D, Stephens M, Pritchard JK. 2003. Inference of population structure using multilocus  genotype data: linked loci and correlated allele frequencies. Genetics 164:1567–1587. Farris DW, Jaramillo C, Bayona G, Restrepo‑Moreno SA, Montes C, Cardona A, Mora A,  Speakman RJ, Glascock MD, Valencia V. 2011. Fracturing of the Panamanian Isthmus  during initial collision with South America. Geology 39:1007–1010. DOI: 10.1130/ G32237.1. Fauvelot C, Bernardi G, Planes S. 2003. Reductions in the mitochondrial DNA diversity of coral  reef  ish provide evidence of population bottlenecks resulting from Holocene sea‑level 

(14)

change. Evolution 57:1571–1583. DOI: 10.1111/j.0014‑3820.2003.tb00365.x. Felsenstein J. 2006. Accuracy of coalescent likelihood estimates: do we need more sites, more  sequences, or more loci? Molecular Biology and Evolution 23:691–700. DOI: 10.1093/ molbev/msj079. Fish MR, Cote IM, Gill JA, Jones AP, Renshoff S, Watkinson AR. 2005. Predicting the impact of  sea‑level rise on Caribbean sea turtle nesting habitat. Conservation Biology 19:482– 491. DOI: 10.1111/j.1523‑1739.2005.00146.x. Fisher DO, Blomberg SP, Owens IPF. 2003. Extrinsic versus intrinsic factors in the decline and  extinction of Australian marsupials. Proceedings of the Royal Society B 270:1801–1808.  DOI: 10.1098/rspb.2003.2447. Fitak RR, Johnsen S. 2018. Green sea turtle (Chelonia mydas) population history indicates  important demographic changes near the mid‑Pleistocene transition. Marine Biology  165:110. DOI: 10.1007/s00227‑018‑3366‑3. FitzSimmons NN. 1998. Single paternity of clutches and sperm storage in the promiscuous  green turtle (Chelonia mydas). Molecular Ecology 7:575–584. DOI: 10.1046/j.1365‑ 294x.1998.00355.x. FitzSimmons NN, Limpus CJ, Norman JA, Goldizen AR, Miller JD, Moritz C. 1997. Philopatry of  male marine turtles inferred from mitochondrial DNA markers. Proceedings of the  National Academy of Sciences 94:8912–8917. DOI: 10.1073/pnas.94.16.8912. Foote AD, Kaschner K, Schultze SE, Garilao C, Ho SYW, Post K, Higham TFG, Stokowska C, van  der Es H, Embling CB, Gregersen K, Johansson F, Willerslev E, Gilbert MTP. 2013.  Ancient DNA reveals that bowhead whale lineages survived Late Pleistocene climate  change and habitat shifts. Nature communications 4:1677. DOI: 10.1038/ ncomms2714. Foote AD, Vilstrup JT, De Stephanis R, Verborgh P, Abel Nielsen SC, Deaville R, Kleivane L, Martin  V, Miller PJO, Øien N, Pérez‑Gil M, Rasmussen M, Reid RJ, Robertson KM, Rogan E,  Similä TIU, Tejedor ML, Vester H, Vı́kingsson GA, Willerslev E, Gilbert MTP, Piertney SB.  2010. Genetic differentiation among North Atlantic killer whale populations. Molecular  Ecology 20:629–641. DOI: 10.1111/j.1365‑294X.2010.04957.x. Forbes AT, Demetriades NT, Benzie JAH, Ballment E. 1999. Allozyme frequencies indicate little  geographic variation among stocks of giant tiger prawn Penaeus monodon in the  south‑west Indian Ocean. South African Journal of Marine Science 21:271–277. DOI:  10.2989/025776199784125881. Formia A, Broderick AC, Glen F, Godley BJ, Hays GC, Bruford MW. 2007. Genetic composition of  the Ascension Island green turtle rookery based on mitochondrial DNA: implications  for sampling and diversity. Endangered Species Research 3:145–158. DOI: 10.3354/ esr003145. Formia A, Godley BJ, Dontaine JF, Bruford MW. 2006. Mitochondrial DNA diversity and  phylogeography of endangered green turtle (Chelonia mydas) populations in Africa. 

(15)

Conservation Genetics 7:353–369. DOI: 10.1007/s10592‑005‑9047‑z. Fourment M, Holmes EC. 2016. Seqotron: a user‑friendly sequence editor for Mac OS X. BMC  research notes 9:106. DOI: 10.1186/s13104‑016‑1927‑4. Fourqurean JW, Manuel S, Coates KA, Kenworthy WJ, Smith SR. 2010. Effects of excluding sea  turtle herbivores from a seagrass bed: overgrazing may have led to loss of seagrass  meadows in Bermuda. Marine Ecology Progress Series 419:223–232. DOI: 10.3354/ meps08853. Franchini P, Monné Parera D, Kautt AF, Meyer A. 2017. quaddRAD: a new high‑multiplexing and  PCR duplicate removal ddRAD protocol produces novel evolutionary insights in a  nonradiating cichlid lineage. Molecular Ecology 26:2783–2795. DOI: 10.1111/ mec.14077. Francis RM. 2017. pophelper: an R package and web app to analyse and visualize population  structure. Molecular Ecology Resources 17:27–32. DOI: 10.1111/1755‑0998.12509. G Gaither MR, Bernal MA, Fernandez‑Silva I, Mwale M, Jones SA, Rocha C, Rocha LA. 2015. Two  deep evolutionary lineages in the circumtropical glasseye Heteropriacanthus  cruentatus (Teleostei, Priacanthidae) with admixture in the south‑western Indian  Ocean: two deep lineages in circumtropical Heteropriacanthus cruentatus. Journal of  Fish Biology 87:715–727. DOI: 10.1111/j b.12754. Gaither MR, Bowen BW, Bordenave T‑R, Rocha LA, Newman SJ, Gomez JA, Van Herwerden L,  Craig MT. 2011. Phylogeography of the reef  ish Cephalopholis argus (Epinephelidae)  indicates Pleistocene isolation across the Indo‑Paci ic barrier with contemporary  overlap in the coral triangle. BMC Evolutionary Biology 11. DOI: 10.1186/1471‑2148‑ 11‑189. Gaos AR, Lewison RL, Liles MJ, Gadea V, Altamirano E, Henrı́quez AV, Torres P, Urteaga J, Vallejo  F, Baquero A, LeMarie C, Muñoz JP, Chaves JA, Hart CE, Peña de Niz A, Chácon D,  Fonseca L, Otterstrom S, Yañez IL, LaCasella EL, Frey A, Jensen MP, Dutton PH. 2016.  Hawksbill turtle terra incognita: conservation genetics of eastern Paci ic rookeries.  Ecology and evolution 6:1251–1264. DOI: 10.1002/ece3.1897. Garcı́a‑Cruz MA, Lampo M, Peñaloza CL, Kendall WL, Solé G, Rodrı́guez‑Clark KM. 2015.  Population trends and survival of nesting green sea turtles Chelonia mydas on Aves  Island, Venezuela. Endangered Species Research 29:103–116. DOI: 10.3354/esr00695. Garofalo L, Mastrogiacomo A, Casale P, Carlini R, Eleni C, Freggi D, Gelli D, Knittweis L, Mifsud C,  Mingozzi T, Novarini N, Scaravelli D, Scillitani G, Oliverio M, Novelletto A. 2013. Genetic  characterization of central Mediterranean stocks of the loggerhead turtle (Caretta  caretta) using mitochondrial and nuclear markers, and conservation implications.  Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems 23:868–884. DOI: 10.1002/ aqc.2338.

(16)

Garofalo L, Mingozzi T, Micò A, Novelletto A. 2009. Loggerhead turtle (Caretta caretta)  matrilines in the Mediterranean: further evidence of genetic diversity and connectivity.  Marine Biology 156:2085–2095. DOI: 10.1007/s00227‑009‑1239‑5. Gelman A, Rubin DB. 1992. Inference from iterative simulation using multiple sequences.  Statistical Science 7:457–472. DOI: 10.1214/ss/1177011136. Gersonde R, Abelmann A, Brathauer U, Becquey S, Bianchi C, Cortese G, Grobe H, Kuhn G,  Niebler H‑S, Segl M, Sieger R, Zielinski U, Fütterer DK. 2003. Last glacial sea surface  temperatures and sea‑ice extent in the Southern Ocean (Atlantic‑Indian sector): A  multiproxy approach. Paleoceanography 18:6‑1‑6–18. DOI: 10.1029/2002PA000809. Gilg MR, Hilbish TJ. 2003. The geography of marine larval dispersal: coupling genetics with  ine‑scale physical oceanography. Ecology 84:2989–2998. DOI: 10.1890/02‑0498. Gist DH, Jones JM. 1989. Sperm storage within the oviduct of turtles. Journal of Morphology  199:379–384. DOI: 10.1002/jmor.1051990311. Gnirke A, Melnikov A, Maguire J, Rogov P, LeProust EM, Brockman W, Fennell T, Giannoukos G,  Fisher S, Russ C, Gabriel S, Jaffe DB, Lander ES, Nusbaum C. 2009. Solution hybrid  selection with ultra‑long oligonucleotides for massively parallel targeted sequencing.  Nature Biotechnology 27:182–189. DOI: 10.1038/nbt.1523. Goshe LR, Avens L, Scharf FS, Southwood AL. 2010. Estimation of age at maturation and growth  of Atlantic green turtles (Chelonia mydas) using skeletochronology. Marine Biology  157:1725–1740. DOI: 10.1007/s00227‑010‑1446‑0. Green RE, Braun EL, Armstrong J, Earl D, Nguyen N, Hickey G, Vandewege MW, St John JA,  Capella‑Gutiérrez S, Castoe TA, Kern C, Fujita MK, Opazo JC, Jurka J, Kojima KK,  Caballero J, Hubley RM, Smit AF, Platt RN, Lavoie CA, Ramakodi MP, Finger JW, Suh A,  Isberg SR, Miles L, Chong AY, Jaratlerdsiri W, Gongora J, Moran C, Iriarte A, McCormack  J, Burgess SC, Edwards SV, Lyons E, Williams C, Breen M, Howard JT, Gresham CR,  Peterson DG, Schmitz J, Pollock DD, Haussler D, Triplett EW, Zhang G, Irie N, Jarvis ED,  Brochu CA, Schmidt CJ, McCarthy FM, Faircloth BC, Hoffmann FG, Glenn TC, Gabaldón  T, Paten B, Ray DA. 2014. Three crocodilian genomes reveal ancestral patterns of  evolution among archosaurs. Science 346:1254449. DOI: 10.1126/science.1254449. Greenstein BJ, Pandol i JM. 2008. Escaping the heat: Range shifts of reef coral taxa in coastal  Western Australia. Global Change Biology 14:513–528. DOI: 10.1111/j.1365‑ 2486.2007.01506.x. H Hamabata T, Nishizawa H, Kawazu I, Kameda K, Kamezaki N, Hikida T. 2018. Stock composition  of green turtles Chelonia mydas foraging in the Ryukyu Archipelago differs with size  class. Marine Ecology Progress Series 600:151–163. DOI: 10.3354/meps12657. Hamann M, Godfrey MH, Seminoff JA, Arthur K, Barata PCR, Bjorndal KA, Bolten AB, Broderick  AC, Campbell LM, Carreras C, Casale P, Chaloupka M, Chan SKF, Coyne MS, Crowder LB, 

(17)

Diez CE, Dutton PH, Epperly SP, FitzSimmons NN, Formia A, Girondot M, Hays GC,  Cheng IS, Kaska Y, Lewison R, Mortimer JA, Nichols WJ, Reina RD, Shanker K, Spotila JR,  Tomás J, Wallace BP, Work TM, Zbinden J, Godley BJ. 2010. Global research priorities  for sea turtles: informing management and conservation in the 21st century.  Endangered Species Research 11:245–269. DOI: 10.3354/esr00279. Hancke L, Roberts MJ, Ternon JF. 2014. Surface drifter trajectories highlight  low pathways in  the Mozambique Channel. Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography  100:27–37. DOI: 10.1016/j.dsr2.2013.10.014. Hancock JM, Vieira S, Taraveira L, Santos A, Schmitt V, Semedo A, Patrı́cio AR, Ferrand N,  Gonçalves H, Sequeira F. 2019. Genetic characterization of green turtles (Chelonia  mydas) from São Tomé and Prı́ncipe: Insights on species recruitment and dispersal in  the Gulf of Guinea. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 518:151181.  DOI: 10.1016/j.jembe.2019.151181. Hatase H, Kinoshita M, Bando T, Kamezaki N, Sato K, Matsuzawa Y, Goto K, Omuta K, Nakashima  Y, Takeshita H, Sakamoto W. 2002. Population structure of loggerhead turtles, Caretta  caretta, nesting in Japan: bottlenecks on the Paci ic population. Marine Biology  141:299–305. DOI: 10.1007/s00227‑002‑0819‑4. Haug GH, Tiedemann R. 1998. Effect of the formation of the Isthmus of Panama on Atlantic  Ocean thermohaline circulation. Nature 393:673–676. DOI: 10.1038/31447. Hawkes LA, Broderick AC, Godfrey MH, Godley BJ. 2007. Investigating the potential impacts of  climate change on a marine turtle population. Global Change Biology 13:923–932. DOI:  10.1111/j.1365‑2486.2007.01320.x. Hays GC, Fossette S, Katselidis KA, Scho ield G, Gravenor MB. 2010. Breeding periodicity for  male sea turtles, operational sex ratios, and implications in the face of climate change.  Conservation Biology 24:1636–1643. DOI: 10.1111/j.1523‑1739.2010.01531.x. Heller R, Chikhi L, Siegismund HR. 2013. The confounding effect of population structure on  Bayesian skyline plot inferences of demographic history. PLoS ONE 8:e62992‑159.  DOI: 10.1371/journal.pone.0062992. Hendrickson JR. 1958. The green sea turtle Chelonia mydas (linn.) in Malaya and Sarawak.  Proceedings of the Zoological Society of London 130:455–535. DOI: 10.1111/j.1096‑ 3642.1958.tb00583.x. Hendrickson JR. 1980. The ecological strategies of sea turtles. Integrative and Comparative  Biology 20:597–608. DOI: 10.1093/icb/20.3.597. Herbert TD, Peterson LC, Lawrence KT, Liu Z. 2010. Tropical ocean temperatures over the past  3.5 million years. Science 328:1530–1534. DOI: 10.1126/science.1185435. Hewitt G. 2000. The genetic legacy of the Quaternary ice ages. Nature 405:907–913. DOI:  10.1038/35016000. Hirayama R. 1994. Phylogenetic systematics of chelonioid sea turtles. Island Arc 3:270–284.  DOI: 10.1111/j.1440‑1738.1994.tb00116.x.

(18)

Hoban S, Dawson A, Robinson JD, Smith AB, Strand AE. 2019. Inference of biogeographic  history by formally integrating distinct lines of evidence: genetic, environmental niche  and fossil. Ecography 42:1–21. DOI: 10.1111/ecog.04327. Hoekert WEJ, Neuféglise H, Schouten AD, Menken SBJ. 2002. Multiple paternity and female‑ biased mutation at a microsatellite locus in the olive ridley sea turtle (Lepidochelys  olivacea). Heredity 89:107–113. DOI: 10.1038/sj.hdy.6800103. Hoelzel AR, Hey J, Dahlheim ME, Nicholson C, Burkanov V, Black N. 2007. Evolution of  population structure in a highly social top predator, the killer whale. Molecular Biology  and Evolution 24:1407–1415. DOI: 10.1093/molbev/msm063. Howe M, FitzSimmons NN, Limpus CJ, Clegg SM. 2018. Multiple paternity in a Paci ic marine  turtle population: maternal attributes, offspring outcomes and demographic  inferences. Marine Biology 165:2. DOI: 10.1007/s00227‑017‑3258‑y. Hudson RR, Futuyma D, Antonovics J. 1990. Gene genealogies and the coalescent process. In:  Oxford Surveys in Evolutionary Biology,. Huston MA. 1985. Patterns of species diversity on coral reefs. Annual Review of Ecology and  Systematics 16:149–177. DOI: 10.1146/annurev.es.16.110185.001053. Hutchings L, van der Lingen CD, Shannon LJ, Crawford RJM, Verheye HMS, Bartholomae CH, van  der Plas AK, Louw D, Kreiner A, Ostrowski M, Fidel Q, Barlow RG, Lamont T, Coetzee J,  Shillington F, Veitch J, Currie JC, Monteiro PMS. 2009. The Benguela Current: An  ecosystem of four components. Progress in Oceanography 83:15–32. DOI: 10.1016/ j.pocean.2009.07.046. I International Human Genome Sequencing Consortium. 2001. Initial sequencing and analysis of  the human genome. Nature 409:860–921. DOI: 10.1038/35057062. Ireland JS, Broderick AC, Glen F, Godley BJ, Hays GC, Lee PLM, Skibinski DOF. 2003. Multiple  paternity assessed using microsatellite markers, in green turtles Chelonia mydas  (Linnaeus, 1758) of Ascension Island, South Atlantic. Journal of Experimental Marine  Biology and Ecology 291:149–160. DOI: 10.1016/S0022‑0981(03)00118‑7. J Jackson JBC. 1997. Reefs since Columbus. Coral Reefs 16:S23–S32. DOI: 10.1007/ s003380050238. Jackson JBC, Kirby MX, Berger WH, Bjorndal KA, Botsford LW, Bourque BJ, Bradbury RH, Cooke  R, Erlandson J, Estes JA, Hughes TP, Kidwell S, Lange CB, Lenihan HS, Pandol i JM,  Peterson CH, Steneck RS, Tegner MJ, Warner RR. 2001. Historical over ishing and the  recent collapse of coastal ecosystems. Science 293:629–637. DOI: 10.1126/ science.1059199. Jakobsson M, Rosenberg NA. 2007. CLUMPP: a cluster matching and permutation program for 

(19)

dealing with label switching and multimodality in analysis of population structure.  Bioinformatics 23:1801–1806. DOI: 10.1093/bioinformatics/btm233. Jensen MP, Allen CD, Eguchi T, Bell IP, LaCasella EL, Hilton WA, Hof CAM, Dutton PH. 2018.  Environmental warming and feminization of one of the largest sea turtle populations  in the world. Current Biology 28:154–159. DOI: 10.1016/j.cub.2017.11.057. Jensen MP, Bell I, Limpus CJ, Hamann M, Ambar S, Whap T, David C, FitzSimmons NN. 2016.  Spatial and temporal genetic variation among size classes of green turtles (Chelonia  mydas) provides information on oceanic dispersal and population dynamics. Marine  Ecology Progress Series 543:241–256. DOI: 10.3354/meps11521. Jensen MP, FitzSimmons NN, Bourjea J, Hamabata T, Reece J, Dutton PH. 2019. The evolutionary  history and global phylogeography of the green turtle (Chelonia mydas). Journal of  Biogeography 46:1–11. DOI: 10.1111/jbi.13483. Jordão JC, Bondioli ACV, Guebert FM, Thoisy B de, Toledo LF de A. 2015. Green turtle (Chelonia  mydas) genetic diversity at Paranaguá Estuarine Complex feeding grounds in Brazil.  Genetics and Molecular Biology 38:346–352. DOI: 10.1590/S1415‑475738320140353. Joseph J, Kuen CY, Palaniappan PM, Chark LH. 2014. Genetic investigation of green turtles  (Chelonia mydas) harvested from a foraging ground at Mantanani, Sabah, Malaysia.  Herpetological Conservation and Biology 9:516–523. Joseph J, Nishizawa H, Arshaad WM, Kadir SAS, Jaaman SA, Bali J, Jamaludin NA, Katoh M. 2016.  Genetic stock compositions and natal origin of green turtle (Chelonia mydas) foraging  at Brunei Bay. Global Ecology and Conservation 6:16–24. DOI: 10.1016/ j.gecco.2016.01.003. K Karl SA, Bowen BW, Avise JC. 1992. Global population genetic structure and male‑mediated  gene  low in the green turtle (Chelonia mydas): RFLP analyses of anonymous nuclear  loci. Genetics 131:163–173. Karl SA, Bowen BW, Avise JC. 1995. Hybridization among the ancient mariners:  characterization of marine turtle hybrids with molecular genetic assays. Journal of  Heredity 86:262–268. DOI: 10.1093/oxfordjournals.jhered.a111579. Kašparová E, Van De Putte AP, Marshall C, Janko K. 2015. Lifestyle and Ice: the relationship  between ecological specialization and response to Pleistocene climate change. PLoS  ONE 10:e0138766. DOI: 10.1371/journal.pone.0138766. Kelez S, Vélez‑Zuazo X, Pacheco AS. 2016. First record of hybridization between green Chelonia  mydas and hawksbill Eretmochelys imbricata sea turtles in the Southeast Paci ic. PeerJ  4:e1712. DOI: 10.7717/peerj.1712. Kiessling W, Simpson C, Beck B, Mewis H, Pandol i JM. 2012. Equatorial decline of reef corals  during the last Pleistocene interglacial. Proceedings of the National Academy of Sciences  109:21378–21383. DOI: 10.1073/pnas.1214037110.

(20)

Kleypas JA, McManu JW, Mene LAB. 1999. Environmental limits to coral reef development:  Where do we draw the line? American Zoologist 39:146–159. DOI: 10.1093/icb/ 39.1.146. Koch V, Nichols WJ, Peckham H, De La Toba V. 2006. Estimates of sea turtle mortality from  poaching and bycatch in Bahı́a Magdalena, Baja California Sur, Mexico. Biological  Conservation 128:327–334. DOI: 10.1016/j.biocon.2005.09.038. Komoroske LM, Jensen MP, Stewart KR, Shamblin BM, Dutton PH. 2017. Advances in the  application of genetics in marine turtle biology and conservation. Frontiers in Marine  Science 4:156. DOI: 10.3389/fmars.2017.00156. Komoroske LM, Miller MR, O’Rourke SM, Stewart KR, Jensen MP, Dutton PH. 2019. A versatile  Rapture (RAD‑Capture) platform for genotyping marine turtles. Molecular Ecology  Resources 19:497–511. DOI: 10.1111/1755‑0998.12980. Kong A, Frigge ML, Masson G, Besenbacher S, Sulem P, Magnusson G, Gudjonsson SA,  Sigurdsson A, Jonasdottir A, Jonasdottir A, Wong WSW, Sigurdsson G, Walters GB,  Steinberg S, Helgason H, Thorleifsson G, Gudbjartsson DF, Helgason A, Magnusson OT,  Thorsteinsdottir U, Stefansson K. 2012. Rate of de novo mutations and the importance  of father’s age to disease risk. Nature 488:471–475. DOI: 10.1038/nature11396. Korneliussen TS, Albrechtsen A, Nielsen R. 2014. ANGSD: analysis of next generation  sequencing data. BMC Bioinformatics 15:356. DOI: 10.1186/s12859‑014‑0356‑4. Kubis S, Chaloupka M, Ehrhart L, Bresette M. 2009. Growth rates of juvenile green turtles  Chelonia mydas from three ecologically distinct foraging habitats along the east central  coast of Florida, USA. Marine Ecology Progress Series 389:257–269. DOI: 10.3354/ meps08206. Kukla GJ, Bender ML, de Beaulieu J‑L, Bond G, Broecker WS, Cleveringa P, Gavin JE, Herbert TD,  Imbrie J, Jouzel J, Keigwin LD, Knudsen K‑L, McManus JF, Merkt J, Muhs DR, Müller H,  Poore RZ, Porter SC, Seret G, Shackleton NJ, Turner C, Tzedakis PC, Winograd IJ. 2002.  Last interglacial climates. Quaternary Research 58:2–13. DOI: 10.1006/ qres.2001.2316. L Labastida‑Estrada E, Machkour‑M’Rabet S, Dı́az‑Jaimes P, Cedeño‑Vázquez JR, Hénaut Y. 2019.  Genetic structure, origin, and connectivity between nesting and foraging areas of  hawksbill turtles of the Yucatan Peninsula: A study for conservation and management.  Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems 29:211–222. DOI: 10.1002/ aqc.2999. LaCasella EL, Epperly SP, Jensen MP, Stokes L, Dutton PH. 2013. Genetic stock composition of  loggerhead turtles Caretta caretta bycaught in the pelagic waters of the North Atlantic.  Endangered Species Research 22:73–84. DOI: 10.3354/esr00535. Lahanas PN, Bjorndal KA, Bolten AB, Encalada SE, Miyamoto MM, Valverde RA, Bowen BW. 

(21)

1998. Genetic composition of a green turtle (Chelonia mydas) feeding ground  population: evidence for multiple origins. Marine Biology 130:345–352. DOI: 10.1007/ s002270050254. Laloë J‑O, Esteban N, Berkel J, Hays GC. 2016. Sand temperatures for nesting sea turtles in the  Caribbean: implications for hatchling sex ratios in the face of climate change. Journal of  Experimental Marine Biology and Ecology 474:92–99. DOI: 10.1016/ j.jembe.2015.09.015. Langmead B, Trapnell C, Pop M, Salzberg SL. 2009. Ultrafast and memory‑ef icient alignment of  short DNA sequences to the human genome. Genome Biology 10:R25‑10. DOI: 10.1186/ gb‑2009‑10‑3‑r25. Lara‑Ruiz P, Lopez GG, Santos FR, Soares LS. 2006. Extensive hybridization in hawksbill turtles  (Eretmochelys imbricata) nesting in Brazil revealed by mtDNA analyses. Conservation  Genetics 7:773–781. DOI: 10.1007/s10592‑005‑9102‑9. Lauret‑Stepler M, Ciccione S, Bourjea J. 2010. Monitoring of marine turtles reproductive  activities in Juan de Nova, Eparses Islands, South Western Indian Ocean, based on  tracks count and width. Indian Ocean Turtle Newsletter:18–24. Lee PLM, Hays GC. 2004. Polyandry in a marine turtle: Females make the best of a bad job.  Proceedings of the National Academy of Sciences 101:6530–6535. DOI: 10.1073/ pnas.0307982101. León YL, Bjorndal KA. 2002. Selective feeding in the hawksbill turtle, an important predator in  coral reef ecosystems. Marine Ecology Progress Series 245:249–258. DOI: 10.3354/ meps245249. Leroux RA, Dutton PH, Abreu‑Grobois FA, Lagueux CJ, Campbell CL, Delcroix E, Chevalier J,  Horrocks JA, Hillis‑Starr Z, Troëng S, Harrison E, Stapleton S. 2012. Re‑examination of  population structure and phylogeography of hawksbill turtles in the wider Caribbean  using longer mtDNA sequences. Journal of Heredity 103:806–820. DOI: 10.1093/ jhered/ess055. Lessios HA. 2008. The great American schism: divergence of marine organisms after the rise of  the Central American Isthmus. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics  39:63–91. DOI: 10.1146/annurev.ecolsys.38.091206.095815. Lessios HA, Kessing BD, Pearse JS. 2001. Population structure and speciation in tropical seas:  Global phylogeography of the sea urchin Diadema. Evolution 55:955–975. Levasseur KE, Stapleton SP, Fuller MC, Quattro JM. 2019. Exceptionally high natal homing  precision in hawksbill sea turtles to insular rookeries of the Caribbean. Marine Ecology  Progress Series 620:155–171. DOI: 10.3354/meps12957. Lewison RL, Freeman SA, Crowder LB. 2004. Quantifying the effects of  isheries on threatened  species: the impact of pelagic longlines on loggerhead and leatherback sea turtles.  Ecology letters 7:221–231. DOI: 10.1111/j.1461‑0248.2004.00573.x. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R. 2009. 

(22)

The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics 25:2078–2079.  DOI: 10.1093/bioinformatics/btp352. Limpus CJ. 1993. The green turtle, Chelonia mydas, in Queensland: breeding males in the  southern Great Barrier Reef. Wildlife Research 20:513–523. DOI: 10.1071/ WR9930513. Linck EB, Battey CJ. 2019. Minor allele frequency thresholds strongly affect population  structure inference with genomic datasets. Molecular Ecology Resources 19:639–647.  DOI: 10.1111/1755‑0998.12995. Lister AM. 2004. The impact of Quaternary Ice Ages on mammalian evolution. Philosophical  Transactions of the Royal Society B 359:221–241. DOI: 10.1098/rstb.2003.1436. Liu X, Fu Y‑X. 2015. Exploring population size changes using SNP frequency spectra. Nature  Genetics 47:555–559. DOI: 10.1038/ng.3254. Ludt WB, Rocha LA. 2015. Shifting seas: the impacts of Pleistocene sea‑level  luctuations on the  evolution of tropical marine taxa. Journal of Biogeography 42:25–38. DOI: 10.1111/ jbi.12416. Luke K, Horrocks JA, Leroux RA, Dutton PH. 2004. Origins of green turtle (Chelonia mydas)  feeding aggregations around Barbados, West Indies. Marine Biology 144:799–805.  DOI: 10.1007/s00227‑003‑1241‑2. Luschi P, Hays GC, Papi F. 2003. A review of long‑distance movements by marine turtles, and  the possible role of ocean currents. Oikos 103:293–302. DOI: 10.1034/j.1600‑ 0706.2003.12123.x. Luschi P, Lutjeharms JRE, Lambardi P, Mencacci R, Hughes GR, Hays GC. 2006. A review of  migratory behaviour of sea turtles off southeastern Africa. South African Journal of  Science 102:51–58. Lutjeharms JRE, Wedepohl PM, Meeuwis JM. 2000. On the surface drift of the East Madagascar  and Mozambique currents. South African Journal of Science 96:141–147. M Malinsky M, Trucchi E, Lawson DJ, Falush D. 2018. RADpainter and  ineRADstructure:  population inference from RADseq data. Molecular Biology and Evolution 35:1284– 1290. DOI: 10.1093/molbev/msy023. Manichaikul A, Mychaleckyj JC, Rich SS, Daly K, Sale M, Chen W‑M. 2010. Robust relationship  inference in genome‑wide association studies. Bioinformatics 26:2867–2873. DOI:  10.1093/bioinformatics/btq559. Mans ield KL, Wyneken J, Porter WP, Luo J. 2014. First satellite tracks of neonate sea turtles  rede ine the “lost years” oceanic niche. Proceedings of the Royal Society B  281:20133039. DOI: 10.1098/rspb.2013.3039. Mantel N. 1967. The detection of disease clustering and a generalized regression approach.  Cancer Research 27:209–220.

(23)

Maruki T, Lynch M. 2017. Genotype calling from population‑genomic sequencing data. G3:  Genes, Genomes, Genetics 7:1393–1404. DOI: 10.1534/g3.117.039008. Mazaris AD, Scho ield G, Gkazinou C, Almpanidou V, Hays GC. 2017. Global sea turtle  conservation successes. Science advances 3:e1600730. DOI: 10.1126/sciadv.1600730. Mazet O, Rodrı́guez W, Grusea S, Boitard S, Chikhi L. 2016. On the importance of being  structured: instantaneous coalescence rates and human evolution—lessons for  ancestral population size inference? Heredity 116:362–371. DOI: 10.1038/ hdy.2015.104. McClenachan L, Jackson JB, Newman MJ. 2006. Conservation implications of historic sea turtle  nesting beach loss. Frontiers in Ecology and the Environment 4:290–296. DOI:  10.1890/1540‑9295(2006)4[290:CIOHST]2.0.CO;2. Mencacci R, De Bernardi E, Sale A, Lutjeharms JRE, Luschi P. 2010. In luence of oceanic factors  on long‑distance movements of loggerhead sea turtles displaced in the Southwest  Indian Ocean. Marine Biology 157:339–349. DOI: 10.1007/s00227‑009‑1321‑z. Meylan A. 1988. Spongivory in hawksbill turtles: a diet of glass. Science 239:393–395. DOI:  10.1126/science.239.4838.393. Meylan AB, Bowen BW, Avise JC. 1990. A genetic test of the natal homing versus social  facilitation models for green turtle migration. Science 248:724–727. DOI: 10.1126/ science.2333522. Meylan AB, Donnelly M. 1999. Status justi ication for listing the hawksbill turtle (Eretmochelys  imbricata) as critically endangered on the 1996 IUCN Red List of Threatened Animals.  Chelonian Conservation and Biology 3:200–224. Miller MR, Dunham JP, Amores A, Cresko WA, Johnson EA. 2007. Rapid and cost‑effective  polymorphism identi ication and genotyping using restriction site associated DNA  (RAD) markers. Genome Research 17:240–248. DOI: 10.1101/gr.5681207. Monzón‑Argüello C, Dell&apos;Amico F, Moriniere P, Marco A, López‑Jurado LF, Hays GC, Scott  R, Marsh R, Lee PLM. 2012. Lost at sea: genetic, oceanographic and meteorological  evidence for storm‑forced dispersal. Journal of The Royal Society Interface 9:1725– 1732. DOI: 10.1098/rsif.2011.0788. Monzón‑Argüello C, López‑Jurado LF, Rico C, Marco A, López P, Hays GC, Lee PLM. 2010a.  Evidence from genetic and Lagrangian drifter data for transatlantic transport of small  juvenile green turtles. Journal of Biogeography 37:1752–1766. DOI: 10.1111/j.1365‑ 2699.2010.02326.x. Monzón‑Argüello C, Rico C, Carreras C, Calabuig P, Marco A, López‑Jurado LF. 2009. Variation in  spatial distribution of juvenile loggerhead turtles in the eastern Atlantic and western  Mediterranean Sea. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 373:79–86.  DOI: 10.1016/j.jembe.2009.03.007. Monzón‑Argüello C, Rico C, Marco A, López P, López‑Jurado LF. 2010b. Genetic characterization  of eastern Atlantic hawksbill turtles at a foraging group indicates major undiscovered 

(24)

nesting populations in the region. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology  387:9–14. DOI: 10.1016/j.jembe.2010.03.004. Moore MK, Ball RM. 2002. Multiple paternity in loggerhead turtle (Caretta caretta) nests on  Melbourne Beach, Florida: a microsatellite analysis. Molecular Ecology 11:281–288.  DOI: 10.1046/j.1365‑294X.2002.01426.x. Moran KL, Bjorndal KA. 2005. Simulated green turtle grazing affects structure and productivity  of seagrass pastures. Marine Ecology Progress Series 305:235–247. DOI: 10.3354/ meps305235. Moran KL, Bjorndal KA. 2006. Simulated green turtle grazing affects nutrient composition of  the seagrass Thalassia testudinum. Marine Biology 150:1083–1092. DOI: 10.1007/ s00227‑006‑0427‑9. Morin PA, Luikart G, Wayne RK, group  the SNP workshop. 2004. SNPs in ecology, evolution and  conservation. Trends in Ecology & Evolution 19:208–216. DOI: 10.1016/ j.tree.2004.01.009.

Moritz C. 1994. De ining ‘Evolutionarily Signi icant Units’ for conservation. Trends in Ecology & 

Evolution 9:373–375. DOI: 10.1016/0169‑5347(94)90057‑4. Mortimer JA. 1984. Marine turtles in the Republic of the Seychelles: status and management.  International Union for Conservation of Nature Report on Project 1804. Mortimer JA, Brandis RG von, Liljevik A, Chapman R, Collie J. 2011. Fall and rise of nesting  green turtles (Chelonia mydas) at Aldabra Atoll, Seychelles: positive response to four  decades of protection (1968–2008). Chelonian Conservation and Biology 10:165–176.  DOI: 10.2744/CCB‑0872.1. Mortimer JA, Donnelly M. 2008. Eretmochelys imbricata. The IUCN Red List of Threatened  Species 2008:e.T8005A12881238. DOI: 10.2305/ IUCN.UK.2008.RLTS.T8005A12881238.en. Mullis KB, Faloona FA. 1987. Speci ic synthesis of DNA in vitro via a polymerase‑catalyzed  chain reaction. Methods in Enzymology 155:335–350. DOI: 10.1016/0076‑ 6879(87)55023‑6. Munday PL. 2004. Habitat loss, resource specialization, and extinction on coral reefs. Global  Change Biology 10:1642–1647. DOI: 10.1111/j.1365‑2486.2004.00839.x. Muths D, Le Couls S, Evano H, Grewe P, Bourjea J. 2013. Multi‑genetic marker approach and  spatio‑temporal analysis suggest there is a single panmictic population of sword ish  Xiphias gladius in the Indian Ocean. PLoS ONE 8:e63558. DOI: 10.1371/ journal.pone.0063558. Muths D, Tessier E, Gouws G, Craig M, Mwale M, Mwaluma J, Mwandya A, Bourjea J. 2011.  Restricted dispersal of the reef  ish Myripristis berndti at the scale of the SW Indian  Ocean. Marine Ecology Progress Series 443:167–180. DOI: 10.3354/meps09394.

Referenties

GERELATEERDE DOCUMENTEN

Most studies that generate genomic data sets from marine mammal species and populations take advantage of the vast amounts of data generated to obtain more precise estimates

Our findings suggested that the ability to recover the correct demographic model, as well as the error and accuracy of the parameter estimates was influenced by multiple factors,

In our extended sample of 791 North Atlantic fin whale mitochondrial control region DNA sequences, we detected a total of 26 sequences (i.e., ∼3 %) with haplotypes that

We analyzed mitochondrial control region DNA (mtDNA) sequences and genotypes from 7–11 microsatellite loci in 87 samples from three sites in the North Atlantic: Iceland, the Gulf

In total, 4,761 and 2,271 mitochondrial DNA (mtDNA) sequences were analyzed obtained from eight different baleen whale species and seven fish and invertebrate species in

Based on the monophyletic pattern of the North Atlantic fin whale (Archer et al., 2013), the authors suggested an intraspecific taxonomic revision of the fin whale

Population genetic structure of North Atlantic, Mediterranean Sea and Sea of Cortez fin whales, Balaenoptera physalus (Linnaeus 1758): analysis of mitochondrial

Past changes in effective population sizes and immigration rates were inferred from genetic data collected from eight baleen whale species and seven prey species in the