Improving design, execution and analysis of transcriptomics experimentation

(1)

UvA-DARE (Digital Academic Repository)

Bruning, O.

Publication date

2015

Document Version

Final published version

Link to publication

Citation for published version (APA):

Bruning, O. (2015). Improving design, execution and analysis of transcriptomics

experimentation.

General rights

It is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), other than for strictly personal, individual use, unless the work is under an open content license (like Creative Commons).

Disclaimer/Complaints regulations

If you believe that digital publication of certain material infringes any of your rights or (privacy) interests, please let the Library know, stating your reasons. In case of a legitimate complaint, the Library will make the material inaccessible and/or remove it from the website. Please Ask the Library: https://uba.uva.nl/en/contact, or a letter to: Library of the University of Amsterdam, Secretariat, Singel 425, 1012 WP Amsterdam, The Netherlands. You will be contacted as soon as possible.

(2)

Published Chapters

134 Published Chapters

The following Chapters have been published previously: Chapter 2:

The absence of Ser389 phosphorylation in p53 affects the basal gene expression level of many p53-dependent genes and alters the biphasic response to UV exposure in mouse embryonic fibroblasts.

Bruning O, Bruins W, Jonker MJ, Zwart E, van der Hoeven TV, Pennings JL, Rauwerda H, de Vries A, Breit TM.

Pre-version published in the thesis The role of p53.S389 phosphorylation in DNA damage response pathways and tumorigenesis, Bruins, W. , 2007, Chapter 3: 67-92. Mol Cell Biol. 2008 Mar;28(6):1974-87. doi: 10.1128/MCB.01610-07. Epub 2008 Jan 14.

Conceived and designed the experiments: WB HR AdV TMB. Performed the experiments: WB EZ TVvdH. Analyzed the data: OB MJJ JLP. Contributed reagents/materials/analysis tools: OB WB MJJ HR JLP AdV. Wrote the paper: OB WB MJJ AdV TMB.

Chapter 3:

Serious complications in gene-expression studies with stress perturbation: An example of UV-exposed p53-mutant mouse embryonic fibroblasts.

Bruning O, Yuan X, Rodenburg W, Bruins W, van Oostrom CT, Rauwerda H, Wittink FR, Jonker MJ, de Vries A, Breit TM.

Transcription. 2010 Nov;1(3):159-164. Epub 2010 Aug 30.

Conceived and designed the experiments: OB WR WB HR AdV TMB. Performed the experiments: WR WB CTvO. Analyzed the data: OB XY MJJ. Contributed reagents/ materials/analysis tools: OB MJJ HR FRW AdV. Wrote the paper: OB WR MJJ AdV TMB.

Chapter 4:

RNA isolation for transcriptomics of human and mouse small skin biopsies.

Bruning O, Rodenburg W, Radonic T, Zwinderman AH, de Vries A, Breit TM, de Jong M. BMC Res Notes. 2011 Oct 24;4:438. doi: 10.1186/1756-0500-4-438.

OB performed the data analysis and drafted the manuscript. WR and AdV provided the mouse biopsies. TR and AHZ provided the human biopsies. TMB helped to draft the manuscript. MdJ conceived of the study, and participated in its design and coordination

(3)

Published Chapters

and helped to draft the manuscript. All authors read and approved the final manuscript.

Chapter 5:

A range finding protocol to support design for transcriptomics experimentation: examples of in-vitro and in-vivo murine UV exposure.

Bruning O, Rodenburg W, van Oostrom CT, Jonker MJ, de Jong M, Dekker RJ, Rauwerda H, Ensink WA, de Vries A, Breit TM.

PLoS One. 2014 May 13;9(5):e97089. doi: 10.1371/journal.pone.0097089. eCollection 2014.

Conceived and designed the experiments: OB WR MJJ HR AdV TMB. Performed the experiments: WR CvO MdJ RJD WAE. Analyzed the data: OB MJJ TMB. Contributed reagents/materials/analysis tools: MdJ RJD. Wrote the paper: OB WR MJJ HR TMB.

Chapter 7:

Valuable lessons-learned in transcriptomics experimentation.

Bruning O, Rauwerda H, Dekker RJ, de Leeuw WC, Wackers PF, Ensink WA, Jonker MJ, Breit TM.

Transcription. 2015 Jun 22:0. [Epub ahead of print]. DOI:10.1080/21541264.2015.10 64195

(4)

Acknowledgements/Dankwoord/Danksagung

136 Acknowledgements/Dankwoord/

Danksagung

And finally, we have arrived at the end of this thesis, which has been a challenging, intriguing and sometimes difficult learning experience for me. Here, I would like to use this opportunity to thank all the great people that have helped and inspired me in the last couple of years while working on this thesis.

Allereerst wil ik mijn promotor Willem bedanken. Ik ben erg blij dat je er in mee bent gegaan om deze ietwat speciale constructie voor een promotie binnen ons instituut mogelijk te maken. Verder heeft je enthousiasme en interesse voor mijn werk me steeds gemotiveerd om verder te gaan. Ik ben er erg trots op dat ik onder jou supervisie mijn promotie heb mogen doen.

Beste Timo, als eerste, bedankt dat je me twaalf jaar geleden de mogelijkheid hebt gegeven om bij de MAD te komen werken anders was dit proefschrift er in deze vorm sowieso nooit gekomen. Verder bedankt dat je me 4 jaar geleden de ruimte binnen onze club hebt gegeven om aan deze promotie te beginnen. Ik heb hierbij zeer veel van je geleerd en ben ook zeker gegroeid als persoon onder meer dankzij je vele levenswijsheden over werk en in het algemeen. Ik weet dat gedurende het proces je geduld regelmatig flink op de proef is gesteld en je de quote “Volgende week is het af” niet meer kon horen. Ik hoop in de toekomst veel profijt te hebben van wat ik van je heb geleerd.

Binnen de MAD/RB&AB zijn er verder natuurlijk nog veel mensen, die ik wil bedanken voor de fijne samenwerking de afgelopen 13 jaar, sinds ik mijn stage hier ben begonnen. Wat een plezier is het toch altijd geweest om met je te werken, Martijs. Je bent altijd beschikbaar als klankbord en bent een grote inspiratie voor me geweest. Als mijn motivatie laag was heb jij me er weer uit getrokken. Ook buiten werk hebben we geregeld contact gehad, met als een van de hoogtepunten natuurlijk het geweldige optreden van je band op mijn huwelijk.

Paul, jij ook super bedankt! Allereerst voor je bijdrage als paranimf en voor je enorme

inzet en bijdrage aan de analyses voor het proefschrift. Verder ook natuurlijk voor je vriendschap en de positieve vibe, die je op werk creëert. Het was altijd fijn om met je samen te werken en ik hoop dat nog lang te kunnen blijven doen.

Mijn mede-promovendus Han, fijn dat je altijd met een kritische blik mee heb gekeken bij vrijwel iedere stap in mijn proefschrift. Verder is het altijd fantastisch om je intrigerende verhalen tijdens de lunch te horen. Wim de L., het is altijd weer erg leuk om samen met je de mogelijkheden en problemen van hard- en software te bespreken. Bedankt, Wim E., dat je met veel geduld (onder begeleiding van meestal uitstekende muziek) die vele samples voor dit boekje er door hebt gedraaid. Selina, sorry dat je

(5)

al die legacy van mij en mijn voorgangers weg moest werken, maar daardoor konden we wel altijd gezellig een praatje houden. Ook jij, Rob, bedankt voor je hulp en het meedenken vooral bij de biologie. Inez, mijn bureau buurvrouw, het is altijd weer leuk om met je te werken en over kids te praten. Rick, bedankt voor de samenwerking op het Naktuinbouw project en heel veel succes bij je nieuwe baan. Marina, top hoe je het drylab hebt weten te versterken. Geneviève, thank you for finally bringing some structure to our disorganized bunch of scientists. Ioannis, Johanna and Mauro, thanks for the nice and critical work discussions and for adding some new international flair to the group. Furthermore, a very big thank you for all the pleasant years of working together, to all my former colleagues: Mateusz, Iris, Elisa, Anneke, Linda, Mark, Ilse,

Irene, Merijn, Marino, Floyd, Jurgo, Xiaolian, Tessa (P), Yan, Jerzy, Christiaan, Jenny, Marcia, Lennart, Sonia, Maarten, Josien, Ramin, Frans, Scott, Marco, Tessa (D-v.d. H), Asli, Jolanda, Muus, Igor, Peter, Robert, Marcel, Erik and Henk.

From 2010 to 2013 I was a member of the PhD/PD Council of the Swammerdam

Institute for Life Sciences and I would also like to thank my fellow Council members Clemens, Fleur, Alex, Martijn, Jeroen, Femke, Michael, Marijn, Reuben, Iris, Sofia, Ada, Sacha, Ricco and Dorota. Amongst others, for the great cooperation in working

towards improving the quality of PhD education and increasing the social coherence within SILS.

Naast het werk dat binnen de MAD is verricht had dit proefschrift niet kunnen bestaan zonder de hulp van het RIVM. Zij hebben al het biologische materiaal gegenereerd en altijd geduld en begrip gehad als wij weer eens volledig opnieuw begonnen en 180 graden de andere kant op gingen met onze analyses. Annemieke, Wendy B, Wendy R en Conny, heel erg bedankt hiervoor!

Dan zijn er natuurlijk nog mijn vele familieleden van de Broekhuis en de Bruning kant, we hebben al vele levensgebeurtenissen, zowel mooie als verdrietige, samen doorgemaakt en ik wil jullie allemaal bedanken voor de steun, die ik altijd van jullie kant heb gevoeld. Lieve Paps en Mams, ik heb toch zoveel geluk gehad met jullie en de geweldige jeugd, opvoeding en ondersteuning, die jullie me altijd hebben gegeven. Hierdoor heb ik altijd het vertrouwen gehad om de beslissingen in mijn leven zo te nemen, zoals ik ze heb genomen en heb ik deze stap in mijn leven kunnen bereiken. Lieve Paps, bedankt dat je er samen met Mams altijd voor me bent geweest en me hebt laten zien hoe je als een positief mens en zorgzame vader in het leven kunt staan. Gelukkig heb je de twee belangrijkste dagen in mijn leven, de geboorte van onze dochter en mijn huwelijk nog mee kunnen maken, helaas lukt dat bij deze belangrijke stap niet meer in persoon, maar nog zeker wel in onze harten.

Lieve Karianne, mijn grote zus, ik had mij geen betere zus kunnen wensen, het was heerlijk om samen op te groeien en ik heb altijd veel van je geleerd en op je kunnen steunen. Ik ben heel blij dat onze kleine Dametjes nu samen opgroeien en van elkaar kunnen leren. Dear Garry, thanks for becoming a part of our family and being there for Karianne and us.

(6)

138

geweldig om je te zien ontwikkelen tot waar je nu bent. Heel fijn dat je zo geweldig voor onze kleine dame hebt gezorgd, wat haar een superstart heeft gegeven, Tante Mije! Jouw lieve ouders Ko en Leonie, natuurlijk ook bedankt dat jullie er voor onze gezin altijd zijn geweest en voor de steun voor mams, die wij door de afstand niet altijd direct kunnen geven.

Lieber Toon und liebe Karin, es ist immer wieder schön, dass ich bei euch mich selbst sein kann und dass ihr mir das Gefühl gebt, willkommen zu sein. Ich möchte mich auch bei euch herzlich bedanken für alle Unterstützung, die ihr uns die vergangenen Jahre gegeben habt. Lieber Opa und liebe Oma Gawehns, auch euch vielen Dank für eure Unterstützung von unserer kleinen Familie.

Albert, Harmen, Matthijs en Stefan, bedankt dat jullie me al sinds de middelbare

school tijd of studie hebben laten zien wat echte vrienden zijn. Ik weet dat ik altijd op jullie kan steunen. Helaas zijn de directe contacten wat minder geworden de afgelopen jaren met de komst van onze kinderen en drukte met werk, maar hopelijk heb ik ook weer wat meer lucht nu dit is afgerond. Natuurlijk ook nog bedankt aan jullie lieve partners Hanneke, Linda en Sabrina voor hun vriendschap.

Also thank you very much for your friendship, dear Julia und Karsten, Mara and Bob,

Ewa and Pavan and Alessandra.

Als laatste wil ik nog mijn vrouw en dochtertje, mijn twee wonderwalls, bedanken. Zonder jullie liefde en steun had ik dit nooit kunnen afmaken. Iedere dag met jullie is een avontuur, dat ik voor geen goud zou willen missen. Nu kan ik, met het afronden van dit proefschrift, jullie ook eindelijk weer alle aandacht en liefde geven, die jullie verdienen. Het was een lange weg, zeker met twee promoties tegelijkertijd, maar we hebben het gehaald!

Amsterdam, Oktober 2015

(7)

Curriculum vitae

Curriculum vitae

Oskar Bruning-Gawehns was born on 6 October 1978 in Sliedrecht, the Netherlands. After secondary school he studied Biology at the Free University of Amsterdam. In 2003 he obtained his Masters-degree (Doctorandus). During his study, Oskar joined the group of Prof. dr. Jos Mol at the Free University for an internship on Developmental Genetics of plants under the supervision of Dr. Jan Kooter. Here he worked on silencing in Petunia. For his final internship on Bioinformatics he joined the Microarray Department of Dr. Timo Breit at the University of Amsterdam and worked under the supervision of Dr. Peter Sterk. For this internship he focussed on implementing the normalization of microarrays in a web based application. After graduation in 2003, Oskar started working as a supporting bioinformatician at the Microarray Department of the University of Amsterdam, where he worked on the analysis of a multitude of different projects. From 2010 to 2012 he also fulfilled the role of service project manager next to his work as a bioinformatician. Concurrently, in 2011 his doctoral research study started with Dr. Timo Breit under the supervision of Prof. dr. Willem Stiekema. The results of this research, that focussed on improving several steps in the workflow of transcriptomics experiments, are described in this thesis. From 2010 to 2013 Oskar joined the SILS PhD/Postdoc council to increase scientific and social communication between members of the institute. Starting January 2016, Oskar will start working at Genetwister Technologies B.V. Oskar is married and has an almost 3-year-old daughter.

(8)

Cover design: Fleur Gawehns-Bruning Layout design: Oskar Bruning-Gawehns